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Insights sobre mutações do estudo do SARS-CoV-2

A pesquisa sobre as mutações do SARS-CoV-2 revela novas teorias na evolução molecular.

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A evolução molecular estuda como as mudanças genéticas acontecem nos organismos vivos ao longo do tempo. Os cientistas analisam mutações, que são alterações no DNA, pra entender como elas afetam a sobrevivência e reprodução de um organismo. As mutações podem ser prejudiciais, neutras ou benéficas. Os pesquisadores têm teorias diferentes sobre a frequência dessas mutações e quais tipos são mais comuns.

Teorias da Evolução Molecular

Existem três teorias principais sobre mutações na evolução molecular:

  1. Teoria Selecionista: Essa teoria sugere que a maioria das mutações é benéfica e melhora a aptidão de uma espécie. Ou seja, essas mutações ajudam os organismos a sobreviver e reproduzir melhor do que os outros.

  2. Teoria Neutra: Essa teoria diz que a maioria das mutações é neutra e não afeta a aptidão do organismo. Segundo essa visão, essas mutações acontecem de forma aleatória e não trazem vantagens ou desvantagens.

  3. Teoria Quase Neutra: Essa teoria sugere que algumas mutações são quase neutras, ou seja, têm efeitos pequenos que podem ser um pouco prejudiciais ou um pouco benéficos. O impacto dessas mutações pode depender do ambiente e do tamanho da população.

Cada uma dessas teorias tem seus pontos fortes e fracos. A discussão entre os cientistas sobre qual teoria está correta é um debate antigo na biologia evolutiva.

O Papel do SARS-CoV-2

O vírus da COVID-19, conhecido como SARS-CoV-2, chamou bastante atenção devido ao seu impacto global. Os pesquisadores estudaram as mutações do SARS-CoV-2 pra ver como essas mudanças afetam sua transmissibilidade, gravidade e resposta a tratamentos ou vacinas. Ao investigar o SARS-CoV-2, os cientistas tentaram entender melhor as taxas e padrões de mutação e como eles se alinham (ou não) com as teorias existentes de evolução.

Análise das Mutações

Pra comparar as diferentes teorias, os cientistas analisam as mutações vistas no genoma do SARS-CoV-2. Eles classificam essas mutações como prejudiciais, neutras ou benéficas.

  1. Mutações Prejudiciais: Essas mutações são nocivas e reduzem a capacidade de um organismo de sobreviver e se reproduzir.

  2. Mutações Neutras: Essas mudanças não impactam a aptidão, ou seja, nem prejudicam nem ajudam o organismo.

  3. Mutações Benéficas: Essas mutações melhoram a capacidade de um organismo de sobreviver e se reproduzir.

Ao quantificar quantas de cada tipo de mutação ocorre dentro do genoma do SARS-CoV-2, os pesquisadores conseguem avaliar qual teoria de evolução molecular se encaixa melhor nos dados.

Modelo Replicação-Seleção

Os pesquisadores desenvolveram um modelo que descreve como as mutações acontecem junto com a seleção natural. Esse modelo divide o processo em duas etapas principais: replicação e seleção.

  • Na etapa de replicação, o vírus copia seu material genético. Durante esse processo, erros podem acontecer, levando a mutações.

  • Na etapa de seleção, essas mutações são afetadas pela seleção natural. Dependendo se a mutação é benéfica, neutra ou prejudicial, ela pode ser passada para a próxima geração ou eliminada.

O modelo ajuda a interpretar como as mutações impactam a aptidão e revelar o equilíbrio entre mudanças vantajosas e desvantajosas.

Medindo a Mudança de Aptidão

Um foco importante nessa pesquisa é uma medida chamada razão taxa de substituição-mutação, denotada como c/µ. Essa razão ajuda a avaliar as mudanças de aptidão devido a mutações:

  • Um valor de 1 indica mutações neutras.
  • Um valor menor que 1 sugere mutações prejudiciais.
  • Um valor maior que 1 indica mutações benéficas.

Ao medir essas razões em todas as mutações do SARS-CoV-2, os cientistas conseguem entender melhor como as mudanças no genoma do vírus impactam sua evolução.

