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Água residual: Uma chave para entender o COVID-19

Cientistas usam água residuais pra monitorar infecções e variantes de COVID-19 de forma eficaz.

Padmini Ramachandran, Tunc Kayikcioglu, Tamara Walsky, Kathryn Judy, Jasmine Amirzadegan, Candace Hope Bias, Bereket Tesfaldet, Maria Balkey, Dietrich EppSchmidt, Hugh Rand, James Pettengill, Sandra Tallent, Eric Brown, Tina Pfefer, Ruth Timme, Amanda Windsor, Christopher Grim, Maria Hoffmann

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O Papel do Esgoto no O Papel do Esgoto no Monitoramento da COVID COVID-19. essenciais pra acompanhar infecções de Insights sobre águas residuais são
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À medida que o mundo tenta lidar com a pandemia de COVID-19, os cientistas têm buscado algumas fontes inesperadas de informação – nosso esgoto. Isso mesmo! O esgoto não é só onde vai o que sobra do nosso jantar; ele também pode nos contar muito sobre o que está rolando nas nossas comunidades em relação a infecções como o SARS-CoV-2, o vírus responsável pela COVID-19.

Por que o esgoto?

Você deve estar se perguntando por que os cientistas estão mexendo no esgoto em vez de usar métodos de teste tradicionais. Bom, por um lado, o esgoto pode fornecer uma visão do que está acontecendo em toda uma comunidade, tudo de uma vez. Pense nisso como uma conversa em grupo, mas para um bairro inteiro: toda a fofoca tá lá, queira você ou não!

Ao examinar o esgoto, os pesquisadores conseguem entender quantas pessoas estão infectadas, quais Variantes estão circulando e até como essas variantes estão mudando com o tempo. Esse método pode oferecer informações mais precisas do que confiar apenas em testes clínicos, especialmente quando a capacidade de testes ou a participação do público é limitada.

O desafio das variantes

A COVID-19 nos mostrou que ela pode mudar – e muito. Novas variantes surgem que podem se espalhar mais facilmente ou escapar da resposta imunológica. Por isso, acompanhar essas mudanças é fundamental. No entanto, descobrir quais variantes estão realmente em uma comunidade, apenas com testes clínicos, pode ser complicado. Muitos métodos de teste simplesmente não conseguem acompanhar a velocidade com que o vírus muta.

É aí que o esgoto entra. Ao monitorar as assinaturas genéticas do vírus no esgoto, os cientistas podem potencialmente identificar novas variantes antes que elas se estabeleçam na comunidade. É como ter uma dica sobre as últimas tendências antes de elas virarem assunto!

Como funciona?

O processo começa com a coleta de amostras de estações de tratamento de esgoto. Só imagine alguém enchendo um balde com o que é basicamente a água da comunidade depois que todo mundo deu descarga. Essas amostras são então analisadas para verificar a presença de RNA do SARS-CoV-2, o material genético do vírus, usando várias técnicas como RT-qPCR, que é uma forma chique de amplificar o DNA e facilitar a detecção.

Uma vez que o vírus é identificado, os pesquisadores podem usar tecnologia de Sequenciamento avançada para ler seu código genético. Pense nisso como ler o diário do vírus – você consegue ver o que ele tem aprontado e quem são seus amigos (as variantes, nesse caso).

A tecnologia maneira por trás disso

Os cientistas costumam usar um método chamado sequenciamento de alto rendimento, que permite ler uma quantidade enorme de material genético de uma vez. Eles podem usar diferentes tipos de plataformas de sequenciamento, como Illumina ou Oxford Nanopore, dependendo da situação. Cada uma dessas plataformas tem suas vantagens e peculiaridades – como escolher a ferramenta certa para a tarefa!

Neste caso, os pesquisadores avaliaram vários kits que ajudam a enriquecer partes específicas do genoma do vírus que são interessantes, especialmente regiões que podem mudar devido a mutações. Escolher o kit certo é crucial porque nem todos os kits são iguais, e diferentes kits funcionam melhor com diferentes tecnologias de sequenciamento.

A importância do controle de qualidade

O controle de qualidade (CQ) é tão vital nos testes de esgoto quanto é ao assar um bolo. Se você esquecer o açúcar (ou não tiver um bom processo de CQ), você vai acabar com algo que ninguém quer. Os pesquisadores empregam um robusto pipeline de CQ para garantir que os dados que estão coletando sejam precisos e confiáveis. Isso envolve checar tudo, desde os métodos de extração até os resultados do sequenciamento.

