A Jornada do DNA Saltador
Elementos transponíveis pulam entre espécies, revelando os segredos do compartilhamento genético.
Héloïse Muller, Rosina Savisaar, Jean Peccoud, Sylvain Charlat, Clément Gilbert
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Índice
Elementos Transponíveis (ETs) são pedacinhos de DNA que conseguem se mover dentro de um genoma. Esses elementos genéticos podem pular de um lugar para outro e podem se multiplicar, meio que como crianças pulando em um trampolim – elas sobem, descem e, às vezes, acabam em um lugar diferente. Normalmente, os ETs são transmitidos de pais para filhos por meio da reprodução, mas também podem mudar de genoma entre diferentes Espécies, um fenômeno conhecido como Transferência Horizontal.
O que é Transferência Horizontal?
Transferência horizontal de ETs é quando esses elementos pulam entre organismos diferentes, ao invés de serem apenas herdados dos pais. Esse processo pode ajudar os ETs a sobreviver ao longo do tempo evolutivo. É como um jogo de cadeiras musicais, onde as cadeiras são Genomas diferentes e os jogadores são os ETs tentando encontrar um novo lar. A capacidade dos ETs de se mover dessa forma é importante porque eles formam uma parte significativa dos cromossomos de muitas espécies.
Mesmo sabendo que a transferência horizontal é um evento comum, as formas exatas pelas quais os ETs viajam entre espécies ainda não são totalmente compreendidas. Alguns pesquisadores acham que eles podem pegar carona em vírus ou pacotes celulares pequenos. Outros acreditam que pode ser algo mais direto, movendo-se em situações como predação ou parasitismo. Infelizmente, a maior parte das evidências para essas transferências é indireta, baseada nos vestígios genéticos que os ETs deixam para trás, e não apenas observando-os em ação.
Investigações Históricas
Há mais de três décadas, cientistas têm estudado essas pistas para descobrir mais sobre como os ETs são transferidos. Eles descobriram casos de transferência horizontal em vários grupos, incluindo fungos, plantas e animais. No entanto, não havia dados suficientes para esclarecer o que causa essas transferências ou quais fatores as afetam.
Mais recentemente, estudos maiores focaram nas relações entre diferentes organismos e como isso pode ajudar a entender as transferências de ETs. Descobriu-se que espécies intimamente relacionadas tendem a compartilhar mais transferências horizontais em comparação com aquelas que estão mais distantes. Essa descoberta é parecida com pegar emprestado um livro do seu primo, mas não de alguém que você mal conhece.
Curiosamente, esses estudos mostraram que, quando se trata de insetos e plantas, ter uma origem geográfica compartilhada também pode levar a uma taxa mais alta de transferências. Em termos simples, se duas espécies vivem na mesma área, é mais provável que troquem material genético. Algum grupo em ambientes aquáticos, como certos peixes, parecia ser um ponto quente para essas transferências, sugerindo que viver na água pode facilitar os pulos dos ETs entre espécies.
O Debate Aquático vs. Terrestre
Há uma hipótese rolando por aí que habitats aquáticos são mais adequados para a transferência horizontal de ETs em comparação com habitats terrestres. Essa ideia vem da observação de que a água muitas vezes contém muito DNA livre, que os ETs podem pegar mais facilmente em comparação com a terra. No entanto, essa ideia ainda precisa ser totalmente testada.
Os pesquisadores também perceberam que entender o quão relacionadas as espécies são pode ser um fator crucial que influencia essas transferências. Se duas espécies estão distantes uma da outra, elas podem não interagir muito, dificultando o salto dos ETs entre elas.
Para ter uma imagem mais clara de como o habitat e a relação entre espécies afetam as transferências de ETs, os cientistas recentemente abordaram essas questões em uma escala maior. Eles coletaram informações de uma variedade de grupos que tinham participantes tanto terrestres quanto aquáticos. Usando um conjunto de dados abrangente e cuidadosamente planejado, eles pretendiam estudar como tanto as condições ambientais quanto a relação genética contribuem para a transferência horizontal de ETs.
