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Fábricas Celulares Microbianas: Um Novo Caminho a Seguir

Cientistas desenvolvem microrganismos pra usar metanol na produção de químicos sustentáveis.

Miguel Paredes-Barrada, Annemieke S. Mathissen, Roland A. van der Molen, Pablo J. Jiménez-Huesa, Machiel Eduardo Polano, Stefano Donati, Miriam Abele, Christina Ludwig, Richard van Kranenburg, Nico J. Claassens

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Fábricas celulares microbianas são tipo pequenas fábricas que usam microrganismos pra fazer coisas que a gente precisa, como uma padaria usa massa de pão. Elas podem produzir vários químicos como etanol, que tá nas suas bebidas favoritas, e lactato, que é usado na comida. Esse processo tá se tornando popular porque pode ser feito de um jeito mais eco-friendly.

A Busca por Matérias-Primas Sustentáveis

Na maioria das vezes, essas fábricas microbianas usam açúcar das plantas como o ingrediente principal. Mas tem uma pressão pra usar outros tipos de ingredientes que não dependam tanto da agricultura. Tem que manter as árvores e os animais felizes, né? Então, os cientistas querem encontrar novos ingredientes que venham de fontes renováveis—coisas como resíduos de plantas ou até dióxido de carbono.

Entre as alternativas, as matérias-primas de um carbono são bem legais. Esses são compostos simples como ácido fórmico, monóxido de carbono e, claro, Metanol. Metanol é super interessante porque pode ser feito de resíduos, CO2, água e energia renovável. Isso faz dele um forte candidato pra produzir os químicos que precisamos sem prejudicar nosso planeta.

A Magia do Metanol

O metanol pode ser utilizado por certos microrganismos que têm caminhos especiais pra crescer e se dar bem com ele. Pense nesses caminhos como autoestradas únicas pros micróbios, permitindo que eles cheguem direto ao crescimento que desejam usando metanol como combustível. Uma das rotas mais eficientes entre essas se chama ciclo RuMP. É como uma faixa expressa!

Pra começar, os micróbios convertem metanol em Formaldeído usando uma enzima chamada metanol desidrogenase (Mdh). Depois, por meio de uma série de reações, eles podem transformar isso em produtos úteis. Mas, a primeira etapa de transformar metanol em formaldeído pode ser um pouco difícil pra esses pequenos trabalhadores, meio que como subir uma ladeira íngreme de bike.

Entram os Amigos Termofílicos

É aqui que os organismos termofílicos entram em cena. Esses são micróbios que se dão bem em ambientes quentes. Eles podem trabalhar mais rápido porque têm uma habilidade especial de acelerar suas reações—até as mais difíceis! Um microrganismo termofílico bem conhecido, Bacillus methanolicus, consegue crescer bem em metanol. Mas a questão é: não é tão fácil de cultivar no laboratório.

Os cientistas querem criar novos termófilos que possam ser facilmente cultivados e também produzir químicos a partir do metanol. Um candidato promissor se chama Parageobacillus thermoglucosidasius. É um nome complicado, mas esse micróbio tem potencial pra ser o super-herói que a gente precisa.

Fazendo Mudanças nos Micróbios

No passado, os cientistas tentaram ensinar micróbios que não comem metanol a aprender alguns truques novos, muitas vezes pegando habilidades dos amantes de metanol. Eles conseguiram algum sucesso com bactérias como E. coli e leveduras, mas fazer essas mudanças em termófilos tem sido um desafio.

Então, o que os cientistas fazem? Eles usam abordagens mistas, uma combinação de mudanças cuidadosamente planejadas e deixar a natureza trabalhar sua mágica. É como tentar ensinar um truque novo pro seu cachorro enquanto também deixa ele descobrir as coisas por conta própria.

A Aventura Começa

Em um experimento recente, os cientistas tentaram criar uma cepa de P. thermoglucosidasius que pudesse crescer em metanol. Eles começaram derrubando certos genes, fazendo os micróbios dependerem do metanol pra crescer. Pense nisso como tirar uma muleta de uma criança aprendendo a andar.

Uma vez que tiveram essa nova cepa, eles a testaram. Cresceram ela com uma mistura de ribose (um açúcar) e metanol. Depois de esperar um pouco (e ter um pouco de paciência), eles descobriram que a nova cepa conseguiu realmente crescer! Foi como assistir a um milagre acontecer bem na frente deles.

Prova de Conceito com Rotulagem 13C

Pra garantir que o novo método estava funcionando, os pesquisadores foram um passo além. Eles introduziram uma versão especial de metanol que era rotulada com carbono-13, uma versão mais pesada do carbono. Isso permitiu que eles rastreassem enquanto os micróbios incorporavam isso em seus corpos. Eles descobriram que uma boa parte dos novos aminoácidos produzidos nos micróbios continha o carbono-13. Essa foi uma forte evidência de que os micróbios estavam de fato usando metanol pra crescer!

