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Nuova classe di farmaci prende di mira le proteine che causano malattie

I degradatori di colla molecolare potrebbero cambiare il modo in cui trattiamo le malattie legate alle proteine.

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I degradatori di collante molecolare sono un nuovo tipo di farmaco che può aiutare a scomporre proteine specifiche nel corpo. Questi farmaci funzionano avvicinando un enzima chiamato E3 ubiquitin ligasi a una proteina target. Una volta che sono vicini, l'E3 ligasi può attaccare piccole proteine chiamate ubiquitine al bersaglio, segnalandolo per la distruzione dal sistema di smaltimento dei rifiuti della cellula, noto come proteasoma. Questo metodo d'azione rende i degradatori di collante molecolare un'opzione entusiasmante per trattare malattie in cui certe proteine causano problemi.

Perché i degradatori di collante molecolare?

Uno dei motivi per cui i degradatori di collante molecolare sono considerati migliori rispetto ad altri tipi di farmaci, come i PROTAC, è che sono più piccoli. I farmaci più piccoli sono spesso più facili da usare per il corpo. Possono anche sfruttare interazioni proteiche specifiche che altri farmaci non possono, permettendo loro di mirare a proteine altrimenti difficili da raggiungere. Tuttavia, la maggior parte dei degradatori di collante molecolare attuali è stata trovata per caso o attraverso tecniche di screening ampie, e progettarli in modo mirato è ancora una sfida.

Ricerche recenti hanno mostrato che piccoli cambiamenti in farmaci esistenti possono trasformarli in degradatori di collante molecolare. Questa è un'opzione entusiasmante perché significa che gli scienziati possono creare nuovi farmaci modificando quelli che già esistono. I ricercatori hanno anche trovato modi per identificare E3 ligasi che possono essere mirate usando molecole speciali. Questo ha aperto nuove strade per creare degradatori che possono aiutare in diverse applicazioni mediche.

Scoprire nuovi manici chimici

In studi recenti, gli scienziati hanno cercato di trovare più manici chimici che potrebbero aiutare a convertire farmaci normali in degradatori di collante molecolare. Si sono concentrati su un composto chiamato JQ1, noto per inibire una particolare proteina. Creando diverse versioni di JQ1 che potevano reagire con specifici amminoacidi nelle E3 ligasi, hanno scoperto un nuovo composto chiamato ML 1-50. Questo composto era efficace nel degradare una proteina chiamata BRD4 in particolari tipi di cellule.

I ricercatori hanno scoperto che ML 1-50 poteva ridurre i livelli di BRD4 in modo dose-dipendente, il che significa che quantità maggiori del farmaco portavano a riduzioni più significative nella proteina target. Interessantemente, ML 1-50 era particolarmente bravo a degradare una versione più corta di BRD4, rendendolo un candidato promettente per studi futuri. I ricercatori hanno confermato che l'azione di ML 1-50 dipendeva dall'attività della E3 ligasi DCAF16, che gioca un ruolo critico nel processo di degradazione.

Comprendere le E3 ligasi e il loro ruolo

Le E3 ligasi sono componenti essenziali nel processo di degradazione delle proteine. Aiutano ad attaccare l'ubiquitina alle proteine target, segnalandole per la distruzione. Diverse E3 ligasi possono mirare a diverse proteine, rendendole essenziali per un design di farmaci efficace. In questo studio, DCAF16 è stata identificata come l'E3 ligasi responsabile dell'azione di ML 1-50.

I ricercatori hanno utilizzato varie tecniche per confermare che ML 1-50 interagiva direttamente con DCAF16. Hanno scoperto che nelle cellule prive di DCAF16, la degradazione di BRD4 non poteva avvenire, confermando il suo ruolo nel processo. Questa scoperta sottolinea l'importanza di capire come i diversi farmaci interagiscano con specifiche E3 ligasi.

Esaminare altri potenziali bersagli

Mentre BRD4 è un bersaglio ben studiato, i ricercatori volevano sapere se lo stesso approccio potesse funzionare per altre proteine. Hanno testato il manico vinilsulfonil piperazina con altri farmaci per vedere se potesse anche portare a una degradazione efficace di altri bersagli. Un esperimento ha coinvolto un farmaco chiamato ribociclib, che viene solitamente usato per inibire CDK4, una proteina coinvolta nel cancro. Dopo aver aggiunto il nuovo manico chimico, i ricercatori hanno scoperto che poteva degradare CDK4, anche se non così efficacemente come ML 1-50 ha fatto con BRD4.

