O Imenso Mundo dos Genomas Animais e Vírus
Explore a diversidade dos genomas entre animais e vírus.
Kosuke Takada, Edward C. Holmes
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Índice
Quando a gente fala sobre os Genomas dos animais, tá falando dos projetos genéticos que definem todas as criaturas vivas. Esses genomas variam muito em tamanho. Em geral, os animais com coluna vertebral (vertebrados) têm genomas maiores e mais complexos do que os sem coluna (Invertebrados). Por exemplo, alguns peixes podem ter genomas com cerca de 400 milhões de pares de bases, enquanto mamíferos e aves podem ter bilhões. O maior genoma registrado até agora pertence ao peixe pulmonado, que tem incríveis 130 bilhões de pares de bases.
O Que Faz os Genomas Serem Tão Grandes?
Uma das principais razões para alguns genomas de vertebrados serem tão grandes é por causa de sequências de DNA repetitivas, como os Elementos Transponíveis. Esses são pedaços de DNA que podem se mover pelo genoma, contribuindo para seu crescimento e complexidade. Já os genomas de invertebrados podem ser bem menores. Por exemplo, alguns minúsculos vermes redondos têm genomas que são apenas 20 milhões de pares de bases. Insetos e animais marinhos podem ter mais de um bilhão, mas, no geral, os genomas dos invertebrados tendem a ser menores e mais simples.
Curiosamente, menos genomas de invertebrados foram sequenciados em comparação com os genomas de vertebrados. Isso significa que a gente pode não entender completamente a variedade de tamanhos nos genomas dos invertebrados, mas tá claro que há uma grande diferença no reino animal.
O Quadro Evolutivo
Os animais estão evoluindo há mais de 635 milhões de anos, começando de um ancestral unicelular. Essa longa história levou a uma vasta diversidade de formas e comportamentos nos animais. Um passo significativo na evolução foi o desenvolvimento do sistema imunológico adaptativo, que apareceu pela primeira vez em peixes há cerca de 500 milhões de anos. Esse novo sistema imunológico permite que os vertebrados respondam de forma mais eficaz a infecções em comparação com os invertebrados, cujas respostas imunológicas são geralmente básicas e previsíveis.
Por causa desse salto evolutivo, podemos esperar que os vírus que infectam vertebrados também evoluam de forma diferente em comparação com os que infectam invertebrados. Por exemplo, alguns cientistas especulam que o surgimento do sistema imunológico adaptativo nos vertebrados levou a genomas de vírus menores porque genomas menores podem apresentar menos alvos para o sistema imunológico atacar.
Genomas de Vírus: Um Mundo Próprio
Os vírus não são muito exigentes quando se trata de tamanho do genoma. Vírus de RNA, por exemplo, têm genomas que variam de um minúsculo 1.7 mil pares de bases a mais de 64 mil. Por outro lado, os vírus de DNA podem ter genomas ainda maiores, com tamanhos que vão de cerca de 1.8 mil a impressionantes 2.5 milhões de pares de bases.
Parece que a capacidade de um vírus se replicar é um fator significativo que influencia o tamanho do seu genoma. Vírus de RNA costumam ter uma taxa de mutação alta porque sua maquinaria de replicação não tem boas habilidades de correção. Isso significa que eles podem precisar manter seus genomas menores para evitar acumular muitas mutações nocivas. No entanto, alguns vírus de RNA, como os coronavírus, evoluíram mecanismos de correção de erros que permitem ter genomas maiores sem correr o risco de muitos erros.
Tamanho Importa: O Impacto da Segmentação do Genoma
Quando analisamos de perto os vírus, descobrimos que aqueles com genomas segmentados podem ter tamanhos diferentes em comparação com os não segmentados. Vírus de RNA segmentados, como alguns encontrados nas ordens Bunyavirales e Reovirales, costumam ter genomas maiores. Isso pode ajudá-los a se livrar de mutações prejudiciais de forma mais eficaz.
Porém, essa não é uma regra universal. Por exemplo, certos vírus não segmentados não mostram muita diferença de tamanho do genoma em comparação com seus homólogos segmentados. A relação entre segmentação do genoma e tamanho parece depender do grupo específico de vírus.
Analisando a Diversidade dos Vírus de RNA
Para ter uma imagem mais clara de como diferentes vírus se comparam em tamanho de genoma, pesquisadores olharam para 1.467 vírus de RNA de várias ordens. Eles descobriram que dentro dessas 18 ordens, há muita variação. Os Durnavirales têm os menores genomas, com uma média de pouco mais de 4.000 pares de bases, enquanto os Nidovirales, que incluem os coronavírus, têm genomas muito maiores, com uma média de cerca de 26.000 pares de bases.