Observações do SARS-CoV-2

Os pesquisadores observaram uma distribuição em forma de L dos valores de c/µ no genoma do SARS-CoV-2. Isso significa que a maioria das mutações caiu nas categorias de forte seleção negativa e fraca seleção negativa, com uma pequena parte nas categorias de seleção positiva.

Distribuição dos Tipos de Mutações

Na análise do genoma do SARS-CoV-2, os pesquisadores descobriram:

  • Aproximadamente 86% das mutações eram fortemente negativas, ou seja, provavelmente prejudiciais.
  • Cerca de 7% eram fracamente negativas e 3% fracamente positivas, sugerindo benefícios leves.
  • Apenas 4% estavam sob forte seleção positiva.

Essa distribuição desafia as teorias tradicionais que exageram as mutações neutras ou positivas, fornecendo evidências para os papéis significativos da seleção negativa.

Relógios Moleculares e Seleção

Os relógios moleculares são ferramentas que os cientistas usam pra estimar a taxa de mutação ao longo do tempo. Se as mutações acontecem a uma taxa consistente, os cientistas podem inferir quanto tempo levou pra um vírus como o SARS-CoV-2 evoluir.

No caso do SARS-CoV-2, os pesquisadores descobriram que, enquanto alguns segmentos de seu genoma mostraram um relógio molecular consistente, outros não. Essa inconsistência pode refletir as diferentes pressões seletivas atuando em várias partes do genoma do vírus.

Teoria Selecionista Quase Neutra Balanceada

Com base nas observações do SARS-CoV-2, os pesquisadores propuseram uma nova teoria: Teoria Selecionista Quase Neutra Balanceada (NNBST). Essa teoria sugere que tanto mutações benéficas quanto ligeiramente prejudiciais desempenham papéis críticos na formação da trajetória evolutiva do vírus. A NNBST reconhece a importância de um equilíbrio entre essas mutações na determinação da taxa de substituição geral.

Características Principais da NNBST

  1. Papel das Mutações Quase Neutras: A NNBST enfatiza que mutações quase neutras, que são um pouco benéficas ou prejudiciais, contribuem significativamente para a evolução.

  2. Seleção Balanceada: A teoria sugere que seleções positivas e negativas podem se contrabalançar, levando a um relógio molecular observável em todo o genoma.

  3. Contradição das Teorias Tradicionais: A NNBST desafia a ideia de que mutações estritamente neutras são abundantes. Em vez disso, sugere que elas são raras em comparação com mutações quase neutras.

Teoria Selecionista Quase Neutra Desbalanceada

Além da NNBST, os pesquisadores propuseram outra teoria: Teoria Selecionista Quase Neutra Desbalanceada (NNUST). Essa teoria foca em segmentos do genoma onde a condição de equilíbrio não se mantém. Aqui, os pesquisadores descobriram que a falta de equilíbrio leva a uma taxa de substituição dependente do tempo, em vez de uma taxa constante.

Diferenças Entre NNBST e NNUST

Enquanto a NNBST enfatiza o equilíbrio, a NNUST reconhece que alguns segmentos genômicos não apresentam esse equilíbrio. Como resultado, as taxas de mutação e seleção podem variar mais amplamente nesses segmentos.

Implicações para Pesquisas Futuras

A pesquisa sobre o SARS-CoV-2 tem amplas implicações para nossa compreensão da evolução molecular:

  1. Reavaliando Teorias Evolutivas: Os achados sugerem que as teorias tradicionais podem precisar de revisão pra levar em conta o papel das mutações quase neutras e o equilíbrio entre os tipos de seleção.

  2. Explorando Pressões Seletivas: Estudos futuros poderiam investigar como fatores ambientais e tamanhos de população influenciam as taxas e tipos de mutação.

  3. Aplicações em Outros Vírus: Insights do SARS-CoV-2 podem ser aplicados a outros vírus de RNA, aumentando nossa compreensão da evolução viral e potencialmente informando estratégias de saúde pública.

