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# 生物学# 微生物学

北極海の微生物ダイナミクス

研究が、微生物が北極の水域の季節変化にどのように適応するかを明らかにした。

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北極の微生物が変化に適応す北極の微生物が変化に適応すよ。北極の水中の微生物は季節によって変化する
目次

海の中には、バクテリアや古細菌、微小真核生物といった小さな生命体がたくさんいるんだ。これらの微生物は数が多いだけじゃなく、種類や機能もめっちゃ多様なんだよ。彼らは海の環境がどう変わるかや、生態系の中で栄養素がどう動くかに重要な役割を果たしてる。これらの微生物がどのように協力し合って、周囲に反応するのかを理解することは、海の生態系がどう機能して変化に適応するかを知るためにめっちゃ大事なんだ。

長期の研究によると、海の微生物群集は時間と共に変わっていくんだ。これらの変化は、日々、季節ごと、または年ごとに起こることがある。温帯気候の地域では、季節の変動がこれらの群集に強い影響を与え、予測可能なパターンを生むんだよ。でも最近の研究では、微小真核生物はバクテリアや古細菌とは違って、同じような予測可能なパターンを示さないことがわかったんだ。むしろ、短期間で急速に変化するんだって。つまり、群集は予測可能な一方で、常に変化しているってことなんだ。

これらの微生物についてはわかっていることも多いけど、まだたくさんの疑問が残っているんだ。ほとんどの研究は、存在する生物の種類に焦点を当てていて、温帯や亜熱帯気候の地域を調べることが多いんだよ。環境の変化が微生物群集の機能にどう影響するのか、特に気候変動の影響が大きい寒い極地では完全には理解できていないんだ。

このギャップを埋めるために、私たちは北極海の一部である西スピッツベルゲン海流の微生物群集を調べたんだ。この地域は、暖かい大西洋の水に影響を受けていて、一年中氷のない独特な場所なんだ。この場所は、変化する条件の中で微生物がどう繁栄するかを観察するのに素晴らしい機会を提供してくれるんだ。

仮説

私たちは、北極の水の中の微生物が季節ごとのパターンに従って変化すると考えたんだ。主に長い昼間と夜の影響を受けるってね。この考えをテストするために、私たちは4年間にわたって微生物とその環境に関するデータを自動的に収集する装置を使ったんだ。これらの微生物の遺伝物質を調べることで、どのように彼らの群集が時間と共に変わるのかを詳しく知りたかったんだ。

北極の環境変化

最初に私たちは、西スピッツベルゲン海流の環境が一年を通してどう変わるかを調べたんだ。温度、塩分、酸素濃度などを測定するさまざまなセンサーのデータを、光のレベルに関する衛星データと合わせて分析したんだ。4年間の観察の中で、特に極夜から極昼への移行期間に、環境条件が定期的に大きく変化することが明らかになったんだ。

極夜の終わり、3月下旬頃に光のレベルが上がり始め、6月にはピークに達したんだ。この日光の増加は水温を上げ、夏の終わりには約7°Cに達したんだ。一方、冬の間は温度が4°Cを下回ったよ。暖かい水と冷たい水が混ざる混合層の深さは、一年を通して大きく変わり、6月に最も浅くなり、冬には最も深くなったんだ。クロロフィルの量は夏の間はピークに達したけど、これも年ごとにタイミングが違って、植物プランクトンの繁茂の違いを示唆しているんだ。

全体的に、この地域は環境条件の明確な季節変化を示していて、微生物の生活がどう影響を受けるかを研究するのにぴったりな場所なんだ。

微生物群集の研究

次に、バクテリアや古細菌、微小真核生物の微生物群集が時間と共にどう変わるのかを調べたんだ。4年間にわたって定期的にサンプルを集めて、どんな微生物がいるのかを分析したんだ。その結果、数千もの異なる微生物を特定したよ。

私たちは、これらの群集の多様性が毎年大きく変化することに気づいたんだ。バクテリアと古細菌は、極夜の安定した条件の時に多様性が最も高かったよ。しかし、春に光が増え温度が上がると、多様性が減少して、群集の構成が変わることを示唆しているんだ。このパターンは、極夜と極昼の両方でピークを示す微小真核生物とは対照的で、異なる要因が彼らの個体数に影響を与えている可能性があるんだ。

詳しい分析を通じて、両方の微生物タイプの群集構造が季節変化に密接に関連していることがわかったんだ。同じ月に異なる年で採取された群集は、お互いに似ていることが多かったよ。これは、微生物群集が植物や動物の季節変化と同じように年ごとのリズムに従っていることを示しているんだ。

季節変化と群集構造

データはまた、時間と共に原核生物(バクテリアと古細菌)と微小真核生物の群集の違いも明らかにしたんだ。バクテリアは強い季節パターンを示したけど、微小真核生物はより変動が大きい群集構造を持っていたんだ。バクテリアでは、冬の間は群集の構成が予測可能で、夏には大きく変化する一方で、微小真核生物の群集は極昼の間に大きな変動を示していて、環境の変化に対する反応が均一ではないことを示唆しているんだ。

