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Avaliando as Necessidades de Amostragem em Estudos de Biodiversidade

Uma nova ferramenta ajuda os pesquisadores a definir os esforços de amostragem necessários para dados precisos de biodiversidade.

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Quando os pesquisadores estudam a natureza, eles geralmente precisam coletar Dados sobre diferentes Espécies e seus ambientes. Um fator crucial nesse processo é o Tamanho da amostra, ou seja, o número de observações individuais que eles juntam. Um tamanho de amostra maior pode dar estimativas mais precisas e tornar os testes estatísticos mais poderosos. No entanto, coletar mais Amostras muitas vezes leva mais tempo e dinheiro.

Planejar um estudo geralmente envolve estimar quanto de amostragem será necessário. Os pesquisadores podem se basear em experiências passadas, no desenho do experimento ou até fazer simulações para descobrir isso.

Estudando Padrões de Biodiversidade

Um tipo comum de dado coletado é a ocorrência de espécies, que basicamente significa notar se as espécies estão presentes ou ausentes em certas áreas. Essas informações podem ajudar em vários estudos, como determinar quais habitats são adequados para certas espécies, entender como as espécies estão distribuídas em diferentes áreas e informar os esforços de conservação.

A prevalência, ou a taxa de ocorrência, é uma medida frequentemente usada em estudos sobre doenças e parasitas. Aqui, é descrita como a proporção média de hospedeiros que têm uma certa espécie parceira, como um simbiótico.

A Necessidade de Tamanhos de Amostra Maiores

Geralmente, ter um tamanho de amostra grande é melhor para descobrir com que frequência certas espécies aparecem. No entanto, a relação entre tamanho da amostra e precisão não é tão simples. Às vezes, os pesquisadores podem não precisar amostrar exaustivamente para ter uma boa representação da comunidade que estão estudando. A incerteza em estimar com que frequência as espécies ocorrem diminui rapidamente assim que um número mínimo de amostras é coletado. Para muitos estudos, cerca de 10 a 20 indivíduos podem ser suficientes para dados confiáveis.

Em situações onde aumentar o tamanho da amostra é desafiador devido a tempo, financiamento ou a dificuldade de encontrar espécies específicas, saber se a amostragem atual é suficiente se torna essencial. Existem métodos estatísticos disponíveis para ajudar a gerenciar tamanhos de amostra pequenos ou desiguais, além de ferramentas específicas que podem prever quanto esforço de amostragem será necessário.

Apresentando o SAMPLE: Um Pacote R

Para facilitar a estimativa do esforço de amostragem necessário, foi criado um novo pacote R chamado SAMPLE. Essa ferramenta permite que os pesquisadores avaliem se seu esforço atual de amostragem é suficiente ou se algumas espécies não estão representadas adequadamente em seus dados. Sua simplicidade significa que pode ser usado em campo, o que é uma grande vantagem.

O SAMPLE vem com configurações padrão que funcionam bem para a maioria dos usuários, mas que podem ser ajustadas de acordo com as necessidades específicas do estudo. Os pesquisadores podem aplicar esse pacote a vários tipos de ambientes, seja em terra ou no mar.

Testando o SAMPLE com Dados Simulados

Para checar se o SAMPLE funciona como esperado, os pesquisadores usaram dados simulados sobre hospedeiros e seus simbióticos. Eles criaram diferentes cenários com vários tamanhos populacionais e taxas de prevalência. Para cada combinação, mudaram o número de réplicas para ver como isso afetava os resultados.

Os testes mostraram que, na maioria das vezes, as taxas estimadas estavam dentro de 1% das taxas reais. Isso significa que as pessoas podem confiar nas estimativas fornecidas pelo SAMPLE. A necessidade de amostras variou com base no tamanho da população e na taxa de prevalência, mas, em média, descobriu-se que cerca de 32 amostras eram necessárias.

Os resultados mostraram que ter um número maior de réplicas frequentemente levava a precisar de mais amostras, o que é crucial ao planejar um estudo.

Aplicando o SAMPLE a Dados Reais

O SAMPLE também foi testado com dados reais de um estudo no Caribe envolvendo corais e sua fauna associada. Os pesquisadores coletaram dados de vários locais para determinar quantos corais eram necessários para estimar a prevalência dos simbióticos que eles hospedavam.

O teste foi realizado em várias espécies de corais e seus companheiros. Ao aplicar o SAMPLE a esses dados reais, descobriram quantas amostras de corais eram necessárias para obter estimativas precisas das taxas de prevalência dos simbióticos.

O programa produz saídas visuais onde cada painel representa uma espécie diferente. Isso inclui as taxas de prevalência estimadas e o número de amostras necessárias para obter essas taxas. Se um certo número de amostras não for suficiente, isso é indicado visualmente, o que ajuda os pesquisadores a decidirem se precisam coletar mais dados.

