Entendendo Receptores Superficiais de Células e Design de Medicamentos
Uma olhada no papel dos receptores na sinalização e no desenvolvimento de medicamentos.
David Minh, D. A. Cooper, J. DePaolo-Boisvert, S. A. Nicholson, B. Gad
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Índice
- Seleção Funcional
- Tipos de Receptores
- Design de Medicamentos e GPCRs
- A Crise dos Opioides
- Pesquisa sobre Seleção Funcional
- Os Mecanismos da Seleção Funcional Mediados por Ligantes
- Técnicas Avançadas para Estudar Receptores
- Desafios em Capturar Estruturas de Receptores
- Simulações de Dinâmica Molecular
- Prevendo a Eficácia da Sinalização
- Construindo o Modelo
- Previsões Resultantes
- Conformações e Seus Efeitos
- Importância das Mudanças Estruturais
- Explorando Recursos de Ativação
- Pontuações de Ativação Seletiva
- Implicações para o Desenvolvimento de Medicamentos
- Conclusão
- Direções Futuras
- Fonte original
- Ligações de referência
Os receptores na superfície celular são proteínas importantes que ficam na superfície das células e recebem sinais do lado de fora. Esses sinais podem vir de várias fontes, como hormônios ou neurotransmissores, e ajudam as células a reagir ao seu ambiente. Quando esses receptores são ativados por sinais específicos, eles podem desencadear diferentes processos dentro da célula, levando a reações diversas.
Seleção Funcional
Uma característica fascinante desses receptores é a seleção funcional. Isso quer dizer que um único sinal pode causar vários efeitos dependendo de como ele interage com o receptor. Por exemplo, um sinal pode ativar uma resposta, enquanto ao mesmo tempo pode reduzir outra resposta. Isso é importante porque mostra que os receptores podem ser muito ajustados em como funcionam, o que pode ter um grande impacto no design de medicamentos.
Tipos de Receptores
Um grande grupo de receptores na superfície celular é chamado de Receptores acoplados à proteína G (GPCRs). Esses receptores têm uma estrutura que atravessa a membrana celular várias vezes. Quando um sinal se liga a esses receptores, eles podem ativar ou inibir várias vias dentro da célula. Sinais diferentes podem ativar diferentes vias, por isso entender como esses receptores funcionam é vital para desenvolver tratamentos eficazes para várias doenças.
Design de Medicamentos e GPCRs
Aproximadamente um terço de todos os medicamentos modernos têm como alvo os GPCRs porque eles são cruciais em muitos processos biológicos. Por muitos anos, os cientistas acharam que esses medicamentos funcionariam melhor quando ativassem ambas as vias igualmente. No entanto, isso nem sempre é verdade. Às vezes, medicamentos que favorecem uma via em detrimento da outra podem levar a resultados melhores e menos efeitos colaterais. Portanto, otimizar como os medicamentos interagem com esses receptores é essencial para criar medicamentos mais seguros e eficazes.
A Crise dos Opioides
A importância de entender a seleção funcional se tornou particularmente evidente no caso dos opioides sintéticos, como o fentanil. Esses medicamentos são feitos para bloquear a dor de forma eficaz, mas também podem causar efeitos colaterais graves, como depressão respiratória e tolerância, que podem ser muito perigosos. Os criadores desses primeiros opioides sintéticos acreditavam que um alívio da dor forte significava medicamentos mais seguros, mas isso foi um erro. Muitos desses opioides se tornaram a principal causa de mortes por overdose.
Pesquisa sobre Seleção Funcional
Nos últimos anos, os pesquisadores reconheceram que entender a seleção funcional é crucial para melhorar o design de medicamentos. Os cientistas estão estudando como diferentes sinais afetam o funcionamento interno dos receptores. A seleção funcional pode acontecer devido às maneiras específicas como um ligante (o sinal) se liga e ativa o receptor, sem mudar a própria estrutura do receptor.
Ligantes
Os Mecanismos da Seleção Funcional Mediados porA maioria dos estudos sugere que a seleção funcional mediada por ligantes acontece quando um ligante estabiliza certas formas ou conformações do receptor que permitem tipos específicos de sinalização. Vários tipos de ligantes podem fazer o receptor mudar de forma de maneiras diferentes, levando a diferentes efeitos nas vias de sinalização.
Técnicas Avançadas para Estudar Receptores
Os pesquisadores estão usando métodos avançados para estudar essas diferentes formas e como elas funcionam. Por exemplo, métodos espectroscópicos permitem que os cientistas vejam como ligantes com diferentes níveis de viés interagem com os receptores. Esses estudos mostram que ligantes diferentes podem produzir formas diferentes nos receptores, o que é um fator importante para como eles ativam as várias vias.
Desafios em Capturar Estruturas de Receptores
Embora estruturas de alta resolução forneçam informações valiosas, muitas vezes limitam a gama de formas observadas dos receptores devido aos estabilizadores usados nos experimentos. Em alguns casos, os cientistas não conseguem capturar exatamente como esses receptores mudam de forma quando ativados por um ligante. Por exemplo, as estruturas do receptor μ opioide foram estudadas com muitos ligantes diferentes, mas os pesquisadores ainda classificam as formas do receptor apenas em estados ativo ou inativo.
