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# Biologia # Genómica

O Mistério das Espécies de Lampreia

Cientistas estão pesquisando a genética das lampreias de rio e riacho pra determinar a classificação das espécies.

Ole K. Tørresen, Benedicte Garmann-Aarhus, Siv Nam Khang Hoff, Sissel Jentoft, Mikael Svensson, Eivind Schartum, Ave Tooming-Klunderud, Morten Skage, Anders Krabberød, Leif Asbjørn Vøllestad, Kjetill S. Jakobsen

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Espécies de Lampreia: Um Espécies de Lampreia: Um Quebra-Cabeça Genético lampreias. sobre as relações genéticas das Pesquisas revelam novas informações
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Os peixes de água doce são encontrados em muitos lugares, como lagos, rios e córregos. Esses peixes costumam viajar entre diferentes lar, indo de rios para lagos. Alguns até fazem jornadas até mares salgados! Esses viajantes especiais são chamados de peixes diádromos. Entre eles, muitos peixes, especialmente nos lagos que se formaram depois que as geleiras derreteram, mostram uma variedade de formas e tamanhos. Tem gente que acha até que formas diferentes podem significar Espécies diferentes.

O Desafio de Identificar Espécies

Identificar o que faz um peixe ser uma espécie diferente pode ser difícil. Isso é especialmente verdade para certos grupos, como os Salmoniformes, que incluem trutas, char e peixes brancos. A confusão não para só nos peixes de água doce, não. Tem muitos exemplos complicados em águas salgadas onde espécies parecidas também vivem.

Uma família complicada de peixes é a lampreia. Lampreias podem ser peixes de água doce não parasitas ou maiores, migratórios que sugam a vida de outros peixes. Por exemplo, a lampreia do rio europeu é um peixe migratório, enquanto a lampreia do riacho fica na água doce e não se alimenta quando atinge a maturidade. Esses dois são muito próximos, mas têm estilos de vida bem diferentes.

Apesar de muitos estudos analisarem seu DNA, os cientistas não conseguem afirmar com certeza se essas lampreias são espécies separadas ou apenas dois tipos do mesmo peixe. As larvas da lampreia do rio e da lampreia do riacho parecem semelhantes, já que ambas se alimentam filtrando comida do fundo dos córregos durante vários anos. Mas quando elas atingem a idade adulta, a coisa muda! A lampreia do riacho desenvolve olhos e uma boca de sucção, para de comer e completa seu ciclo de vida na mesma água doce em que cresceu. Enquanto isso, a lampreia do rio migra para lagos ou o mar, se alimentando de peixes maiores antes de voltar para os rios para se reproduzir e morrer.

Uma pergunta que não se cala: As diferenças na aparência e estilo de vida são resultado de seus genes ou podem mudar com o ambiente?

Estudos de DNA e Especificação

Os cientistas realizaram vários estudos de DNA sobre essas lampreias, mas nenhum encontrou diferenças claras que sugeririam que elas são espécies diferentes. Alguns pesquisadores acham que as lampreias do rio e do riacho podem estar em estágios diferentes de se tornarem espécies separadas, dependendo de onde vivem. Eles acreditam que estudos mais detalhados usando sequenciamento de genoma completo são necessários para observar não apenas pequenas mudanças no DNA, mas também mudanças estruturais maiores, como rearranjos de cromossomos.

Para isso, é essencial ter Genomas de referência de alta qualidade para os dois tipos de lampreia. Trabalhos científicos recentes forneceram dois genomas detalhados em nível de cromossomo para a lampreia do rio (Lampetra fluviatilis) e a lampreia do riacho (Lampetra planeri). Usando tecnologia de sequenciamento avançada, os pesquisadores criaram mapas detalhados do DNA delas.

Coletando Amostras

Para obter o DNA necessário, os cientistas coletaram exemplares de lampreia de diferentes lugares na Escandinávia. Eles pegaram a lampreia do rio na Noruega e a lampreia do riacho na Suécia. Depois de processar esses peixes com cuidado, os pesquisadores enviaram as amostras para um centro de sequenciamento para análise.

Preparando para Sequenciamento

No laboratório, o DNA foi extraído do sangue e dos tecidos das lampreias. Os cientistas seguiram protocolos rigorosos para garantir um DNA de alta qualidade. Isso envolveu várias etapas, incluindo a limpeza do DNA e a verificação de sua qualidade para garantir precisão no processo de sequenciamento.

Uma vez que o DNA estava pronto, os pesquisadores o sequenciaram usando tecnologia avançada. Eles prepararam amostras e as sequenciaram usando bibliotecas especiais que ajudam a registrar as sequências de DNA com precisão. Os cientistas também usaram outro método para capturar a estrutura tridimensional do DNA da lampreia, o que os ajuda a entender como o DNA está organizado.

Montando os Genomas

Depois do sequenciamento, os pesquisadores precisavam montar os genomas das lampreias. Eles usaram várias ferramentas de software para juntar os pedaços de DNA com base nas sequências obtidas. O resultado foi duas montagens separadas para cada tipo de lampreia.

