Avanços na Pesquisa de Aminoácidos Não Canônicos
Cientistas melhoram a criação de proteínas usando aminoácidos especiais.
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Os aminoácidos são os blocos de construção das Proteínas, e existem 20 padrão que nossos corpos usam. Mas os cientistas estão afim de usar um conjunto diferente de aminoácidos especiais, conhecidos como Aminoácidos não canônicos (NCAAS). Esses ncAAs permitem a criação de proteínas com funções novas e bem legais. Incorporar esses ncAAs nas proteínas pode mudar como elas se comportam, abrindo muitas possibilidades na pesquisa e na medicina.
Pra adicionar esses ncAAs nas proteínas, os cientistas precisam de sistemas especiais chamados sistemas de tradução ortogonais (OTSs). Esses sistemas são partes modificadas das células que conseguem reconhecer e usar ncAAs em vez dos normais. Até agora, mais de 400 ncAAs diferentes foram usados em experimentos, principalmente por métodos que trocam partes específicas das instruções que codificam as proteínas.
Como os NCAAs São Incorporados nas Proteínas
Um método popular pra colocar ncAAs nas proteínas envolve enganar a célula, fazendo ela pensar que um ncAA é só mais um aminoácido padrão. Isso geralmente é feito usando um código especial na sequência do gene que diz à célula pra pausar e inserir o ncAA em vez de parar. O jeito mais comum de fazer isso é manipulando um sinal específico no DNA que normalmente diz à célula pra parar de fazer a proteína, permitindo que o ncAA seja adicionado no lugar.
Apesar desses métodos, os cientistas enfrentam desafios pra tornar a incorporação de ncAAs realmente eficiente. Eles usam várias táticas, como mudar o número de cópias do OTS dentro da célula ou ajustar as partes da célula que ajudam a fazer proteínas pra tentar melhorar o processo. Mas, muitas vezes, eles descobrem que a quantidade de proteína feita com ncAAs não bate com o que é produzido naturalmente.
O Desafio de Engenheirar OTSs
Ao criar esses sistemas de tradução ortogonais, os cientistas geralmente começam usando proteínas de organismos que sobrevivem em condições extremas, como altas temperaturas. Essas proteínas são bem estáveis e aguentam muitas mudanças. Mas isso também pode significar que elas não são boas em funcionar sob condições normais, tipo temperatura ambiente.
Por exemplo, ao usar uma certa proteína que ajuda a adicionar ncAAs, os pesquisadores podem descobrir que precisam fazer várias mudanças na proteína pra ela aceitar novos tipos de ncAAs. Isso pode ser um processo complicado e demorado, deixando os cientistas com sistemas que não funcionam tão bem quanto gostariam.
Descobrindo Melhores Opções
Algumas proteínas, como as de um organismo que ama frio, parecem ter um padrão diferente. A estrutura dessas proteínas permite que elas trabalhem com uma variedade maior de substratos sem precisar de tantas mudanças. Isso pode ser uma grande sacada pros cientistas, já que significa que eles podem não precisar depender dessas proteínas estáveis ao calor que são mais difíceis de trabalhar.
Focando em proteínas de um organismo chamado Methanococcoides burtonii, os pesquisadores encontraram uma variante de proteína que funciona muito melhor em temperatura ambiente. Testes mostraram que essa nova proteína não só era mais eficaz, mas também melhor em reconhecer diferentes tipos de ncAAs.
Avaliando a Nova Proteína
Depois de identificar essa proteína promissora, os pesquisadores fizeram testes pra comparar quão bem ela conseguia incorporar ncAAs nas proteínas em comparação com outras. Em vários experimentos, eles descobriram que essa nova proteína consistently superou as tradicionais. Isso significa que os cientistas poderiam criar proteínas contendo ncAAs muito mais fácil e eficientemente.
Uma das descobertas mais legais foi que em testes onde múltiplos ncAAs foram usados juntos, essa nova proteína ainda mostrou uma eficiência excelente. Isso é super interessante porque dá aos cientistas oportunidades de criar proteínas mais complexas que poderiam ter várias características adicionadas ao mesmo tempo.
Implicações para a Pesquisa
As descobertas feitas usando a nova proteína podem mudar como os cientistas fazem seu trabalho, especialmente em áreas como bioengenharia e biologia sintética. Permitindo um uso mais eficiente de ncAAs, os pesquisadores poderiam criar uma gama mais ampla de proteínas funcionais. Isso poderia levar a avanços no desenvolvimento de medicamentos, onde proteínas customizadas que funcionam melhor em tratar doenças poderiam ser feitas.
Além disso, com a capacidade de usar menos recursos pra conseguir os mesmos resultados, os custos da pesquisa podem diminuir, permitindo que mais projetos sejam concluídos. Isso pode impulsionar a inovação em várias áreas, incluindo medicina, agricultura e ciência dos materiais.
Próximos Passos na Pesquisa
Com os novos insights obtidos a partir do uso da proteína adaptada ao frio, os cientistas estão procurando maneiras de continuar melhorando os sistemas que permitem o uso de ncAAs. Isso envolve testar mais proteínas de outros organismos que amam frio pra ver se conseguem descobrir variantes ainda mais eficientes.
Os pesquisadores também estão explorando como essas proteínas podem ser combinadas com outras ferramentas celulares pra expandir os limites do que é possível na engenharia proteica. À medida que eles coletam mais informações e refinam seus métodos, a esperança é desenvolver sistemas que possam produzir proteínas com uma gama ainda mais ampla de características úteis.
Conclusão
A exploração dos aminoácidos não canônicos e dos sistemas que permitem sua incorporação é uma área empolgante da ciência. Ao mudar o foco pra proteínas de organismos que vivem em ambientes mais frios, os pesquisadores conseguiram descobrir maneiras mais eficazes de produzir proteínas com novas funções. Conforme as técnicas científicas avançam, isso provavelmente abrirá avenidas fascinantes para a pesquisa e aplicações práticas. Esse trabalho não só melhora nossa compreensão da função e evolução das proteínas, mas também traz benefícios práticos pra pesquisa e indústria, levando a novas descobertas e inovações.
Título: "Cold" Orthogonal Translation by Psychrophilic Pyrrolysyl-tRNA Synthetase Boosts Genetic Code Expansion
Resumo: Using orthogonal translation systems (OTSs) is the most efficient way to produce unnatural proteins by incorporating non-canonical amino acids (ncAAs) into the genetic code. Traditionally, efforts to expand substrate specificity start with a (hyper-)stable enzyme capable of withstanding the structural changes resulting from necessary mutations. However, we adopt a radically different approach by starting with an enzyme that evolved to cope with instability, potentially offering resilience to mutations. By engineering a psychrophilic ("cold") OTS from Methanococcoides burtonii, we developed an alternative to the commonly used mesophilic and thermophilic systems. This OTS exhibited remarkable in vivo efficiency and promiscuity, even at very low ncAA concentrations. Given the broad range of applicable host organisms, we anticipate that Cold-OTS will significantly advance the transformation of the expanded genetic code from an academic discipline into a high-value chemistry-driven biotechnology.
Autores: Nediljko Budisa, N. G. Koch, P. Goettig, J. Rappsilber
Última atualização: 2024-06-02 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.05.23.541947
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.05.23.541947.full.pdf
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