Nuove scoperte sul cancro gastrico e RNA
La ricerca svela il ruolo dell'RNA nella progressione del cancro gastrico e nei potenziali trattamenti.
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Indice
- Sintomi e Diagnosi
- Il Ruolo dell'RNA nel Cancro
- Ricerca sul Network ceRNA nel Cancro Gastrico
- Risultati dall'analisi dell'RNA
- Ulteriore Analisi dei Ruoli dell'RNA
- Dati Clinici e Analisi di Sopravvivenza
- Analisi Immunoistochimica
- Implicazioni per il Trattamento
- Direzioni Future
- Fonte originale
- Link di riferimento
Il cancro gastrico, o cancro dello stomaco, è un grosso problema di salute in tutto il mondo. È particolarmente comune nei paesi dell'Est asiatico come la Corea del Sud, la Cina e il Giappone. Molte persone non notano i sintomi all'inizio, il che porta a una diagnosi tardiva quando il cancro è già più serio. Anche se i metodi per diagnosticare e trattare il cancro gastrico sono migliorati negli ultimi anni, i tassi di sopravvivenza per chi è nelle fasi avanzate della malattia non sono ancora molto buoni.
Sintomi e Diagnosi
I sintomi del cancro gastrico non sono chiari e possono essere confusi con altre condizioni. Questa mancanza di sintomi specifici significa che molte persone scoprono di avere cancro gastrico solo quando è più avanzato. La diagnosi precoce è importante perché i trattamenti tendono a funzionare meglio quando la malattia viene presa all’inizio. Purtroppo, molti pazienti affrontano sfide nel loro trattamento a causa della complessità del cancro e dei fattori che ne portano alla progressione.
Il Ruolo dell'RNA nel Cancro
I recenti progressi nella ricerca genetica hanno evidenziato l'importanza di vari tipi di RNA nelle cellule, soprattutto nel modo in cui interagiscono tra loro. Un meccanismo interessante è noto come RNA endogeno competitivo (ceRNA). In questo sistema, diversi tipi di RNA possono influenzare l'attività degli altri competendo per le stesse molecole conosciute come MicroRNA.
Gli RNA circolari (CircRNA) sono un tipo di RNA che si trova in molte cellule viventi. Sono unici perché formano una struttura a loop e possono svolgere vari ruoli nella cellula, come regolare l'attività genica e legarsi ad altri tipi di molecole. I ricercatori credono che i circRNA potrebbero essere importanti per capire come le cellule si dividono e crescono, e potrebbero anche giocare un ruolo nello sviluppo del cancro.
Ricerca sul Network ceRNA nel Cancro Gastrico
Questa ricerca si è concentrata sull'esaminare il ruolo dei circRNA nel cancro gastrico creando una rete ceRNA che mostra come diversi tipi di RNA interagiscono. Sono stati raccolti dati relativi al cancro gastrico da database pubblici. Usando uno strumento software chiamato R, i ricercatori hanno analizzato le differenze nei livelli di RNA tra i tessuti cancerosi e i tessuti normali. Questo lavoro ha permesso loro di identificare specifici circRNA, microRNA e mRNA che si distinguevano per i loro livelli di espressione.
Utilizzando un altro strumento chiamato Cytoscape, i ricercatori hanno potuto visualizzare le relazioni tra questi diversi tipi di RNA in una rete ceRNA. L'obiettivo era capire come queste molecole di RNA potessero influenzare la progressione del cancro e i tassi di sopravvivenza dei pazienti.
Risultati dall'analisi dell'RNA
Attraverso il loro lavoro, i ricercatori hanno identificato diversi circRNA, microRNA e mRNA che mostravano differenze significative nell'espressione tra tessuti cancerosi e non cancerosi. Sono state create mappe di calore per illustrare visivamente queste differenze, mostrando quali tipi di RNA erano più attivi nei tessuti cancerosi rispetto ai tessuti normali.
Ad esempio, alcuni circRNA risultavano meno attivi nei tessuti normali ma molto attivi nei tessuti cancerosi, suggerendo che potrebbero giocare un ruolo nella crescita del cancro. Nel frattempo, alcuni microRNA erano più attivi nei tessuti normali, suggerendo un possibile ruolo nel controllo della progressione del cancro.
Ulteriore Analisi dei Ruoli dell'RNA
Dopo aver costruito la rete ceRNA, i ricercatori hanno condotto ulteriori analisi per determinare le vie che queste molecole di RNA potrebbero influenzare. In particolare, hanno utilizzato una piattaforma chiamata Gene Ontology (GO) e un altro strumento chiamato KEGG per analizzare le vie che potrebbero essere influenzate dagli mRNA coinvolti nella rete ceRNA.
I risultati hanno indicato importanti vie di segnalazione, in particolare la via di segnalazione IL-17 e la via di segnalazione TNF, come rilevanti per come si sviluppa e progredisce il cancro gastrico. Queste vie sono conosciute per essere coinvolte nell'infiammazione e nelle risposte immunitarie, che sono significative nella biologia del cancro.
Dati Clinici e Analisi di Sopravvivenza
Per collegare questi risultati agli esiti reali, i ricercatori hanno anche esaminato dati clinici di pazienti con cancro gastrico. Sono stati in grado di correlare le informazioni raccolte dalla rete ceRNA con i dati di sopravvivenza dei pazienti. Questo passaggio è stato cruciale per determinare se specifiche molecole di RNA potessero servire come indicatori affidabili della prognosi dei pazienti.
