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野生大麦とその栽培されたいとこたち:遺伝子交換に関する研究

栽培された遺伝子が野生大麦の個体群に与える影響を調べる。

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目次

エクスシチュー保存は、時間をかけてさまざまな種類の植物や動物を保護するための重要な方法だよ。植物保護の大事なポイントの一つは、重要な作物とその野生親戚のコレクションを維持することなんだ。これらのコレクションは、農業のニーズの変化に応じて持続可能でレジリエントな農業を実現するために重要で、特に気候変動の影響がある中でね。

作物の野生親戚の自然な生息地を保護することにはメリットがあるけど、土地開発や環境の変化、気候の変動によって簡単に失われることがあるんだ。エクスシチュー保存では、こうした植物を管理された環境で慎重に調査できるから、研究者はそれらの特徴や特性について貴重なデータを集められる。これによって、研究や育種に最適な素材を選ぶのに役立つんだ。

野生作物と栽培作物の交配は一般的で、時には有利な特性をもたらすことがあるよ。例えば、野生大麦と栽培大麦は似ていて交配できるから、種の散布などの特性に変異が現れるんだ。これまでの研究では、遺伝子バンクに保存されているいくつかの野生大麦の標本が、飼いならされた大麦の特性を示すことがわかっているよ。

野生大麦の重要性

野生大麦と栽培大麦は同じ種の二つの形だけど、特定の特性で区別できるんだ。野生大麦は典型的に種が植物から落ちる種散布(シードシャタリング)の特徴がある一方、栽培大麦にはそれがない。トゲの数や、アワの粗さ、植物の発芽の仕方にも違いがあるよ。

研究によると、野生大麦は栽培大麦の遺伝子を取り込むことができるみたいで、それは両方が育つ範囲が重なるからかもしれないんだ。人間は何千年も前から野生大麦を食料源として利用してきた証拠があって、約10,500年前に大麦が飼いならされたんだ。この長い歴史は、野生大麦の集団が栽培の影響を受ける機会がたくさんあったことを意味しているよ。

野生と栽培の大麦を区別する特性は多くないけど、重要なんだ。野生大麦には、栽培大麦にはない一般的な特徴があるけど、独占的ではないんだ。例えば、野生大麦はもろいトゲを持つことが多いけど、栽培大麦は滑らかなトゲを持っていて、シードシャタリングもしないんだ。

詳細な分析の必要性

特性の変化を認識することは、交配が行われたかどうかを示すことができるんだ。例えば、ある野生大麦の植物が非シードシャタリングの特性を持っている場合、栽培大麦から遺伝子を受け取った可能性があるってことだよ。通常、遺伝子バンクの野生大麦のアクセッションは元の集団の一部だけを代表しているから、広範な分析には適していないんだ。

交配を検出するためのほとんどの方法は、世代を超えた長期的なパターンをターゲットにしているけど、最近の遺伝子混合を理解するためには最適ではないかもしれない。この研究は、個々の植物サンプルのレベルで交配を調査することを目指しているよ。

最近の遺伝子混合を特定するためにはいくつかの技術を使えるよ。一つのアプローチは、栽培植物に共通だけど野生植物には稀な遺伝子マーカーを探すことなんだ。また、遺伝的距離を評価する方法もあって、異なる集団がどれだけ遺伝的に似ているかを調べるんだ。最近の進歩によって、研究者は野生植物と栽培植物の間の共有遺伝子セグメントを分析できるようになって、交配を特定する能力が向上しているよ。

野生大麦と栽培大麦のアクセッションの分析

この研究では、318の野生大麦と2,446の栽培大麦サンプルの二つのグループを分析したよ。野生大麦のサンプルは遺伝子バンクのコレクションから慎重に選ばれたんだ。それぞれのアクセスは、葉の大きさ、植物の高さ、トゲの長さなど、さまざまな特性を徹底的に調べられたよ。

野生大麦のアクセッションは、遺伝子構成を特定するために特定のマーカーを使ってジェノタイプされたんだ。以前に行われた研究のデータは、野生大麦と栽培大麦のゲノムの全体像を提供しているよ。これらの遺伝子マーカーは植物の系統をたどるのに役立って、研究者が交配のパターンを特定できるようにするんだ。

分析では、野生大麦のゲノムのどれだけの部分に栽培大麦の遺伝子が含まれているかを調べたよ。具体的には、これらの遺伝子がゲノムのどこに位置しているか、そしてそのサイズが最近の混合や古い遺伝子交換を示唆しているかを評価したんだ。さらに、この研究では、野生大麦に見つかった大麦の特性に重要な遺伝子がどれだけ栽培植物から起源しているかを理解しようとしたよ。

混入した個体の特定

野生大麦のアクセッションの中で、いくつかは栽培大麦の遺伝子を取り込んでいる証拠が見られたんだ。初期の観察では、いくつかの野生アクセッションが、滑らかなアワや非シードシャタリングの種といった飼いならされた大麦の典型的な特性を示していることがわかったよ。

遺伝子分析を通じて、研究者たちは複数の野生個体が混入していることを確認したんだ。この研究では、交配を確認するためにさまざまな方法論が使われ、その結果、遺伝子混合の証拠が強い野生大麦の植物リストが得られたよ。

これらの混入した個体を特定することは、野生大麦集団への遺伝子流動の影響を理解するために重要なんだ。得られた知識は、保護戦略や将来の研究のために植物素材を選ぶ方法に影響を与えることができるよ。

