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Avanços em Ferramentas Acessíveis de Detecção Genética

Novos métodos de diagnóstico têm como objetivo melhorar os testes de doenças a baixo custo.

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Nos últimos anos, os cientistas têm avançado em métodos que conseguem detectar quantidades bem pequenas de material genético. Essas técnicas de moléculas únicas são especialmente úteis em áreas como testes de doenças. Mas, geralmente, elas são caras e precisam de equipamentos complexos, o que dificulta o uso em lugares com recursos limitados.

O Desafio dos Testes no Ponto de Cuidado

Para testes rápidos feitos fora de laboratórios tradicionais, como os realizados em consultórios ou em campo, esses métodos avançados muitas vezes não servem. Uma grande dificuldade é que muitas técnicas atuais precisam de ferramentas especiais para amplificar os sinais ou detectar moléculas individuais. Por exemplo, detectar marcadores genéticos específicos usando luz geralmente exige máquinas muito caras.

Novas Técnicas para Melhor Detecção

Recentemente, pesquisadores desenvolveram novas metodologias para melhorar a detecção dessas pequenas quantidades de material genético, especialmente para bactérias sérias que podem causar doenças. A abordagem envolve usar estruturas minúsculas feitas de DNA que ajudam a capturar e amplificar sinais do material genético. Essas estruturas podem ser alimentadas por dispositivos simples como microscópios de smartphones, tornando-as mais acessíveis no dia a dia.

Simplificando a Detecção para Uso no Mundo Real

O objetivo dessas novas técnicas é torná-las acessíveis e fáceis de usar, permitindo que os testes aconteçam fora de laboratórios especializados. O problema tradicional não é só encontrar moléculas únicas, mas encontrar todas elas em uma amostra. Por exemplo, em uma pequena quantidade de sangue, você pode conseguir detectar apenas algumas moléculas. Contar apenas com o movimento natural das moléculas para chegar às áreas de detecção não é prático.

Para contornar isso, muitos métodos de detecção optam por pré-concentrar amostras ou usar técnicas que multiplicam o número de moléculas presentes. Um método que teve um impacto significativo é o PCR digital, que envolve dividir amostras em muitas partes pequenas para verificar se moléculas-alvo estão presentes. Essa técnica funciona bem, mas é limitada pela necessidade de pessoal treinado e máquinas avançadas, especialmente em áreas com poucos recursos.

Apresentando o NACHOS-diagnostics

Baseando-se nessas ideias, os pesquisadores criaram uma nova ferramenta chamada NACHOS-diagnostics que consegue detectar material genético sem precisar de amplificação. Essa ferramenta foca em sequências específicas de DNA ligadas a bactérias resistentes a antibióticos, conhecidas por causar problemas sérios de saúde.

O NACHOS usa estruturas minúsculas chamadas Nanoantenas que capturam e amplificam sinais, permitindo a detecção de moléculas únicas usando equipamentos ópticos básicos. Esse método mostra potencial para detectar DNA em concentrações muito baixas.

Superando Desafios de Detecção

Ao testar com concentrações muito baixas de material genético, os sistemas enfrentam grandes desafios como ruído de fundo e longos tempos de resposta. As NanoAntenas ajudam a aumentar a força do sinal, o que ajuda a diferenciar sinais reais do ruído. Para melhorar a velocidade e eficiência da detecção, os pesquisadores combinaram várias abordagens inovadoras.

Ajustando o design das NanoAntenas, usando Microfluídica para controlar o fluxo de líquidos e criando um software que processa os sinais, eles elaboraram uma abordagem em múltiplas etapas para alcançar alta sensibilidade.

Otimizando as NanoAntenas

Ao desenvolver essas NanoAntenas, a equipe focou em criar um design que permite mais fios de captura para ligar o material genético. Com ajustes feitos nas estruturas, eles conseguiram melhorar significativamente o desempenho.

A equipe também garantiu que as NanoAntenas pudessem ser arranjadas perto umas das outras numa superfície sem formar aglomerados indesejados. Isso envolveu usar técnicas especiais para posicionar essas estruturas minúsculas com precisão numa superfície.

Criando um Leitor de Fluorescência

Para tornar a detecção de moléculas mais simples, um novo leitor de fluorescência foi criado. Esse leitor consegue manipular amostras de forma eficiente e tem uma visão ampla para contar as moléculas capturadas pelas NanoAntenas.

Usando fontes de luz comuns, o leitor pode identificar moléculas únicas ampliadas pelas NanoAntenas. Isso permite uma distinção mais clara do ruído de fundo, aumentando a precisão na medição das moléculas-alvo.

Usando Microfluídica para Melhorar o Desempenho

O design inclui um chip microfluídico que direciona as amostras sobre as NanoAntenas, aumentando as chances de capturar moléculas-alvo. Essa técnica de fluxo permite uma melhor ligação das moléculas e pode levar a um aumento de dez vezes na quantidade de moléculas capturadas.

