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CohortGPT: Transformando a Recrutamento de Participantes em Ensaios Clínicos

O CohortGPT usa modelos de linguagem pra melhorar a recrutamento de participantes em estudos clínicos.

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Recrutar participantes para estudos clínicos é super importante pra entender como novos tratamentos médicos funcionam. Mas pode ser complicado, principalmente quando a gente tenta achar pessoas que se encaixem em critérios médicos específicos pro estudo. Os métodos tradicionais normalmente usam registros médicos estruturados, mas isso não captura tudo, principalmente quando falamos de textos médicos complexos, como notas clínicas e relatórios de radiologia.

Com o surgimento de modelos de linguagem avançados, os pesquisadores estão buscando jeitos melhores de recrutar participantes analisando esses textos. Um desses modelos, chamado CohortGPT, tem como objetivo ajudar os pesquisadores a encontrar participantes de forma eficiente, interpretando textos médicos não estruturados e categorizando-os em rótulos de doenças relevantes.

O Desafio do Recrutamento de Participantes

O recrutamento de participantes é um dos maiores desafios em ensaios clínicos. Muitos fatores podem afetar isso, como o acesso limitado a grupos específicos de pacientes, a dificuldade de encaixar o recrutamento na prática diária e os desafios de identificar indivíduos que atendam a todos os requisitos necessários. Muitas vezes, esses requisitos não estão consistentemente anotados nos registros médicos, o que dificulta encontrar participantes adequados.

Embora haja esforços para usar registros médicos eletrônicos estruturados (EMRs) pra recrutar participantes, a natureza dos textos não estruturados, como notas clínicas e relatórios de radiologia, traz suas próprias dificuldades. Esses textos podem incluir abreviações, linguagem especializada, erros de ortografia e formatos diferentes, tornando a extração automática de informações relevantes bem complicada.

Usando Processamento de Linguagem Natural (NLP)

Pra enfrentar esses desafios, muitos pesquisadores estão apelando para técnicas de Processamento de Linguagem Natural (NLP), particularmente métodos de classificação de texto. A classificação de texto envolve treinar modelos pra categorizar textos em diferentes grupos e é amplamente usada em várias áreas, incluindo marketing e atendimento ao cliente.

Na saúde, a classificação de texto pode ajudar a prever desfechos de pacientes, auxiliar em diagnósticos e melhorar a gestão hospitalar. No passado, os esforços de recrutamento se baseavam principalmente em métodos baseados em regras e técnicas tradicionais de aprendizado de máquina, que precisam de muitos dados e input de especialistas pra desenvolver suas regras.

Com o avanço do aprendizado profundo, os pesquisadores começaram a usar modelos como o BERT pra ajudar no recrutamento. No entanto, esses modelos geralmente precisam de grandes quantidades de dados rotulados pra ajustes finos, o que pode ser um processo trabalhoso.

A Ascensão dos Grandes Modelos de Linguagem (LLMs)

Recentemente, modelos de linguagem maiores como o ChatGPT e o GPT-4 surgiram, mostrando um desempenho impressionante em entender e gerar texto. Diferente dos modelos anteriores que eram principalmente treinados em conjuntos de dados específicos, esses LLMs conseguem compreender uma gama mais ampla de contextos devido ao tamanho dos conjuntos de dados de treinamento. Isso permite que eles se saiam bem em várias tarefas, incluindo classificação de texto com pouco ou nenhum treinamento adicional.

Porém, quando aplicados em áreas especializadas como a saúde, os LLMs enfrentam desafios. A maioria desses modelos foi treinada em dados de texto gerais e pode não ter um vocabulário e conhecimento médico específico.

Apresentando o CohortGPT

Pra resolver esses problemas, os pesquisadores desenvolveram o CohortGPT, uma estrutura projetada pra ajudar no recrutamento usando os LLMs. Essa estrutura combina as forças do ChatGPT e do GPT-4 com prompts personalizados pra tarefas médicas.

Ao incorporar um gráfico de conhecimento que organiza o conhecimento médico de forma clara, o CohortGPT busca guiar o modelo de linguagem a fazer previsões mais precisas sobre rótulos de doenças a partir de textos médicos. Ele também usa uma estratégia chamada Chain-of-Thought (CoT) prompting, que ajuda o modelo a pensar passo a passo, melhorando seu raciocínio dentro do contexto médico.

Gráfico de Conhecimento

Um gráfico de conhecimento representa visualmente as relações entre diferentes pedaços de informação, como doenças e os órgãos que afetam. No contexto do CohortGPT, isso ajuda o modelo de linguagem a entender melhor as conexões entre as condições.

Usar uma abordagem estruturada pra apresentar essas informações ao modelo permite que ele reconheça padrões e relações que ele pode não entender se receber apenas o texto bruto.

Chain-of-Thought Prompting

O Chain-of-Thought prompting envolve fornecer exemplos ao modelo que ajudam ele a seguir um processo lógico ao categorizar informações. Ao mostrar como deduzir respostas a partir de informações dadas, o modelo aprende a abordar tarefas de maneira sistemática.

Esse método é particularmente eficaz em cenários complicados onde simplesmente fazer uma pergunta pode não resultar em respostas precisas. No CohortGPT, o CoT prompting permite que o modelo de linguagem tome decisões informadas com base no contexto e nas regras subjacentes estabelecidas pelo gráfico de conhecimento.

