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# Ciências da saúde# Medicina genetica e genomica

Avanços em Testes Genéticos para Distúrbios Imunes

Novos métodos de teste genético revelam informações sobre erros inatos de imunidade.

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Erros inatos de imunidade (IEI) são um grupo de doenças causadas por mudanças em genes únicos que atrapalham o funcionamento do sistema imunológico. Essas condições podem levar a vários problemas de saúde, incluindo aumento do risco de infecções, problemas autoimunes, alergias e até cânceres. Embora cada tipo de IEI seja raro, existem muitos tipos diferentes, com mais de 485 genes ligados a essas condições.

O Papel do Teste Genético

O teste genético é super importante para identificar IEI. Um método, chamado sequenciamento do exoma (ES), permite que os cientistas analisem todos os genes no DNA de uma pessoa. Essa técnica se tornou mais eficiente graças aos avanços na tecnologia e nos métodos de análise. Novas descobertas mostram que muitos casos recentes envolvem mudanças em genes que aparecem de repente (conhecidas como mutações de novo) ou ocorrem nas células do corpo em vez de nos óvulos ou espermatozoides (chamadas de mutações somáticas).

Obter um diagnóstico genético rápido pode ajudar os pacientes a evitar longas esperas por respostas e permite uma melhor gestão da condição. Também fornece informações importantes para as famílias sobre os riscos genéticos.

Desafios Atuais no Teste Genético

Apesar de todos os avanços, a taxa de sucesso do teste genético usando sequenciamento do exoma é de apenas cerca de 30%. Isso significa que muitos pacientes não recebem uma resposta clara sobre sua condição. As razões para essa lacuna podem ser atribuídas às limitações da tecnologia, que muitas vezes tem dificuldade em detectar certos tipos de mudanças genéticas, como variações estruturais e regiões não codificantes do DNA.

Além disso, mesmo quando as mudanças são identificadas, interpretar seu significado pode ser complicado. A maioria dos testes genéticos foca em genes bem conhecidos relacionados a doenças, o que pode limitar as opções para variantes menos comuns que também podem afetar a saúde do paciente.

Uma abordagem para melhorar as Taxas de Diagnóstico é revisar dados genéticos anteriores usando conhecimentos atualizados e ferramentas melhores. Pesquisas mostraram que reanalisar resultados de testes existentes pode levar a novos diagnósticos em pacientes com outros distúrbios genéticos. No entanto, ainda não está claro quão eficaz isso seria para pessoas com IEI.

Esforços de Pesquisa Recentes

Em um estudo recente, pesquisadores investigaram os benefícios de reanalisar dados genéticos de um grande grupo de pacientes com IEI em um centro médico. Eles revisitaram os dados de 1.300 pacientes após um período médio de cerca de quatro anos após os testes iniciais.

Durante essa reanálise, os pesquisadores atualizaram os dados genéticos usando um método refinado que incluía um painel de genes mais abrangente e um sistema melhorado para avaliar mudanças genéticas. Eles revisaram manualmente as Variantes Genéticas para classificá-las corretamente com base em seu impacto potencial na saúde.

Visão Geral do Grupo de Pacientes

O estudo envolveu pacientes suspeitos de ter IEI que fizeram testes genéticos em um centro médico entre 2013 e 2021. Os pesquisadores obtiveram consentimento dos pacientes e suas famílias para analisar seus dados genéticos para este estudo.

A maioria dos pacientes era adulta, e seus registros médicos forneceram informações detalhadas sobre suas condições de saúde. A equipe categorizou os pacientes com base em diretrizes estabelecidas para ajudar na análise e manejo dos dados.

O Processo de Sequenciamento do Exoma

O sequenciamento do exoma envolve analisar o DNA obtido de sangue ou outros tecidos para identificar mudanças nos genes. Neste estudo, os pesquisadores usaram tecnologias de sequenciamento avançadas para coletar dados sobre a composição genética de cada paciente. Eles verificarão a qualidade dos dados para garantir resultados precisos.

Os pesquisadores analisaram os dados através de uma série de etapas automatizadas, incluindo mapear sequências de DNA para um genoma de referência e identificar variações. Eles também procuraram padrões nos dados genéticos para detectar duplicações ou deleções de segmentos de DNA, conhecidos como variantes de número de cópia (CNVs).

Reanalisando os Dados

Os pesquisadores queriam ver se reanalisar os dados genéticos levaria a novos diagnósticos para pacientes que não tinham recebido diagnóstico anteriormente. Eles organizaram um processo sistemático para filtrar e interpretar as variantes genéticas encontradas durante a primeira análise. Isso incluía procurar por mudanças raras nos genes e verificar se essas mudanças poderiam explicar os problemas de saúde dos pacientes.

Para a reanálise, eles dividiram as mudanças genéticas em várias categorias com base em conhecimentos atualizados sobre os genes e suas ligações potenciais a problemas de saúde.

As Descobertas da Reanálise

Depois de reanalisar os dados, os pesquisadores identificaram variantes genéticas adicionais em 60 dos 1.146 pacientes que não tinham recebido nenhum diagnóstico anteriormente. Isso correspondeu a cerca de 5,2% desses pacientes. A maioria dessas descobertas adicionais foi classificada como significativa após revisão por especialistas, o que significa que provavelmente impactará a saúde dos pacientes.

