Revolucionando Nossa Visão sobre a Replicação do DNA
A DNAscent revelou milhares de novos locais de replicação do DNA em células humanas.
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Índice
- Entendendo a Replicação do DNA em Diferentes Organismos
- A Necessidade de Melhores Métodos para Estudar a Replicação do DNA
- Apresentando o DNAscent: Uma Nova Abordagem para Estudar a Replicação do DNA
- Resultados do Uso do DNAscent em Células Humanas
- A Importância da Transcrição na Replicação do DNA
- Conclusão e Direções Futuras
- Fonte original
- Ligações de referência
A Replicação do DNA é um processo super importante que rola em todas as células vivas. É assim que as células fazem cópias do seu material genético, garantindo que, quando uma célula se divide, cada nova célula receba uma cópia exata do DNA. Esse processo precisa acontecer direitinho e só uma vez por ciclo celular pra manter a estabilidade genética.
Em organismos mais complexos, como os humanos, a replicação do DNA começa em vários lugares ao longo dos cromossomos. Podem ter dezenas de milhares desses pontos de partida, conhecidos como origens de replicação, em todo o genoma humano. Algumas pesquisas mostraram que esses pontos de partida podem estar ligados a certas doenças por causa de taxas de mutação mais altas nessas áreas.
Entendendo a Replicação do DNA em Diferentes Organismos
Em organismos mais simples, como leveduras, a replicação do DNA começa em locais definidos marcados por sequências específicas de DNA. Esses sinais são reconhecidos por um grupo de proteínas chamado complexo de reconhecimento de origem (ORC). Mas, em organismos mais complexos, o ORC tem uma preferência de sequência menos clara, e há evidências sugerindo que certas estruturas de DNA podem influenciar onde a replicação começa.
Muitas técnicas foram desenvolvidas pra estudar a replicação do DNA. Essas técnicas geralmente envolvem examinar grupos de células em vez de células individuais. Por exemplo, os pesquisadores costumam usar o sequenciamento de DNA pra olhar a atividade média de replicação em várias células. Isso pode envolver medir quão rápido o DNA é copiado ou a direção em que as forquilhas de replicação estão indo.
Em células de mamíferos, esses métodos mostraram que a replicação começa em áreas amplas chamadas zonas de iniciação. Essas zonas podem variar bastante de tamanho e muitas vezes são cercadas por regiões onde a replicação avança em uma direção. Diferentes métodos de análise de DNA produziram resultados variados, levantando questões sobre quão precisamente conseguimos identificar onde a replicação começa.
A Necessidade de Melhores Métodos para Estudar a Replicação do DNA
Pra melhorar nossa compreensão de como a replicação do DNA funciona, os cientistas estão agora buscando métodos que permitam uma visão mais detalhada. Uma abordagem envolve analisar células individuais em vez de grupos. Isso pode dar uma ideia de como diferentes células replicam seu DNA, especialmente porque nem todas as células replicam da mesma forma.
Por exemplo, métodos que conseguem detectar a replicação do DNA em nível de célula única permitem que os pesquisadores vejam quais partes do genoma já foram copiadas. Embora isso ofereça um instantâneo da replicação, muitas vezes falta a precisão necessária pra identificar locais de iniciação individuais.
Recentemente, técnicas avançadas como o sequenciamento de DNA de molécula única surgiram, que utilizam nucleotídeos modificados pra visualizar novas cadeias de DNA. Ao marcar essas novas cadeias, os cientistas conseguem acompanhar a replicação mais de perto, embora essas abordagens às vezes enfrentem limitações em termos de velocidade e da quantidade de informação que podem fornecer.
Apresentando o DNAscent: Uma Nova Abordagem para Estudar a Replicação do DNA
Em resposta às limitações das técnicas existentes, um novo método chamado DNAscent foi desenvolvido. Esse método usa uma tecnologia chamada sequenciamento por nanopore, que permite que os cientistas obtenham informações detalhadas sobre o DNA em nível de molécula única.
