Nuove scoperte sul tracciamento delle piastrine e formazione di coaguli
I ricercatori sviluppano metodi per tracciare le piastrine e studiare la formazione di coaguli in tempo reale.
― 6 leggere min
Indice
- La Necessità di Automazione
- Deep Learning per un Monitoraggio Migliore
- Come Sono Stati Eseguiti gli Esperimenti
- Imaging di Alta Qualità
- Validazione del Metodo di Deep Learning
- Monitoraggio delle Piastrine nel Tempo
- Confronto di Diverse Condizioni
- Risultati e Implicazioni
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
Negli ultimi dieci anni, gli scienziati hanno migliorato tantissimo il modo in cui possiamo vedere e capire come si formano i Coaguli di sangue, osservando piccole parti del sangue chiamate Piastrine. Queste piastrine sono super importanti perché aiutano a fermare il sanguinamento raggruppandosi. Le nuove tecniche di imaging ci permettono di vedere queste piastrine in azione, sia dentro animali vivi che in laboratorio.
Tuttavia, anche con questi metodi di imaging avanzati, capire esattamente quante piastrine ci siano e come si comportano nel tempo è ancora una sfida. Le tecniche precedenti che cercavano di monitorare le piastrine potevano lavorare solo con un numero limitato di esse alla volta, il che significava che si perdevano molte informazioni utili. Per capire davvero come si comportano le piastrine in un coagulo, dobbiamo monitorare molte piastrine automaticamente.
La Necessità di Automazione
Uno dei primi tentativi di usare metodi automatici per contare le piastrine è stato fatto da alcuni ricercatori che hanno utilizzato una tecnica di elaborazione delle immagini tradizionale chiamata metodo della Differenza di Gaussian (DoG). Hanno scoperto che contare le piastrine offre migliori spunti su come si formano i coaguli piuttosto che misurare solo la loro luminosità. Ma il metodo DoG ha i suoi problemi e non funziona bene quando le immagini cambiano molto.
Nei test con animali vivi, i ricercatori hanno trovato che i metodi tradizionali fallivano spesso quando le condizioni cambiavano. Hanno pensato che usare metodi di apprendimento automatico sarebbe stato più efficace nel monitorare le piastrine in modo affidabile.
Deep Learning per un Monitoraggio Migliore
Il deep learning è un tipo di apprendimento automatico che aiuta i computer a imparare a identificare oggetti nelle immagini. Questo metodo ha mostrato risultati eccezionali nell'identificare le piastrine in immagini 2D, ma non era stato provato in immagini 3D fino ad ora. I nuovi metodi possono gestire dati con molto rumore, che è spesso un problema nelle immagini scientifiche. Una volta riconosciute le piastrine in ogni immagine, possono essere monitorate nel tempo.
I ricercatori hanno creato un nuovo sistema che usa il deep learning per analizzare immagini 3D delle piastrine. Questo sistema può trovare e monitorare automaticamente molte piastrine individuali, rendendo più facile vedere come si comportano durante la formazione del coagulo in diverse condizioni.
Come Sono Stati Eseguiti gli Esperimenti
In questi studi, hanno usato tecniche speciali per osservare come le piastrine agiscono sia in animali vivi che in esperimenti di laboratorio controllati. Tutti i test sugli animali sono stati approvati dai relativi comitati etici. Per i test vivi, i topi hanno ricevuto iniezioni speciali per segnare una piccola percentuale delle loro piastrine.
Per i test in laboratorio, il sangue dei topi è stato preparato rapidamente con particolare attenzione per mantenere le piastrine in salute per lo studio. Anche il sangue umano è stato raccolto da volontari, assicurandosi che tutti gli standard etici fossero rispettati. In entrambi i casi, sono state usate camere speciali per imitare il flusso sanguigno e studiare come le piastrine reagivano quando si muovevano su superfici che generalmente fanno sì che si attacchino tra loro, come il collagene.
Imaging di Alta Qualità
Un sistema di imaging avanzato è stato poi utilizzato per visualizzare queste piastrine. Questo sistema ha catturato immagini rapidamente, permettendo ai ricercatori di osservare come le piastrine si muovono e cambiano nel tempo. I ricercatori hanno scattato diverse immagini a profondità diverse, creando una visualizzazione 3D delle piastrine all'interno dei vasi sanguigni.
Prima di usare i metodi di deep learning, i ricercatori si sono assicurati di avere dati accurati per addestrare i loro algoritmi. Hanno corretto errori iniziali nelle immagini per creare etichette precise per le piastrine.
Validazione del Metodo di Deep Learning
Per confermare che il loro nuovo sistema di deep learning funzionasse bene, i ricercatori hanno confrontato i suoi risultati con quelli ottenuti da scienziati esperti che identificavano manualmente le piastrine. Hanno scoperto che il loro nuovo metodo riconosceva accuratamente le piastrine, anche in condizioni difficili. Il sistema riusciva a separare chiaramente le piastrine, anche in casi in cui i metodi tradizionali faticavano.
