Melhorando o Reconhecimento de Entidades em Textos Biomédicos
Esse artigo apresenta um método pra melhorar o reconhecimento de entidades em textos biomédicos.
― 5 min ler
Índice
- Declaração do Problema
- Nossa Abordagem
- Aumento de Conhecimento
- Experimentação com Estratégias de Prompting
- Conjuntos de Dados Usados
- Avaliação dos Modelos de Linguagem
- Resultados dos Experimentos
- Importância das Estratégias de Prompting
- Influência das Definições
- Avaliação das Fontes de Definição
- Desafios e Limitações
- Direções Futuras
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Entender e extrair informações específicas de textos Biomédicos pode ser bem complicado. Esses textos costumam ter termos especializados com os quais muitos modelos de linguagem geral têm dificuldade. Neste artigo, a gente discute uma nova abordagem pra melhorar a capacidade dos modelos de linguagem de reconhecer entidades importantes em textos biomédicos, especialmente quando tem pouco dado de treinamento disponível.
Declaração do Problema
Os modelos de linguagem, apesar de serem avançados, muitas vezes não conseguem reconhecer entidades nomeadas em textos biomédicos por causa da terminologia complexa. Esses modelos podem se sair bem em contextos gerais, mas quando se trata de áreas específicas como a biomedicina, o desempenho deles pode ser decepcionante. A presença de um vocabulário especializado exige um nível de conhecimento de especialista, que pode ser difícil de encontrar. Isso torna complicado criar dados de treinamento suficientes, já que obter dados rotulados pode ser caro e demorado.
Nossa Abordagem
Pra lidar com esse problema, a gente propõe uma estratégia que incorpora Definições de conceitos biomédicos relevantes no processamento dos textos. Isso envolve um método onde as definições são utilizadas em tempo real, ou seja, elas são integradas ao processo de extração enquanto acontece. Ao fornecer essas definições, nosso objetivo é melhorar o desempenho do modelo ao reconhecer e extrair entidades de textos biomédicos.
Aumento de Conhecimento
Nosso método foca em aprimorar as capacidades do modelo através do aumento de conhecimento. Isso significa adicionar conhecimento relevante – especificamente, definições de termos biomédicos – no momento do processamento. Acreditamos que apresentar essa informação adicional pode permitir que o modelo se adapte melhor ao domínio biomédico.
Experimentação com Estratégias de Prompting
Pra testar nossa ideia, fizemos uma série de experimentos usando várias estratégias de prompting. Isso envolveu criar uma estrutura pra avaliar quão bem diferentes modelos de linguagem conseguiam lidar com tarefas de Reconhecimento de Entidades Nomeadas biomédicas. Usamos uma coleção de conjuntos de dados biomédicos pra avaliar o desempenho dos modelos e checar quais estratégias de prompting eram mais efetivas.
Conjuntos de Dados Usados
Um aspecto importante da nossa abordagem foi a seleção dos conjuntos de dados. Utilizamos um conjunto de seis conjuntos de dados de reconhecimento de entidades nomeadas biomédicas que variavam em dificuldade. Essa seleção nos permitiu avaliar os modelos sob diferentes condições e testar a eficácia da nossa estratégia de aumento de conhecimento em uma variedade de tarefas.
Avaliação dos Modelos de Linguagem
Comparamos vários modelos de linguagem de ponta, tanto de código aberto quanto fechado, pra ver como eles se saíam nas tarefas de reconhecimento de entidades nomeadas biomédicas. Essa avaliação foi fundamental pra entender onde nossa abordagem poderia trazer melhorias em relação aos métodos existentes.
Resultados dos Experimentos
Nossos experimentos trouxeram resultados promissores. A adição de definições levou a um aumento notável no desempenho. Por exemplo, um dos modelos mostrou uma melhora média de 15% quando as definições foram incluídas nos prompts. Essa descoberta sugere que integrar definições diretamente no processo de extração pode melhorar significativamente a capacidade dos modelos de reconhecer entidades importantes em textos biomédicos.
