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Avanços e Desafios na Edição de Genes com CRISPR-Cas9

A tecnologia CRISPR-Cas9 traz novas possibilidades na edição de genes, mas também tem desafios marcantes.

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CRISPR-Cas9: Avanços eCRISPR-Cas9: Avanços eProblemasatuais da edição gênica CRISPR-Cas9.Analisando os avanços e os desafios
Índice

Nos últimos anos, os cientistas descobriram uma ferramenta poderosa para editar genes chamada CRISPR. Essa tecnologia facilitou muito a mudança do DNA de organismos vivos. O CRISPR trabalha junto com uma proteína especial chamada Cas9, que funciona como uma tesoura molecular para cortar o DNA em locais específicos. Esse método rapidamente se tornou uma escolha popular entre os pesquisadores porque é mais eficiente e simples do que métodos antigos.

O Desenvolvimento do CRISPR-Cas9

A tecnologia CRISPR foi vista pela primeira vez em bactérias, onde ajuda a se defender contra vírus. Os cientistas pegaram esse sistema natural e ajustaram para usar em outros organismos. Desde sua introdução, o sistema CRISPR-Cas9 foi melhorado e muitas versões diferentes do Cas9 estão sendo descobertas. Cada versão pode se comportar de maneira diferente, o que dá aos pesquisadores várias opções dependendo do que eles querem alcançar.

Desafios com o CRISPR-Cas9

Apesar de ser uma ferramenta poderosa, o CRISPR-Cas9 tem algumas limitações. Um problema é que às vezes ele faz cortes inesperados no DNA, que são chamados de edições fora do alvo. Isso pode levar a consequências indesejadas no organismo que está sendo estudado. Além disso, a taxa de sucesso para fazer mudanças específicas pode variar bastante dependendo do local do DNA que está sendo alvo. Alguns locais são mais fáceis de editar do que outros, e essa inconsistência pode ser frustrante para os pesquisadores.

Para enfrentar esses problemas, os cientistas têm desenvolvido estratégias diferentes. Alguns pesquisadores modificam o RNA que guia a proteína Cas9 para mirar no DNA de maneira mais precisa. Outros têm experimentado diferentes formas de Cas9 que podem reduzir os efeitos fora do alvo. Novos métodos de ligar o DNA doador ao local de corte do Cas9 também estão sendo explorados para melhorar a eficiência das edições.

CRISPR-Cas9 em Levedura de Fissão

A levedura de fissão, um tipo simples de fungo, se tornou um organismo modelo popular para estudar edição de genes com CRISPR-Cas9. Em 2014, pesquisadores conseguiram aplicar essa tecnologia à levedura de fissão, tornando possível criar cepas com mudanças genéticas específicas rapidamente e sem marcadores extras, que podem atrasar o processo.

Uma grande descoberta foi o uso de canais de fluoreto como marcadores de seleção. Essa mudança acelerou significativamente a identificação de edições bem-sucedidas. Os pesquisadores também melhoraram seus métodos desenvolvendo uma forma de criar RNA guia sem precisar passar por procedimentos de clonagem complexos. Isso diminuiu o tempo necessário para configurar experimentos e tornou todo o processo mais eficiente.

Métodos Usados para Edição

Nos estudos, os pesquisadores usaram cepas específicas de levedura de fissão para testes. Usando um meio de crescimento simples, eles permitiram que as células de levedura prosperassem. Além disso, utilizaram técnicas para preparar e projetar vetores, que são ferramentas necessárias para entregar a proteína Cas9 e seu RNA guia nas células de levedura.

Transformando as células de levedura com esses vetores, os cientistas puderam introduzir o sistema CRISPR. A levedura então usaria esse sistema para editar seu próprio DNA com base nas instruções fornecidas pelo RNA guia.

Observações sobre a Eficiência da Edição

Durante o processo de criação de proteínas marcadas na levedura de fissão, ficou claro que as taxas de sucesso variavam bastante entre diferentes genes. Alguns genes mostraram altas taxas de edição, enquanto outros eram muito mais difíceis de editar. Isso levou os pesquisadores a questionarem por que alguns locais no genoma eram mais fáceis para o Cas9 mirar e editar do que outros.

Para testar isso, eles realizaram mais experimentos onde usaram a mesma sequência de corte, mas miraram em locais diferentes no genoma. Surpreendentemente, descobriram que as taxas de sucesso na edição permaneciam consistentes, independentemente do local alvo. Isso sugeriu que outros fatores poderiam estar em jogo na hora de determinar a eficiência da edição genética.

Tentando Melhorar a Busca por Homologia

Para lidar com os desafios em fazer edições bem-sucedidas, os pesquisadores investigaram maneiras de aprimorar o processo de encontrar o DNA correto para reparar cortes feitos pelo Cas9. Eles criaram cepas de levedura especialmente engenheiradas que tinham proteínas ligadas ao DNA doador. Essa configuração deveria melhorar a conexão entre o local de corte e o material de reparo.

Após testar essas cepas engenheiradas, os pesquisadores observaram que, enquanto a edição de alguns genes era bastante eficiente, a adição das proteínas ligadas não melhorou significativamente a eficiência geral do processo de edição. Isso indicou que ainda existem muitos fatores desconhecidos que influenciam o quão bem a edição genética funciona.

Conclusão

O desenvolvimento do CRISPR-Cas9 abriu novas possibilidades na edição de genes, especialmente em organismos como a levedura de fissão. Embora muito progresso tenha sido feito, ainda há desafios que precisam ser enfrentados. A variabilidade na eficiência da edição e os efeitos fora do alvo continuam sendo questões chave. Os pesquisadores vão continuar refinando suas técnicas e explorando os mecanismos subjacentes para melhorar a precisão e a eficácia dessa tecnologia inovadora. A jornada para entender completamente o potencial do CRISPR-Cas9 e suas aplicações está em andamento, mas os avanços até agora são promissores e têm grande potencial para a pesquisa genética e biotecnologia.

Fonte original

Título: CRISPR-Cas9 editing efficiency in fission yeast is not limited by homology search and is improved by combining gap-repair with fluoride selection

Resumo: Protocols for CRISPR-Cas9 editing have been implemented in most model organisms, including fission yeast, for which some improvements have also been later described. Here, we report an improvement to the CRISPR-Cas9 protocol in fission yeast, as we combine a cloning free gap-repair method with our previously described fluoride selection marker, which speeds up genome editing. We also report a wide variability of editing efficiencies at different loci along the genome, and we demonstrate that this variability cannot be explained by the location of the edited sequences in the genome. Lastly, our attempt at improving editing efficiency by targeting the donor DNA to the cut site using a HaloTag strategy to link the donor DNA to two proteins of the homologous recombination repair machinery (Rad51 or Rad52) fell short, which shows that editing efficiency in fission yeast is likely not limited by homology search.

Autores: Julien Berro, R. Fernandez

Última atualização: 2024-03-02 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.01.582946

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.01.582946.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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