Indo Mais Fundo nos Genomas

Animados com suas descobertas, os cientistas sequenciaram os genomas de suas novas cepas. Isso ajudou a desvendar as mudanças genéticas que ocorreram durante seu pequeno experimento. Eles descobriram mutações em genes-chave que provavelmente ajudaram os micróbios a se adaptarem à sua nova dieta de metanol.

Alguns genes se mostraram mais ativos do que antes, tornando as Enzimas que ajudam no mesmo processo mais abundantes. Uma dessas enzimas, AdhT, parecia ser um novo jogador potencial no jogo da oxidação do metanol. Parecia uma boa promessa pra ajudar o microrganismo converter metanol nos compostos úteis que eles precisam.

O Papel de AdhT e Amigos

Depois de muitos testes e análises, os cientistas confirmaram que AdhT realmente conseguia oxidar metanol. Isso foi importante porque ter uma enzima confiável pra fazer essa etapa significa que todo o processo de converter metanol em produtos úteis poderia ser mais eficiente.

Além disso, eles descobriram que outras enzimas, como HxlA e HxlB, também estavam mais ativas na cepa modificada. Essas enzimas trabalham juntas no ciclo RuMP, ajudando os micróbios a aproveitarem os recursos disponíveis da melhor forma. Era como se a fábrica microbiana de repente tivesse encontrado um jeito de operar em alta velocidade.

Entendendo a Desintoxicação do Formaldeído

Na jornada de descobertas, os pesquisadores também tiveram que lidar com o formaldeído, um subproduto tóxico da oxidação do metanol. Foi como descobrir que o sorvete que você ama tinha um ingrediente super assustador que o tornava quase impossível de comer!

A maioria dos organismos tem maneiras de lidar com o formaldeído, e P. thermoglucosidasius parecia ter múltiplos métodos pra lidar com isso. Os pesquisadores exploraram diferentes sistemas e proteínas envolvidos na desintoxicação desse composto complicado. Eles descobriram que, à medida que modificavam as bactérias, elas ficavam melhores em gerenciar o formaldeído e usá-lo para crescer.

O Caminho à Frente

Então, qual é o próximo passo pra esse robusto microrganismo? O objetivo é avançá-lo ainda mais no caminho de usar metanol como sua principal fonte de carbono. Eles continuarão mexendo em seu genoma pra refinar suas habilidades, na esperança de que um dia ele possa comer metanol no café da manhã, almoço e jantar, tudo enquanto produz químicos úteis pra gente.

No mundo das fábricas microbianas, isso é só o começo. Os pesquisadores estão animados com as potenciais aplicações, desde combustíveis renováveis até químicos sustentáveis. É uma grande vitória pra ciência e nosso planeta, e quem não gostaria de torcer por esses pequenos heróis?

Conclusão

Enquanto seguimos em frente, tá claro que fábricas celulares microbianas podem ter um grande papel em fornecer opções sustentáveis pra os químicos que precisamos. Com organismos trabalhadores como P. thermoglucosidasius e pesquisa inovadora, estamos abrindo portas pra um futuro mais verde sem depender tanto da agricultura tradicional.

Então, um brinde aos micróbios: os heróis não reconhecidos da sustentabilidade, prontos pra criar delícias químicas a partir de ingredientes que às vezes parecem bem insignificantes.

Fonte original

Título: Awakening of the RuMP cycle for partial methylotrophy in the thermophile Parageobacillus thermoglucosidasius

Resumo: Given sustainability and scalability concerns of using sugar feedstocks for microbial bioproduction of bulk chemicals, widening the feedstock range for microbial cell factories is of high interest. Methanol is a one-carbon alcohol that stands out as an alternative feedstock for the bioproduction of chemicals, as it is electron-rich, water-miscible and can be produced from several renewable resources. Bioconversion of methanol into products under thermophilic conditions (>50C) could be highly advantageous for industrial biotechnology. Although progress is being made with natural, thermophilic methylotrophic microorganisms, they are not yet optimal for bioproduction and establishing alternative thermophilic methylotrophic bioproduction platforms can widen possibilities. Hence, we set out to implement synthetic methanol assimilation in the emerging thermophilic model organism Parageobacillus thermoglucosidasius. We engineered P. thermoglucosidasius to be strictly dependent for its growth on methanol assimilation via the core of the highly efficient ribulose monophosphate (RuMP) cycle, while co-assimilating ribose. Surprisingly, this did not require heterologous expression of RuMP enzymes. Instead, by laboratory evolution we awakened latent, native enzyme activities to form the core of the RuMP cycle. We obtained fast methylotrophic growth in which ~17% of biomass was strictly obtained from methanol. This work lays the foundation for developing a versatile thermophilic bioproduction platform based on renewable methanol.

Autores: Miguel Paredes-Barrada, Annemieke S. Mathissen, Roland A. van der Molen, Pablo J. Jiménez-Huesa, Machiel Eduardo Polano, Stefano Donati, Miriam Abele, Christina Ludwig, Richard van Kranenburg, Nico J. Claassens

Última atualização: 2025-01-02 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.31.621308

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.31.621308.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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