A Necessidade de Estimativas Precisão

Estimativas precisas da ocorrência ou prevalência das espécies são críticas na ecologia. Tamanhos de amostra maiores tendem a dar resultados mais confiáveis. No entanto, reunir muitas amostras nem sempre é possível devido a vários desafios, como locais de difícil acesso, limitações de tempo e a raridade das espécies.

Entender se as amostras coletadas são adequadas para uma estimativa confiável é crucial, especialmente quando o tempo e os fundos são limitados. O SAMPLE tem como objetivo esclarecer essa incerteza informando os usuários sobre o número mínimo de amostras necessárias ou indicando se mais amostragem é necessária.

Mesmo que os dados atuais não sejam suficientes, o programa ainda pode oferecer insights. Ele fornece visuais que mostram quão próximas as estimativas podem estar de se estabilizar, dando aos pesquisadores uma ideia melhor de seus próximos passos.

Detectando a Estabilização Precoce das Taxas de Prevalência

Uma característica do SAMPLE é que ele pode identificar quando a taxa de prevalência dos simbióticos está se estabilizando. Isso ajuda os pesquisadores a saber se os resultados que estão vendo provavelmente mudariam se mais dados fossem coletados. No entanto, há uma chance de que rodar a análise várias vezes possa produzir resultados variados devido à aleatoriedade inerente ao processo.

O programa permite que os usuários ajustem parâmetros, possibilitando ajustar quão rígidas ou flexíveis as estimativas são. Pequenas variações nas taxas de prevalência podem não ser significativas em um contexto ecológico, e as simulações mostraram que essa variação geralmente era inferior a 1%.

No fim das contas, os pesquisadores devem avaliar quais valores são mais importantes para seus estudos específicos. Eles podem olhar os resultados das simulações para entender como alterações nos parâmetros poderiam afetar seus resultados.

Equilibrando Flexibilidade e Conhecimento

Uma força do SAMPLE é sua flexibilidade em definir parâmetros, permitindo que os pesquisadores personalizem a ferramenta de acordo com suas necessidades. No entanto, essa mesma flexibilidade também pode levar a desafios se um usuário não estiver familiarizado com suas espécies ou o contexto do estudo. Usar valores padrão é frequentemente uma aposta segura para a maioria dos estudos.

Como em qualquer processo de estimativa que envolve amostragem, sempre haverá algum grau de variação. Uma maneira comum de contornar isso é rodar a análise várias vezes para chegar a conclusões mais confiáveis. Pode ser aconselhável rodar análises pelo menos cinco vezes para ter uma imagem mais clara do que está acontecendo.

Flutuações nas Taxas de Prevalência

É importante notar que as taxas nas quais os simbióticos ocorrem em seus hospedeiros podem mudar ao longo do tempo e em diferentes locais. Por exemplo, ao olhar para o mesmo hospedeiro e simbiótico, mas em diferentes profundidades, o SAMPLE pode mostrar diferentes taxas de prevalência, indicando que fatores ambientais desempenham um papel significativo.

Essas variações também podem ocorrer ao examinar espécies semelhantes que estão intimamente relacionadas entre si. Entender os fatores que influenciam essas mudanças é essencial para pesquisadores que buscam compreender a dinâmica dentro dos ecossistemas.

Em conclusão, o SAMPLE é uma ferramenta útil para ecologistas que buscam estimar quantas amostras precisam coletar em seus estudos. Ao utilizar este pacote, os pesquisadores podem garantir que seus esforços de amostragem sejam eficazes e que a coleta de dados leve a conclusões significativas sobre biodiversidade e interações entre espécies.

Fonte original

Título: SAMPLE: an R package to estimate sampling effort for species' occurrence rates.

Resumo: Species occurrence rates are the backbone of many ecological studies. Sampling of species occurrence, however, can come with challenges and might prove more difficult than anticipated. Logistical difficulties, limited funds or time, elusiveness or rarity of species and difficult sampling environments are all examples of scenarios that might contribute to (undesired) small sample sizes. In order to help circumvent some of these difficulties and uncertainties, we present SAMPLE, an R package that aims to inform the user whether the amount of sampling conducted is enough to accurately estimate the occurrence rate of species. We use a simulation approach to help verify the accuracy of the package and to help guide the user in choosing the most appropriate values for the available parameters. Moreover, we provide a real data set where we used SAMPLE to estimate the occurrence rate of various coral-dwelling species on their hosts and the minimum number of samples required for an accurate estimation. This provided example data set includes closely related host species, single or multiple symbionts on a single host coral taxon, and data points obtained from different depths to illustrate how occurrence rates can vary depending on the provided input. Due to its simplicity and easiness of use, this package allows for users to run it whilst in the field to estimate if sampling is sufficient or if the sampling approach needs to be adapted for a particular species. We hope that this package proves itself useful to users that need to estimate occurrence or prevalence rates of species and do not always have the possibility to obtain large sample sizes.

Autores: Yacine Ben Chehida, H. Bravo, S. E. T. van der Meij

Última atualização: 2024-06-11 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.10.598212

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.10.598212.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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