Il Complesso Integratore: Un Giocatore Chiave nella Regolazione Genica
Il complesso Integratore gioca un ruolo fondamentale nel controllo dell'espressione genica.
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Indice
Negli organismi viventi, le cellule devono controllare come i geni vengono attivati o disattivati. Una parte fondamentale di questo controllo è un processo in cui un enzima chiamato RNA Polimerasi II si ferma dopo aver iniziato a copiare un gene, ma prima di completarlo. Questa pausa è gestita da diverse proteine che aiutano o ostacolano il processo di trascrizione. Due proteine importanti, DSIF e NELF1, lavorano per mantenere l'RNA polimerasi II in pausa, mentre un altro complesso proteico, P-TEFb, aiuta l'enzima a proseguire per completare la copia dell'RNA del gene. Tuttavia, a volte l'RNA polimerasi II si ferma troppo presto e non produce una copia RNA completa, cosa che può succedere quando entra in gioco un altro complesso proteico chiamato Integratore. L'Integratore è stato scoperto per il suo ruolo nella lavorazione di certi tipi di RNA, ma è stato ora trovato influenzare anche la trascrizione di altri geni.
Il Ruolo del Complesso Integratore
Il complesso Integratore è composto da più parti proteiche, conosciute come subunità. Interagisce con l'RNA polimerasi II ed è coinvolto sia nel completare la copia dell'RNA di un gene che nel prevenire interruzioni premature. Il complesso Integratore è composto da 15 componenti principali, tra cui alcune subunità recentemente identificate. I ricercatori hanno scoperto che due di queste proteine, INTS11, che agisce come delle forbici per tagliare l'RNA, e un'altra proteina chiamata PP2A-C, che aiuta a modificare le proteine, lavorano insieme in modo bilanciato per influenzare l'espressione genica. Se l'Integratore non funziona correttamente, può portare a seri problemi genetici.
Struttura e Funzione dell'Integratore
Capire come appare e funziona l'Integratore è importante. Studi recenti hanno mostrato che l'Integratore ha una struttura complessa, composta da diversi moduli che svolgono varie funzioni. Uno di questi moduli, chiamato modulo Arm, gioca un ruolo significativo nel connettere l'Integratore all'RNA polimerasi II. I ricercatori hanno usato tecniche avanzate per visualizzare queste strutture in dettaglio. Hanno trovato che il modulo Arm ha una forma simile a un gancio, dove diverse parti del modulo sono collegate da una regione flessibile.
Questa flessibilità significa che i componenti possono muoversi, il che è cruciale per la loro funzione. Un aspetto chiave del design è come le subunità si incastrano insieme. In particolare, una subunità, INTS15, funge da ponte tra diverse parti dell'Integratore, aiutando a mantenere la stabilità all'interno dell'intera struttura.
Interazione dell'Integratore con i Fattori di Trascrizione
L'Integratore non lavora da solo; interagisce con varie altre proteine, inclusi i fattori di trascrizione-proteine che si attaccano a specifiche regioni del DNA per aiutare a controllare l'attività genica. Un fattore di trascrizione interessante è ZNF655, che appartiene a una famiglia popolare di fattori di trascrizione noti come proteine a dito di zinco. Questi fattori di trascrizione aiutano spesso a regolare i geni, specialmente in contesti come il cancro.
I ricercatori hanno trovato che ZNF655 può legarsi a una parte specifica del complesso Integratore, in particolare alla subunità INTS13. Il legame di ZNF655 con l'Integratore è essenziale per stabilizzare l'intero complesso. Quando ZNF655 è presente, l'Integratore sembra funzionare meglio, potenzialmente collegandosi a vari processi cellulari, incluso quelli coinvolti nella crescita cellulare e nella risposta a diversi segnali.
Indagine sulle Strutture Proteiche
Per saperne di più su come interagiscono queste proteine, i ricercatori hanno usato un metodo chiamato microscopia elettronica criogenica per visualizzare le strutture a una scala molto fine. Questo gli ha permesso di creare un'immagine accurata di come il modulo Arm si inserisce nel più grande complesso Integratore quando è associato all'RNA polimerasi II.
