USP1をターゲットにする:がん治療における新たな希望
研究がUSP1阻害剤を潜在的な癌治療薬として注目している。
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ユビキチン特異的プロテアーゼ1(USP1)は、細胞内のDNAを維持するのに重要なタンパク質で、DNA修復に関与する特定のタンパク質からユビキチンと呼ばれる小さなタグを取り除く役割を果たしてるんだ。USP1は、USP1関連因子1(UAF1)という別のタンパク質と一緒に働いて、活動を強化し、ターゲットタンパク質と効果的に結びつけるようにしてる。USP1がターゲットとするタンパク質には、DNA修復の過程でクランプとして働くものが含まれてる。これらのクランプ、PCNAやFANCI-FANCD2として知られるものは、DNA損傷の管理や細胞内の遺伝物質の完全性を保つ上で重要な役割を果たしてる。
USP1の活動はめちゃくちゃ重要だよ。例えば、PCNAがユビキチンでタグ付けされると、損傷したDNAを管理できる修復酵素を呼び寄せるのに役立つ。同様に、FANCI-FANCD2複合体がタグ付けされると、DNAに付着したままでいられるのが効果的な修復のために必要かもしれない。しかし、USP1はこれらのタグを取り除くことができて、DNA修復を許可するプロセスを逆転させる可能性がある。このUSP1の能力が癌において重要な役割を果たしていて、その過剰活性や調整がDNA修復に問題を引き起こすことが多くの癌で見られるんだ。
癌治療のターゲットとしてのUSP1
最近、科学者たちはUSP1を癌治療の潜在的なターゲットとして注目してる。探求されている戦略の一つは、合成致死という考え方。これは、二つのタンパク質または遺伝子が正常な細胞生存に必須でない場合、両方を同時に妨げることで癌細胞が死に至るというアイデア。言い換えれば、一つの経路が失敗すると、もう一つの重要な経路を狙うことで癌細胞が生き残れなくなるってこと。
癌治療における合成致死の一例として、BRCA1またはBRCA2遺伝子に変異がある患者にPARP阻害剤が使われてる。この変異はDNA修復に問題を引き起こし、PARP阻害剤を使うと癌細胞がDNAを修復する能力を奪われ、細胞死を招く。ただ、いくつかの腫瘍はさまざまなメカニズムを通じてこれらの治療に対する耐性を発展させるんだ。
研究では、USP1遺伝子の活性が多くの癌でしばしば高いことが示されていて、これは患者の予後が悪いことに関連してる。特に、これらの腫瘍の中にはBRCA1変異を持つものもある。研究によると、USP1とBRCA1/2の両方をターゲットにすることで、特定の腫瘍の治療においてより高い効果が得られるかもしれない、特に標準的な治療に抵抗性のあるものに対して。
現在、USP1を阻害するいくつかの薬剤が癌治療の効果を評価するための試験を行ってる。これらの薬剤は、特にBRCA1やBRCA2に変異がある腫瘍に対してPARP阻害剤と同時に使うと、より効果的に機能する可能性がある。この組み合わせのアプローチは、PARP阻害剤に対して耐性を持つ腫瘍にも効果があるかもしれない。
USP1阻害剤の作用機序
USP1の最初の選択的阻害剤、ML323は、ラボで開発された。研究者たちは、この阻害剤がUSP1やUAF1、FANCI-FANCD2タンパク質とどのように相互作用するかを先進的なイメージング技術を使って可視化できた。ML323はUSP1の特定の領域に結合し、この阻害剤がないときにはその場所が見えないため、酵素を安定させて正常に機能できないようにしてるんだ。
最近、KSQ-4279という別の阻害剤も発見された。研究者たちは、KSQ-4279がUSP1にどのように結合するかを調査し、ML323と比較してる。両方の阻害剤はUSP1の構造をかなり安定させるようだけど、酵素との相互作用には微妙な違いが見られる。この違いは、USP1をターゲットにする際の効果や選択性に影響を与えるかもしれない。
阻害剤のテスト
ML323とKSQ-4279がUSP1に対してどれくらい効果的かを評価するために、科学者たちはテストを行った。両方の阻害剤が他の類似酵素と比べてUSP1に対して非常に低い濃度でも効果的であることが分かった。KSQ-4279はUSP1への選択性が特に強く、他の酵素よりもずっと効果的にUSP1をターゲットにしてるってわけ。
ラボのアッセイでは、両方の阻害剤が関連する基質と一緒に試したときに、USP1の活性をほぼ完全にブロックすることが示された。これは、阻害剤が存在する際にUSP1がターゲットとして機能できる能力を測るさまざまな実験を通じて観察されたんだ。
結合と構造変化の理解
研究者たちがKSQ-4279がUSP1にどのように結合するかを調べたところ、ML323と似て、タンパク質の構造の戦略的なポケットを占めていることが分かった。どちらの場合も、阻害剤の結合がタンパク質のいくつかの重要な部分の位置を変えて、その活性を減少させるように作用してる。この変化は、タンパク質が自然なターゲットと効果的に相互作用する能力を妨げる構造の変化が含まれてると思われる。
阻害剤の結合は、USP1の特定の領域、阻害剤によって動員される領域(MIR)にも影響を与えた。阻害剤があると、特定の領域が秩序を失い、阻害剤がタンパク質の全体的な形状や安定性に影響を与えていることを示してる。この変化が、阻害剤がUSP1の機能をブロックする能力に寄与しているかもしれない。