Simulações de Dinâmica Molecular
Para obter mais insights, os pesquisadores estão usando simulações de dinâmica molecular. Essas simulações ajudam a revelar uma gama mais ampla de formas de receptores que não foram observadas em estudos tradicionais. Simulando condições com diferentes ligantes, os cientistas podem hipotetizar que a capacidade de um receptor de sinalizar efetivamente está relacionada aos tipos de formas que ele pode adotar.
Prevendo a Eficácia da Sinalização
Usando essas simulações, os pesquisadores desenvolvem modelos para prever a eficácia da sinalização dentro desses receptores. Ao examinar as proporções de tempo que o receptor passa em várias formas, os cientistas conseguem fazer suposições informadas sobre quão eficaz um ligante será em ativar vias específicas.
Construindo o Modelo
Os pesquisadores usaram simulações extensas do receptor μ opioide para criar um modelo que prevê a eficácia de diferentes ligantes. Eles analisaram quanto tempo o receptor permaneceu em certas formas durante as simulações e usaram essas informações para correlacionar com os efeitos observados nas vias de sinalização.
Previsões Resultantes
As previsões feitas pelo modelo mostraram ser bastante precisas quando comparadas a dados experimentais conhecidos. Isso solidifica a ideia de que a eficácia dos ligantes está intimamente relacionada às formas do receptor que eles incentivam. Essa pesquisa abre caminhos para um melhor design de medicamentos que leva em conta essas diferentes vias de sinalização.
Conformações e Seus Efeitos
O modelo identificou várias formas de receptores que correspondiam a diferentes sinais. Algumas formas favoreciam a sinalização da proteína G, enquanto outras tendiam mais para a sinalização da β-arrestina. Essa variedade ajuda a esclarecer por que diferentes medicamentos, mesmo aqueles que parecem semelhantes, podem ter efeitos dramaticamente diferentes.
Importância das Mudanças Estruturais
Certas mudanças estruturais dentro do receptor, como a forma como as hélices se rearranjam, podem indicar uma transição de estados inativos para ativos. Essas mudanças podem afetar quão bem o receptor controla os sinais que recebe, oferecendo insights sobre como criar medicamentos que visem especificamente certas vias.
Explorando Recursos de Ativação
Ao avaliar os diferentes ângulos e distâncias entre partes-chave do receptor, os pesquisadores podem determinar como esses recursos podem contribuir para a ativação ou inativação. Essa análise estrutural leva a previsões melhores sobre como cada ligante funcionará ao interagir com o receptor.
Pontuações de Ativação Seletiva
O estudo também se concentrou em identificar resíduos específicos dentro do receptor que têm configurações diferentes quando em formas ativas versus inativas. Esses insights dão origem a pontuações de ativação seletiva que ajudam os pesquisadores a determinar quão bem um ligante pode atuar na ativação de uma determinada via.
Implicações para o Desenvolvimento de Medicamentos
Com esse entendimento sobre as formas dos receptores e como elas se relacionam à sinalização, os desenvolvedores de medicamentos podem projetar moléculas que visem especificamente as vias desejadas. Ao otimizar ligantes para a seleção funcional, pode ser possível minimizar efeitos colaterais enquanto maximizam os efeitos terapêuticos.
Conclusão
No geral, essa pesquisa destaca as conexões intrincadas entre as formas dos receptores e suas capacidades de sinalização. Aproveitando esse conhecimento, cientistas e desenvolvedores de medicamentos podem trabalhar para criar medicamentos mais eficazes e seguros. Entender como diferentes ligantes influenciam as conformações dos receptores será crucial para o futuro da medicina, particularmente em áreas como o manejo da dor e outros campos terapêuticos.
Direções Futuras
À medida que a pesquisa avança, há potencial para novas descobertas sobre a biologia desses receptores e seus mecanismos de sinalização. Um melhor entendimento vai informar o design de medicamentos que não só busquem a eficácia no tratamento de condições, mas também visem a segurança do paciente. Esse campo de estudo está em constante evolução, refletindo a natureza dinâmica da ciência e da medicina enquanto se adaptam a novos conhecimentos.
Título: Intracellular pocket conformations determine signaling through the μ opioid receptor
Resumo: It has been challenging to determine how a ligand that binds to a receptor activates downstream signaling pathways and to predict the strength of signaling. The challenge is compounded by functional selectivity, in which a single ligand binding to a single receptor can activate multiple signaling pathways at different levels. Spectroscopic studies show that in the largest class of cell surface receptors, 7 transmembrane receptors (7TMRs), activation is associated with ligand-induced shifts in the equilibria of intracellular pocket conformations in the absence of transducer proteins. We hypothesized that signaling through the opioid receptor, a prototypical 7TMR, is linearly proportional to the equilibrium probability of observing intracellular pocket conformations in the receptor-ligand complex. Here we show that a machine learning model based on this hypothesis accurately calculates the efficacy of both G protein and {beta}-arrestin-2 signaling. Structural features that the model associates with activation are intracellular pocket expansion, toggle switch rotation, and sodium binding pocket collapse. Distinct pathways are activated by different arrangements of the ligand and sodium binding pockets and the intracellular pocket. While recent work has categorized ligands as active or inactive (or partially active) based on binding affinities to two conformations, our approach accurately computes signaling efficacy along multiple pathways.
Autores: David Minh, D. A. Cooper, J. DePaolo-Boisvert, S. A. Nicholson, B. Gad
Última atualização: 2024-12-07 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.03.588021
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.03.588021.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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