Parcerias Microbianas: Evolução da Dependência
Estudo revela como bactérias e leveduras evoluem dependências mútuas em comunidades sintéticas.
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Índice
Micro-organismos, como bactérias e leveduras, vivem juntos em comunidades que costumam incluir vários tipos diferentes de organismos. Esses organismos interagem de maneiras complexas, muitas vezes dependendo uns dos outros para sobreviver. Eles trocam substâncias importantes, conhecidas como Metabólitos, que ajudam no Crescimento e na prosperidade deles.
Como as Interações se Desenvolvem
As interações entre diferentes micro-organismos provavelmente se desenvolveram ao longo do tempo. No começo, esses organismos eram independentes, mas gradualmente foram se conectando mais. Essa conexão é importante para a evolução deles e para como eles trabalham juntos na natureza.
A Importância da Pesquisa
Estudar essas interações na natureza é valioso, mas tem suas limitações. Os pesquisadores podem tirar conclusões limitadas sobre como essas comunidades evoluem e mudam. Para aprender mais, os cientistas criam comunidades artificiais em ambientes controlados. Isso permite que eles observem como os micro-organismos interagem e evoluem em um período mais curto.
Criando Comunidades Sintéticas
Os pesquisadores já criaram essas comunidades sintéticas usando vários micróbios. Algumas dessas comunidades evoluíram para ter interações mais fortes, levando a uma melhor troca de substâncias necessárias para o crescimento. No entanto, mais pesquisas são necessárias para observar a próxima fase da evolução, onde os organismos se tornam ainda mais dependentes uns dos outros.
O Objetivo do Estudo
O estudo tinha como objetivo recriar uma comunidade mutualista entre dois tipos diferentes de micro-organismos: um tipo de bactéria chamada Escherichia coli (E. Coli) e um tipo de levedura chamada Saccharomyces cerevisiae (S. Cerevisiae). A ideia era ver se esses dois organismos, que não têm uma história natural de co-evolução, evoluiriam para depender mais um do outro do que grupos anteriormente estudados que eram só de bactérias ou só de leveduras.
Evolução Experimental
Vários experimentos foram conduzidos para encontrar uma comunidade adequada desses micro-organismos que pudesse evoluir com sucesso juntos. Diferentes cepas foram testadas para ver como elas podiam apoiar o crescimento umas das outras. Após identificar pares adequados, os pesquisadores estabeleceram uma comunidade que pudesse prosperar sob condições específicas que exigiam que se alimentassem mutuamente.
Melhorias de Crescimento
Os pesquisadores deixaram a comunidade sintética evoluir por um período de tempo. Após apenas algumas rodadas de crescimento, a comunidade mostrou melhorias significativas em comparação com sua condição inicial. As interações entre as bactérias e as leveduras se tornaram mais eficientes, demonstrando o potencial para desenvolver ainda mais essas parcerias.
Design do Experimento
O experimento envolveu cultivar as duas espécies microbianas em um tipo especial de meio de crescimento. As condições foram cuidadosamente projetadas para incentivar a troca de nutrientes essenciais. Os pesquisadores mediram vários aspectos do crescimento para avaliar o sucesso dessas interações microbianas ao longo do tempo.
Observações Durante a Evolução
Ao longo da evolução da comunidade, tanto as bactérias quanto as leveduras mostraram melhorias nas taxas de crescimento. Elas também se tornaram melhores em alcançar níveis máximos de crescimento mais rapidamente em comparação com suas condições iniciais. No entanto, quando crescidas separadamente, sem a troca de nutrientes, não mostraram aumentos semelhantes no crescimento.
Mudanças Genéticas em Comunidades Evoluídas
À medida que as comunidades evoluíam, os pesquisadores procuravam mudanças genéticas que ocorriam tanto nas bactérias quanto nas leveduras. Algumas Mutações se tornaram comuns nas populações, aparecendo em uma ordem consistente. Curiosamente, as primeiras mudanças importantes envolveram um gene na E. coli que regula o transporte e o uso de certos nutrientes. Isso sugeriu que as bactérias estavam se adaptando para melhorar sua capacidade de compartilhar metabólitos com sua parceira levedura.
Mudanças na E. coli
Uma mudança significativa envolveu a interrupção de um gene que regula a produção de nutrientes. Ao desativar esse gene, as bactérias melhoraram sua capacidade de produzir e compartilhar nutrientes com a levedura. Junto com essa mudança, outras mutações começaram a surgir que aprimoraram ainda mais a capacidade das bactérias de absorver nutrientes rapidamente.
