ダウン症と心臓欠陥の関係が明らかに!
研究がダウン症のメチル化の違いを明らかにし、心臓の欠損に影響を与えることが分かった。
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ダウン症(DS)は、21番目の染色体が1本多いことで起こる状態だよ。これをトリソミー21って呼ぶんだ。DSの人は学習困難や身長が低い、筋肉が弱い、首の問題、心臓の欠陥など、いろんな特徴を示すことが多いんだ。
DSの新生児の約50%は先天性心疾患(CHD)も持っているんだ。これって、DSじゃない赤ちゃんだと約1%しかこういう心臓の問題がないのとはえらく違うんだ。DSの子供に最も多い心臓の欠陥は、心房中隔欠損(AVSD)と呼ばれるもので、心臓の成長に問題があって大きな穴が開いちゃってるんだ。こういう心臓の問題は、超音波で出生前に見つかることも多いけど、目に見える症状や追加検査で出生後に発覚することもあって、手術に繋がる場合もあるんだ。
ダウン症における心臓の欠陥の謎
研究者たちは、どうしてDSの人たちに心臓の欠陥がこんなに多いのかまだ理解しようとしているんだ。一部の研究では部分トリソミー21の人を調べて、心臓の問題に関連しそうな21番染色体の領域を見つけたんだけど、これだけじゃなぜDSの人に心臓の欠陥がある人とない人がいるのかは説明できないんだ。
さらなる研究で、DSに関連する心臓の欠陥と関係しそうな遺伝的な違いが特定されたんだけど、これらの遺伝的要因だけでは心臓の問題があるDSの人のリスクを完全には説明できないんだ。
DSにおける心臓の欠陥の可能性に影響を与えるもう一つの重要な要素は、エピジェネティックなメカニズムと呼ばれるもので、これはDNAの配列を変えずに遺伝子の発現に影響を与える変化を含むんだ。例えば、エピジェネティックな変化の一つにDNAメチル化があるんだ。これらの変化がDSと関連しない心臓の欠陥に関与している可能性があるっていう証拠もいくつかあるんだ。
メチル化と心臓の欠陥に関する研究
以前の研究では、心臓の欠陥のあるDSの新生児の血液サンプルと、心臓の欠陥がない新生児のサンプルのDNAメチル化パターンを調べたんだ。そこで、メチル化レベルがかなり異なるDNAの領域をたくさん見つけたんだ。これらの違いは、心臓の欠陥とDSの関連を理解する手助けになるかもしれないって。
新しい研究では、研究者たちはもっと大きなDSの人たちのグループから血液サンプルを調べることを目指したんだ。特定のDNAの場所を見つけ出して、DSの心臓の欠陥のリスクに関連する生物学的経路があるかを確認したかったんだ。全ゲノムビスルファイトシーケンシングっていう方法を使って、心臓の大きな欠陥のある新生児半分を含む86人のDSの新生児のメチル化を分析したんだ。
血液サンプルはカリフォルニアバイオバンクプログラムから取られたんだ。このプログラムは研究用の生物学的サンプルへのアクセスを提供しているんだ。研究者たちは、新生児の性別、人種、出生情報などのデータも集めて、しっかりした研究にしようとしたんだ。
血液細胞の種類とメチル化の関係
いろんなタイプの血液細胞が分析にどんな影響を与えるかを理解するために、研究者たちはサンプル内の血液細胞の比率を見積もったんだ。サンプル間でこれらの細胞タイプに大きな違いがあることが分かって、DNAメチル化レベルに影響を与える可能性があるんだ。特に、血液細胞の中には他の細胞と比べてメチル化のレベルが違うものもあるんだ。
研究者たちは、核を持つ赤血球(nRBC)というタイプの赤血球に特に興味を持ったんだ。これらの細胞はメチル化レベルが低いことがあって、サンプル全体のメチル化プロファイルに影響を与えるんだ。nRBCのレベルが高いのは、心臓の欠陥があるDSの男性によく見られたんだ。
メチル化分析の結果
分析を通じて、研究者たちは心臓の欠陥がある人とない人でメチル化パターンに大きな違いがあることを発見したんだ。面白いことに、男性の大部分の違いはメチル化レベルが低いことに結びついていて、女性にはその傾向があまり見られなかったみたい。nRBCの存在がこれらのメチル化レベルに影響していて、だから結果が性別で違ったのかもしれないんだ。
心臓の欠陥のあるDSの男性では、研究者たちはメチル化に関する重要な違いの大多数が低メチル化であることに気づいたんだ。このパターンは女性ではあまりはっきりしなかったみたい。
機械学習の技術を使って、心臓の欠陥がある人とない人を区別できる特定のDNAメチル化の場所を見つけようとしたんだ。これらの場所の中で、いくつかはグループを区別するのに有望だって。
メチル化と心臓の機能の関連
この研究で特定されたDNAの変化は、心臓の機能と発達に関連しているんだ。多くのこれらの領域は、心臓や心筋を形成する重要な役割を持つ遺伝子と結びついていることが分かったんだ。例えば、心臓の発達に関連するいくつかの遺伝子が強調されたんだ。
さらに、研究者たちはこれらのメチル化の違いが通常の発達をしている人とどう比較されるかを見て分析を進めたんだ。いくつかの重なりが見つかって、DSの心臓の欠陥がこの状態のより重度の形を表している可能性があることを示唆しているんだ。
結論:さらなる研究の重要性
この研究は、ダウン症の人々の遺伝子と先天性心疾患の関連を理解する方向への大きな一歩を示しているよ。結果は、心臓の欠陥があるDSの人とない人でDNAメチル化パターンに顕著な違いがあることを示しているんだ。また、これらのパターンを分析する際には性別や血液細胞の種類のような要素を考慮することが重要だってことも示しているよ。
この研究は、DSの人々の先天性心疾患がどのように発展するかを考える新しい方法を開く可能性があって、リスクのある人を特定する新しい手段を提供するかもしれないんだ。研究者たちは、これらの関連をさらに探求するための継続的な調査の必要性を強調していて、これがより良い理解や、影響を受けた人々への新しい治療法や介入に繋がる可能性があるって言っているんだ。
タイトル: Epigenomic signature of major congenital heart defects in newborns with Down syndrome
