RNA Xist: Mais do que um regulador de cromossomos
Novas pesquisas mostram a influência do Xist em genes além do cromossomo X.
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Nos mamíferos, os cromossomos sexuais são diferentes entre machos e fêmeas. Machos têm um cromossomo X e um Y (XY), enquanto fêmeas têm dois cromossomos X (XX). Para equilibrar a Atividade Gênica do cromossomo X, as fêmeas usam um processo chamado Inativação do Cromossomo X (XCI). Isso significa que um dos cromossomos X em cada célula feminina é desligado, resultando em uma mistura de células que usam o cromossomo X materno ou paterno.
Xist na XCI
Papel doUm RNA não codificante longo chamado Xist desempenha um papel crucial no processo de XCI. Quando a XCI começa, o Xist é produzido a partir do cromossomo X que ficará inativo. Ele se espalha ao longo desse cromossomo e ajuda a mudar sua estrutura para que os genes nesse cromossomo X sejam silenciados. Estudos iniciais usando técnicas de imagem especiais mostraram que o Xist só se liga ao cromossomo X que produz o RNA. Experimentos adicionais demonstraram que, quando o Xist era introduzido em outros cromossomos, ele ainda se localizava apenas no cromossomo X vizinho, apesar da presença em outros cromossomos.
Melhorias tecnológicas recentes no mapeamento de RNA confirmaram descobertas anteriores sobre onde o Xist se liga. Estudos mostraram que o Xist tem um ponto de partida específico no cromossomo X que permite que ele se espalhe apenas ao longo desse cromossomo e não para outros. Todas essas observações apoiam a ideia de que o Xist age principalmente no cromossomo X.
Potencial do Xist para se espalhar além do cromossomo X
No entanto, alguns estudos sugeriram que em certas condições, o Xist também pode se espalhar para além do cromossomo X. Por exemplo, se o Xist for produzido em quantidades maiores do que o normal, pode se ligar a outros cromossomos. Além disso, se o ponto de partida do Xist for alterado, ele também pode se ligar a cromossomos fora do cromossomo X. Pesquisas recentes sugeriram que o Xist pode direcionar genes em outros cromossomos, despertando interesse em como a ligação do Xist funciona e quais efeitos isso pode ter nos genes e no comportamento celular.
O estudo da ligação do Xist e seus efeitos
Para entender melhor como o Xist funciona, uma equipe de pesquisa estudou seu comportamento em células-tronco embrionárias de camundongos e fibroblastos embrionários de camundongos. Eles analisaram tanto os estágios iniciais quanto as fases em andamento da XCI. Notavelmente, identificaram cerca de 100 locais em outros cromossomos onde o Xist se liga em ambos os tipos de células, especialmente durante e após a XCI. Eles notaram que o Xist se liga a pontos específicos em vez de se espalhar por áreas maiores. A análise da atividade gênica mostrou uma queda na expressão de genes associados ao Xist, mas não foram completamente desligados.
Para investigar isso mais a fundo, os pesquisadores examinaram uma seção do Xist chamada Repeat B (RepB), que é essencial para o papel do Xist na ligação. Eles testaram o que acontece com a ligação do Xist em outros cromossomos se o RepB estiver ausente. Descobriram que, sem o RepB, a ligação do Xist tanto ao X quanto a outros cromossomos diminuía.
Investigando o papel da ligação do Xist
Reconhecendo que o Xist se liga especificamente a partes dos genes, os pesquisadores começaram a explorar se o Xist afeta a atividade desses genes associados. Eles analisaram os níveis de atividade gênica ao longo de diferentes dias nas células. Descobriram que o Xist tende a se ligar a genes que estão sendo expressos ativamente. Eles categorizaram os genes com base em seus níveis de atividade e descobriram que o Xist preferia áreas próximas a genes ativos.
Notavelmente, a ligação do Xist influenciou a atividade desses genes autossômicos, levando a uma diminuição na expressão. A participação do RepB foi significativa nesse processo. Quando o RepB foi deletado, houve um aumento na expressão de genes ligados ao X, destacando o papel do RepB no controle da atividade gênica.
Efeitos da superexpressão do Xist e uso de inibidores
Para confirmar ainda mais a influência do Xist sobre genes fora do cromossomo X, os pesquisadores estudaram o que acontece quando o Xist é sobreproduzido artificialmente. Nesse caso, descobriu-se que o Xist reduzia substancialmente a atividade tanto de genes ligados ao X quanto de genes autossômicos em comparação com os níveis normais. Isso mostrou que o Xist pode exercer influência sobre a expressão gênica além do cromossomo X.
