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Como os Coronavírus Adaptam Seus Genes Ao Longo do Tempo

Estudo mostra como os coronavírus mantêm ou perdem genes dependendo do ambiente.

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Os coronavírus são um tipo de vírus conhecidos por terem genomas grandes de RNA, que podem variar de cerca de 27.000 a 32.000 bases. Uma característica única dos coronavírus é a habilidade de manter a precisão do Material Genético durante a replicação. Isso acontece porque eles têm um componente especial na maquinaria de cópia de RNA que corrige erros, algo que não é comum em muitos outros vírus de RNA. Esse alto nível de precisão permite que os coronavírus adicionem novas informações genéticas, como genes extras, que podem vir de outras fontes.

A teoria da evolução sugere que quando vírus de RNA, como os coronaviruses, adicionam novos genes, esses genes devem rapidamente oferecer alguns benefícios ao vírus. Se não oferecerem, é bem provável que o vírus se livrar deles. Estudos com outros vírus mostraram que material genético extra é muitas vezes perdido rapidamente se não for benéfico. No entanto, para os coronaviruses, ainda não houve pesquisa suficiente para entender totalmente como esses vírus mudam sua composição genética ao longo do tempo. A maioria dos estudos se concentrou em pequenas mudanças no código genético do vírus, em vez de alterações maiores, como adicionar ou perder genes.

Investigando o Vírus da Hepatite de Camundongo (MHV)

Para investigar como os coronaviruses se adaptam a novos genes, os pesquisadores estudaram o vírus da hepatite de camundongo (MHV). Esse vírus é um exemplo comum de betacoronavírus, a mesma família que inclui vírus responsáveis por doenças como SARS e MERS. Neste estudo, um segmento específico do código genético do MHV foi substituído por um gene de uma célula que ajuda a combater infecções virais. Com isso, os pesquisadores queriam ver o que acontecia quando esse novo gene era confrontado com diferentes desafios em células infectadas.

O gene adicionado está relacionado a uma parte da resposta imunológica chamada via OAS-RNase L, que o vírus normalmente tenta evitar. Ao inserir esse gene, os pesquisadores puderam simular um evento em que um vírus ganha um novo gene de outra fonte. Eles estavam particularmente interessados em quão bem esse novo material genético seria mantido em diferentes ambientes.

Resultados do Estudo

Os pesquisadores descobriram que o novo gene foi rapidamente perdido em certas condições onde o sistema imunológico não estava atacando ativamente o vírus. Isso era esperado, pois alinha-se com teorias anteriores sobre a tendência dos vírus de descartar informações desnecessárias quando não são úteis. No entanto, ao examinar outra parte do genoma do MHV que se esperava ser dispensável, eles descobriram que, estranhamente, foi mantida em todas as condições testadas. Isso foi surpreendente porque sugere que nem todo o material genético nos vírus se comporta como se espera.

Na verdade, mesmo quando a parte do genoma que produzia uma certa proteína se tornou inativa, ela ainda foi mantida no vírus. Essa descoberta também foi observada em outros coronaviruses, como o SARS-CoV-2, onde uma seção do vírus foi mantida, apesar de ter perdido sua função original.

Entendendo a Pressão Seletiva nos Vírus

Para entender as pressões que fazem os vírus manter ou perder genes, os pesquisadores testaram seu MHV modificado em diferentes tipos de células. Eles notaram que em um tipo de célula imunológica, o vírus modificado com o novo gene se replicava bem, enquanto em outro tipo de célula, o vírus teve dificuldades para sobreviver sem ele. Isso indicou que os ambientes das células desempenharam um papel significativo no destino do novo gene.

Com o passar do tempo, os pesquisadores continuaram a observar o vírus em ambos os tipos de células. Nas células imunológicas, o novo gene foi preservado, mas no outro tipo de célula, partes dele começaram a desaparecer. O que eles descobriram foi que a população viral nessas células rapidamente se adaptou ao seu ambiente ao perder o novo gene. Essa foi uma conclusão chave: o novo material genético só foi mantido sob condições específicas.