Conclusão

A pesquisa em andamento sobre as mutações do SARS-CoV-2 ilumina as complexidades da evolução molecular. Ao analisar os tipos e taxas de mutações, os cientistas desafiaram teorias existentes e propuseram novas estruturas-NNBST e NNUST-que se alinham melhor com os dados observados. Essa compreensão mais nuançada não só aprimora nosso conhecimento sobre a evolução viral, mas também pode informar futuras estratégias terapêuticas, enfatizando a relação intrincada entre mutação, seleção e deriva genética.

À medida que os cientistas continuam a aprimorar seus modelos e análises, fica cada vez mais evidente que os mecanismos que impulsionam a evolução são mais complexos do que se pensava anteriormente. O trabalho sobre o SARS-CoV-2 representa um progresso significativo na resolução de debates antigos na biologia evolutiva e abre portas para investigações futuras que descobrirão ainda mais insights sobre a dinâmica da mudança genética.

Fonte original

Título: L-Shaped Distributions of the Relative Substitution Rates (c/micro) in SARS-COV-2 with or without Molecular Clocks, Challenging Mainstream Evolutionary Theories

Resumo: A definitive test to quantify fitness changes of mutations is required to end a continuing 50-year "neutralist-selectionist" debate in evolutionary biology. Our previous work introduced a substitution-mutation rate ratio c/{micro} test (c: substitution rate in Translated Region/TR or UnTranslated Region/UTR; {micro}: mutation rate) to quantify the selection pressure and thus the proportions of strictly neutral, nearly neutral, beneficial, and deleterious mutations in a genome. Intriguingly, both a L-shaped probability distribution of c/{micro} and molecular clock were observed for SARS-COV-2s genome. We found that the proportion of the different mutation types from the distribution is not consistent with the hypotheses of the three existing evolution theories (Kimuras Neutral Theory/KNT, Ohtas Nearly Neutral Theory/ONNT and the Selectionist Theory/ST), and a balance condition explains the molecular clock, thus we proposed a new theory named as Near-Neutral Balanced Selectionist Theory (NNBST). In this study, the c/{micro} analysis was extended beyond the genome to 26 TRs, 12 UTRs, and 10 TRSs (Transcriptional Regulatory Sequences) of SARS-COV-2. While L-shaped probability distributions of c/{micro} were observed for all of 49 segments, molecular clocks were observed for only 24 segments, supporting NNBST and Near-Neutral Unbalanced Selectionist Theory (NNUST) to explain the molecular evolution of 24/25 segments with/without molecular clocks. Thus, the Near-Neutral Selectionist Theory (NNST) integrates traditional neutral and selectionist theories to deepen our understanding of how mutation, selection, and genetic drift influence genomic evolution. Author SummaryThe "neutralist-selectionist" debate in molecular evolution has been unresolved for 50 years due to the three main theories of molecular evolution (Kimuras Neutral Theory/KNT, Ohtas Nearly-Neutral Theory/ONNT, Selectionist Theory/ST) disagreeing on the proportion of neutral mutations (KNT), nearly-neutral deleterious mutations (ONNT) and adaptive mutations (ST) within species. We recently developed a robust method, the c/{micro} relative substitution rate test, to quantify the proportion of each mutation type within >11K genomic sequences of SARS-COV-2 RNA virus. Our previous analysis revealed an L-shaped c/{micro} probability distribution and a constant substitution rate (e.g., molecular clock) for the SARS-COV-2 genome over 19 months, and the proportions of mutation types were inconsistent with those predicted by the three theories. We thus proposed the Near-Neutral Balanced Selectionist Theory (NNBST) to explain the molecular clock-feature and L-shaped probability distribution for SARS-COV-2. In this study, we extended this analysis to the 25 protein-coding gene segments and 24 non-protein-coding segments of SARS-COV-2. We observed that all 49 segments exhibited an L-shaped probability distribution and 24 out of the 49 segments exhibited a molecular clock, however the remaining 25 segments did not exhibit a molecular clock. We thus propose the Near-Neutral Unbalanced Selectionist Theory (NNUST) and NNBST to explain the segments without/with molecular clock features, respectively. We also coin the Near-Neutral Selectionist Theory (NNST) to combine traditional KNT, ONNT and ST to deepen our understanding of how mutation, selection, and genetic drift influence genomic evolution.

Autores: Chun Wu, N. J. Paradis

Última atualização: 2024-04-30 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.29.591599

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.29.591599.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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