Eles também exploraram os efeitos de uma molécula pequena chamada X1 que inibe o Xist. Quando as células foram tratadas com X1, viram que tanto os alvos ligados ao X quanto os autossômicos aumentaram em atividade. Isso sugeriu que a ligação do Xist era essencial para manter esses níveis gênicos baixos.
Ligação do Xist em células pós-XCI
Os pesquisadores então voltaram sua atenção para fibroblastos embrionários de camundongos, que já haviam completado a XCI. Eles queriam determinar se o Xist continuava a se ligar aos mesmos genes após a XCI ser estabelecida. De fato, enquanto o Xist manteve sua ligação tanto ao cromossomo X quanto a locais específicos em outros cromossomos, a influência sobre a expressão gênica parecia menos clara.
Nessas células pós-XCI, os pesquisadores encontraram menos picos de ligação do Xist em genes autossômicos em comparação com quando a XCI estava ativa. Além disso, os pesquisadores exploraram o que aconteceria quando outra parte do Xist, Repeat E, fosse deletada. Semelhante ao RepB, a exclusão do RepE diminuiu a ligação do Xist ao cromossomo X. No entanto, a relação entre o Xist e a atividade gênica autossômica permaneceu inalterada, sugerindo que outros fatores poderiam entrar em jogo nas células pós-XCI.
Conclusões e implicações
Os achados deste estudo iluminam a função do RNA Xist. Eles desafiam crenças anteriores de que o Xist apenas atuava no cromossomo X. Em vez disso, a pesquisa sugere que o Xist também pode direcionar um pequeno grupo de genes fora do cromossomo X, levando a uma diminuição em sua expressão.
Esses resultados têm implicações mais amplas para entender os processos de regulação celular. Eles destacam a importância do Xist no controle de genes durante o desenvolvimento celular e também podem ter conexões com doenças quando a função do Xist é interrompida. Pesquisas futuras podem fornecer insights valiosos sobre como os genes são regulados e qual papel o Xist pode desempenhar em vários contextos biológicos, incluindo câncer e outros distúrbios.
Direções futuras
Este estudo abre inúmeras avenidas para pesquisas futuras. Compreender os mecanismos exatos pelos quais o Xist interage com genes em autossomos ajudará a decifrar os complexos papéis regulatórios que o Xist desempenha na função celular. Além disso, investigar as potenciais aplicações terapêuticas do direcionamento do Xist pode prometer tratar doenças ligadas a anomalias na regulação gênica.
No geral, essa pesquisa aprimora nossa compreensão do Xist além de seu papel conhecido na XCI, enfatizando sua influência sobre genes autossômicos e sugere a necessidade de exploração contínua nessa área.
Título: Xist RNA binds select autosomal genes and depends on Repeat B to regulate their expression
Resumo: Xist, a pivotal player in X chromosome inactivation (XCI), has long been perceived as a cis-acting long noncoding RNA that binds exclusively to the inactive X chromosome (Xi). However, Xists ability to diffuse under select circumstances has also been documented, leading us to suspect that Xist RNA may have targets and functions beyond the Xi. Here, using female mouse embryonic stem cells (ES) and mouse embryonic fibroblasts (MEF) as models, we demonstrate that Xist RNA indeed can localize beyond the Xi. However, its binding is limited to [~]100 genes in cells undergoing XCI (ES cells) and in post-XCI cells (MEFs). The target genes are diverse in function but are unified by their active chromatin status. Xist binds discretely to promoters of target genes in neighborhoods relatively depleted for Polycomb marks, contrasting with the broad, Polycomb-enriched domains reported for human XIST RNA. We find that Xist binding is associated with down-modulation of autosomal gene expression. However, unlike on the Xi, Xist binding does not lead to full silencing and also does not spread beyond the target gene. Over-expressing Xist in transgenic ES cells similarly leads to autosomal gene suppression, while deleting Xists Repeat B motif reduces autosomal binding and perturbs autosomal down-regulation. Furthermore, treating female ES cells with the Xist inhibitor, X1, leads to loss of autosomal suppression. Altogether, our findings reveal that Xist targets [~]100 genes beyond the Xi, identify Repeat B as a crucial domain for its in-trans function in mice, and indicate that autosomal targeting can be disrupted by a small molecule inhibitor.
Autores: Jeannie T Lee, S. Yao, Y. Jeon, B. Kesner
Última atualização: 2024-10-17 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.23.604772
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.23.604772.full.pdf
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