I ricercatori hanno anche messo alla prova il metodo di deep learning contro situazioni in cui le immagini erano rese meno chiare aggiungendo rumore. Il sistema di deep learning ha performato significativamente meglio rispetto ai metodi tradizionali, riuscendo ancora a trovare le piastrine con precisione.
Monitoraggio delle Piastrine nel Tempo
Una volta identificate le piastrine, hanno utilizzato software specializzato per monitorare ciascuna piastrina in più punti temporali. Questo software di monitoraggio consente ai ricercatori di vedere il movimento delle piastrine durante il processo di formazione del coagulo. Poiché possono esserci migliaia di piastrine in un'immagine, il monitoraggio può essere complicato.
Per convalidare l'accuratezza del loro monitoraggio, i ricercatori hanno sviluppato strumenti che consentono ad altri di controllare facilmente la qualità del Tracciamento. Hanno campionato alcune delle piastrine monitorate e controllato eventuali errori, come piastrine mal identificate. Hanno scoperto che i tassi di errore erano molto bassi, con la maggior parte del monitoraggio che risultava accurato.
Confronto di Diverse Condizioni
Grazie a questo nuovo flusso di lavoro, i ricercatori hanno potuto confrontare come si comportano le piastrine in condizioni vive rispetto a quelle controllate in laboratorio. Hanno scoperto che le piastrine negli animali vivi formano coaguli più rapidamente e in modo più denso rispetto a quelle negli esperimenti di laboratorio. Inoltre, le piastrine negli animali vivi mostrano un movimento più dinamico rispetto a quelle in laboratorio.
Monitorare le piastrine in condizioni di laboratorio ha anche permesso ai ricercatori di raccogliere più dati su come le piastrine rispondono a essere costrette su superfici che le fanno attaccare. Hanno potuto misurare quanto velocemente si muovevano le piastrine, quanto diventavano dense le coagulazioni e come cambiava la forma delle piastrine nel tempo.
Risultati e Implicazioni
I ricercatori hanno scoperto che le piastrine negli animali vivi non solo si muovevano più velocemente ma mostrano anche forme diverse rispetto agli studi in laboratorio. Le differenze potrebbero essere dovute ai segnali naturali presenti nei sistemi viventi che mancano in laboratorio.
Il software e i metodi sviluppati possono fornire dati ricchi su come si comportano le piastrine in diverse situazioni. Questo consente di comprendere meglio come si formano i coaguli di sangue e come potrebbero essere influenzati da farmaci o altri trattamenti. Il team mira a migliorare ulteriormente il proprio software, accogliendo contributi da altri scienziati.
Conclusione
In conclusione, è stato stabilito un nuovo metodo per trovare e seguire accuratamente le piastrine mentre si formano i coaguli. Questa tecnica può fornire spunti chiari su come avviene la coagulazione del sangue, essenziale per sviluppare trattamenti migliori per le condizioni legate ai disturbi della coagulazione. Il software sviluppato è disponibile per altri, consentendo agli scienziati di esplorare i ruoli delle piastrine in vari contesti medici. Questo lavoro apre nuove strade per capire come funzionano i coaguli di sangue, sia in salute che in malattia.
Titolo: Finding and Following: A deep learning-based pipeline for tracking platelets during thrombus formation in vivo and ex vivo
Estratto: The last decade has seen increasing use of advanced imaging techniques in platelet research. However, there has been a lag in the development of image analysis methods, leaving much of the information trapped in images. Herein, we present a robust analytical pipeline for finding and following individual platelets over time in growing thrombi. Our pipeline covers four steps: detection, tracking, estimation of tracking accuracy, and quantification of platelet metrics. We detect platelets using a deep learning network for image segmentation, which we validated with proofreading by multiple experts. We then track platelets using a standard particle tracking algorithm and validate the tracks with custom image sampling -- essential when following platelets within a dense thrombus. We show that our pipeline is more accurate than previously described methods. To demonstrate the utility of our analytical platform, we use it to show that in vivo thrombus formation is much faster than that ex vivo. Furthermore, platelets in vivo exhibit less passive movement in the direction of blood flow. Our tools are free and open source and written in the popular and user-friendly Python programming language. They empower researchers to accurately find and follow platelets in fluorescence microscopy experiments.x Plain language summaryIn this paper we describe computational tools to find and follow individual platelets in blood clots recorded with fluorescence microscopy. Our tools work in a diverse range of conditions, both in living animals and in artificial flow chamber models of thrombosis. Our work uses deep learning methods to achieve excellent accuracy. We also provide tools for visualising data and estimating error rates, so you dont have to just trust the output. Our workflow measures platelet density, shape, and speed, which we use to demonstrate differences in the kinetics of clotting in living vessels versus a synthetic environment. The tools we wrote are open source, written in the popular Python programming language, and freely available to all. We hope they will be of use to other platelet researchers.
Autori: Juan Nunez-Iglesias, A. S. McGovern, P. Larsson, V. Tarlac, N. Setiabakti, L. Shabani Mashcool, J. R. Hamilton, N. Boknäs
Ultimo aggiornamento: 2024-02-08 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.02.560609
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.02.560609.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.