Importância das Estratégias de Prompting
Além de apenas adicionar definições, descobrimos que como apresentamos os prompts era crucial. Diferentes estratégias pra formular prompts geraram resultados variados. Exploramos tanto prompts de etapa única quanto prompts iterativos, onde o modelo revisava suas saídas com base nas definições fornecidas. A abordagem iterativa, em particular, permitiu que o modelo fizesse correções uma entidade de cada vez, o que parecia trazer resultados melhores.
Influência das Definições
Um dos principais componentes da nossa pesquisa foi avaliar como a qualidade e relevância das definições impactavam o desempenho do modelo. Descobrimos que usar definições bem elaboradas de fontes biomédicas confiáveis trazia melhores resultados do que usar definições vagas ou não relacionadas.
Avaliação das Fontes de Definição
Avaliamos definições de várias fontes, incluindo bancos de dados de terminologia biomédica estabelecidos. Os resultados mostraram que definições dessas fontes confiáveis proporcionavam os maiores aumentos de desempenho, indicando a importância de usar informações credíveis.
Desafios e Limitações
Apesar dos avanços, vários desafios ainda existem. A dependência de definições elaboradas por especialistas pode ser uma limitação, especialmente pra tarefas fora do domínio biomédico. Além disso, embora nossa abordagem tenha mostrado resultados promissores, ela ainda se concentrou predominantemente em conjuntos de dados em inglês, deixando questões sobre sua aplicabilidade a outras línguas ou domínios.
Direções Futuras
Nossa pesquisa abre várias avenidas pra futuras explorações. Embora tenhamos nos concentrado principalmente no reconhecimento de entidades nomeadas biomédicas, os princípios subjacentes do aumento de conhecimento poderiam ser aplicados a outras áreas também. Estudos futuros poderiam investigar como essa abordagem se sai em diversos domínios, línguas e tarefas, particularmente em áreas onde o conhecimento especializado é limitado ou difícil de obter.
Conclusão
Resumindo, nosso trabalho demonstra que incorporar definições no processo de reconhecimento de entidades nomeadas biomédicas pode levar a melhorias significativas no desempenho do modelo. Ao melhorar os modelos de linguagem com conhecimento relevante e prompts cuidadosamente elaborados, acreditamos que podemos fechar a lacuna na compreensão de textos biomédicos especializados. Nossas descobertas sugerem que essa abordagem pode abrir caminho pra uma melhor extração de informações em áreas mais especializadas, melhorando a eficácia geral dos modelos de linguagem em tarefas complexas.
Título: On-the-fly Definition Augmentation of LLMs for Biomedical NER
Resumo: Despite their general capabilities, LLMs still struggle on biomedical NER tasks, which are difficult due to the presence of specialized terminology and lack of training data. In this work we set out to improve LLM performance on biomedical NER in limited data settings via a new knowledge augmentation approach which incorporates definitions of relevant concepts on-the-fly. During this process, to provide a test bed for knowledge augmentation, we perform a comprehensive exploration of prompting strategies. Our experiments show that definition augmentation is useful for both open source and closed LLMs. For example, it leads to a relative improvement of 15\% (on average) in GPT-4 performance (F1) across all (six) of our test datasets. We conduct extensive ablations and analyses to demonstrate that our performance improvements stem from adding relevant definitional knowledge. We find that careful prompting strategies also improve LLM performance, allowing them to outperform fine-tuned language models in few-shot settings. To facilitate future research in this direction, we release our code at https://github.com/allenai/beacon.
Autores: Monica Munnangi, Sergey Feldman, Byron C Wallace, Silvio Amir, Tom Hope, Aakanksha Naik
Última atualização: 2024-04-23 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2404.00152
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2404.00152
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao arxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.
Ligações de referência
- https://huggingface.co/allenai/specter2
- https://platform.openai.com/
- https://console.anthropic.com/
- https://api.together.xyz/
- https://github.com/allenai/beacon
- https://ctan.org/pkg/geometry
- https://ctan.org/pkg/lipsum
- https://ctan.org/pkg/graphicx
- https://www.latex-project.org/help/documentation/encguide.pdf
- https://biocreative.bioinformatics.udel.edu/