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O Papel do RBMX na Splicing Genética

RBMX desempenha um papel importante na junção de genes e na manutenção da estabilidade do genoma.

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A fusão gênica é um processo importante que rola nas células. Ela envolve pegar segmentos de RNA chamados Exons e juntá-los pra formar uma mensagem completa que pode ser usada pra fazer proteínas. Mas esse processo pode ser complicado, já que também envolve remover segmentos chamados Introns. Um ator chave nesse processo é uma máquina molecular conhecida como spliceossomo.

O Papel dos Introns e Exons

Os introns são regiões não codificantes, ou seja, não contribuem pro produto final de proteína. Já os exons são regiões codificantes e são cruciais pras proteínas. O spliceossomo reconhece sequências especiais nas bordas onde os exons encontram os introns, conhecidas como sites de splicing. Quando tudo tá funcionando direitinho, o spliceossomo corta os introns e junta os exons.

Em organismos mais complexos como os humanos, há uma certa flexibilidade sobre como os sites de splicing são identificados. Essa flexibilidade permite um processo conhecido como splicing alternativo, onde um gene pode produzir vários tipos de mensagens de RNA. Mas às vezes o spliceossomo pode usar por engano sites de splicing fracos ou ignorados, chamados de sites de splicing "crípticos". Esses podem atrapalhar o funcionamento correto dos genes e das proteínas que eles produzem.

O Impacto dos Sites de Splicing Crípticos

Sites de splicing crípticos frequentemente aparecem em partes repetitivas do DNA, especialmente nos introns. Certas proteínas, conhecidas como proteínas de ligação ao RNA, ajudam a impedir que esses sites crípticos sejam usados. Por exemplo, uma proteína específica dos testículos chamada RBMXL2 foi encontrada pra prevenir a seleção de sites de splicing crípticos durante um processo de divisão celular específico conhecido como meiose. Mas não tá claro como esses sites crípticos são gerenciados em outras partes do corpo onde a RBMXL2 não é expressa.

Curiosamente, a RBMXL2 tá relacionada a outra proteína chamada RBMX, que é encontrada em vários tipos de células. Ambas as proteínas compartilham estruturas semelhantes e podem controlar o splicing. A história evolutiva dessas proteínas mostra que a RBMX já existe há milhões de anos, sugerindo que seus papéis na regulação gênica são bem estabelecidos.

O Papel da RBMX no Splicing

De forma geral, a RBMX atua como um represor de splicing nas células humanas. Isso significa que ela ajuda a evitar o uso de sites de splicing crípticos, garantindo que os exons normais sejam incluídos no produto final de RNA. Os pesquisadores estudaram os efeitos de derrubar a RBMX em uma linha de células de câncer de mama, o que lhes permitiu ver mudanças no splicing.

Quando a RBMX foi reduzida, eles observaram várias mudanças em como o RNA foi processado. Um número significativo dessas mudanças já era conhecido, mas algumas foram identificadas pela primeira vez nesse estudo. A maioria dos eventos afetados pela RBMX foi encontrada como comum entre diferentes tipos de células.

A Complexidade dos Longos Exons

Uma descoberta importante foi que a RBMX tá particularmente associada a longos exons, especialmente aqueles ligados a funções cruciais como a reparação do DNA. Longos exons, definidos como aqueles maiores que 1.000 pares de bases, incluem genes importantes que ajudam a manter a estabilidade do genoma. A presença desses longos exons pode complicar o splicing, já que podem ter sites de splicing crípticos entre sequências que promovem o splicing correto.

Os pesquisadores investigaram mais a fundo como a RBMX interage com o RNA durante o splicing. Eles criaram um sistema pra analisar onde a RBMX se liga ao RNA nas células. Essa abordagem revelou que a RBMX prefere se ligar a padrões de sequência específicos em longos exons, destacando seu papel na regulação do splicing e na prevenção do uso de sites de splicing indesejados.

RBMX e a Estabilidade Gênica

A conexão entre a RBMX e a estabilidade do genoma é significativa. Muitos genes controlados pela RBMX estão envolvidos em manter a integridade do DNA. Quando a RBMX não tá funcionando direito, isso pode levar a instabilidade no genoma. Por exemplo, foi mostrado que a RBMX tem um papel nas respostas a danos no DNA, o que é crítico pra prevenir doenças como o câncer.

O estudo descobriu que, quando a RBMX está reduzida, isso leva à produção de versões mais curtas de RNA, que podem resultar na ausência de proteína funcional. Isso foi demonstrado com o gene ETAA1, que é importante para a resposta celular a danos no DNA. Na ausência da RBMX, a versão correta da proteína ETAA1 não pôde ser produzida, contribuindo pra instabilidade no genoma.

