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Nuovo metodo migliora l'analisi dei tessuti pancreatici

I ricercatori sviluppano DeformableFormer per migliorare la valutazione dei campioni di tessuto pancreatico.

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L'aspirazione con ago sottile tramite ecografia endoscopica (EUS-FNA) è un metodo usato per controllare il cancro al pancreas. Questa tecnica prevede l'uso di un ago sottile per prelevare piccoli campioni di tessuto dal pancreas. Questi campioni vengono poi colorati ed esaminati dai medici per vedere se mostrano segni di cancro. Tuttavia, il processo di colorazione e controllo di questi campioni può essere lento e non sempre efficace. Se il campione prelevato non è sufficiente per un'esaminazione adeguata dopo la colorazione, la procedura deve essere ripetuta in un altro giorno, il che aumenta lo stress per i pazienti.

Per semplificare le cose, i ricercatori vogliono trovare un modo per guardare le immagini dei campioni non colorati e decidere se sono adatti per l'esame. L'obiettivo è farlo con maggiore precisione rispetto agli specialisti umani, il che farebbe risparmiare tempo e renderebbe tutto meno complicato per i pazienti.

Dichiarazione del Problema

La sfida nell'usare le immagini dei campioni di tessuto pancreatico è che queste immagini mostrano molto sfondo e altri materiali non parte del tessuto da analizzare. Per questo, i metodi tradizionali che analizzano l'intera immagine non funzionano bene. C'è bisogno di un nuovo approccio che possa concentrarsi sulle parti rilevanti delle immagini in modo più efficace.

Soluzione Proposta

I ricercatori hanno introdotto un nuovo metodo chiamato DeformableFormer. Questo nuovo approccio utilizza un tipo di elaborazione delle immagini chiamato Convoluzione Deformabile all'interno di un framework più ampio conosciuto come MetaFormer. L'idea principale dietro DeformableFormer è analizzare piccole parti delle immagini in modo dinamico, consentendogli di concentrarsi meglio sui frammenti di tessuto target rispetto ai metodi esistenti.

Come Funziona DeformableFormer

DeformableFormer funziona rompendo un'immagine in patch più piccole. Usa la Convoluzione Deformabile per analizzare queste patch, il che permette di adattare il modo in cui guarda i dati in base a dove si trova il frammento di tessuto. Questo significa una migliore estrazione delle caratteristiche specifiche per il tessuto pancreatico, il che porta a classificazioni più accurate.

A differenza dei metodi tradizionali che usano impostazioni fisse per l'analisi, DeformableFormer può adattarsi alle caratteristiche nelle immagini, portando a risultati più precisi. Questo è particolarmente importante dato che i frammenti di tessuto pancreatico possono essere piccoli e difficili da individuare.

Metodologia

Per valutare l'efficacia del DeformableFormer, i ricercatori hanno classificato i campioni di tessuto pancreatico in due categorie: quelli idonei per l'esame e quelli non idonei. Hanno confrontato le prestazioni del DeformableFormer con quelle degli specialisti umani e di altri metodi convenzionali.

Dataset

Lo studio ha utilizzato un dataset dell'Università di Nagoya contenente immagini di campioni di tessuto pancreatico prelevati prima della colorazione. Questo dataset includeva esempi sia di campioni idonei che non idonei. Poiché non c'erano molte immagini, i ricercatori hanno migliorato il loro dataset tramite un metodo chiamato augmentation dei dati, che espande il numero di immagini di addestramento applicando tecniche come il ritaglio e la rotazione delle immagini.

Processo di Addestramento

Le immagini sono state suddivise in più set per l'addestramento e il test. I ricercatori hanno utilizzato un processo chiamato cross-validation, che prevede l'uso di diverse parti dei dati per l'addestramento mentre alcune vengono riservate per testare il modello. Questo ha aiutato a garantire che il modello fosse robusto e potesse affrontare diverse situazioni in modo efficace.

