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Novo Método Revela Dinâmica da População Celular no Câncer

Uma nova técnica estima o comportamento das células a partir de amostras únicas de tecido.

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Populações celulares no nosso corpo, tipo as envolvidas em respostas imunológicas ou crescimento de tumores, estão sempre mudando. Algumas células aumentam em número enquanto outras morrem. Um exemplo disso é o câncer, onde os tumores incentivam as células ao redor, incluindo células imunológicas e de suporte, a crescer e prosperar, ajudando assim na sobrevivência do tumor.

Um desafio em estudar essas mudanças celulares é que pegar amostras de tecidos humanos geralmente nos dá apenas um instantâneo do que tá rolando em um momento. Isso acontece porque coletar várias amostras da mesma área é meio impraticável e não dá uma visão clara de como as mesmas células se comportam ao longo do tempo.

Os métodos atuais para analisar a dinâmica dos tecidos normalmente dependem de modelos que usam linhagens celulares, estudos em animais ou modelos de tecidos artificiais. Esses sistemas muitas vezes não refletem com precisão como os tecidos humanos funcionam, já que carecem das interações complexas e em tempo real que estão presentes nos tecidos humanos vivos. Ferramentas como técnicas de imagem avançadas permitem que os cientistas observem células vivas em modelos animais, e recentes desenvolvimentos em biologia sintética possibilitam que pesquisadores projetem células que podem registrar sua própria atividade.

Contudo, esses métodos ficam limitados a estudos que envolvem animais ou ambientes de laboratório. Eles não capturam toda a complexidade da biologia humana. Com o surgimento de tecnologias que podem analisar células individuais, os pesquisadores agora têm uma nova oportunidade de entender o comportamento dos tecidos de forma mais profunda. Essas tecnologias podem acompanhar como as células se comunicam entre si em um único momento. Alguns métodos estão tentando prever como as células mudam e funcionam ao longo de horas ou dias.

Nessa nova abordagem, os cientistas apresentam um método que permite estimar como as populações celulares mudam com base em apenas uma amostra de tecido. Essa técnica, chamada Reconstrução de Dinâmica de Tecidos em Um Único Disparo (OSDR), usa um marcador específico encontrado nas células para calcular com que rapidez elas se dividem, levando em conta os tipos de células ao redor. Os pesquisadores aplicaram o OSDR em amostras de tecidos de câncer de mama humano, focando na interação entre dois tipos de células: Fibroblastos e Macrófagos. Eles querem saber como essas células mudam com base no que está acontecendo ao redor.

O método identifica diferentes estados de interações celulares que concordam com trabalhos anteriores de laboratório. Usando essa abordagem, os pesquisadores descobriram um circuito único de Células T e Células B, indicando que as respostas imunológicas ao câncer podem acontecer em explosões, em vez de serem constantes.

O Desafio de Medir a Dinâmica Celular

Estudar como as células mudam nos tecidos humanos é complicado. Biópsias fornecem apenas uma visão de um momento específico, tornando difícil acompanhar as mesmas células ao longo do tempo. Os métodos existentes se concentram principalmente em modelos que não representam com precisão os tecidos humanos reais. Enquanto a imagem avançada pode seguir células vivas em animais, os dados desses estudos não podem ser aplicados diretamente aos tecidos humanos.

As tecnologias de célula única estão mudando o jogo, permitindo que pesquisadores analisem tecidos com alto detalhamento. Algumas abordagens se concentram em como as células se comunicam em um único ponto no tempo, enquanto outras visam modelar mudanças dentro das células individuais ao longo de curtos períodos. No entanto, nenhum desses métodos compreende completamente como populações inteiras de células evoluem ao longo de períodos mais longos.

Introduzindo a Reconstrução de Dinâmica de Tecidos em Um Único Disparo (OSDR)

O método OSDR visa superar os desafios atuais usando apenas uma única amostra de tecido para inferir como as populações celulares mudam. Ao empregar um marcador de divisão encontrado nas células, os pesquisadores podem modelar como as células crescem e diminuem com base em seus ambientes locais.

Na prática, amostras de tecidos de câncer de mama foram analisadas usando OSDR para rastrear interações entre fibroblastos e macrófagos. Os resultados se alinharam de perto com descobertas de experimentos de co-cultura, indicando a presença de estados distintos onde essas células podem prosperar juntas ou de forma independente.

Através do OSDR, os pesquisadores encontraram evidências de um circuito de interação especializado entre células T e células B que opera em explosões ou pulsos sensíveis ao tempo, ao invés de manter um estado constante. Essa descoberta sugere que as respostas imunológicas podem ser mais dinâmicas do que se imaginava.

O Método OSDR em Detalhes

O método OSDR envolve várias etapas para analisar como as populações celulares mudam com base em uma única biópsia. Começa examinando seções de tecido que foram coradas para identificar proteínas específicas conectadas a diferentes tipos de células e seu status de divisão.