Experimentos mostraram que essa combinação de NanoAntenas e microfluídica resulta em detecção sensível e eficiente de baixas concentrações-alvo.

Alcançando Alta Sensibilidade

Com todos esses elementos funcionando juntos, os pesquisadores conseguiram atingir limites de detecção extremamente baixos, capazes de identificar concentrações na faixa attomolar. Esse nível de sensibilidade é crucial para o diagnóstico precoce de infecções ou outros problemas de saúde.

O sistema consegue capturar moléculas únicas e também medir quantidades maiores, demonstrando as vantagens desse método de detecção flexível.

Aumentando a Estabilidade com Silicificação

Um desafio para o sistema de detecção vem de fluidos biológicos, que podem interferir nas medições. Para combater isso, os pesquisadores desenvolveram um processo chamado silicificação.

Silicificação envolve revestir as NanoAntenas com sílica, tornando-as mais estáveis e resistentes à degradação por enzimas encontradas em fluidos corporais. Esse revestimento não interfere com a capacidade das NanoAntenas de capturar fios-alvo.

Testando em Fluidos Reais

As NanoAntenas silicificadas foram testadas em plasma sanguíneo humano, que é um meio comum para testes médicos. Os resultados mostraram que elas ainda conseguem operar de forma eficaz mesmo competindo com muitas substâncias diferentes presentes no plasma.

Ao lavar cuidadosamente as amostras e reintroduzir os fios-alvo, o sistema conseguiu manter altas taxas de detecção, demonstrando a robustez do método.

Reutilização dos Chips

Uma grande vantagem do novo sistema é que ele permite que os mesmos chips sejam reutilizados várias vezes. Após capturar um alvo, um processo simples pode regenerar a área de detecção, tornando-o econômico e mais adaptável para diferentes testes.

Essa flexibilidade significa que, enquanto o ensaio inicial pode atacar uma sequência específica de DNA, os usuários podem facilmente modificar o chip para testar outros como necessário.

Conclusão

Os pesquisadores fizeram avanços significativos na detecção de ácidos nucleicos usando técnicas inovadoras que combinam acessibilidade, sensibilidade e facilidade de uso. A plataforma de diagnóstico resultante não só visa infecções específicas, mas tem aplicações mais amplas que poderiam beneficiar várias áreas da medicina.

Ao torná-la acessível para testes no local, eles esperam melhorar os resultados de saúde e contribuir na luta contra a resistência a antibióticos. As possíveis utilizações do NACHOS-diagnostics se estendem à detecção precoce de câncer, monitoramento de doenças neurodegenerativas e mais, abrindo caminho para um impacto transformador em diagnósticos médicos.

A integração da tecnologia de origami de DNA, microfluídica e dispositivos amigáveis marca um avanço importante na busca por avaliações de saúde rápidas e precisas, fazendo grandes progressos na luta contínua por um gerenciamento e prevenção eficazes de doenças.

Fonte original

Título: Bringing Attomolar Detection to the Point-of-Care with Nanopatterned DNA Origami Nanoantennas

Resumo: Creating increasingly sensitive and cost-effective nucleic acid detection methods is critical for enhancing point-of-care (POC) applications. This involves capturing all desired biomarkers in a sample with high specificity and transducing the capture events to a detector. However, the signal from biomarkers present at extremely low amounts often falls below the detection limit of typical fluorescence-based methods, making molecular amplification a necessary step. Here, we present a nucleic acid detection assay of a 151-nucleotide sequence specific to antibiotics-resistant Klebsiella pneumoniae, based on single-molecule fluorescence detection of non-amplified DNA down to the attomolar level, using Trident NanoAntennas with Cleared HOtSpots (NACHOS). Our NACHOS-diagnostics assay leverages a compact microscope with a large field-of-view and cost-efficient components, including microfluidic flow to enhance capturing efficiency. Fluorescence enhancement is provided by DNA origami NanoAntennas, arranged in a dense array using a combination of nanosphere lithography and site-specific DNA origami placement. Our method can detect 200 {+/-} 50 out of 600 molecules in a 100 {micro}L sample volume within an hour. This represents typical number of pathogens in clinical samples commonly detected by Polymerase Chain Reaction but without the need for molecular amplification. We achieve similar sensitivity in untreated human blood plasma, enhancing the practical applicability of the system. Our platform can be adapted to detect shorter nucleic acid fragments that are not compatible with traditional amplification-based technologies. This broadens its potential for diverse diagnostic and healthcare applications, providing a robust and scalable solution for sensitive nucleic acid detection in various clinical settings.

Autores: Philip Tinnefeld, R. Yaadav, K. Trofymchuk, M. Dass, V. Behrendt, B. Hauer, J. Schuetz, C. Close, M. Scheckenbach, G. Ferrari, L. Maeurer, S. Sebina, V. Glembockyte, T. Liedl

Última atualização: 2024-10-17 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.14.618183

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.14.618183.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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