Simple Science

Ciência de ponta explicada de forma simples

# Biologia# Biologia evolutiva

O Papel da Duplicação de Genes na Evolução

Explore como a duplicação de genes molda a evolução e influencia a saúde.

― 7 min ler


Impacto Evolutivo daImpacto Evolutivo daDuplicação Gênicaafetam a evolução e a saúde.Aprenda como as duplicações de genes
Índice

A duplicação de genes é um fator super importante que contribui pra como as espécies evoluem. Quando os genes se duplicam, eles podem criar variações que levam a novas características ou funções. Tem dois tipos principais de duplicação de genes: duplicação do genoma inteiro (WGD), que afeta todos os genes, e duplicações em pequena escala, que envolvem alguns genes de cada vez. Essas duplicações podem gerar diferenças em como os genes funcionam em diferentes indivíduos, tornando-se importantes no estudo da evolução e genética.

Diferenças Entre Ohnologs e Duplicações em Pequena Escala

Depois das duplicações do genoma inteiro, os genes resultantes chamam-se "ohnologs". Pesquisas mostram que os ohnologs costumam ser mais longos, mais ativos e evoluem mais devagar em comparação com genes que foram duplicados em menor escala. Além disso, ohnologs estão frequentemente ligados a doenças. Isso sugere que os genes resultantes da duplicação do genoma inteiro têm propriedades distintas em relação àqueles de duplicações menores. Essas diferenças podem impactar como os genes se comportam dentro das populações e ao longo do tempo.

Importância da Sensibilidade à Doses

Alguns genes são sensíveis à quantidade de cópias que existem dentro de uma célula – isso se chama sensibilidade à doses. Por exemplo, certos genes e proteínas do desenvolvimento dependem de ter a quantidade certa presente pra funcionar corretamente. Se o número de cópias muda demais, isso pode provocar problemas no desenvolvimento ou doenças. Em humanos, alterações nesses genes estão frequentemente associadas a vários problemas de saúde. Por isso, entender como a sensibilidade à doses funciona é crucial pra explicar padrões evolutivos.

Com o passar do tempo, genes que são sensíveis à doses tendem a resistir a mais duplicações. Isso significa que eles costumam permanecer intactos, especialmente após uma duplicação do genoma inteiro. A retenção desses genes sugere que mudanças no número deles podem desregular funções importantes, tornando-os menos propensos a mudar ao longo das gerações.

Expressão Gênica e Sensibilidade à Doses

Expressão gênica se refere a quanto de um produto gênico, como proteínas ou RNA, é produzido. Foi observado que genes sensíveis à doses estão frequentemente ligados a um controle mais rígido sobre sua expressão. Isso significa que eles mostram menos variação em quanto são expressos em comparação com outros genes. No contexto da evolução, isso sugere que genes sensíveis à doses são moldados por pressões específicas que restringem sua capacidade de evoluir livremente.

Estudar como a expressão gênica muda pode ajudar os cientistas a conectar mutações gênicas a doenças. Existem grandes conjuntos de dados disponíveis que rastreiam como diferentes variantes genéticas afetam a expressão gênica em vários tecidos humanos. Esses conjuntos de dados permitem que os pesquisadores investiguem como diferentes genes interagem entre si e como eles contribuem para certas condições de saúde.

O Papel dos EQTLs

Os loci de traço quantitativo de expressão (eQTLs) são segmentos de DNA que influenciam quanto um gene é expresso. Eles vêm de variações naturais no genoma e já foram identificados em muitos estudos. Pesquisas mostraram que genes sensíveis à doses também são afetados por eQTLs, embora a forma como são impactados possa variar bastante.

Conjuntos de dados eQTL de alta qualidade permitem um entendimento detalhado de como a expressão gênica varia entre diferentes tecidos. Com a ajuda desses conjuntos, os pesquisadores podem analisar quais genes são afetados por eQTLs e como essas influências podem mudar entre indivíduos. Isso tem implicações pra entender doenças genéticas e descobrir novas abordagens de tratamento.

Enriquecimento de eQTLs em Ohnologs

Estudos mostraram que os ohnologs tendem a ser enriquecidos por eQTLs, embora esse enriquecimento seja um pouco complexo. Embora possa parecer que genes com mais duplicações mostrariam menos variação na expressão, o oposto foi observado ao olhar todos os tecidos juntos. Ohnologs podem mostrar uma conexão mais forte com eQTLs, mas ao examiná-los tecido por tecido, eles na verdade aparecem menos frequentemente afetados por eQTLs em comparação com outros tipos de genes.

Isso indica que, embora os ohnologs possam ter vantagens evolutivas específicas, eles também são mais restritos em sua expressão gênica entre diferentes tecidos. Essa combinação de fatores destaca a necessidade de estudar as relações gênicas tanto em um nível amplo quanto em contextos específicos.

Impactos Específicos de Tecido dos eQTLs

Os pesquisadores descobriram que as mudanças de expressão causadas por eQTLs podem ser bem específicas de tecido. Isso significa que, enquanto um gene pode ser afetado por um eQTL em um tecido, ele pode não sofrer o mesmo efeito em outro tecido. Ohnologs tendem a mostrar padrões de expressão mais distintos entre os diferentes tecidos. Essa diferença indica que, enquanto os ohnologs podem ser afetados por eQTLs, os tecidos que expressam esses efeitos não são os mesmos em todos os casos.

