Salvando o Freixo Comum: Uma Abordagem Genética
Cientistas querem proteger os freixos de doenças com pesquisas genéticas.
Sara Franco Ortega, James A. Bedford, Sally R. James, Katherine Newling, Peter D. Ashton, David H. Boshier, Jo Clark, Susan E. Hartley, Andrea L. Harper
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Índice
- A Importância da Diversidade Genética
- Construindo um Melhor Genoma de Freixo
- O Papel da Metilação do DNA
- Métodos para Descobrir Diversidade Genética
- A Busca por Marcadores de Expressão Gênica
- Ligando Expressão Gênica e Fenologia
- Investigando Epigenética e Resistência a Doenças
- Conclusão: Um Caminho a Seguir para o Freixo Comum
- Fonte original
- Ligações de referência
O freixo comum, conhecido cientificamente como Fraxinus excelsior, é uma árvore que rola na Europa. É uma árvore de tamanho médio que deixa o nosso paisagem mais bonita enquanto dá abrigo pra vários bichos. Mas essa árvore alegre tá enfrentando sérios problemas com alguns insetos e doenças que podem acabar com grandes populações.
Um inimigo famoso é o besouro do freixo esmeralda, um inseto que vem da Ásia. As larvas desse besouro se alimentam da casca interna da árvore, causando um estrago. Mas o maior desafio é uma doença fúngica chamada queda do freixo, causada por um fungo chamado Hymenoscyphus fraxineus. Esse fungo tá causando estrago desde que foi avistado pela primeira vez na Polônia nos anos 90. Desde então, ele se espalhou pela Europa, exterminando mais de 90% das árvores de freixo, incluindo as do Reino Unido.
Os sintomas da queda do freixo não são nada bonitos. As folhas começam a murchar e a aparecer manchas escuras, até que a árvore morre. Essa doença não é só uma complicação qualquer; é uma crise total pra população de freixos na Europa. Apenas cerca de 5% das árvores mostram alguma resistência a essa queda, tornando os esforços de conservação urgentes.
A Importância da Diversidade Genética
Pra lidar com essas ameaças, os cientistas estão investindo em programas de cruzamento de árvores. O objetivo é manter a diversidade genética enquanto escolhem árvores com características legais, como resistência a pragas e doenças. Acontece que a composição genética de uma árvore tem um papel bem importante em como ela reage a vários desafios.
Os métodos tradicionais de cruzamento levam tempo e nem sempre funcionam. Aí entra a pesquisa genômica. Usando técnicas genômicas avançadas, os pesquisadores podem explorar populações selvagens de freixos e identificar genes que ajudam na resistência a doenças. Estudos de associação em todo o genoma ajudam a localizar genes específicos relacionados a características como resistência à queda do freixo.
Em um estudo, os pesquisadores encontraram mais de 3.000 marcadores genéticos relacionados à saúde da árvore, permitindo prever quais árvores poderiam sobreviver à doença. Mas o referencial genômico anterior que usaram não era preciso o suficiente, levando a possíveis erros nas descobertas.
Construindo um Melhor Genoma de Freixo
Pra ter informações genéticas mais precisas, os cientistas foram atrás de criar uma melhor montagem do genoma do freixo comum. Eles coletaram amostras de árvores, especialmente de uma população dinamarquesa que foi muito afetada pela queda do freixo. Usando tecnologia de sequenciamento moderna, eles geraram leituras longas, que ajudaram a construir um genoma mais completo.
Uma vez que o genoma foi montado, os pesquisadores analisaram dados do sequenciamento de RNA. Esse processo ajuda a descobrir quais genes estão ativos em diferentes estágios da vida de uma árvore. Comparando a atividade gênica entre árvores tolerantes e suscetíveis, eles encontraram vários novos genes associados à resistência à queda do freixo.
Uma vantagem fascinante dos novos métodos de sequenciamento é a capacidade de detectar locais no genoma onde o DNA é quimicamente modificado, conhecido como metilação. Essa metilação pode afetar como os genes são expressos e pode ter um papel em como as árvores respondem a estressores como doenças.