Coletando os Dados
Os pesquisadores coletaram montagens de genomas de 121 espécies aquáticas e 126 terrestres, garantindo cobrir uma gama diversificada de tipos de animais. Eles escolheram especificamente espécies de diferentes grupos taxonômicos que fizeram a transição entre viver na água e na terra em vários pontos de sua história evolutiva.
Os ETs foram identificados dentro de todas essas espécies, e um enorme banco de dados de sequências de ETs foi criado. Isso permitiu que os pesquisadores reconhecessem quantas cópias de ETs estavam presentes no genoma de cada espécie e com que frequência eles conseguiam se transferir.
Por fim, eles usaram métodos rigorosos para identificar eventos de transferência horizontal, procurando ETs que mostrassem similaridade significativa entre diferentes espécies. Quando esses ETs eram encontrados em múltiplos genomas, isso sugeria que eles tinham pulado de uma espécie para outra.
Contando as Transferências
Usando uma abordagem sistemática, os pesquisadores identificaram dezenas de milhões de ocorrências de ETs que indicavam que transferências horizontais tinham acontecido. Eles então refinaram essas contagens para identificar eventos de transferência independentes, levando a um total de cerca de 5.952 transferências entre as espécies estudadas.
Surpreendentemente, nessa análise extensa, ficou claro que certos tipos de ETs, particularmente elementos da Classe 2 (transposons de DNA), tinham taxas de transferência horizontal mais altas em comparação com a Classe 1 (retrotransposons). Essa descoberta foi surpreendente porque sugeriu que a abundância de ETs em certas espécies não significava necessariamente que elas eram mais propensas a transferências horizontais.
Enfrentando o Desafio Aquático vs. Terrestre
À medida que a pesquisa progrediu, a ideia foi colocada à prova para ver se espécies aquáticas realmente tinham mais transferências horizontais em comparação com suas contrapartes terrestres. Um método inteligente foi usado onde amostras foram retiradas aleatoriamente de ambos os habitats, e o número de transferências horizontais foi comparado. As descobertas não apontaram para nenhuma evidência significativa de que habitats aquáticos eram realmente superiores para essas transferências.
Em uma reviravolta engraçada, parece que o grupo aquático pode não ter tantas vantagens para os ETs quanto se pensava antes. O estudo destacou que a semelhança de habitat pode ser mais benéfica para transferências horizontais do que o ambiente aquático em si. Em outras palavras, não se trata sempre de fazer ondas; às vezes, é sobre quem você conhece!
O Papel da Relação
Os pesquisadores continuaram sua análise examinando como a relação entre espécies influenciava as transferências de ETs. Ficou claro que espécies intimamente relacionadas tinham uma maior probabilidade de transferir ETs entre si, sugerindo que a proximidade genética as tornava mais propensas a compartilhar esses elementos genéticos. Isso também significava que, à medida que as espécies se tornavam mais distantes, as chances de transferência de ETs caíam significativamente.
Usando uma abordagem de modelagem, a equipe conseguiu avaliar essas relações com mais precisão. Eles descobriram que muitas espécies envolvidas nas transferências mostravam uma tendência consistente: quanto mais próximas eram as espécies em termos de relações evolutivas, mais transferências ocorriam.
Descobertas e Conclusões
Os resultados desse estudo extenso revelaram insights significativos sobre como os ETs se movem entre espécies. Destacou que a influência da relação filogenética é ampla entre grupos de animais. Os pesquisadores concluíram que, embora ambientes aquáticos possam ter sido pensados como promotores de transferências horizontais, as evidências apontaram mais para a favorabilidade da semelhança de habitat e genética.