L'analisi ha rivelato due reti ceRNA degne di nota che sembravano essere collegate agli esiti dei pazienti. Una rete coinvolgeva il circRNA hsa_circ_0055521, associato a un microRNA (hsa-miR-204-5p) e a un gene target noto come FAP. La seconda rete includeva più circRNA che influenzavano l'espressione di un altro gene chiamato FNDC1 attraverso un diverso microRNA (hsa-miR-32-3p).
Analisi Immunoistochimica
Per supportare i risultati dell'analisi dell'RNA, i ricercatori hanno condotto un'analisi immunoistochimica delle proteine prodotte da FAP e FNDC1. Questo metodo aiuta a visualizzare dove e quanto di una specifica proteina è presente nei campioni di tessuto. I risultati hanno indicato differenze significative nei livelli di proteine di questi geni tra tessuti cancerosi e tessuti normali adiacenti, suggerendo che potrebbero giocare un ruolo nel cancro gastrico.
Implicazioni per il Trattamento
La scoperta dei circRNA e dei loro potenziali ruoli regolatori apre nuove strade per sviluppare trattamenti per il cancro gastrico. Comprendere queste reti di RNA può aiutare a identificare nuovi target terapeutici. Mirare a interazioni specifiche nella rete ceRNA potrebbe portare a strategie migliori per gestire il cancro gastrico.
Lo studio evidenzia la complessità della biologia del cancro e sottolinea l'importanza di continuare la ricerca su come diverse molecole interagiscono all'interno delle cellule. Indica che sia la via di segnalazione IL-17 che la via di segnalazione TNF potrebbero essere importanti per lo studio e il trattamento futuri del cancro gastrico.
Direzioni Future
Sebbene questi risultati siano promettenti, sono necessarie ulteriori indagini per confermare i ruoli di questi circRNA e delle loro vie associate nel cancro gastrico. Studi sperimentali in laboratorio saranno essenziali per comprendere meglio i meccanismi in gioco. La futura ricerca potrebbe anche esplorare come modificare l'attività di specifici circRNA o microRNA potrebbe influenzare lo sviluppo del cancro e la sopravvivenza dei pazienti.
L'obiettivo finale è tradurre queste intuizioni in pratica clinica, portando potenzialmente a nuovi strumenti diagnostici e opzioni di trattamento per coloro che sono colpiti dal cancro gastrico. Tali progressi potrebbero dare speranza ai pazienti e migliorare gli esiti per una malattia che rappresenta ancora una sfida significativa per la salute in tutto il mondo.
Titolo: A multi-database based ceRNA regulatory network for gastric cancer prognosis
Estratto: ObjectiveCircular RNA(circRNA) is a kind of endogenous non-coding RNA, which may be related to the occurrence and development of cancer. Based on the GEO database, this paper constructs a circRNA as a competitive endogenous RNAs(ceRNAs) that binds with microRNAs (miRNAs) to affect and regulate the expression of target genes. The ceRNA regulatory network based on circRNA-miRNA-mRNA model plays an important role in tumor prognosis and treatment. This paper explores the mechanism of circRNA-related ceRNA regulatory network in gastric cancer. MethodCircRNA, miRNA and mRNA data sets related to gastric cancer were downloaded from The Gene Expression Omnibus (GEO), and the limma package of R software (R 4.2.1 version) was used to identify the differences between gastric cancer tissues and adjacent normal tissues of gastric cancer. DEcircRNA, DEmiRNAs, and DEmRNAs. Based on circBase database, we explored the interactions among circRNA, miRNA and mRNA, and constructed the circRNA-miRNA-mRNA ceRNA network by using Cytoscape_v3.8.0. Then KEGG, GO and survival analysis of ceRNA-related genes were performed. Then, the prognostic data of gastric cancer were extracted from the TCGA database to construct the prognostic subnetwork of gastric cancer. ResultsKEGG analysis of ceRNAs mRNA showed that the pathway was mainly enriched in IL-17 signaling pathway, TNF signaling pathway and so on, which affected the prognosis of gastric cancer. hsa_circ_0055521/hsa-miR-204-5p/FAP, (hsa_circ_0005051, hsa_circ_0007613, hsa_circ_0045602, hsa_circ_0034398, hsa_circ_0006089) /hsa-miR-32-3p/FNDC1 were the ceRNA networks related to the prognosis of gastric cancer collaterals. ConclusionThis study found that IL-17 signaling pathway and TNF signaling pathway may affect the occurrence, development and prognosis of gastric cancer. And hsa_circ_0055521/hsa-miR-204-5p/FAP, (hsa_circ_0005051, hsa_circ_0007613, hsa_circ_0045602, hsa_circ_0034398, hsa_circ_0006089) /hsa-miR-32-3p/FNDC1 two circrNa-based stomachs The cancer ceRNA prognostic network is a new prognostic related ceRNA network for gastric cancer. FNDC1 and FAP may be potential therapeutic targets for gastric cancer.
Autori: longkuan yin, Q. Li
Ultimo aggiornamento: 2023-08-04 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.08.01.23293496
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.08.01.23293496.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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