Metriche di Valutazione

Per misurare quanto bene ha performato DeformableFormer, i ricercatori hanno usato diverse metriche di valutazione basate su una matrice di confusione. Questa matrice riassume quanto bene il modello ha classificato le immagini. Le metriche chiave includevano:

  • Tasso di Accuratezza: Questo misura quante previsioni erano corrette in totale.
  • Tasso di Precisione: Questo guarda a quante delle campioni previsti come idonei erano realmente idonei.
  • Tasso di Richiamo: Questo misura quanti dei campioni realmente idonei sono stati identificati correttamente.
  • Tasso di Specificità: Questo si concentra su quanto bene il metodo ha identificato i campioni non idonei. Questo è importante perché classificare erroneamente i campioni non idonei come idonei può portare alla necessità di ulteriori procedure.

Risultati

I risultati hanno mostrato che DeformableFormer ha superato l'accuratezza sia dei professionisti medici che di altri metodi tradizionali. Ha migliorato le metriche in tutti i punti di valutazione, in particolare nel tasso di specificità, il che significa che ha fatto un lavoro migliore nell'identificare campioni non idonei.

Confronti con Altri Metodi

I ricercatori hanno confrontato DeformableFormer con vari modelli esistenti, incluso Resnet34 e un metodo che utilizza l'apprendimento contrastivo. Anche se alcuni di questi metodi hanno mostrato miglioramenti in alcune aree, spesso hanno faticato con la specificità, che è vitale per evitare procedure ripetute non necessarie.

Al contrario, DeformableFormer non solo ha superato questi modelli ma ha anche fornito un notevole aumento nell'identificazione dei campioni non idonei. Questo è cruciale per la cura dei pazienti, poiché classificare correttamente i campioni aiuta a evitare di dare ai pazienti ulteriore stress o ritardi nel trattamento.

Conclusione

Sviluppare DeformableFormer rappresenta un notevole progresso nella classificazione dei campioni di tessuto pancreatico prima della colorazione. Concentrandosi sulle caratteristiche rilevanti delle immagini, questo metodo offre un modo più veloce e potenzialmente più accurato per valutare se un campione è idoneo per l'esame.

Anche se il metodo funziona bene, i ricercatori riconoscono che c'è ancora margine di miglioramento, specialmente date le sfide iniziali poste dal dataset limitato. I lavori futuri potrebbero coinvolgere l'aumento del numero di immagini di addestramento per migliorare ulteriormente il modello ed esplorare altre potenziali applicazioni di questa tecnica nell'imaging medico.

Questo nuovo approccio potrebbe cambiare potenzialmente il modo in cui i patologi e i professionisti medici valutano i campioni di tessuto, rendendo il processo più fluido e riducendo il carico sui pazienti. Complessivamente, enfatizzare l'accuratezza nell'identificare i campioni idonei è un passo vitale verso il miglioramento della cura dei pazienti di fronte a malattie pancreatiche.

Fonte originale

Titolo: DeformableFormer: Classification of Endoscopic Ultrasound Guided Fine Needle Biopsy in Pancreatic Diseases

Estratto: Endoscopic Ultrasound-Fine Needle Aspiration (EUS-FNA) is used to examine pancreatic cancer. EUS-FNA is an examination using EUS to insert a thin needle into the tumor and collect pancreatic tissue fragments. Then collected pancreatic tissue fragments are then stained to classify whether they are pancreatic cancer. However, staining and visual inspection are time consuming. In addition, if the pancreatic tissue fragment cannot be examined after staining, the collection must be done again on the other day. Therefore, our purpose is to classify from an unstained image whether it is available for examination or not, and to exceed the accuracy of visual classification by specialist physicians. Image classification before staining can reduce the time required for staining and the burden of patients. However, the images of pancreatic tissue fragments used in this study cannot be successfully classified by processing the entire image because the pancreatic tissue fragments are only a part of the image. Therefore, we propose a DeformableFormer that uses Deformable Convolution in MetaFormer framework. The architecture consists of a generalized model of the Vision Transformer, and we use Deformable Convolution in the TokenMixer part. In contrast to existing approaches, our proposed DeformableFormer is possible to perform feature extraction more locally and dynamically by Deformable Convolution. Therefore, it is possible to perform suitable feature extraction for classifying target. To evaluate our method, we classify two categories of pancreatic tissue fragments; available and unavailable for examination. We demonstrated that our method outperformed the accuracy by specialist physicians and conventional methods.

Autori: Taiji Kurami, Takuya Ishikawa, Kazuhiro Hotta

Ultimo aggiornamento: 2023-04-21 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://arxiv.org/abs/2304.10791

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2304.10791

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia arxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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