No total, 24 pacientes receberam um diagnóstico claro a partir da reanálise, enquanto 22 foram identificados com variantes que tinham efeitos incertos. Isso aumentou a taxa de diagnóstico geral da primeira análise de 11,8% para 15,2%, mostrando que revisitar dados genéticos pode realmente ser benéfico.

A Importância das Descobertas

A descoberta de que quase metade das variantes adicionais estava ligada a novos genes não incluídos nas análises anteriores enfatiza a necessidade de atualizações contínuas no conhecimento genético. Muitas dessas novas variantes foram consideradas importantes o suficiente para justificar investigações adicionais ou implicações diretas para o cuidado do paciente.

O estudo também demonstrou que a capacidade de reclassificar variantes examinadas anteriormente com base em novas descobertas levou a muitos dos novos diagnósticos. Isso sugere que a educação contínua e as atualizações na área de genética são cruciais para diagnosticar com precisão doenças raras.

Analisando Variantes Genéticas Específicas

A equipe de pesquisa também investigou genes específicos, como o TNFRSF13B, que está associado a deficiências de anticorpos. Eles encontraram certas mudanças genéticas nesse gene mais comuns entre pacientes com problemas imunológicos específicos. Essas descobertas fornecem insights valiosos sobre as ligações entre essas variantes genéticas e as apresentações clínicas dos pacientes.

Direções Futuras na Pesquisa Genética

Avançando, o estudo destaca várias oportunidades para melhorar o teste genético e o cuidado dos pacientes. A reanálise regular dos dados genéticos deve se tornar uma prática padrão, especialmente dada a rapidez com que novos insights genéticos se desenvolvem. Essa abordagem permite que os profissionais de saúde se mantenham atualizados e potencialmente encontrem respostas para pacientes que anteriormente não foram diagnosticados.

Além disso, o uso de tecnologias mais avançadas, como sequenciamento do genoma e melhores ferramentas de bioinformática, pode melhorar a qualidade dos dados obtidos durante os testes genéticos. Os pesquisadores defendem a incorporação dessas técnicas nos cuidados de rotina para melhorar as taxas de diagnóstico.

Por fim, a colaboração entre instituições e o compartilhamento de dados entre pesquisadores são críticos para descobrir novas informações sobre doenças raras. Trabalhando juntos, os profissionais de saúde podem obter uma compreensão mais abrangente das variações genéticas e seu papel na saúde e na doença.

Conclusão

Os erros inatos de imunidade representam uma área complexa e em evolução da pesquisa médica. A capacidade de diagnosticar essas condições depende muito dos avanços em testes e análises genéticas. A reanálise contínua dos dados genéticos não apenas ajuda a identificar novos diagnósticos, mas também enfatiza a importância da colaboração e do aprendizado contínuo na área.

À medida que os pesquisadores continuam a explorar a base genética dessas condições, o potencial de melhorar os resultados dos pacientes através de diagnósticos rápidos e precisos aumenta. Compreendendo a interação entre genética e função imunológica, a comunidade médica pode abordar melhor as necessidades de pacientes com erros inatos de imunidade e ajudá-los a alcançar melhores resultados de saúde.

Fonte original

Título: Clinical exome sequencing data from patients with inborn errors of immunity: cohort level meta-analysis and the benefit of systematic reanalysis

Resumo: While next generation sequencing has expanded the scientific understanding of Inborn Errors of Immunity (IEI), the clinical use of exome sequencing is still emerging. We performed a cohort level meta-analysis by revisiting clinical exome data from 1,300 IEI patients using an updated in-silico gene panel for IEI. Variants were classified and curated through expert review. The molecular diagnostic yield after standard exome analysis was 11.8%. A systematic reanalysis resulted in the identification of variants of interest in 5.2% of undiagnosed patients, of which 75.4% were (candidate) disease-causing, increasing the molecular diagnostic yield to 15.2%. We find a high degree of actionability in IEI patients with a genetic diagnosis (76.4%). Despite the modest absolute diagnostic gain, these data support the benefit of iterative exome reanalysis in patients with IEI conveying the notion that our current understanding of genes and variants involved in IEI is by far not saturated.

Autores: Alexander Hoischen, E. E. Vorsteveld, C. I. van der Made, S. P. Smeekens, J. H. Schuurs-Hoeijmakers, G. Astuti, H. Diepstra, C. Gilissen, E. Hoenselaar, A. Janssen, K. Roozendaal, J. Sikkema-vanEngelen, W. Steyaert, M. M. Weiss, H. Ijntema, T. Mantere, M. S. AlZahrani, K. van Aerde, B. Derfalvi, E. A. Faqeih, S. S. V. Henriet, E. van Hoof, E. Idressi, T. B. Issekutz, M. Jongmans, R. Keski-Filpulla, I. Krapels, M. te Loo, C. M. Mulder-Manders, J. ten Oever, J. Potjewijd, N. T. Sarhan, M. C. Slot, P. A. Terhal, H. Thijs, A. Vandersteen, E. K. Vanhoutte, F. van de Veerdonk, van W

Última atualização: 2024-06-17 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.06.14.24308832

Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.06.14.24308832.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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