Análise Adicional do Comportamento Viral

O estudo também analisou se as formas como os genes mudam ao longo do tempo são diferentes entre os vários tipos de coronaviruses. Eles encontraram algumas semelhanças, mas também notaram diferenças, sugerindo que certos genes podem ter funções ocultas que são cruciais para a sobrevivência do vírus.

Um detalhe importante foi os diferentes graus de estabilidade para os diferentes genes. Por exemplo, um gene no MHV foi mantido mesmo que não estivesse mais cumprindo seu papel anterior. Isso levanta a questão de quais outras funções esse gene pode ter além de fornecer instruções para a produção de proteínas.

No caso do vírus SARS-CoV-2, que tem sido amplamente estudado, os pesquisadores notaram que algumas sequências genéticas foram mantidas mesmo depois que os vírus mutaram e deixaram de produzir certas proteínas. Isso destaca a complexidade de como os vírus evoluem, mostrando que eles podem reter genes por razões além de sua utilidade imediata.

Implicações Reais dos Resultados

As descobertas deste estudo são significativas para entender como os vírus podem evoluir e se adaptar aos seus ambientes. Saber quais genes são mantidos ou descartados pode ajudar os pesquisadores a prever como um vírus pode responder a vários tratamentos ou vacinas.

Ao focar no equilíbrio entre manter certos genes e perder outros, os cientistas estão mais preparados para lidar com infecções virais e desenvolver estratégias para controlar surtos. Isso pode levar a vacinas e terapias mais eficazes no futuro, especialmente com o surgimento de novas variantes de vírus.

Direções Futuras na Pesquisa Viral

À medida que os pesquisadores continuam a investigar como os vírus ajustam sua composição genética em resposta ao ambiente, será essencial considerar não apenas genes individuais, mas também a estrutura geral do genoma viral. Isso pode revelar padrões que informam não apenas o desenvolvimento de vacinas, mas também nossa compreensão de como as pandemias se desenrolam.

Em conclusão, a interação entre genes recém-adquiridos e pressões de seleção nos genomas virais é complexa. O estudo do MHV e de outros coronaviruses lança luz sobre os fatores envolvidos na evolução viral. Ao combinar experimentos de laboratório com análises genéticas, os cientistas podem descobrir novas percepções sobre o comportamento dos vírus e seu potencial impacto na saúde humana.

Os pesquisadores são incentivados a realizar mais estudos para ver como esses padrões se manifestam em contextos do mundo real e explorar as implicações dessas descobertas em esforços contínuos para entender e combater doenças virais.

Fonte original

Título: Hidden evolutionary constraints dictate the retention of coronavirus accessory genes

Resumo: Coronaviruses exhibit many mechanisms of genetic innovation, including the acquisition of accessory genes that originate by capture of cellular genes or through duplication of existing viral genes. Accessory genes influence viral host range and cellular tropism, but little is known about how selection acts on these variable regions of virus genomes. We used experimental evolution of mouse hepatitis virus (MHV) encoding a cellular AKAP7 phosphodiesterase and an inactive native phosphodiesterase, NS2 to model the evolutionary fate of accessory genes. After courses of serial infection, the gene encoding inactive NS2, ORF2, unexpectedly remained intact, suggesting it is under cryptic constraint uncoupled from the function of NS2. In contrast, AKAP7 was retained under strong selection but rapidly lost under relaxed selection. Experimental evolution also led to altered viral replication in a cell type-specific manner and changed the relative proportions of subgenomic viral RNA in plaque-purified viral isolates, revealing additional mechanisms of adaptation. Guided by the retention of ORF2 and similar patterns in related betacoronaviruses, we analyzed ORF8 of SARS-CoV-2, which arose via gene duplication and contains premature stop codons in several globally successful lineages. As with MHV ORF2, the coding-defective SARS-CoV-2 ORF8 gene remains largely intact, mirroring patterns observed during MHV experimental evolution, challenging assumptions on the dynamics of gene loss in virus genomes and extending these findings to viruses currently adapting to humans.

Autores: Nels C. Elde, S. A. Goldstein, T. M. Feeley, K. M. Babler, Z. A. Hilbert, D. M. Downhour, N. Moshiri

Última atualização: 2024-10-09 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.12.561935

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.12.561935.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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