Approfondimenti genetici sui tumori cerebrali pediatrici
Ricerche recenti rivelano cambiamenti genetici che influenzano i tumori pediatrici al cervello e i risultati dei trattamenti.
― 5 leggere min
Indice
- Cambiamenti genetici nei tumori cerebrali pediatrici
- Risultati chiave dagli studi sui tumori cerebrali pediatrici
- Variazioni strutturali complesse
- Variazioni strutturali semplici
- Caratteristiche genomiche e la loro associazione con variazioni strutturali
- Sopravvivenza dei pazienti e variazioni strutturali
- Conclusione
- Fonte originale
I tumori cerebrali sono i tumori solidi più comuni nei bambini sotto i 19 anni. Sono anche la principale causa di morte correlata al cancro in questo gruppo di età. Ci sono oltre 100 tipi di tumori cerebrali nei bambini, e questi tumori sono piuttosto diversi da quelli degli adulti. Anche se il tasso di sopravvivenza per i tumori cerebrali pediatrico è del 75% dopo cinque anni, molti sopravvissuti continuano a affrontare sfide sia a causa del tumore che dei trattamenti ricevuti. Questa situazione crea un urgente bisogno di una migliore conoscenza su come funzionano questi tumori e di nuove opzioni di trattamento che possano migliorare i tassi di sopravvivenza e la qualità della vita per i pazienti e le loro famiglie.
Cambiamenti genetici nei tumori cerebrali pediatrici
Il cancro spesso comporta cambiamenti nei geni. Questi cambiamenti possono essere molto piccoli, come le varianti di nucleotidi singoli (SNVs), o più grandi, come le varianti nel numero di copie (CNVs) e le Variazioni Strutturali (SVs). I tumori cerebrali pediatrici tendono ad avere meno di questi piccoli cambiamenti genetici (SNVs) ma più delle variazioni strutturali più grandi (SVs) rispetto ad altri tumori infantili. Le variazioni strutturali possono includere cose come eliminazioni di DNA, duplicazioni e riarrangiamenti di DNA. Una forma specifica di variazione strutturale nota come cromotripsi si verifica quando un singolo evento catastrofico porta a molti cambiamenti durante un ciclo cellulare.
Imparando a conoscere questi cambiamenti genetici, i ricercatori sperano di ottenere informazioni su cosa causa questi tumori e come trattarli in modo efficace. Ad esempio, le traslocazioni (un altro tipo di cambiamento strutturale) sono state collegate a certi tipi di tumori del sangue e possono attivare geni che promuovono il cancro. Allo stesso modo, specifiche mutazioni in geni come BRCA1 e BRCA2 nei tumori al seno e ovarico rivelano come alcuni tumori possano essere trattati con terapie mirate.
Risultati chiave dagli studi sui tumori cerebrali pediatrici
Studi recenti hanno esaminato più da vicino la struttura dei tumori cerebrali pediatrici. Un grande database chiamato Pediatric Brain Tumor Atlas ha raccolto oltre 1.000 tumori provenienti da più di 30 tipi diversi. Dopo aver filtrato i campioni non rilevanti, i ricercatori hanno esaminato 744 tumori, concentrandosi su quelli con almeno dieci campioni.
L'analisi di questi tumori ha mostrato una notevole varietà nel numero e nei tipi di cambiamenti strutturali presenti nelle diverse categorie di tumori. I gliomi ad alto grado avevano il maggior numero di cambiamenti strutturali, mentre alcuni tumori, come i papillomi del plesso corioideo, non mostravano affatto cambiamenti. È emerso chiaro che certi tipi di tumori avevano una maggiore tendenza a subire cambiamenti nella loro struttura del DNA rispetto ad altri.
Variazioni strutturali complesse
Le variazioni strutturali complesse sono quelle con più punti di cambiamento e possono includere gruppi di cambiamenti raggruppati o meno raggruppati. I ricercatori hanno trovato firme distinte di queste variazioni complesse. Ad esempio, alcuni tipi come i gliomi ad alto grado avevano schemi specifici di cambiamenti strutturali complessi. Altri tipi di tumori avevano molti meno cambiamenti complessi.
Le variazioni complesse raggruppate sono state trovate avere connessioni uniche con certi meccanismi di cambiamento genetico, come quelli che coinvolgono DNA circolare o alterazioni strutturali che si verificano in regioni specifiche del genoma. La presenza di firme specifiche di queste variazioni potrebbe potenzialmente aiutare a prevedere il comportamento del tumore e a sostenere approcci di trattamento mirati.