群集構成の変動を分析することで、私たちは5つの明確な時間的期間、つまり「モジュール」を特定したんだ。これらのモジュールは、特定の環境条件下で繁栄する特定の微生物グループによって特徴づけられているんだ。たとえば、極夜の間には、栄養循環に重要なアンモニア酸化古細菌が豊富なコミュニティを観察したよ。春の到来と共に条件が変化すると、コミュニティは植物プランクトンの繁茂に関連する多様な微小真核生物やバクテリアを含むようにシフトしたんだ。

微生物の機能を理解する

これらの微生物が果たす役割をより深く理解するために、私たちは彼らのアイデンティティだけでなく、その機能も見てみたんだ。微生物群集に存在する遺伝子を詳しく調べることで、彼らがどんなプロセスを実行できるのかをよりよく理解しようとしたんだ。その結果、特定の機能に関連する遺伝子が、先に特定した季節モジュール間で異なることがわかったんだ。

例えば、極夜の後半では、窒素循環に関連する特定の遺伝子が多かったけど、春になると有機物や栄養素を処理する遺伝子がより重要になってきたんだ。これは、安定した栄養豊富な冬の環境から、植物プランクトンの生産性によってダイナミックで競争の激しい春の環境へと移行することを反映しているんだ。

微生物グループ間のつながり

また、異なる微生物グループが孤立して動いているわけではないこともわかったんだ。原核生物と微小真核生物の群集間の相互作用を研究することで、一つのグループの変化が他のグループにどう影響するかが見えてきたんだ。たとえば、春の間の特定の微小真核生物の成長は、原核生物の群集の変化と密接に関連していて、これらの相互作用がこれらの生態系のダイナミクスを引き起こす可能性があることを示唆しているんだ。

この相互関連性は、北極の微生物群集の複雑さと環境変化に対する彼らの反応を強調しているんだ。また、生態系を研究する際には、単一の生物群に焦点を当てるだけでは不完全な理解につながるから、全体的なアプローチが必要だということも示しているんだ。

結論と今後の方向性

私たちの研究は、特に西スピッツベルゲン海流における北極海の微生物群集の複雑なダイナミクスを明らかにしているんだ。微生物の集まりの定期的なパターンとそれが環境変化にどう関わるかは、これらのシステムがどう機能するか、特に気候変動の影響に対処するための理解を深める上で重要なんだ。

研究結果は、環境要因が微生物群集の構造や機能に大きく影響を与えることを示しているんだ。この理解は、急速に変化する北極のような地域での今後の研究やモニタリング活動に役立つんだよ。気候変動が海洋生態系に与える潜在的な影響を考えると、微生物群集が環境にどう反応するかを引き続き調査することが重要なんだ。

さまざまな生態学的データの次元を統合することで、海の生活をより包括的に理解することができるんだ。この知識は、微生物生態系の理解を深めるだけでなく、これらの重要なコミュニティが進行中の変化にどう反応するかを予測する手助けにもなるんだ。

オリジナルソース

タイトル: Seasonal recurrence and modular assembly of an Arctic pelagic marine microbiome

概要: Deciphering how microbial communities are shaped by environmental variability is fundamental for understanding the structure and function of ocean ecosystems. Thus far, we know little about the structuring of community functionality and the coupling between taxonomy and function over seasonal environmental gradients. To address this, we employed autonomous sampling devices and in situ sensors to investigate the taxonomic and functional dynamics of a pelagic Arctic Ocean microbiome over a four-year period. We demonstrate that the dominant prokaryotic and microeukaryotic populations exhibit recurrent, unimodal fluctuations each year, with community gene content following the same trend. The recurrent dynamics within the prokaryotic microbiome are structured into five temporal modules that represent distinct ecological states, characterised by unique taxonomic and metabolic signatures and connections to specific microeukaryotic populations and oceanographic conditions. For instance, Cand. Nitrosopumilus and the machinery to oxidise ammonia and reduce nitrite are signatures of early polar night, along with Radiolarians. In contrast, late summer is characterised by Amylibacter, sulfur compound metabolism and diverse Haptophyta lineages. Exploring the composition of modules further along with their degree of functional redundancy and the structuring of genetic diversity within functions over time revealed seasonal heterogeneity in environmental selection processes. In particular, we observe strong selection pressure on a functional level in spring while late polar night features weaker selection pressure that likely acts on an organismal level. By integrating taxonomic, functional, and environmental information, our study provides fundamental insights into how microbiomes are structured under pronounced environmental variability in understudied, yet rapidly changing polar marine ecosystems.

著者: Taylor Priest, E. Oldenburg, O. Popa, B. Dede, K. Metfies, W.-J. von Appen, S. Torres-Valdes, C. Bienhold, B. M. Fuchs, R. Amann, A. Boetius, M. Wietz

最終更新: 2024-05-10 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.10.593482

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.10.593482.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

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