Metilação do DNA
O Papel daA metilação do DNA é como um interruptor dimmer pra luzes. Em vez de ligar ou desligar uma luz, ela ajusta quão brilhante ela brilha. No caso das árvores, isso significa que certos genes podem ser regulados com base em sinais ambientais ou biológicos. Por exemplo, as árvores podem mudar a expressão gênica em resposta a doenças, o que pode ajudá-las a sobreviver.
No estudo, os pesquisadores queriam ver como padrões de metilação diferiam entre árvores mais tolerantes à queda do freixo e aquelas mais suscetíveis. Eles focaram em alguns genes específicos, conhecidos como marcadores de expressão gênica, que mostraram diferenças significativas nos níveis de expressão.
Comparando os níveis de metilação nas regiões promotoras desses genes, eles encontraram resultados interessantes. Em árvores suscetíveis, certos genes relacionados à resistência tinham níveis de metilação mais altos, o que provavelmente suprimia sua expressão. Enquanto isso, árvores tolerantes tinham metilação mais baixa nessas regiões, permitindo que genes essenciais fossem ativados contra a doença.
Métodos para Descobrir Diversidade Genética
A equipe de pesquisa começou extraindo DNA de folhas de um freixo que já tinha sido estudado. Eles seguiram um protocolo específico pra garantir que o DNA fosse de alta qualidade pra sequenciamento. Depois de preparar o DNA, eles sequenciaram usando tecnologia avançada pra gerar uma grande quantidade de dados.
Depois, eles focaram em montar esses dados genômicos em um genoma coerente. Usaram várias ferramentas de software pra classificar e analisar as sequências, removendo dados de baixa qualidade. O genoma montado foi então anotado pra identificar genes e outros elementos dentro dele.
Pra entender como as árvores de freixo na Dinamarca estavam se saindo em termos de diversidade genética, os pesquisadores mapearam os dados de sequenciamento de RNA contra o novo genoma montado. Isso permitiu identificar variações nos genes entre as árvores, o que poderia estar ligado à capacidade delas de resistir à queda do freixo.
A Busca por Marcadores de Expressão Gênica
Através da análise dos dados, um número impressionante de marcadores de expressão gênica foi identificado. Esses marcadores ajudam a entender como diferentes árvores reagem à doença da queda do freixo. No total, 175 marcadores foram encontrados, significando genes que estavam relacionados à gravidade do impacto da doença.
Entre eles, vários foram classificados como genes do tipo MADS-box. Esses genes desempenham papéis cruciais no desenvolvimento das plantas e na resposta a mudanças ambientais. Eles são como os maestros de uma orquestra, ajudando a coordenar como uma planta cresce e reage ao estresse.
Estudando as relações filogenéticas entre esses genes, os pesquisadores descobriram que os genes MADS-box podem estar ligados ao tempo de floração e outros processos-chave que podem influenciar a rapidez com que uma árvore consegue reagir à pressão da doença.
Ligando Expressão Gênica e Fenologia
Essa descoberta abriu uma compreensão mais ampla de como o timing dos eventos da vida, conhecido como fenologia, pode afetar a resistência a doenças. Pra árvores, a fenologia envolve processos como brotação na primavera, floração e queda das folhas no outono.
Estudando as árvores de freixo, foi constatado que aquelas com tendências de floração mais cedo podem ter uma chance melhor de sobreviver à queda do freixo. Ao examinar a expressão gênica durante estações específicas, os pesquisadores conseguiram ver quais árvores eram mais propensas a sobreviver.
Os genes MADS-box foram encontrados como tendo um papel crítico nesse timing. Os pesquisadores observaram que a expressão de certos genes MADS-box estava associada a menores pontuações de danos pela doença, sugerindo que árvores que conseguiam ativar esses genes mais efetivamente poderiam se sair melhor contra o fungo.