É essencial monitorar quantas leituras (pense nisso como linhas no diário do vírus) se alinham corretamente ao genoma do SARS-CoV-2. Se elas não se encaixarem, os pesquisadores podem ter uma ideia errada do que está acontecendo.

Mutações características e seus mistérios

À medida que a pandemia evoluiu, certas mutações no código genético do vírus se tornaram características de diferentes variantes. Ao rastrear essas mutações, os cientistas conseguem identificar quais variantes estão presentes na comunidade. Isso é como ser um detetive de vírus, juntando pistas para descobrir o que está rolando no bairro.

Quando novas variantes surgem, as mutações podem impactar como o vírus se comporta, com que rapidez ele se espalha e potencialmente quão eficazes são as vacinas contra ele. Esse rastreamento é especialmente crucial em tempo real, pois pode informar respostas e estratégias de Saúde Pública.

Uma corrida contra o tempo

À medida que o SARS-CoV-2 continua a evoluir, a capacidade de identificar rapidamente novas variantes se torna cada vez mais crítica. Por exemplo, monitorar o esgoto permite respostas mais rápidas para variantes emergentes. Os pesquisadores podem avaliar amostras de resíduos em busca de sinais de variantes, frequentemente identificando novas cepas antes que se tornem amplamente conhecidas em casos clínicos.

Em um estudo, os cientistas conseguiram confirmar a presença da variante BA.2 no esgoto apenas dias depois do seu primeiro caso relatado na comunidade. Isso é como receber uma dica sobre a última sensação viral antes de ela fazer sucesso!

Bombardeando o esgoto

O processo de coleta não é tão simples quanto mergulhar um copo no esgoto. Ele requer planejamento e execução cuidadosos. O esgoto das estações de tratamento é coletado regularmente, e as amostras são frequentemente agrupadas para análise em um período específico. Isso ajuda a capturar as tendências gerais sem precisar analisar cada gota individualmente.

Depois de coletadas, as amostras passam por uma série de etapas: extração dos ácidos nucleicos (os blocos de construção do vírus), conversão de RNA em DNA complementar, amplificação de regiões-alvo e, por fim, sequenciamento.

Obtendo os melhores dados

Uma vez que o sequenciamento é feito, a verdadeira diversão começa. Os cientistas analisam as montanhas de dados para identificar variantes e quantificar sua abundância. Isso envolve comparar as sequências com um genoma de referência do SARS-CoV-2 para ver o que há de novo e diferente.

Eles contam com várias ferramentas analíticas (como o Pipeline de Análise de Esgoto do CFSAN) para processar e interpretar os dados. Essas ferramentas ajudam a rastrear a abundância das variantes e a avaliar a profundidade da cobertura (quão bem o material genético do vírus está representado), garantindo que estejam obtendo informações precisas sobre quais variantes estão circulando e quão disseminadas elas são.

Vigilância de esgoto em ação

As aplicações práticas da vigilância de esgoto são inúmeras. Para os oficiais de saúde pública, ter insights em tempo real sobre a presença do vírus em uma comunidade pode ajudar a focar os esforços de teste e vacinação. Isso também pode informar decisões sobre lockdowns ou outras medidas de saúde pública.

Por exemplo, quando as cargas virais no esgoto disparam, isso pode indicar um aumento iminente de casos. Essa informação permite que os oficiais se preparem adequadamente, garantindo que os recursos de saúde sejam alocados de maneira apropriada.

Aprendendo com os dados

As lições aprendidas com a vigilância de esgoto podem informar estratégias futuras de saúde pública. Ao entender como o vírus se espalha e evolui dentro das comunidades, as medidas podem ser adaptadas em tempo real.

Além disso, os dados gerados podem fornecer insights sobre como outros patógenos se espalham e mudam ao longo do tempo. Isso pode levar a um monitoramento melhor de outras doenças infecciosas e respostas mais eficazes no futuro.

Desafios pela frente

Embora a vigilância de esgoto seja promissora, não está isenta de obstáculos. Por exemplo, nem todas as comunidades têm o mesmo nível de infraestrutura de tratamento de esgoto. Algumas áreas podem não coletar amostras regularmente ou ter capacidade limitada para processá-las.

Além disso, interpretar os dados do esgoto é mais complexo do que parece. Diferentes fatores podem influenciar os resultados, como variações na densidade populacional, adesão às medidas de saúde pública e até padrões climáticos.

O futuro é fluido!

À medida que os pesquisadores continuam a aprimorar seus métodos e tecnologias, a expectativa é tornar a vigilância de esgoto uma parte padrão do monitoramento da saúde comunitária. Quem diria que o conteúdo dos nossos banheiros poderia ajudar na nossa luta contra a COVID-19?

