Novo Modelo de Camundongo Revela Funções de Proteínas
Pesquisadores desenvolvem métodos inovadores pra estudar proteínas em tipos celulares específicos.
Rodrigo Alvarez-Pardo, Susanne tom Dieck, Kristina Desch, Belquis Nassim Assir, Cristina Olmedo Salinas, Riya S. Sivakumar, Julian D. Langer, Beatriz Alvarez-Castelao, Erin M. Schuman
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Índice
Entender como as Células funcionam é super importante em várias áreas da ciência. Uma parte chave disso é olhar para as Proteínas, que são os blocos de construção das células. As proteínas podem mudar em resposta a sinais normais e anormais no corpo. Curiosamente, os mesmos sinais podem causar reações diferentes em tipos diferentes de células. Essa variabilidade dificulta a obtenção de imagens claras quando se observa muitas células ao mesmo tempo. Por isso, os pesquisadores têm criado métodos inteligentes para estudar tipos específicos de células sem perder detalhes importantes.
O Desafio de Estudar Proteínas
Quando os cientistas analisam proteínas de um grupo misturado de células, podem perder comportamentos únicos que são específicos de certos tipos de células. Eles podem fazer uma média das diferenças e ignorar sinais importantes. Para contornar isso, os pesquisadores criaram técnicas que focam seletivamente em células específicas. Um método envolve o uso de marcadores específicos para tipos diferentes de células. Essa abordagem ajuda a identificar proteínas que só são encontradas nessas células. No entanto, tem suas próprias dificuldades. Por exemplo, durante a preparação da amostra, certas estruturas dentro das células, como dendritos e axônios, podem ser perdidas.
Outra técnica avançada utiliza métodos que focam nas proteínas em áreas específicas da célula. Essa abordagem mais nova pode capturar proteínas ao longo do tempo, mas tem algumas limitações. Ela não diferencia entre proteínas novas e aquelas que já estavam lá antes do estudo começar.
Ferramentas para Estudo de Proteínas
Para resolver esses desafios, os cientistas desenvolveram métodos bio-ortogonais que utilizam Aminoácidos projetados especialmente para rastrear proteínas. Esses aminoácidos artificiais podem ser adicionados às proteínas, facilitando a visualização e o estudo delas mais de perto. A inovação chave está em como os cientistas agora podem controlar onde e quando aminoácidos específicos são incorporados às proteínas.
Uma dessas ferramentas envolve uma enzima modificada que permite o uso de um aminoácido especial chamado azidonorleucina (ANL). Esse aminoácido é diferente da metionina comum, que as proteínas normalmente incorporam. Ajustando de maneira inteligente a enzima responsável por essa incorporação, os cientistas podem garantir que apenas as versões modificadas das proteínas sejam feitas, facilitando o foco nas proteínas específicas que eles querem estudar.
O Novo Modelo de Camundongo
Os pesquisadores criaram um novo modelo de camundongo que pode expressar um número maior dessas enzimas modificadas. Esse novo modelo pode incorporar mais do aminoácido especial nas proteínas, levando a uma melhor detecção de proteínas em células que podem não ser tão numerosas. As mudanças de design permitem que os cientistas procurem proteínas com menos material inicial e em um tempo menor.
Esse modelo de camundongo funciona usando promotores específicos que ativam a enzima modificada em certos tipos de células. Ao essencialmente ligar uma chave, as proteínas dentro dessas células podem ser marcadas e estudadas sem perder informações importantes sobre suas origens.
A Ciência por trás da Marcação
O processo de marcação é bem estratégico. Envolve adicionar o aminoácido especial às células. Depois de um certo tempo, as células podem ser examinadas para ver quais proteínas foram feitas. Isso oferece uma janela sobre como as células respondem ao ambiente ao longo do tempo. Os pesquisadores podem determinar quanto tempo certas proteínas ficam por lá e até quão rápido elas se decompõem.
Por exemplo, ao medir proteínas feitas rapidamente, os cientistas podem descobrir que certas proteínas só estão presentes por um curto período. Enquanto isso, proteínas que duram mais podem mostrar padrões diferentes que revelam como a célula está funcionando.
Resultados do Novo Método
Com o novo modelo, os cientistas conseguiram identificar proteínas até em populações neuronais de baixa abundância. Eles focaram em tipos específicos de Neurônios conhecidos por estarem envolvidos em coisas como movimento, humor e cognição. Essas proteínas podem fornecer insights sobre como essas células funcionam e mudam em várias condições.