Variazioni strutturali semplici
Oltre ai cambiamenti complessi, lo studio si è concentrato anche su variazioni strutturali più semplici. Queste includevano eliminazioni, duplicazioni e riarrangiamenti di sezioni più piccole di DNA. I ricercatori hanno identificato nove tipi distinti di variazioni strutturali semplici, ognuna con la propria frequenza e distribuzione tra i vari tipi di tumori.
Certi tumori, come i tumori astrocitari a basso grado, mostravano schemi specifici di variazioni semplici. Ad esempio, una firma notevole nota come "fusione BRAF" è stata trovata prevalentemente nei tumori astrocitari a basso grado, indicando un possibile bersaglio per la terapia.
Caratteristiche genomiche e la loro associazione con variazioni strutturali
Le variazioni strutturali non si verificano casualmente nel genoma. Invece, certe caratteristiche genomiche, come il timing della replicazione del DNA e la presenza di sequenze di DNA specifiche, possono influenzare dove avvengono questi cambiamenti. I ricercatori hanno esaminato 31 caratteristiche genomiche diverse per capire come si relazionano alle variazioni strutturali nei tumori cerebrali pediatrici.
Lo studio ha trovato che specifiche firme di variazione strutturale erano spesso collegate a regioni del genoma che si replicano tardi. D'altro canto, associazioni uniche sono state osservate per alcune variazioni che non si trovano nei tumori adulti, suggerendo meccanismi sottostanti diversi per i tumori pediatrici.
Sopravvivenza dei pazienti e variazioni strutturali
È anche importante vedere come queste variazioni strutturali impattino sugli esiti dei pazienti. Sebbene la cromotripsi e altre variazioni complesse siano state precedentemente associate a una scarsa sopravvivenza nei tumori adulti, la ricerca attuale non ha trovato uno schema simile nei tumori cerebrali pediatrici. Anzi, alcune variazioni strutturali semplici sono state collegate a esiti peggiori nei gliomi ad alto grado, suggerendo che i meccanismi di variazione strutturale potrebbero essere più attivi in certi tipi di tumori.
Conclusione
I risultati di questo studio completo sui tumori cerebrali pediatrici evidenziano la complessità e la diversità dei cambiamenti genetici in questi tumori. Comprendere i diversi tipi di variazioni strutturali, sia complesse che semplici, può fornire preziose informazioni sulla biologia dei tumori cerebrali pediatrici. Questa conoscenza può alla fine portare a migliori strategie di trattamento e a risultati migliorati per i giovani pazienti che affrontano queste condizioni difficili.
Il futuro della ricerca sui tumori cerebrali pediatrici sta nell'esplorare ulteriormente questi cambiamenti genetici e come contribuiscono al comportamento del tumore e alla sopravvivenza del paziente. Maggiore collaborazione e condivisione dei dati tra i ricercatori saranno fondamentali per sbloccare nuove intuizioni che possano aiutare a guidare le decisioni cliniche e, in ultima analisi, migliorare la vita dei bambini diagnosticati con questi tumori.
Titolo: Somatic structural variation signatures in pediatric brain tumors
Estratto: Brain cancer is the leading cause of cancer-related death in children. Somatic structural variations (SVs), large scale alterations in DNA, remain poorly understood in pediatric brain tumors. Here, we detect a total of 13,199 high confidence somatic SVs in 744 whole-genome-sequenced pediatric brain tumors from Pediatric Brain Tumor Atlas. The somatic SV occurrences have tremendous diversity among the cohort and across different tumor types. We decompose mutational signatures of clustered complex SVs, non-clustered complex SVs, and simple SVs separately to infer the mutational mechanisms of SV formation. Our finding of many tumor types carrying unique sets of SV signatures suggests that distinct molecular mechanisms are active in different tumor types to shape genome instability. The patterns of somatic SV signatures in pediatric brain tumors are substantially different from those in adult cancers. The convergence of multiple signatures to alter several major cancer driver genes suggesting the functional importance of somatic SVs in disease progression.
Autori: Lixing Yang
Ultimo aggiornamento: 2023-05-26 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.18.23290139
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.18.23290139.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
Si ringrazia medrxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.