Investindo nessa abordagem, as comunidades podem ficar um passo à frente de infecções emergentes. Não se trata só de limpar nossas ruas; é sobre limpar nossos dados de saúde também!

Dicas para engajamento comunitário

Para que a vigilância de esgoto seja bem-sucedida, as comunidades precisam entender seu propósito e benefícios. Aqui estão algumas estratégias para promover o engajamento e a conscientização:

  1. Educação: Informe os residentes sobre a importância da vigilância de esgoto no monitoramento das tendências de saúde na comunidade.

  2. Transparência: Compartilhe descobertas e insights com o público para construir confiança e demonstrar a eficácia do programa.

  3. Envolvimento: Incentive a participação comunitária em outras iniciativas relacionadas à saúde que se conectem ao monitoramento de esgoto.

  4. Colaboração: Faça parcerias com departamentos e organizações de saúde locais para criar uma frente unida na compreensão da saúde comunitária.

  5. Adaptabilidade: Mantenha-se flexível e aberto a ajustes nos métodos com base no feedback da comunidade e em pesquisas emergentes.

Conclusão

A vigilância de esgoto surgiu como uma ferramenta poderosa na luta contra a COVID-19. Ao usar o conteúdo dos nossos esgotos para reunir informações sobre a presença do vírus nas comunidades, os pesquisadores conseguem fornecer informações cruciais aos oficiais de saúde pública para ajudar a mitigar a propagação da doença.

Enquanto continuamos a navegar pelos desafios da COVID-19, é importante lembrar que ciência, colaboração e espírito comunitário podem se unir para criar soluções inovadoras. Quem diria que o que vai pelo vaso poderia ajudar a iluminar o caminho para uma melhor saúde pública?

Com um pouco de criatividade e muito trabalho duro, a vigilância de esgoto pode brilhar uma luz sobre o futuro do monitoramento e resposta a doenças infecciosas!

Fonte original

Título: Harnessing methods, data analysis, and near-real-time wastewater monitoring for enhanced public health response using high throughput sequencing.

Resumo: Wastewater-based analysis has emerged as a pivotal method for monitoring SARS-CoV-2 (SC2). Leveraging high-throughput sequencing on wastewater samples facilitates a comprehensive, population-level assessment of circulating and emerging SC2 variants within a community. This study meticulously evaluates the detection performance, variant calling accuracy, and the time taken from sample collection to public data release for wastewater SC2 monitoring. We employed two different SC2 target enrichment panels on Illumina MiSeq and Oxford Nanopore Technologies (ONT) GridION sequencing platforms for a robust analysis. Daily collection of routine raw grab and composite samples took place at a wastewater treatment plant (WWTP) site in Maryland, USA (MD) from mid-January 2022 to the end of June 2022. Total Nucleic Acid (TNA) was extracted from samples and target enrichment was executed using QIAseq DIRECT and NEBNext VarSkip Short amplicon kits, with subsequent sequencing on MiSeq or ONT GridION platforms, respectively. Obtained sequences was analyzed using our custom CFSAN Wastewater Analysis Pipeline (C-WAP). Raw sequence data and detailed metadata were submitted to NCBI (BioProject PRJNA757291) as it became available. Our wastewater data successfully detected the onset of new variants BA.2, BA.2.12, BA.4.6, and BA.5 to the observed population. Notably, Omicron sub-variants were identified approximately a week ahead of publicly available clinical data at the MD ZIP-code level. Variation in quality metrics paralleled the rise and fall of BA waves, underscoring the impact of viral load on sequencing quality. Regular updates of estimated variant proportions were made available on the FDA-CFSAN "Wastewater Surveillance for SARS-CoV-2 Variants" website. In contrast to the median 28-day turnaround for our samples, the lead time from sample collection to public release of raw sequence data via NCBI was remarkably swift, accomplished within a mere 57 hours in this specific exercise. Our processing, sequencing, and analysis methods empowered the swift and accurate detection of SC2 trends and circulating variants within a community, offering insights for public health decision-making.

Autores: Padmini Ramachandran, Tunc Kayikcioglu, Tamara Walsky, Kathryn Judy, Jasmine Amirzadegan, Candace Hope Bias, Bereket Tesfaldet, Maria Balkey, Dietrich EppSchmidt, Hugh Rand, James Pettengill, Sandra Tallent, Eric Brown, Tina Pfefer, Ruth Timme, Amanda Windsor, Christopher Grim, Maria Hoffmann

Última atualização: 2024-12-11 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.10.24318772

Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.10.24318772.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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