A Conexão com Outras Proteínas

A família de proteínas relacionadas à RBMX inclui a RBMXL2 e outra proteína conhecida como RBMY. Enquanto a RBMXL2 está envolvida no splicing durante a meiose, a RBMY foi menos estudada. No entanto, descobertas iniciais sugerem que até a RBMY pode substituir a RBMX no controle do splicing em células somáticas. Isso indica que essas proteínas têm papéis semelhantes na regulação do splicing, apesar de suas funções e locais diferentes no corpo.

O Mecanismo de Controle do Splicing

Os pesquisadores propuseram um modelo pra explicar como a RBMX e seus membros da família controlam o splicing. Eles sugerem que a RBMX se liga a longos exons, impedindo o acesso a potenciais sites de splicing crípticos pela maquinaria de splicing. Essa "isolação" pode ajudar a garantir que a mensagem de RNA correta seja produzida, mantendo a função do gene intacta.

Além disso, a estrutura dessas proteínas desempenha um papel em sua função. A proteína RBMX tem uma região específica conhecida como a região desordenada C-terminal, que permite que ela interaja com RNA e outras proteínas. Essa característica é essencial pra sua função em reprimir sites de splicing crípticos. A região equivalente na RBMXL2 também parece ser necessária pra seu controle de splicing.

Perspectivas Futuras

Descobrir como a RBMX opera na regulação gênica revela insights importantes sobre como a expressão gênica é finamente ajustada. Entender esses processos pode ajudar os pesquisadores a desenvolver melhores estratégias pra lidar com doenças ligadas a erros no splicing.

Conforme a ciência avança, novas perguntas surgem sobre como proteínas semelhantes cooperam em diferentes contextos. Além disso, explorar interações entre a RBMX e outros fatores de splicing pode aumentar nosso entendimento sobre ambientes celulares complexos. Esse conhecimento é crucial pra desenvolver terapias potenciais pra doenças causadas por defeitos no splicing, que podem variar de câncer a distúrbios genéticos.

Conclusão

Em resumo, a pesquisa mostra como proteínas como a RBMX e seus parentes desempenham papéis essenciais na regulação do splicing gênico e na manutenção da estabilidade do genoma. A capacidade delas de evitar o uso de sites de splicing crípticos em longos exons destaca a complexidade da regulação da expressão gênica nas células humanas. À medida que continuamos explorando esses processos, podemos descobrir novas maneiras de combater doenças que surgem de erros de splicing.

Estudando esses mecanismos, podemos obter insights valiosos tanto sobre funções celulares normais quanto sobre as interrupções que podem levar a vários desafios de saúde. No geral, entender o equilíbrio entre a regulação do splicing e a expressão gênica é fundamental no campo da genética e biologia molecular.

Fonte original

Título: An anciently diverged family of RNA binding proteins maintain correct splicing of a class of ultra-long exons through cryptic splice site repression

Resumo: We previously showed that the germ cell specific nuclear protein RBMXL2 represses cryptic splicing patterns during meiosis and is required for male fertility. RBMXL2 evolved from the X-linked RBMX gene, which is silenced during meiosis due to sex chromosome inactivation. It has been unknown whether RBMXL2 provides a direct replacement for RBMX in meiosis, or whether RBMXL2 evolved to deal with the transcriptionally permissive environment of meiosis. Here we find that RBMX primarily operates as a splicing repressor in somatic cells, and specifically regulates a distinct class of exons that exceed the median human exon size. RBMX protein-RNA interactions are enriched within ultra-long exons, particularly within genes involved in genome stability, and repress the selection of cryptic splice sites that would compromise gene function. These similarities in overall function suggested that RBMXL2 might replace the function of RBMX during meiosis. To test this prediction we carried out inducible expression of RBMXL2 and the more distantly related RBMY protein in somatic cells, finding each could rescue aberrant patterns of RNA processing caused by RBMX depletion. The C-terminal disordered domain of RBMXL2 is sufficient to rescue proper splicing control after RBMX depletion. Our data indicate that RBMX and RBMXL2 have parallel roles in somatic tissues and the germline that must have been conserved for at least 200 million years of mammalian evolution. We propose RBMX family proteins are particularly important for the splicing inclusion of some ultra-long exons with increased intrinsic susceptibility to cryptic splice site selection.

Autores: David Elliott, C. Siachisumo, S. Luzzi, S. Aldalaqan, G. Hysenaj, C. Dalgliesh, K. Cheung, M. R. Gazzara, I. D. Yonchev, K. James, M. Kheirollahi Chadegani, I. E. Ehrmann, G. R. Smith, S. J. Cockell, J. Munkley, s. a. wilson, Y. Barash

Última atualização: 2024-05-23 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.15.553384

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.15.553384.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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