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Adattamenti batterici ai cambiamenti di salinità

Punti chiave su come i batteri si adattano a ambienti con diverse salinità.

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La Salinità, o concentrazione di sale nell'acqua, è un fattore chiave che influisce sui tipi di Batteri presenti negli ambienti marini (acqua salata) rispetto a quelli delle acque dolci. Molti studi hanno dimostrato che quando i livelli di salinità cambiano, anche la composizione delle comunità microbiche cambia. Questo è evidente negli ecosistemi dove i livelli di sale variano, portando a gruppi distinti di batteri che si adattano ai loro ambienti specifici.

Nella maggior parte dei casi, i batteri marini e quelli d'acqua dolce sono abbastanza diversi. Tuttavia, alcuni batteri si trovano in entrambi gli ambienti, anche se in numeri ridotti. Questo suggerisce che i cambiamenti tra habitat marini e d'acqua dolce potrebbero non essere così rari come si pensava in passato. È cruciale investigare come questi batteri, che svolgono ruoli importanti nei loro ecosistemi, affrontino i livelli di salinità variabili, soprattutto mentre i cambiamenti climatici e le attività umane alterano la salinità dell'acqua.

Adattarsi a Diverse Salinità

Quando i batteri si spostano dall'acqua dolce all'acqua salata, affrontano uno stress osmotico a causa dell'aumento del sale nei loro dintorni. Per adattarsi, i batteri marini hanno sviluppato diverse strategie. Queste includono l'uso di canali ionici per gestire i livelli di ioni all'interno delle loro cellule e la produzione di piccole molecole che li aiutano a far fronte alla elevata concentrazione di sale.

Alcuni batteri possono persino acquisire nuovi geni che li aiutano a regolare i loro livelli interni di sale prendendoli da altri batteri. Spesso, questi geni vengono trasferiti da altri batteri marini. Gli studi hanno mostrato che i batteri marini hanno generalmente genomi più piccoli e le loro proteine sono più acide rispetto a quelle degli ambienti d'acqua dolce e terrestri.

Batteri Oxidanti del Ferro e i Loro Habitat

I batteri ossidanti del ferro (FeOB) sono un gruppo che include alcuni tipi di Betaproteobacteria e Zetaproteobacteria. Questi batteri sono essenziali nel ciclo del ferro e di altri elementi nell'ambiente. Sono noti per colonizzare superfici metalliche e possono incoraggiare la corrosione.

Tradizionalmente, si pensava che gli FeOB, in particolare quelli della famiglia Gallionellaceae, fossero limitati agli habitat d'acqua dolce e terrestri. Tuttavia, la recente scoperta degli Zetaproteobacteria ha ampliato la nostra comprensione di dove questi batteri possono vivere. La ricerca ha dimostrato che Gallionella e Zetaproteobacteria possono coesistere in vari ambienti, inclusi i fondali idrotermali, dove possono essere trovati fianco a fianco.

Sebbene Gallionella sia principalmente associata all'acqua dolce, è stata osservata anche in alcuni ambienti marini. Allo stesso modo, gli Zetaproteobacteria si trovano principalmente in ambienti marini ma sono stati rilevati anche in aree salmastre e costiere, indicando un range ecologico più ampio di quanto si pensasse in precedenza.

Nuove Scoperte dai Fondali Idrotermali

Studi recenti hanno ricostruito i genomi di Gallionella e Mariprofundus dai fondali idrotermali. In questi fondali, Gallionella costituiva circa il 4% della comunità batterica. Questa alta presenza suggerisce che Gallionella gioca un ruolo significativo nell'ossidazione del ferro all'interno di questi ambienti.

La presenza di Gallionella e Mariprofundus indica un ruolo condiviso nell'ossidazione del ferro, importante per mantenere l'equilibrio ecologico. La ricerca ha dimostrato che questi batteri non sono solo coinvolti nel ciclo del ferro ma potrebbero anche contribuire al ciclo del carbonio nei loro habitat.

Analisi Comparativa di Gallionella e Zetaproteobacteria

I ricercatori hanno effettuato analisi filogenomiche dettagliate per comprendere le connessioni tra le popolazioni marine e d'acqua dolce di Gallionella. Lo studio ha indicato che i genomi di Gallionella marini sono strettamente correlati ai loro parenti d'acqua dolce, suggerendo che potrebbero essere passati tra ambienti.

Allo stesso modo, per gli Zetaproteobacteria, sono state trovate connessioni evolutive distinte tra i rappresentanti marini e d'acqua dolce. Questo indica che i membri di questi batteri hanno subito adattamenti per sopravvivere in diverse condizioni di salinità.

Metabolismo del Ferro nei Batteri Marini

Negli ambienti marini, Gallionella mostra costanti capacità di ossidazione del ferro. Questo è critico per la loro sopravvivenza e il loro ruolo come produttori primari nell'ecosistema. Possiedono geni che permettono loro di utilizzare il ferro in modo efficiente e hanno adattato i loro processi di fissazione del carbonio per adattarsi alle condizioni marine.

I genomi di Gallionella marini rivelano un modello di adattamento a ambienti con alta salinità, inclusa la produzione di soluti compatibili, che li aiutano a gestire lo stress osmotico. Questi adattamenti sono essenziali per la loro crescita e funzionamento in acque più salate.