さまざまな技術を使用して、科学者たちはこれらの阻害剤がUSP1に結合するとき、酵素の活性に必要な重要な相互作用をブロックすることを確認した。これにより、ML323とKSQ-4279がUSP1を正常に機能させないようにする方法が明らかになったんだ。これは、癌治療としての潜在的な使用にとって重要なことだよ。
阻害剤の選択性への影響
ML323とKSQ-4279がUSP1の構造に与える異なる影響は、なぜ一方が他方よりも選択的であるかの洞察を提供してる。KSQ-4279はUSP12やUSP46のような類似酵素に比べて、USP1を特にターゲットにするのが得意みたい。これは重要で、KSQ-4279が他のタンパク質の機能に干渉する可能性が低く、癌治療にとってより安全な選択肢になるかもしれない。
研究者たちは、KSQ-4279の特定の構造的特徴や相互作用がUSP1内でより良くフィットすることを可能にし、構造により大きな乱れを引き起こすと仮定してる。この結合相互作用の微調整が、副作用を最小限に抑えつつ、より効果的な治療法の開発に重要なんだ。
USP1の機能と触媒作用への影響
重要なのは、USP1阻害剤の結合がタンパク質の機能を妨げるだけでなく、DNA修復に必要な活性部位も変化させること。USP1が阻害されると、ユビキチンタグを効果的に取り除くことができなくなり、本来取り除かれるべきタンパク質が蓄積し、最終的には癌細胞の死に寄与することになる。
研究では、USP1が阻害剤の結合により機能しないとき、Ub-Prgという基質との反応がかなり遅くなることが示された。これは、これらの阻害剤がUSP1の酵素活性を防ぐのに効果的であることを示していて、癌をターゲットにするための主要な目標なんだ。
今後の方向性と結論
結論として、ML323やKSQ-4279のようなUSP1阻害剤の研究から得られたデータは、これらの薬剤がUSP1とどのように相互作用するかについての理解を深めてる。これらは、阻害剤が引き起こす構造変化に関する重要な洞察を明らかにし、癌治療におけるUSP1をターゲットにする潜在能力を強調してる。
今後の研究では、これらの阻害剤が臨床の場でどのように活用できるかを明確にしていく予定で、特に類似の酵素に対する影響を考慮して進められる。これらの研究から得られた情報は、さまざまな癌に直面している患者の治療結果を改善するために、特定のタンパク質をより効果的にターゲットにする癌治療法の開発の道を開くかもしれない。
タイトル: Structural and biochemical insights on the mechanism of action of the clinical USP1 inhibitor, KSQ-4279
概要: DNA damage triggers cell signalling cascades that mediate repair. This signalling is frequently dysregulated in cancers. The proteins that mediate this signalling are potential targets for therapeutic intervention. Ubiquitin-specific protease 1 (USP1) is one such target, with small molecule inhibitors already in clinical trials. Here we use biochemical assays and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to study the clinical USP1 inhibitor, KSQ-4279 (RO7623066), and compare this to the well-established, tool compound, ML323. We find that KSQ-4279 binds to the same cryptic site of USP1 as ML323 but disrupts the protein structure in subtly different ways. Inhibitor binding drives a substantial increase in thermal stability of USP1, which may be mediated through the inhibitors filling a hydrophobic tunnel in USP1. Our results contribute to the understanding of the mechanism of action of USP1 inhibitors at the molecular level.
著者: Martin L Rennie, M. Gundogdu, C. Arkinson, S. Liness, S. Frame, H. Walden
最終更新: 2024-05-16 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594330
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594330.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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