Investigando Epigenética e Resistência a Doenças
O estudo também explorou como mudanças epigenéticas, influenciadas por fatores ambientais, poderiam afetar a expressão gênica. Ao observar as diferenças nos padrões de metilação do DNA, os pesquisadores puderam identificar quais genes seriam provavelmente impactados pela queda do freixo.
Enquanto comparavam árvores tolerantes e suscetíveis, notaram variações nos níveis de metilação para genes específicos. Por exemplo, metilação mais alta foi observada nos promotores de genes que ajudam a combater a queda do freixo em árvores suscetíveis, sugerindo que esses genes não estavam sendo totalmente utilizados.
Essa descoberta implica que ajustar os níveis de metilação poderia ser uma estratégia pra melhorar a sobrevivência das árvores de freixo contra essas doenças. Embora os resultados sejam promissores, estudos maiores precisam ser realizados pra confirmar esses padrões em mais árvores.
Conclusão: Um Caminho a Seguir para o Freixo Comum
A pesquisa traz esperança pro futuro das árvores de freixo comuns na Europa. Ao entender melhor a diversidade genética, a expressão gênica e o papel da metilação do DNA, os cientistas podem preparar melhor as árvores pra encarar as ameaças de pragas e doenças.
As idéias tiradas desse estudo podem levar a programas de cruzamento de árvores mais eficazes, visando aumentar a resistência das árvores de freixo. Com esforços contínuos e avanços na tecnologia, talvez consigamos salvar o freixo comum de seus sérios adversários.
Resumindo, as árvores de freixo comuns têm um papel vital nas nossas florestas, mas elas precisam da nossa ajuda pra prosperar diante de desafios sérios. Combinando pesquisa genética com uma compreensão mais profunda da biologia, podemos dar a essas árvores a melhor chance de continuar a florescer em nossas paisagens por gerações. Então, da próxima vez que você passar por um freixo, lembre-se que pode ser um pequeno guerreiro, lutando pra atravessar as dificuldades da vida!
Fonte original
Título: Fraxinus excelsior updated long-read genome reveals the importance of MADS-box genes in tolerance mechanisms against ash dieback
Resumo: Ash dieback caused by the fungus Hymenoscyphus fraxineus has devastated the European ash tree population since it arrived in Europe in 1992. Great effort has been put into breeding programmes to increase the genetic diversity of ash trees and find heritable genetic markers associated with resistance, or tolerance mechanisms, to ash dieback. To facilitate identification of molecular markers, we used Oxford Nanopore Technologies combined with Illumina sequencing to obtain an accurate and contiguous ash genome. We used this genome to reanalyse transcriptome data from a Danish ash panel of 182 tree accessions. Using associative transcriptomics, we identified 175 gene expression markers (GEMs), including 11 genes annotated as dormancy MADS-box transcription factors which are associated with ash bud dormancy, flowering and senescence. We hypothesize that tolerant trees both break dormancy earlier in the year by increasing the expression of flowering-related SOC1 MADS-box and reducing the expression of SVP-like MADS-box, whilst also accelerating senescence by increasing the expression of JOINTLESS MADS-box genes. DNA methylation differences in the promoters of MADS-box genes between one tolerant and one susceptible tree indicate potential epigenetic regulation of these traits. Article SummaryAsh dieback has devastated European ash tree populations. To aid in breeding programmes focused on finding solutions against this pathogen, we have assembled a new ash genome. This new genome helped us to identify genes related to tree biological life cycles, expressed differently in tolerant and susceptible trees. For the first time, we have also discovered that susceptible and tolerant trees showed different DNA methylation frequencies in those genes, suggesting epigenetic regulation. DNA methylation can turn on/off gene expression without changing the DNA sequence. These genes, and their regulatory elements, are ideal targets during breeding programmes combating this pathogen.
Autores: Sara Franco Ortega, James A. Bedford, Sally R. James, Katherine Newling, Peter D. Ashton, David H. Boshier, Jo Clark, Susan E. Hartley, Andrea L. Harper
Última atualização: 2024-12-21 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.20.629733
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.20.629733.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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