Adattamenti Ambientali di Gallionella

I genomi di Gallionella marini non mostrano solo adattamenti per la salinità, ma includono anche geni per resistenza ai metalli pesanti e protezione contro attacchi virali. Questi adattamenti li aiutano a prosperare in ambienti difficili come i fondali idrotermali, dove i metalli pesanti sono prevalenti.

Inoltre, alcuni genomi di Gallionella marini presentavano geni che permettono loro di produrre ectoine, una molecola che aiuta i batteri a far fronte allo stress osmotico. Questo suggerisce che abbiano sviluppato strategie per sopravvivere in condizioni di alta salinità, probabilmente attraverso il trasferimento orizzontale di geni da altri batteri.

Riepilogo delle Scoperte su Zetaproteobacteria

Per gli Zetaproteobacteria, gli adattamenti agli ambienti d'acqua dolce sono meno chiari. Sembrano abitare aree con salinità variabile, ma la loro capacità di prosperare in veri ambienti d'acqua dolce rimane incerta. I loro genomi mostrano differenze nel modo in cui gestiscono la pressione osmotica e l'assorbimento dei nutrienti, con certi geni presenti principalmente negli Zetaproteobacteria marini.

L'identificazione di specifici geni di assimilazione dei nitrati negli Zetaproteobacteria marini suggerisce che questi batteri si siano evoluti per sfruttare la disponibilità di nutrienti negli habitat marini.

Conclusione

Gli studi condotti su Gallionella e Zetaproteobacteria dai fondali idrotermali rivelano importanti spunti sull'adattabilità dei batteri a condizioni di salinità in cambiamento. Entrambi i gruppi di batteri ossidanti del ferro mostrano prove di aver attraversato più volte il confine tra acqua dolce e mare, indicando complesse storie evolutive.

Man mano che si adattano a diversi ambienti, le loro analisi genomiche puntano verso un mix di strategie evolutive, tra cui il trasferimento di geni e una potenziale riduzione del genoma. Queste scoperte migliorano la nostra comprensione dell'ecologia microbica e dei ruoli che questi batteri svolgono nei loro ecosistemi, soprattutto nel contesto dei cambiamenti ambientali. Comprendere questi adattamenti è cruciale per prevedere come le comunità microbiche potrebbero rispondere ai futuri cambiamenti ambientali.

Fonte originale

Titolo: Adaptation strategies of iron-oxidizing bacteria Gallionella and Zetaproteobacteria crossing the marine-freshwater barrier

Estratto: Iron-oxidizing Betaproteobacteria and Zetaproteobacteria are generally associated with freshwater and marine environments, respectively. Despite repeated cross-environment observations of these taxa, there has been no focused exploration of genomes of marine Gallionella (Betaproteobacteria) to understand transitions between freshwater and marine habitats. Consequently, their roles in these environments remain uncertain. Here, we present strong evidence for co-occurrence of Gallionella and Zetaproteobacteria at deep-sea hydrothermal vents at the Arctic Mid-Ocean Ridges through metagenomic analyses. Phylogenomics analysis of Gallionella metagenome-assembled genomes (MAGs) suggests that seawater adaptation is an evolutionary event which occurred multiple times in distinct lineages. Similarly, several distinct evolutionary events for freshwater and terrestrial Mariprofundus and other Zetaproteobacteria are predicted. The presence of cyc2 iron oxidation genes in co-occurring marine Betaproteobacteria and Zetaproteobacteria implies an overlap in niches of these iron-oxidizers. Functional enrichment analyses reveal genetic differences between marine MAGs of both iron-oxidizing groups and their terrestrial aquatic counterparts linked to salinity adaptation. Though scanning electron microscopy confirms the presence of Fe(III) oxyhydroxide stalks where Gallionella and Mariprofundus co-occur, Gallionella MAGs from hydrothermal vents lack evidence of putative stalk formation genes. Mariprofundus is therefore the likely sole stalk-producing iron-oxidizer in this environment. Conversely, discovery of putative stalk formation genes in Mariprofundus MAGs across the marine-freshwater barrier suggests that Fe(III) oxyhydroxide stalks might not be an exclusive signature for single iron-oxidizing taxa in marine and freshwater environments. Our research provides novel insights into the iron-oxidizing capacities, stalk production, environmental adaptation, and evolutionary transitions between marine and freshwater habitats for Gallionella and Zetaproteobacteria. ImportanceIron-oxidizing bacteria play an important role in the global cycling of iron, carbon, and other metals. While it has previously been assumed that bacterial evolution does not frequently involve crossing the salinity barrier, recent studies indicate that such occurrences are more common than previously thought. Our study offers strong evidence that this also happens among iron-oxidizing bacteria, with new insights into how these bacteria adapt to the new environment, including hydrothermal vents and freshwater habitats. In addition, we emphasize the importance of accurate iron-oxidizing taxa identification through sequencing, rather than relying solely on the morphology of Fe(III) oxyhydroxides and environment. On a larger scale, microorganisms within established communities needing to respond to changes in salinity due to events like seawater intrusion in coastal aquifers underscore the importance of knowledge of transitions across habitat types with different salt concentration.

Autori: Petra Hribovšek, P. Hribovsek, E. Olesin Denny, A. Mall, H. Dahle, I. H. Steen, R. Stokke

Ultimo aggiornamento: 2024-02-29 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.28.582575

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.28.582575.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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