Treinando o Modelo CohortGPT

Pra desenvolver o modelo CohortGPT, os pesquisadores usaram uma abordagem mista que incorpora técnicas de aprendizado com poucos exemplos e aprendizado por reforço. O aprendizado com poucos exemplos permite que o modelo aprenda a partir de um número reduzido de exemplos, o que é especialmente útil em ambientes clínicos onde dados rotulados podem ser escassos.

Modelo de Política

O processo começa com a criação de um modelo de política que seleciona dinamicamente exemplos pro modelo de linguagem com base no relatório médico que ele recebe. Ao utilizar um gráfico de conhecimento junto com um conjunto de regras derivadas dos dados, o modelo consegue construir prompts que alimentam o modelo de linguagem durante a inferência.

Esse método permite que ele utilize as informações mais relevantes enquanto maximiza a precisão na classificação dos rótulos de doença necessários.

Resultados Experimentais

Pra avaliar a eficácia do modelo CohortGPT, os pesquisadores realizaram testes usando conjuntos de dados médicos estabelecidos. Esses conjuntos de dados incluíam vários relatórios de radiologia que forneceram uma rica fonte de texto pro modelo analisar.

Comparando Desempenho

O desempenho do CohortGPT foi comparado com métodos tradicionais de ajuste fino usando modelos pré-treinados. Em casos onde apenas um número limitado de amostras de treinamento estava disponível, o CohortGPT superou outros métodos significativamente. Isso é particularmente encorajador pra situações onde os dados são limitados, como costuma acontecer em ambientes clínicos.

Em conjuntos de dados onde mais dados de treinamento se tornaram disponíveis, os métodos tradicionais eventualmente mostraram melhor desempenho. No entanto, a grande vantagem do CohortGPT é sua capacidade de se sair bem mesmo em cenários com poucos exemplos.

Impacto de Diferentes Estratégias

A pesquisa também avaliou a eficácia de várias estratégias em inserir informações do gráfico de conhecimento nos prompts. Entre os diferentes métodos testados, a abordagem baseada em regras obteve os melhores resultados.

Foi observado que o número de amostras de treinamento e a composição das amostras candidatas usadas durante o treinamento influenciaram diretamente o desempenho do modelo. Conforme o número de amostras aumentou, a precisão na classificação também melhorou, mostrando a importância da qualidade e da quantidade dos dados.

Estudos de Caso: Aplicações na Vida Real

Pra ilustrar a eficácia do CohortGPT no mundo real, os pesquisadores forneceram exemplos de relatórios médicos e as classificações correspondentes feitas pelo modelo.

Em um caso de teste, um relatório que descrevia pulmões claros e sem condições agudas foi classificado como "Normal/Sem Doença", enquanto outro relatório indicando cardiomegalia foi classificado corretamente como "Doença Cardiomegálica". Esses exemplos mostram a capacidade do modelo de analisar e categorizar informações médicas complexas com precisão.

Conclusão

O desenvolvimento do CohortGPT representa um grande avanço no uso de modelos de linguagem pra recrutamento de participantes em estudos clínicos. Ao combinar LLMs, gráficos de conhecimento e técnicas inovadoras de prompting, ele permite que os pesquisadores enfrentem os desafios de extrair e classificar informações de textos médicos não estruturados de forma eficiente.

À medida que a saúde continua a evoluir, ferramentas como o CohortGPT podem oferecer um suporte valioso na agilização do recrutamento de participantes, levando a ensaios clínicos mais eficazes e melhores resultados pra os pacientes. A exploração contínua e o aperfeiçoamento desses modelos prometem aumentar sua aplicabilidade em várias tarefas médicas no futuro, tornando-os recursos inestimáveis na pesquisa em saúde.

Fonte original

Título: CohortGPT: An Enhanced GPT for Participant Recruitment in Clinical Study

Resumo: Participant recruitment based on unstructured medical texts such as clinical notes and radiology reports has been a challenging yet important task for the cohort establishment in clinical research. Recently, Large Language Models (LLMs) such as ChatGPT have achieved tremendous success in various downstream tasks thanks to their promising performance in language understanding, inference, and generation. It is then natural to test their feasibility in solving the cohort recruitment task, which involves the classification of a given paragraph of medical text into disease label(s). However, when applied to knowledge-intensive problem settings such as medical text classification, where the LLMs are expected to understand the decision made by human experts and accurately identify the implied disease labels, the LLMs show a mediocre performance. A possible explanation is that, by only using the medical text, the LLMs neglect to use the rich context of additional information that languages afford. To this end, we propose to use a knowledge graph as auxiliary information to guide the LLMs in making predictions. Moreover, to further boost the LLMs adapt to the problem setting, we apply a chain-of-thought (CoT) sample selection strategy enhanced by reinforcement learning, which selects a set of CoT samples given each individual medical report. Experimental results and various ablation studies show that our few-shot learning method achieves satisfactory performance compared with fine-tuning strategies and gains superb advantages when the available data is limited. The code and sample dataset of the proposed CohortGPT model is available at: https://anonymous.4open.science/r/CohortGPT-4872/

Autores: Zihan Guan, Zihao Wu, Zhengliang Liu, Dufan Wu, Hui Ren, Quanzheng Li, Xiang Li, Ninghao Liu

Última atualização: 2023-07-21 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2307.11346

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2307.11346

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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