Evolução da S. cerevisiae
Mudanças semelhantes foram observadas nas leveduras. Mutações em genes específicos indicaram que a levedura também estava otimizando seu metabolismo para depender mais dos nutrientes compartilhados pelas bactérias. Uma mudança proeminente envolveu a inativação de um gene que regula a quebra de aminoácidos. Esse ajuste provavelmente ajudou a levedura a absorver mais dos nutrientes fornecidos pelas bactérias.
Impacto das Mutações
No geral, as mutações observadas em ambos os organismos mostraram que eles estavam evoluindo em direção a uma maior dependência um do outro. Ao desativar certas vias de uso de nutrientes, parecia que ambos os parceiros conseguiam fortalecer seu relacionamento mútuo, melhorando, em última análise, suas interações cooperativas.
Entendendo a Dependência entre Parceiros
Ao longo da evolução da comunidade de bactérias e leveduras, ficou claro que a levedura estava cada vez mais dependente das bactérias para sua sobrevivência. Apesar da disponibilidade de amônio em seu meio de crescimento, a levedura parecia preferir usar arginina, um metabólito fornecido por sua parceira bacteriana.
Testando Preferências Nutricionais
Para investigar isso mais a fundo, os pesquisadores testaram como a levedura evoluída se comportava quando apresentada com diferentes fontes de nitrogênio. Eles descobriram que a levedura apresentava uma capacidade muito menor de utilizar amônio em comparação com suas cepas ancestrais. Em vez disso, mostraram uma maior dependência da arginina como seu nutriente principal. Essa mudança indicou que a levedura havia evoluído para depender mais de sua parceira bacteriana para nutrientes essenciais.
Restauração da Independência Nutricional
Para explorar ainda mais essas descobertas, os pesquisadores reintroduziram certos genes para restaurar a capacidade da levedura de assimilar nutrientes diretamente. No entanto, mesmo com essas mudanças, a levedura não recuperou a independência total e continuou a depender de sua associação com as bactérias para crescer sob condições específicas.
O Efeito da Restauração da Prototrofia
Apesar de ter sido restaurada a um estado prototrófico (capaz de crescer sem a necessidade de nutrientes adicionais), as cepas de levedura evoluídas ainda se beneficiavam da presença de bactérias em seu ambiente. Isso indica um nível mais profundo de dependência além da mera troca de nutrientes, sugerindo que a evolução dessa comunidade microbiana levou a interações mais complexas.
Conclusão
A evolução experimental da comunidade mutualista entre E. coli e S. cerevisiae mostrou como os micro-organismos podem desenvolver dependências mais profundas uns dos outros. Através de suas interações, ambos os parceiros evoluíram para melhorar sua capacidade de compartilhar nutrientes essenciais, levando a uma cooperação aprimorada. As mudanças observadas em ambos os micro-organismos revelaram uma visão fascinante de como parcerias simples podem evoluir para interdependências mais complexas, fornecendo um modelo para estudos futuros de comunidades microbianas e suas interações.
Além disso, esses experimentos destacaram a importância de entender como tais dependências podem se desenvolver e suas implicações para os ecossistemas naturais onde interações semelhantes ocorrem. As descobertas sugerem que a cooperação pode surgir de processos evolutivos, ilustrando o equilíbrio intricado da vida em comunidades microbianas.
Título: Enhanced metabolic entanglement emerges during the evolution of an interkingdom microbial community
Resumo: Metabolic interactions are common in microbial communities and are believed to be a key factor in the emergence of complex life forms. However, while different stages of mutualism can be observed in nature, the dynamics and mechanisms underlying the gradual erosion of independence of the initially autonomous organisms are not yet fully understood. In this study, we conducted the laboratory evolution of an engineered microbial community and were able to reproduce and molecularly track its stepwise progression towards enhanced partner entanglement. The evolution of the community both strengthened the existing metabolic interactions and led to the emergence of de novo interdependence between partners for nitrogen metabolism, which is a common feature of natural symbiotic interactions. Selection for enhanced metabolic entanglement repeatedly occurred indirectly, via pleiotropies and trade-offs within cellular regulatory networks. This indicates that indirect selection may be a common but overlooked mechanism that drives the evolution of mutualistic communities.
Autores: Victor Sourjik, G. Scarinci, J.-L. Ariens, G. Angelidou, S. Schmidt, T. Glatter, N. Paczia
Última atualização: 2024-03-30 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.30.587424
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.30.587424.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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