In queste visualizzazioni, era chiaro che il complesso Integratore forma forti connessioni con l'RNA polimerasi II in più punti. Questa connessione è cruciale per la sua funzione di regolazione dell'espressione genica. Gli studi hanno anche rivelato che la posizione dell'Integratore in relazione all'RNA polimerasi II potrebbe consentire interazioni complesse con le sequenze di DNA. Tali interazioni potrebbero influenzare quanto facilmente possa avvenire il processo di trascrizione.
Importanza di ZNF655 e Altri Fattori di Trascrizione
L'interazione tra ZNF655 e il complesso Integratore illumina un potenziale meccanismo regolatorio tramite il quale l'Integratore potrebbe influenzare la trascrizione genica. Questo significa che quando ZNF655 si lega all'Integratore, potrebbe migliorare la stabilità dell'intero complesso e potenzialmente influenzare quanto a lungo l'Integratore rimane associato all'RNA polimerasi II. Questa interazione potrebbe essere fondamentale in situazioni dove sono necessarie risposte rapide ai cambiamenti nell'ambiente.
Oltre a ZNF655, diversi altri fattori di trascrizione interagiscono con l'Integratore. Ognuno di questi fattori potrebbe fornire capacità regolatorie uniche, permettendo all'Integratore di rispondere a diversi segnali nella cellula. Questo suggerisce che l'Integratore potrebbe non essere solo un attore passivo nell'espressione genica, ma potrebbe anche partecipare attivamente a decidere quando e come i geni vengono espressi in base al contesto fornito da questi fattori di trascrizione.
Implicazioni per la Regolazione Genica
Capire come l'Integratore e i fattori di trascrizione interagiscono contribuisce a una comprensione più completa della regolazione genica. La capacità dell'Integratore di associarsi a diversi fattori di trascrizione suggerisce che potrebbe aiutare a indirizzare la macchina trascrizionale verso geni specifici in circostanze variabili. Questa versatilità è cruciale per il corretto funzionamento cellulare e la risposta a segnali di stress o crescita.
Considerando ciò che sappiamo sulle interazioni dell'Integratore, sorgono domande sulla possibilità di strategie terapeutiche che mirino a questi complessi per trattare malattie, specialmente tumori dove l'espressione genica è spesso malregolata. Modificando potenzialmente come l'Integratore interagisce con i fattori di trascrizione, i ricercatori potrebbero trovare nuovi modi per influenzare l'espressione genica in modo controllato.
Conclusione
In sintesi, il complesso Integratore è vitale per regolare l'espressione genica gestendo il processo di trascrizione e lavorando con varie proteine, inclusi fattori di trascrizione come ZNF655. Le intricate relazioni e strutture di queste proteine evidenziano un sistema sofisticato di controllo genico. Continuando a studiare queste interazioni e i loro impatti sulle funzioni cellulari, potremmo aprire la strada a nuove intuizioni nella regolazione genetica e approcci terapeutici per trattare varie malattie. L'Integratore, pur essendo un componente complesso delle cellule, svolge un ruolo cruciale nell'assicurare che i geni siano espressi correttamente, il che è essenziale per la salute e la funzione degli organismi viventi.
Titolo: Structural basis of the Integrator complex assembly and association with transcription factors
Estratto: Integrator is a multi-subunit protein complex responsible for premature transcription termination of coding and non-coding RNAs in Metazoans. This is achieved via Integrators two enzymatic activities, RNA endonuclease and protein phosphatase, acting on the promoter-proximally paused RNA Polymerase II (RNAPII). Yet, it remains unclear how Integrator assembly and recruitment are regulated and what are the functions of many of its core subunits. Here we report two cryo-EM reconstructions of large Integrator sub-complexes: INTS10/13/14/15 (Arm module) and INTS5/8/10/15, which allowed integrative modelling of the fully-assembled Integrator bound to the RNAPII paused elongating complex (PEC). INTS13/14 are positioned near the DNA upstream from the transcription pause site, suggesting a potential role in the chromatin context. An in silico protein interaction screen of over 1500 transcription factors (TFs), identified Zinc Finger Protein 655 (ZNF655) as a direct interacting partner of INTS13 that associates with a fully assembled, 17-subunit Integrator complex. We propose a model wherein the Arm module acts as a platform for the recruitment of TFs that could modulate the stability of the Integrators association at specific loci and modulate transcription attenuation of the target genes.
Autori: Wojciech P. Galej, M. Razew, A. Fraudeau, M. M. Pfleiderer
Ultimo aggiornamento: 2024-01-31 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.30.577955
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.30.577955.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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