Os tamanhos totais dos genomas concluídos foram impressionantes, com a montagem da lampreia do rio sendo maior que a da lampreia do riacho. A qualidade das montagens também foi verificada para garantir a completude e potenciais erros. Isso é crucial, já que um genoma de alta qualidade pode revelar muito sobre a genética e a biologia de um organismo.

Métricas de Montagem do Genoma

Os cientistas reuniram várias métricas para avaliar a qualidade de seus genomas montados. Eles acharam as montagens bem completas, com uma alta porcentagem de genes conhecidos presentes. Esse desempenho forte significa que eles podem confiar em suas descobertas ao comparar as duas espécies de lampreia.

Comparando os Genomas

Com os genomas montados, os pesquisadores começaram a comparar os genomas das lampreias do rio e do riacho. Eles buscaram semelhanças e diferenças nas sequências de DNA. Surpreendentemente, descobriram que os dois tipos de lampreia compartilham muitas semelhanças, o que gerou perguntas sobre se realmente são espécies diferentes.

Os cientistas também compararam suas descobertas com outra espécie de lampreia, a lampreia do mar. Diferenças na ordem dos genes e no layout cromossômico foram notadas, apontando para mudanças evolutivas que aconteceram ao longo do tempo.

O Enigma da Synteny

Um aspecto interessante da pesquisa foi o estudo da synteny, ou a conservação da ordem gênica entre espécies relacionadas. Ao comparar as lampreias, os pesquisadores notaram que havia muitos padrões gênicos conservados, sugerindo que as lampreias compartilham uma ancestralidade comum. Eles também observaram algumas diferenças, principalmente ao observar a lampreia do mar.

Os pesquisadores descobriram que rearranjos significativos de genes ocorreram ao longo do tempo, com alguns cromossomos mostrando mais mudanças que outros. Isso abre uma discussão maior sobre como as lampreias evoluíram e se adaptaram aos seus ambientes.

O Que Isso Significa para a Classificação de Espécies?

As descobertas levantam questões importantes sobre como classificamos as espécies. Se as lampreias do rio e do riacho são realmente muito semelhantes, talvez estejamos olhando para um complexo de espécies em vez de duas entidades separadas. Os pesquisadores sugerem que estudos futuros devem examinar indivíduos de vários locais pela Europa e incluir peixes em diferentes estágios de vida para criar uma imagem mais clara de seu relacionamento.

Conclusão

O estudo das lampreias de água doce se revela uma exploração fascinante da genética, evolução e das complexidades da natureza. Enquanto os pesquisadores descobriram detalhes empolgantes, muitas perguntas ainda permanecem sem resposta. O mundo dos peixes é diverso e complexo, e à medida que os cientistas continuam seu trabalho, podemos aprender mais sobre como essas criaturas se encaixam na tapeçaria mais ampla da vida. Quem sabe, talvez um dia tenhamos uma enciclopédia de lampreias!

Através da cuidadosa análise do DNA, os pesquisadores estão juntando as histórias desses peixes notáveis. Com humor, paciência e uma pitada de curiosidade, eles continuam desvendando os mistérios que nadam logo abaixo da superfície.

Fonte original

Título: Comparison of whole-genome assemblies of European river lamprey (Lampetra fluviatilis) and brook lamprey (Lampetra planeri)

Resumo: We present haplotype-resolved whole-genome assemblies from two individuals of the sister species the European river lamprey (Lampetra fluviatilis) and the brook lamprey (Lampetra planeri). The genome assemblies for L. fluviatilis consists of pseudo-haplotype one, spanning 1073 megabases and 963 megabases for pseudo-haplotype two. For L. planeri, the genome assemblies span 1049 megabases and 960 megabases for pseudo-haplotypes one and two, respectively. The river lamprey assemblies have been scaffolded into 82 pseudochromsomes for both pseudo-haplotypes, with the same number for L. planeri. All four haplotype assemblies were annotated, identifying 21,479 and 16,973 genes in pseudo-haplotypes one and two for L. fluviatilis, and 24,961 and 21,668 genes in pseudo-haplotypes one and two for L. planeri. A comparison of the genomes of L. fluviatilis and L. planeri, alongside a separate chromosome level assembly of L. fluviatilis from the UK, indicates that they form a species complex, potentially representing distinct ecotypes. This is further supported by phylogenetic analyses of the three reference Lampetra genomes in addition to sea lamprey.

Autores: Ole K. Tørresen, Benedicte Garmann-Aarhus, Siv Nam Khang Hoff, Sissel Jentoft, Mikael Svensson, Eivind Schartum, Ave Tooming-Klunderud, Morten Skage, Anders Krabberød, Leif Asbjørn Vøllestad, Kjetill S. Jakobsen

Última atualização: Dec 26, 2024

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.06.627158

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.06.627158.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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