Isso enfatiza a ideia de que a história evolutiva de um gene pode influenciar como ele interage com diferentes eQTLs. Ao entender esses detalhes, os cientistas podem compreender melhor como os genes contribuem pra saúde e doença.

Comparando Genes Sensíveis e Não Sensíveis à Doses

Ao comparar genes sensíveis à doses com os não sensíveis, fica evidente que os primeiros têm menos probabilidade de serem afetados por eQTLs que influenciam muitos tecidos. Essa variação limitada na expressão nos genes sensíveis à doses provavelmente vem das pressões pra manter a funcionalidade adequada, o que pode impedir grandes mudanças na expressão gênica. Em contraste, genes não sensíveis à doses podem variar mais amplamente e têm menos restrições.

Essa distinção é crítica ao considerar como os genes evoluem e quais papéis eles exercem na saúde. Isso implica que genes sensíveis à doses têm um ambiente mais controlado pra funcionar, estreitando ainda mais os caminhos pelos quais podem evoluir.

A Complexidade da Evolução Gênica

No geral, a relação entre duplicação de genes, sensibilidade à doses e eQTLs pinta um quadro complexo da evolução gênica. Enquanto genes sensíveis à doses podem passar por menos variações em termos de número de cópias, eles ainda mostram uma habilidade única de se adaptar expressivamente, embora de formas mais restritas. Isso pode levar a uma melhor compreensão do que impulsiona a diversidade genética e o desenvolvimento de doenças.

Investigar esses padrões evolutivos não só ilumina como os genes funcionam, mas também oferece insights sobre suas possíveis disfunções, levando a estratégias melhores pra lidar com problemas de saúde. Portanto, acompanhar a história evolutiva dos genes em conjunto com suas características de expressão e status de duplicação pode melhorar significativamente nossa compreensão da genética e da saúde humana.

Conclusão

Em resumo, a duplicação de genes serve como um mecanismo fundamental que influencia a inovação evolutiva. Ao entender os tipos de duplicações e seus efeitos no comportamento dos genes, os pesquisadores podem desvendar as complexidades da genética e seu impacto na saúde e doenças. Pesquisas contínuas sobre o papel da sensibilidade à doses e variações de expressão oferecerão mais insights sobre as intricacies da evolução gênica e suas implicações mais amplas para a biologia.

Fonte original

Título: Evolution of dosage-sensitive genes by tissue-restricted expression changes

Resumo: Dosage-sensitive genes have characteristic patterns of evolution that include being refractory to small-scale duplication, depleted on human benign copy number variants (CNVs) and enriched on pathogenic CNVs. This intolerance to copy number change is likely due to an expression constraint that exists in one or more tissues. While genomic copy number changes alter the encompassed genes expression across all tissues, expression quantitative trait loci (eQTLs) -genomic regions harbouring sequence variants that influence the expression level of one or more genes- can act in a tissue-specific manner. In this work we examine expression variation of presumed dosage-sensitive and non-dosage-sensitive genes to discover how the locus duplicability constraints translate into gene expression constraints. Here we test the hypothesis that expression changes due to the presence of eQTLs acting in unconstrained tissues will not be deleterious and thus allow dosage-sensitive genes to vary expression while obeying constraints in other tissues. Using eQTLs across 48 human tissues from The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project, we find that dosage-sensitive genes are enriched for being affected by eQTLs and that the eQTLs affecting dosage-sensitive genes are biased towards having narrow tissue-specificity with these genes having fewer eQTL-affected tissues than non-dosage-sensitive genes. Additionally, we find that dosage-sensitive genes are depleted for being affected by broad tissue breadth eQTLs, likely due to the increased chance of these eQTLs conflicting with expression constraints and being removed by purifying selection. These patterns suggest that dosage-sensitivity shapes the evolution of these genes by precluding copy number evolution and restricting their evolutionary trajectories to changes in expression regulation compatible with their functional constraints. Thus deeper interpretation of the patterns of constraints can be informative of the temporal or spatial location of the gene dosage sensitivity and contribute to our understanding of functional genomics. Author summaryGene duplication is an important and powerful evolutionary force that is responsible for the expansion of the coding capacity of genomes ultimately resulting in great genetic novelty. However, the opportunity for this evolutionary change can be limited by dosage constraints on some genes, meaning they are not normally duplicable, except in a balanced, whole genome event. This results in important, biologically relevant, differences between genes that are retained from whole genome duplication events versus those retained from small scale duplications, especially in terms of dosage sensitivity. We explored how the different dosage sensitivity in these sets of genes relates to quantitative expression variation present in populations. We found that while dosage-sensitive genes are more likely to have their expression levels influenced by genetic variation, these changes are often specific a small number of tissues. In contrast, genes that are less sensitive to dosage changes show greater variation in expression levels across multiple tissues. Our findings suggest that dosage-sensitive genes evolve through fine-tuned adjustments in their expression levels in specific tissues, thus bypassing constraints operating on other tissues. This understanding sheds light on how dosage-sensitive genes evolve and could have implications for understanding human diseases caused by these genes.

Autores: Aoife McLysaght, A. M. Rice, Y. Li, P. Donnelly

Última atualização: 2024-10-18 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.17.618887

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.17.618887.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.

Mais de autores

Artigos semelhantes