概要: BackgroundCongenital heart defects (CHDs) affect approximately half of individuals with Down syndrome (DS) but the molecular reasons for incomplete penetrance are unknown. Previous studies have largely focused on identifying genetic risk factors associated with CHDs in individuals with DS, but comprehensive studies of the contribution of epigenetic marks are lacking. We aimed to identify and characterize DNA methylation differences from newborn dried blood spots (NDBS) of DS individuals with major CHDs compared to DS individuals without CHDs. MethodsWe used the Illumina EPIC array and whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) to quantitate DNA methylation for 86 NDBS samples from the California Biobank Program: 1) 45 DS-CHD (27 female, 18 male) and 2) 41 DS non-CHD (27 female, 14 male). We analyzed global CpG methylation and identified differentially methylated regions (DMRs) in DS-CHD vs DS non-CHD comparisons (both sex-combined and sex-stratified) corrected for sex, age of blood collection, and cell type proportions. CHD DMRs were analyzed for enrichment in CpG and genic contexts, chromatin states, and histone modifications by genomic coordinates and for gene ontology enrichment by gene mapping. DMRs were also tested in a replication dataset and compared to methylation levels in DS vs typical development (TD) WGBS NDBS samples. ResultsWe found global CpG hypomethylation in DS-CHD males compared to DS non-CHD males, which was attributable to elevated levels of nucleated red blood cells and not seen in females. At a regional level, we identified 58, 341, and 3,938 CHD-associated DMRs in the Sex Combined, Females Only, and Males Only groups, respectively, and used machine learning algorithms to select 19 Males Only loci that could distinguish CHD from non-CHD. DMRs in all comparisons were enriched for gene exons, CpG islands, and bivalent chromatin and mapped to genes enriched for terms related to cardiac and immune functions. Lastly, a greater percentage of CHD-associated DMRs than background regions were differentially methylated in DS vs TD samples. ConclusionsA sex-specific signature of DNA methylation was detected in NDBS of DS-CHD compared to DS non-CHD individuals. This supports the hypothesis that epigenetics can reflect the variability of phenotypes in DS, particularly CHDs.
著者: Janine M LaSalle, J. S. Mouat, S. Li, S. S. Myint, B. I. Laufer, P. J. Lupo, J. M. Schraw, J. P. Woodhouse, A. J. de Smith
最終更新: 2023-05-05 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.02.23289417
ソースPDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.02.23289417.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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