O DNAscent funciona marcando o DNA recém-sintetizado com um análogo de nucleotídeo, o que ajuda os pesquisadores a ver onde a replicação ocorre. Essa abordagem foi validada em organismos mais simples, como leveduras, mas agora foi aplicada a células humanas pela primeira vez.
Os pesquisadores começaram seu trabalho estabelecendo condições de crescimento para linhagens de células humanas. Eles trataram essas células com quantidades específicas do análogo de nucleotídeo por um certo tempo, permitindo que rastreassem onde a replicação do DNA estava acontecendo.
Resultados do Uso do DNAscent em Células Humanas
Usando o DNAscent, os pesquisadores conseguiram identificar milhares de locais de iniciação de replicação em todo o genoma humano. Eles categorizaram esses locais em dois tipos principais: locais de iniciação focada, que estão dentro de zonas de iniciação conhecidas, e locais de iniciação dispersa, que são encontrados fora dessas zonas e não parecem corresponder a nenhuma característica genômica específica.
Os resultados mostraram que, enquanto uma pequena parte dos locais de iniciação se sobrepõe a descobertas anteriores de estudos populacionais maiores, a maioria dos locais identificados pelo DNAscent era nova. Isso indica que muitos eventos de iniciação de replicação foram previamente não detectados devido à média de dados em estudos populacionais.
A Importância da Transcrição na Replicação do DNA
Uma descoberta interessante foi que a replicação do DNA muitas vezes não ocorre em regiões de alta Transcrição Gênica, ou seja, áreas onde o DNA está sendo ativamente usado pra criar RNA. Para genes que são altamente expressos, há um padrão claro onde a replicação tende a acontecer em regiões adjacentes a esses genes, em vez de dentro deles.
Isso sugere que o processo ativo de leitura dos genes pode interferir em onde a replicação do DNA se inicia. Em outras palavras, se um gene está sendo usado, a área ao redor pode não ser um lugar favorável para novas cadeias de DNA começarem.
Conclusão e Direções Futuras
A capacidade de identificar locais de iniciação de replicação em células humanas usando o DNAscent abre muitas possibilidades para pesquisas futuras. O método permite que os cientistas façam novas perguntas sobre como a replicação do DNA é controlada e como pode ser afetada por vários fatores, incluindo expressão gênica e modificações no DNA.
Em resumo, o DNAscent representa um avanço significativo na nossa compreensão da dinâmica da replicação do DNA. Ao revelar uma vasta gama de locais de iniciação de replicação, incluindo aqueles que eram previamente indetectáveis, esse método estabelece a base pra explorar o papel da replicação do DNA na saúde e na doença de uma forma mais eficaz.
Título: Most human DNA replication initiation is dispersed throughout the genome with only a minority within previously identified initiation zones
Resumo: The identification of sites of DNA replication initiation in mammalian cells has been challenging. Here, we present unbiased detection of replication initiation events in human cells using BrdU incorporation and single-molecule nanopore sequencing. Increases in BrdU incorporation allow us to measure DNA replication dynamics, including identification of replication initiation, fork direction and termination on individual nanopore sequencing reads. Importantly, initiation and termination events are identified on single-molecules with high resolution, throughout S-phase and across the human genome. We find a significant enrichment of initiation sites within the broad initiation zones identified by population level studies. However, these focussed initiation sites only account for [~]20% of all identified replication initiation events. Most initiation events are dispersed throughout the genome and are missed by cell population approaches. This indicates that most initiation occurs at sites that, individually, are rarely used. These dispersed initiation sites contrast with the focused sites identified by population studies, in that they do not show a strong relationship to transcription or a particular epigenetic signature. Therefore, single-molecule sequencing enables unbiased detection and characterisation of DNA replication initiation events, including the numerous dispersed initiation events that replicate most of the human genome.
Autores: Conrad A Nieduszynski, J. T. Carrington, R. H. Wilson, S. Thiyagarajan, T. Barker, L. Catchpole, A. Durrant, V. Knitlhoffer, C. Watkins, K. Gharbi
Última atualização: 2024-05-01 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.28.591325
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.28.591325.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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