A nova abordagem mostrou que a maneira como as proteínas são feitas pode variar bastante dependendo do tipo de neurônio de onde elas vêm. Os pesquisadores conseguiram coletar informações sobre proteínas de neurônios que não são tão comuns, como aqueles que produzem dopamina, uma substância química importante para muitas funções do cérebro.
O Processo de Análise
Uma vez que as proteínas estão marcadas nas células, os cientistas usam Espectrometria de Massa para analisar as amostras. Esse processo separa as proteínas com base em seu tamanho e permite um estudo detalhado. O objetivo é procurar padrões específicos de proteínas que se relacionam a diferentes condições, como doenças ou mudanças no ambiente.
Os pesquisadores comparam as proteínas das amostras marcadas às que não foram marcadas. Isso os ajuda a perceber diferenças que revelam como certas proteínas podem se comportar em situações específicas, como sob estresse ou durante a recuperação de uma lesão.
Como Isso Ajuda a Entender as Células
Entender como as proteínas funcionam em diferentes tipos de células é essencial para ter uma noção melhor de como o corpo funciona. Focando em tipos específicos de células e suas respostas únicas, os cientistas podem descobrir novos detalhes sobre tudo, desde a função cerebral até processos de doenças.
Essa abordagem inovadora pode levar a novas descobertas sobre como as células se adaptam a condições em mudança, o que é fundamental para entender saúde e doença.
Aplicações Potenciais
Os métodos e ferramentas sendo desenvolvidos podem ter aplicações bem amplas. Eles podem ajudar a identificar marcadores para doenças ou levar a novos tratamentos, revelando como certas proteínas influenciam o comportamento celular. Por exemplo, estudar proteínas em neurônios dopaminérgicos pode esclarecer condições como a doença de Parkinson.
Além disso, essas descobertas também podem abrir caminho para avanços em medicina regenerativa, onde entender como crescer e reparar tecidos é a chave.
Conclusão
Ao desenvolver novos métodos para examinar proteínas, os cientistas estão se aproximando de entender o complexo mundo da função celular. O novo modelo de camundongo permite que os pesquisadores estudem proteínas com maior sensibilidade e especificidade, revelando novos insights que podem levar a aplicações no mundo real.
No fim das contas, o mundo das proteínas é como um grande quebra-cabeça, e os pesquisadores estão montando a imagem peça por peça - com uma pitada de humor e muita curiosidade científica.
Título: Cell type-Specific In Vivo Proteomes with a Multi-copy Mutant Methionyl t-RNA Synthetase Mouse Line
Resumo: The functional diversity of cells is driven by the different proteins they express. While improvements in protein labeling techniques have allowed for the measurement of proteomes with increased sensitivity, measuring cell type-specific proteomes in vivo remains challenging. One of the most useful pipelines is bioorthogonal non-canonical amino acid tagging (BONCAT) with the MetRS* system, consisting of a transgenic mouse line expressing a mutant methionyl-tRNA synthetase (MetRS*) controlled by Cre recombinase expression. This system allows for cell type-specific labeling of proteins with a non-canonical amino acid (azidonorleucine, ANL), which can be subsequently conjugated to affinity or fluorescent tags using click chemistry. Click-modified proteins can then be visualized, purified and identified. The reduction in sample complexity allows for the detection of small changes in protein composition. Here we describe a multicopy MetRS* mouse line (3xMetRS* mouse line), which exhibits markedly enhanced ANL protein labeling, boosting the sensitivity and temporal resolution of the system and eliminating the need for working under methionine depletion conditions. Cell type-specific in vivo labeling is possible even in heterozygous animals, thus offering an enormous advantage for crossing the line into mutation and disease-specific backgrounds. Using the 3xMetRS* line we identified the in vivo proteome of a sparse cell population - the dopaminergic neurons of the olfactory bulb and furthermore determined newly synthesized proteins after short labeling durations following a single intraperitoneal ANL injection.
Autores: Rodrigo Alvarez-Pardo, Susanne tom Dieck, Kristina Desch, Belquis Nassim Assir, Cristina Olmedo Salinas, Riya S. Sivakumar, Julian D. Langer, Beatriz Alvarez-Castelao, Erin M. Schuman
Última atualização: 2024-12-02 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.28.625838
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.28.625838.full.pdf
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