Usando amostras de proteômica espacial, ele gera um relato detalhado das localizações de vários tipos de células dentro de uma seção de tecido. O objetivo é modelar a dinâmica dessas células enquanto crescem, morrem ou se movem, considerando todos os fatores relevantes.

Dentro desse sistema, os pesquisadores dividem a dinâmica em duas partes: uma se relaciona aos processos internos de divisão e morte entre as próprias células, enquanto a outra leva em conta o movimento das células para o tecido a partir da corrente sanguínea.

Ao usar as informações dos dados de proteômica espacial, os pesquisadores podem estimar efetivamente a taxa de divisão celular em diferentes vizinhanças da biópsia.

Validando as Previsões do OSDR

A força da abordagem OSDR é testada contra dados do mundo real obtidos de amostras de câncer de mama humano. Ao comparar os resultados do OSDR com dinâmicas conhecidas de experimentos de laboratório, os pesquisadores podem confirmar a validade de suas descobertas.

Análises de múltiplas vizinhanças contendo apenas fibroblastos e macrófagos mostraram que as previsões do OSDR sobre como essas populações celulares interagem eram consistentes com o conhecimento existente. O modelo reconstruído retratou com precisão a dinâmica dos fibroblastos associados ao tumor e macrófagos, destacando estados onde as células podiam coexistir ou funcionar independentemente.

Além disso, os modelos reconstruídos indicaram que as interações observadas entre células T e células B mostraram um comportamento pulsátil novo. Essa descoberta adiciona uma nova dimensão de como as respostas imunológicas no microambiente tumoral podem ser compreendidas.

Implicações Clínicas do OSDR

O método OSDR abre novas possibilidades para aplicar essa abordagem em configurações clínicas. Aproveitando biópsias únicas, os profissionais de saúde podem ganhar insights sobre a dinâmica do tumor de cada paciente, potencialmente guiando decisões de tratamento de forma mais eficaz.

À medida que a pesquisa médica avança, é crucial estabelecer modelos personalizados para pacientes com base nas características específicas de seus tumores. A capacidade de analisar uma única amostra pode levar a uma melhor compreensão de como várias terapias podem ser mais eficazes para pacientes individuais.

Além disso, o OSDR pode identificar interações vitais dentro do tecido que podem se tornar alvos para intervenções mais focadas. Isso significa que, ao entender quais populações celulares são cruciais para o crescimento tumoral, tratamentos poderiam ser projetados para modificar essas interações específicas, melhorando os resultados terapêuticos.

Direções Futuras para a Pesquisa

À medida que o estudo da dinâmica celular continua a evoluir, os pesquisadores pretendem refinar a abordagem OSDR. Estudos futuros podem explorar o uso de diversos marcadores para divisão e morte celular, melhorando a precisão do método.

Os pesquisadores também podem buscar incorporar mais conhecimentos sobre movimentos e comportamentos celulares. Ao entender melhor como as células migram ou como podem mudar para diferentes tipos, os cientistas podem criar modelos ainda mais abrangentes de dinâmica de tecidos.

Essa compreensão pode levar a tratamentos e intervenções mais eficazes em várias condições, como processos de desenvolvimento, doenças autoimunes e diferentes tipos de câncer.

Em resumo, a abordagem OSDR oferece uma maneira pioneira de examinar como as populações celulares mudam usando apenas um único instantâneo de tecido. Tem o potencial de reformular nossa compreensão da biologia tumoral e abrir caminho para estratégias de tratamento personalizadas que podem melhorar significativamente os resultados dos pacientes.

Fonte original

Título: Temporal tissue dynamics from a single snapshot

Resumo: Physiological and pathological processes such as inflammation or cancer emerge from the interactions between cells over time. However, methods to follow cell populations over time within the native context of a human tissue are lacking, since tissue biopsy offers only a single snapshot. Here we present one-shot tissue dynamics reconstruction (OSDR), an approach to estimate a dynamical model of cell populations based on a single tissue sample. OSDR uses spatial proteomics data to learn how the composition of cellular neighborhoods influences division rate, providing a dynamical model of cell population change over time. We apply OSDR to human breast cancer data, and reconstruct two fixed points of fibroblasts and macrophage interactions. These fixed points correspond to hot and cold fibrosis, in agreement with co-culture experiments that measured dynamics directly. We then use OSDR to discover a pulse-generating excitable circuit of T and B cells in the tumor microenvironment, suggesting temporal flares of adaptive anti-cancer responses. OSDR can be applied to a wide range of spatial transcriptomic or proteomic assays to enable analysis of tissue dynamics based on patient biopsies.

Autores: Jonathan Somer, S. Mannor, U. Alon

Última atualização: 2024-04-26 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.22.590503

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.22.590503.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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