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自閉症におけるヒトゲノムの役割の理解

自閉症スペクトラム障害におけるゲノム構造の影響を調査中。

Ketrin Gjoni, Xingjie Ren, Amanda Everitt, Yin Shen, Katherine S. Pollard

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ゲノム構造と自閉症の研究ゲノム構造と自閉症の研究要因を探る。自閉症スペクトラム障害の背後にある遺伝的
目次

人間のゲノムって、体を作ったり動かしたりするための巨大なマニュアルみたいなもんなんだ。このマニュアルは平らじゃなくて、すごく複雑に折りたたまれてる、まるで難解な折り紙みたい。これらの折りたたみが、遺伝子の働きをコントロールする構造を作り出すんだ。一部の構造は違うDNAの部分を一緒に集めるのを助けたり、他の部分は壁のように働いて特定のDNAセクションが互いに隔離されるようにしてる。このおしゃれな3Dの折りたたみが、遺伝子のオンオフを決める重要な役割を果たしてて、これによって体がいつ髪を生やしたり細胞を増やしたりすべきかを知るんだ。

ゲノム構造の重要性

ゲノム構造が崩れると、いろんな健康問題が起こる可能性がある。例えば、くっついちゃいけないDNAの2つの部分が接続したら、遺伝子が間違ったタイミングでオンオフになっちゃうことがあるんだ。研究者たちは、ASD(自閉症スペクトラム障害)みたいな状態では、ゲノムの構造が大きな問題の一部かもしれないって分かってきた。

構造変異(SV)は、こうした問題を引き起こす変異の一種なんだ。これはこのマニュアルの中のソプラノのようなもので、ゲノムのセクションが挿入されたり、削除されたり、ひっくり返ったりすることがある。研究者たちは、SVが遺伝子の発現にどう影響するかを妨げることがあることを見つけてて、これは適切な発達や機能には非常に大切なんだ。

自閉症スペクトラム障害(ASD)

ASDは、人が社会的に発達したりコミュニケーションする方法に影響を与える条件のグループだ。ASDの正確な原因は、しばしば遺伝的な要因と環境的な要因の混合なんだ。約80%のケースでは明確な遺伝的原因がわからなくて、謎が多い。ほとんどの研究は、DNAの単一の文字の小さな変化(SNPと呼ばれる)を見つけようとしてるけど、それは少人数のグループでは判別が難しいことが多い。つまり、問題を引き起こしている可能性のある大きな変異についてはまだまだ知らないことが多いんだ。

新しい変異の役割

面白いのは、新規変異(de novo mutation)だ。これは、初めてその人に起きて、親から遺伝しない変異なんだ。これらの変異はASDの理解に特に重要だとされてて、特に一人の子供だけがASDと診断された家族において重要なんだ。一部の研究者は、機械学習モデルを使ってこれらの変異が遺伝子発現にどう影響するかを予測してるけど、まだ構造変異には詳しく見てないんだ。

変異を研究する新しいアプローチ

ASD関連の遺伝子に対して変異がどう影響するかをよりよく理解するために、効率的に研究する新しい方法が開発されてる。科学者たちは、DNA変異がゲノムの3D構造に与える影響を大規模にシミュレーションするためにコンピューターモデルを使ってる。これによって、個々にテストしなくても、どの変異が重要な影響を与えるかを見ることができるんだ。

例えば、アキタっていうモデルはDNA配列がどのように相互作用するかを予測できて、科学者たちはこのモデルを使って重要な遺伝子相互作用を妨げられる特に興味深い変異をハイライトしてる。

変異と遺伝子調節のつながりを見つける

研究者たちは、遺伝子がどう調節されるかに影響を与える変異に焦点を合わせてる。ASDの個人に見られる変異は、遺伝子を促進する要素と相互作用するDNAの領域に特に破壊的であることがわかった。今では、変異がこれらの相互作用をどのくらい妨げるかをスコアリングするための特別なツールがあって、さらなる研究の候補を特定するのに役立つんだ。