As descobertas sugerem que, como amigos em uma festa, os animais podem compartilhar mais diversão (ou, neste caso, DNA) quando estão intimamente ligados. Os resultados também abrem novas avenidas para explorar como outros fatores podem moldar a transferência horizontal no futuro.
Dada a teia intrincada de relações na natureza, entender como os ETs se espalham é crucial não apenas para a genética, mas também para compreender as implicações mais amplas para a evolução e a ecologia. Então, aí está: os ETs podem estar pulando como crianças em um parquinho, mas o que importa mesmo é com quem eles brincam, mais do que apenas o equipamento disponível.
Implicações para Pesquisas Futuras
As descobertas do estudo destacam a importância de considerar vários fatores na pesquisa genética. Ao levar em conta tanto habitat quanto relações genéticas, os cientistas podem melhorar sua compreensão das transferências horizontais. Isso pode levar a novos métodos de explorar como elementos genéticos se espalham entre organismos e como esses mecanismos impactam a evolução.
À medida que os pesquisadores continuam a investigar essas dinâmicas, talvez descubramos mais sobre como o material genético viaja pela vida na Terra. As interações entre ETs e seus hospedeiros podem revelar histórias fascinantes sobre a interconexão de todos os seres vivos.
Em conclusão, enquanto os ETs podem ter uma habilidade especial para pular por aí, entender as regras do jogo deles fornece insights valiosos que vão muito além do mundo da genética. Seja através da água ou da terra, as maneiras como esses elementos transferem ressaltam as relações complexas que moldam a vida em si. Então, fique de olho nesses elementos inquietos – eles podem guardar a chave para alguns dos quebra-cabeças mais interessantes da natureza!
Fonte original
Título: Phylogenetic relatedness rather than aquatic habitat fosters horizontal transfer of transposable elements in animals
Resumo: Horizontal transfer of transposable elements (HTT) is an important driver of genome evolution, yet the factors conditioning this phenomenon remain poorly characterized. Here, we screened 247 animal genomes from four phyla (annelids, arthropods, mollusks, chordates), spanning 19 independent transitions between aquatic and terrestrial lifestyles, to evaluate the suspected positive effects of aquatic habitat and of phylogenetic relatedness on HTT. Among the 5,952 independent HTT events recovered, the vast majority (>85%) involve DNA transposons, of which Mariner-like and hAT-like elements have the highest rates of horizontal transfer, and of intra-genomic amplification. Using a novel approach that circumvents putative biases linked to phylogenetic inertia and taxon sampling, we found that HTT rates positively correlate with similarity in habitat type but were not significantly higher in aquatic than in terrestrial animals. However, modelling the number of HTT events as a function of divergence time in a Bayesian framework revealed a clear positive effect of phylogenetic relatedness on HTT rates in most of the animal species studied (162 out of 247). The effect is very pronounced: a typical species is expected to show 10 times more transfers with a species it diverged from 125 million years (My) ago than with a species it diverged from 375 My ago. Overall, our study underscores the pervasiveness of HTT throughout animals and the impact of evolutionary relatedness on its dynamics. Significance statementGenetic material can be transmitted between organisms through other means than reproduction, in a process called horizontal transfer. The mechanisms and factors underlying this phenomenon in animals remain unclear, although it often involves transposable elements (TEs). TEs are DNA segments capable of jumping within genomes, but also occasionally between individuals. Here, we show evidence for nearly 6,000 transfers of TEs among animals, based on genomic comparisons among 247 species of annelids, arthropods, chordates and mollusks. Contrarily to expectations, we found no excess in the rates of transfers in aquatic versus terrestrial animals. By contrast, most analyzed species appeared engaged in many more horizontal transfers with close than with distant relatives, highlighting the strong impact of phylogenetic relatedness on horizontal transfers of TEs.
Autores: Héloïse Muller, Rosina Savisaar, Jean Peccoud, Sylvain Charlat, Clément Gilbert
Última atualização: 2024-12-21 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.18.629015
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.18.629015.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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