地元の系統に注目

これらの混入した野生大麦サンプルの地元の系統を分析するために、研究者は地元の系統推定のために設計された高度なツールを使ったんだ。それぞれのゲノムの特定されたセグメントの系統を評価することで、栽培遺伝子がどれだけ野生大麦に取り込まれたかを判断できたよ。

分析では、研究された野生大麦のアクセッションの中に多くの混入セグメントが発見されたんだ。平均して、各個体は数個の連続した混入遺伝子セグメントを含んでいて、最近の遺伝子交換のパターンを示しているよ。

統計的な指標を使って、研究者たちは栽培大麦から野生大麦への遺伝子流動がかなりの量であったことを確認したんだ。この発見は、飼いならされた特性が野生集団に与える影響を理解することの重要性を裏付けているよ。

飼いならしに関連する遺伝子の調査

研究は、栽培大麦の特性に関連する特定の遺伝子を特定することにも注目したよ。包括的な検索では、種の保持や成長パターンなどの重要な特性を担う多くの遺伝子が強調されたんだ。

これらの飼いならしに関連する遺伝子のいくつかは、野生大麦の混入した領域と重なっていることがわかったよ。多くの野生混入アクセッションは、飼いならしに関連するアレルを持つゲノムのセグメントを含んでいたけど、これらの遺伝子と観察される特性の関係は複雑だったんだ。

多くの特性は複数の遺伝子によって影響を受けていて、いくつかの遺伝子の混入が常に明白な表現型の変化をもたらすわけではないんだ。だから、野生大麦が栽培大麦の遺伝子を持っていても、それらの遺伝子に関連する明らかな特性を示すとは限らないよ。

混入した野生大麦の特性

この研究では、純粋な野生大麦と栽培遺伝子を持つものを区別することも目指していたよ。さまざまな表現型特性が測定されて、重要な違いがあるかどうかが見られたんだ。例えば、葉の幅やトゲの長さが比較されたよ。

いくつかの結果は、混入した個体が野生大麦と比較して若干異なる測定値を持っていることを示していたけど、これらの違いは常に統計的に十分ではなくて、植物を野生の仲間とは異なると定義するには至らなかったんだ。

これらの微妙な違いを理解することは、育種や保護において重要な遺伝資源を特定するために重要だよ。

遺伝的組成の変化を理解する

集めた情報をもとに、研究者たちは混入によって野生大麦集団の遺伝的組成がどのように変化したかを判断することができたんだ。特定のアクセッションは、栽培大麦の遺伝子の有意なレベルを示していて、それが彼らの遺伝的構成における大きな変化を反映しているよ。

研究では、いくつかのアクセッションが飼いならしの遺伝子の存在によって予測された地理的起源をシフトさせたことが指摘されたんだ。これらの発見は、野生集団の遺伝的構造に対する交配の影響を強調しているよ。

混入の広範な影響

交配と混入は、野生種の遺伝的多様性や進化の軌跡に重要な影響を与えることがあるよ。栽培遺伝子が野生集団にどのように入るかを理解することは、より良い保護戦略を作成するのに役立つからさ。

特に、野生と栽培の種が共存する地域では、交配がより一般的になるから、混入した植物を認識することは重要なんだ。これは遺伝子バンクでの植物素材の保存や、未来の農業育種プログラムに関する決定に影響を与えることができるよ。

さらに、この研究は、貴重な遺伝的多様性の源となる純粋な野生集団を維持する必要性を強調しているんだ。これは食料安全保障や農業のレジリエンスにとって重要なんだからね。

結論

まとめると、エクスシチュー保存や作物の変異の研究は、植物の多様性を保つために極めて重要だよ。野生大麦とその栽培親戚からの混入を調査することで、飼いならしと自然集団の間の複雑な関係が明らかになるんだ。

詳細な遺伝子分析を通じて、研究者たちは遺伝子混合の複雑なパターンを解明できて、農業の生物多様性を管理・保護する上で不可欠な洞察を提供することができるよ。こうした動態を理解することは、気候変動に関連する課題や持続可能な農業の実践の必要性が高まる中で重要なんだ。

オリジナルソース

タイトル: Phenotypically wild barley shows evidence of introgression from cultivated barley

概要: Plant conservation hinges on preserving biodiversity, which is crucial for long-term adaptation. Multiple studies have reported genetic evidence of crop-to-wild introgression in phenotypically wild accessions of wild barley (Hordeum vulgare ssp. spontaneum). We examined 318 Wild Barley Diversity Collection (WBDC) accessions for evidence of introgression from cultivated barley. Using SNP genotype and exome capture data, we performed local ancestry inference between the 318 WBDC accessions and cultivated barley to identify genomic regions with evidence of introgression. Using the genomic intervals for well-characterized genes involved in domestication and improvement, we examined the evidence for introgression at genomic regions potentially important for maintaining a wild phenotype. Our analysis revealed that nearly 16% (48 of 318) of WBDC accessions showed evidence of introgression from cultivated barley, and up to 16.6% of the genome has been introgressed. All accessions identified as introgressed based on domestication-related phenotypes show clear genetic evidence of introgression. The size of runs of identity by state and local ancestry inference suggests that most introgression did not occur recently. This study suggests a long history of genetic exchange between wild and cultivated barley, highlighting the potential for introgression to influence the genetic makeup and future adaptation of wild populations, with implications for plant conservation strategies.

著者: Peter L Morrell, C. Liu, L. Lei, M. Shao, J. D. Franckowiak, J. B. Pacheco, J. C. Scott, R. T. Gavin, J. K. Roy, A. H. Sallam, B. J. Steffenson

最終更新: 2024-07-03 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.01.601622

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.01.601622.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

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