神経遺伝子を詳しく調べる

これらの構造変異がASDにどのように関与しているかを調査するために、研究者たちは特定の神経遺伝子を見てる。彼らは、特定の変異がこれらの遺伝子を調節するのに重要な領域の近くで見つかる可能性が高いことを発見した。特定の削除や変異をラボでテストしたところ、これらの変化が遺伝子の発現に違いをもたらすことがわかったんだ。これは脳機能にとって重要なんだ。

特定の削除を詳しく見る

研究の中で、特にさらなる調査に適した削除が特定された。ASDに関連すると知られている遺伝子の近くにある削除をいくつか選んで、それらの削除がどのように影響するかをモデルの予測と比較した。彼らはCRISPRのような先進的な方法を使って、ラボで育てた神経細胞に特定の遺伝的変化を作り出して、何が起こるかを見たんだ。

これらの遺伝的変化が遺伝子調節にどう影響するかを観察した結果、削除と遺伝子発現の変化の間に明確なつながりを見つけた。場合によっては、削除から遠く離れた他の遺伝子も影響を受けていることに気づいて、DNAの一部の変化が電話の伝言ゲームのように波及することを示してる。

研究における大きな課題

大きな構造変異を研究するのはかなり難しいことがある。彼らの影響を示す実験を設定するのは複雑で、研究者はしばしば正確な削除を目指してるから。時には、患者で見つかった元の変異とは完全に一致しない遺伝的変化が生じることもあるけど、それでも貴重な洞察を提供してくれるんだ。

新しいツールの可能性

実験技術とコンピューターモデルの組み合わせは、自閉症や他の発達障害の隠れた遺伝的原因を明らかにするための大きな可能性を持ってる。研究者たちは新しい手法を使い続けて、構造変異とゲノムの折りたたみの影響がASDのような特定の条件にどう関連するかを明らかにしたいと思ってる。

結論

遺伝子変異とASDの関連を理解する上で多くの進展があったけど、まだまだ発見すべきことがたくさんあるんだ。新しいソフトウェアツールと実験技術の組み合わせが、ASDの原因を解明する道を切り開くかもしれないし、将来的にはより良い理解や治療につながる可能性があるんだ。一歩ずつ進んで、研究者たちは自閉症という複雑な遺伝的パズルの光を当てることを目指してるんだ。

だから、次にゲノミクスについて聞いたときは、ただの文字や数字の集まりじゃないってことを思い出してね。冒険に満ちたひねりや展開が待ってる小説そのものなんだから!

オリジナルソース

タイトル: De novo structural variants in autism spectrum disorder disrupt distal regulatory interactions of neuronal genes

概要: Three-dimensional genome organization plays a critical role in gene regulation, and disruptions can lead to developmental disorders by altering the contact between genes and their distal regulatory elements. Structural variants (SVs) can disturb local genome organization, such as the merging of topologically associating domains upon boundary deletion. Testing large numbers of SVs experimentally for their effects on chromatin structure and gene expression is time and cost prohibitive. To address this, we propose a computational approach to predict SV impacts on genome folding, which can help prioritize causal hypotheses for functional testing. We developed a weighted scoring method that measures chromatin contact changes specifically affecting regions of interest, such as regulatory elements or promoters, and implemented it in the SuPreMo-Akita software (Gjoni and Pollard 2024). With this tool, we ranked hundreds of de novo SVs (dnSVs) from autism spectrum disorder (ASD) individuals and their unaffected siblings based on predicted disruptions to nearby neuronal regulatory interactions. This revealed that putative cisregulatory element interactions (CREints) are more disrupted by dnSVs from ASD probands versus unaffected siblings. We prioritized candidate variants that disrupt ASD CREints and validated our top-ranked locus using isogenic excitatory neurons with and without the dnSV, confirming accurate predictions of disrupted chromatin contacts. This study establishes disrupted genome folding as a potential genetic mechanism in ASD and provides a general strategy for prioritizing variants predicted to disrupt regulatory interactions across tissues.

著者: Ketrin Gjoni, Xingjie Ren, Amanda Everitt, Yin Shen, Katherine S. Pollard

最終更新: 2024-11-07 00:00:00

言語: English

ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.06.621353

ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.06.621353.full.pdf

ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。

オープンアクセスの相互運用性を利用させていただいた biorxiv に感謝します。

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