Inoltre, hanno testato il manico su altre proteine, come SMARCA2 e SMARCA4, e hanno scoperto che poteva degradare efficacemente anche questi bersagli. Questo suggerisce che il nuovo manico chimico ha una vasta applicabilità su diverse proteine.

Implicazioni più ampie della ricerca

La scoperta di un manico chimico che consente la degradazione di più proteine apre nuove porte per lo sviluppo di farmaci. Suggerisce che potrebbe essere possibile creare nuovi trattamenti per varie malattie, in particolare tumori, in cui certe proteine sono iperattive o mutate. La capacità di degradare proteine problematiche può portare a opzioni terapeutiche migliori che mirano specificamente alle cause sottostanti delle malattie.

Inoltre, la ricerca indica che i farmaci esistenti possono potenzialmente essere trasformati in degradatori di collante molecolare con semplici modifiche. Questo rappresenta un approccio economico e tempestivo allo sviluppo di farmaci rispetto alla creazione di nuovi farmaci da zero.

Limitazioni e considerazioni future

Nonostante le scoperte entusiasmanti, ci sono ancora sfide da affrontare. Anche se i nuovi degradatori hanno mostrato promesse negli studi di laboratorio, la loro efficacia in organismi viventi richiede ulteriori indagini. I ricercatori hanno notato che la potenza e la selettività dei nuovi composti necessitano di miglioramenti prima di poter essere utilizzati clinicamente.

Inoltre, gli scienziati devono continuare ad esplorare le interazioni tra diverse E3 ligasi e le loro proteine target. Non tutti i degradatori funzioneranno attraverso le stesse E3 ligasi. Ad esempio, ricerche precedenti hanno trovato che un degradatore diverso mirato a BRD4 agiva attraverso RNF126 invece di DCAF16. Questo indica che una comprensione più profonda di queste interazioni è essenziale per ottimizzare il design dei farmaci.

Conclusione

In sintesi, la ricerca identifica nuovi modi per sviluppare degradatori di collante molecolare che possono efficacemente mirare e degradare proteine specifiche. Comprendendo i ruoli delle E3 ligasi come DCAF16 ed esplorando nuovi manici chimici, gli scienziati possono ampliare il toolkit disponibile per lo sviluppo di farmaci, in particolare nella terapia contro il cancro. La possibilità di riutilizzare farmaci esistenti in degradatori efficaci rappresenta un'opportunità rivoluzionaria per la salute, aprendo la strada a trattamenti innovativi che mirano a proteine precedentemente difficili da raggiungere. Tuttavia, sono necessari ulteriori studi per affrontare le sfide legate a potenza, selettività e applicazione pratica in contesti clinici.

Fonte originale

Titolo: DCAF16-Based Covalent Handle for the Rational Design of Monovalent Degraders

Estratto: Targeted protein degradation with monovalent molecular glue degraders is a powerful therapeutic modality for eliminating disease causing proteins. However, rational design of molecular glue degraders remains challenging. In this study, we sought to identify a transplantable and linker-less covalent handle that could be appended onto the exit vector of various protein-targeting ligands to induce the degradation of their respective targets. Using the BET family inhibitor JQ1 as a testbed, we synthesized and screened a series of covalent JQ1 analogs and identified a vinylsulfonyl piperazine handle that led to the potent and selective degradation of BRD4 in cells. Through chemoproteomic profiling, we identified DCAF16 as the E3 ligase responsible for BRD4 degradation--an E3 ligase substrate receptor that has been previously covalently targeted for molecular glue-based degradation of BRD4. Interestingly, we demonstrated that this covalent handle can be transplanted across a diverse array of protein-targeting ligands spanning many different protein classes to induce the degradation of CDK4, the androgen receptor, BTK, SMARCA2/4, and BCR-ABL/c-ABL. Our study reveals a DCAF16-based covalent degradative and linker-less chemical handle that can be attached to protein-targeting ligands to induce the degradation of several different classes of protein targets.

Autori: Daniel K. Nomura, M. Lim, T. Do Cong, L. M. Orr, E. S. Toriki, A. C. Kile, J. W. Papatzimas, E. Lee

Ultimo aggiornamento: 2024-02-22 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.20.580683

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.20.580683.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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