Para quem tá interessado nos detalhes dos grupos de vírus, algumas ordens como Amarillovirales também mostraram variação significativa em tamanho, com alguns genomas pequenos e outros excepcionalmente grandes.
A Influência do Hospedeiro
É fascinante que o tipo de hospedeiro que um vírus infecta também parece afetar o tamanho do seu genoma. Algumas ordens virais contêm vírus que infectam tanto vertebrados quanto invertebrados. Ao olhar os dados, foi notado que em alguns casos, os vírus associados a invertebrados tendem a ter genomas maiores do que aqueles associados a vertebrados, principalmente em ordens como Bunyavirales e Amarillovirales.
No entanto, há uma exceção na ordem Mononegavirales, onde os vírus que infectam vertebrados tinham genomas maiores em comparação com aqueles que infectam invertebrados. Parece que a relação entre o tipo de hospedeiro e o tamanho do genoma do vírus pode ser bem complexa.
Diversão com Segmentação
O estudo dos genomas segmentados versus não segmentados também não trouxe resultados claros. Algumas ordens tinham vírus com ambos os tipos, enquanto outras tinham apenas vírus segmentados. Em alguns casos, vírus com mais segmentos tinham genomas maiores no geral, o que pode sugerir uma ligação entre segmentação e tamanho. Mas essa não é uma conclusão que vale para todos.
Por exemplo, os vírus segmentados não mostraram tamanhos maiores no grupo Mononegavirales. Isso indica que o impacto da segmentação no tamanho do genoma pode variar significativamente dependendo da ordem do vírus.
O Quadro Mais Amplo
No final das contas, entender essas variações nos tamanhos dos genomas entre vírus e seus hospedeiros pode ajudar os pesquisadores a desvendar os mistérios da evolução e como os vírus se adaptam ao longo do tempo. É um lembrete de como a vida é interconectada, mesmo no nível microscópico.
Quem diria que quando olhamos para os genomas dos animais e vírus, estamos espiando um mundo de variação, adaptação e, sim, um pouco de mistério? Seja o peixe pulmonado com seu genoma gigante ou um vírus minúsculo correndo com seu código genético em miniatura, tem muita coisa acontecendo por baixo da superfície!
Lembre-se, o mundo dos vírus ainda está em grande parte inexplorado. Com cada nova descoberta, a gente pode encontrar tamanhos de genomas ainda mais malucos e adaptações mais surpreendentes. Então, se você já pensou em como coisas pequenas podem ter um grande impacto, o mundo dos genomas e vírus é o lugar perfeito pra começar!
Título: Genome sizes of animal RNA viruses reflect phylogenetic constraints
Resumo: Animal genomes are characterized by extensive variation in size. RNA viruses similarly exhibit substantial genomic diversity, with genome lengths ranging from 1.7 to 64 Kb. Despite the myriad of novel viruses discovered by metagenomics, we know little of the factors that shape the evolution of the genome size in RNA viruses. We analyzed the variation in genome sizes across orders and families of animal RNA viruses. We found that RNA viruses can have highly variable genome sizes within and among orders, with the Nidovirales (including the Coronaviridae) having both significantly larger genomes and a greater range of genome sizes than other orders. In the Bunyavirales, Amarillovirales, Nidovirales and Picornavirales the genome sizes of invertebrate-associated RNA viruses were significantly larger than those that infect vertebrates, in contrast to their animal hosts in which vertebrates commonly have larger genomes than invertebrates. However, in the Mononegavirales, vertebrate viruses were significantly larger than those viruses associated with invertebrates. There were similarly complex associations between genome size and patterns of genome segmentation. In the Bunyavirales, Reovirales, and Nidovirales, viruses with segmented genomes or that possessed a large number of segments, had significantly larger genome sizes that viruses with non-segmented genomes or a small number of segments, while in the Articulavirales there were no significant differences in genome size among viruses possessing any number of genome segments. More broadly, our analysis revealed that taxonomic position (i.e., RNA virus order) had a greater impact on genome size than whether viruses infected vertebrates or invertebrates or their pattern of genome segmentation. Hence, the phylogenetic constraints on genome size are of sufficient magnitude to shape other aspects of virus evolution.
Autores: Kosuke Takada, Edward C. Holmes
Última atualização: 2024-11-02 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.01.621630
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.01.621630.full.pdf
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