Interazione delle mutazioni nello sviluppo del cancro ai polmoni
Uno studio rivela come il fumo e le mutazioni di APOBEC interagiscono nel cancro ai polmoni.
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Indice
- Il Ruolo delle Firmine Mutazionali
- Focus sul Cancro ai polmoni
- Obiettivo della Ricerca
- Risultati dello Studio Multi-Omics
- Variabili del Fumo di Tabacco e Cambiamenti Genomici
- Impatto della Cessazione del Fumo sulla Metilazione
- Differenze nella Composizione Cellulare
- Età alla Diagnosi e Evoluzione del Tumore
- Produzione di Neoantigeni e Risposta Immunitaria
- Conclusione
- Implicazioni per la Ricerca Futura
- Importanza della Raccolta Dati
- Pensieri Finali
- Direzioni Future nella Ricerca sul Cancro
- Ringraziamenti
- Fonte originale
- Link di riferimento
Le Mutazioni somatiche sono cambiamenti nel DNA che avvengono nelle cellule del corpo (tranne che per spermatozoi e ovuli) e possono portare al cancro. Queste mutazioni possono capitare a causa di influenze esterne (esogene) come il fumo o l'inquinamento, o da processi cellulari normali dentro il corpo (endogeni). Un aspetto importante nello studio del cancro è capire i diversi schemi e le fonti di queste mutazioni.
Il Ruolo delle Firmine Mutazionali
I ricercatori spesso esaminano quelle che si chiamano firme mutazionali negli studi sul cancro. Questi sono schemi unici di mutazioni che possono dirci qualcosa sui mutageni coinvolti. Per esempio, la famiglia di enzimi APOBEC, che aiuta il corpo a combattere i virus, può anche causare mutazioni nel cancro. Circa il 70% dei tumori umani mostra segni di attività di APOBEC, il che a volte può portare a risultati migliori con trattamenti come l'immunoterapia.
Focus sul Cancro ai polmoni
Il cancro ai polmoni è un grosso problema di salute, essendo il secondo cancro più comune al mondo e la principale causa di morte per cancro. Il fumo è il fattore di rischio più grande per il cancro ai polmoni, causando molte mutazioni nel DNA delle cellule polmonari. Circa il 35% al 55% dei tumori ai polmoni mostra segni di mutazioni APOBEC. Tuttavia, come funzionano le mutazioni legate ad APOBEC insieme alle mutazioni legate al fumo nel cancro ai polmoni non è ancora del tutto chiaro.
Obiettivo della Ricerca
L'obiettivo di questo studio è esplorare come le mutazioni legate ad APOBEC e al fumo di tabacco interagiscono nello sviluppo del cancro ai polmoni. Utilizzando dati multi-omici-che includono informazioni genetiche, trascrittomiche ed epigenomiche-i ricercatori hanno studiato campioni di tessuto polmonare da fumatori.
Risultati dello Studio Multi-Omics
Lo studio ha analizzato campioni di cancro ai polmoni da 309 fumatori con una storia dettagliata di fumo. Un risultato chiave è stato che la combinazione dei processi mutazionali di APOBEC e fumo di tabacco influisce sull'insorgenza del cancro ai polmoni e sull'età in cui le persone vengono diagnosticate.
Tipi di Tumore e Firme APOBEC
Quando i ricercatori hanno esaminato i tumori polmonari, hanno trovato due gruppi principali basati sulla presenza di schemi di mutazione legati a APOBEC. Un gruppo mostrava una forte presenza di queste mutazioni (Sottotipo High APOBEC), mentre l'altro ne aveva meno (Sottotipo Low APOBEC). I tumori del sottotipo high APOBEC avevano schemi di mutazione più complessi e una frequenza più alta di mutazioni.
Differenze tra Sottotipi High e Low APOBEC
I tumori high APOBEC erano caratterizzati da uno specifico schema di mutazioni legato agli enzimi noti come APOBEC3A e APOBEC3B. Questi tumori avevano anche più mutazioni in generale. Al contrario, i tumori low APOBEC presentavano un altro schema, mostrando più mutazioni legate a KRAS, un noto gene responsabile del cancro.
Variabili del Fumo di Tabacco e Cambiamenti Genomici
La ricerca ha trovato un legame tra diverse abitudini di fumo e cambiamenti genomici, in particolare nei tumori low APOBEC. Per esempio, chi fumava di più mostrava carichi mutazionali più significativi. Questo suggerisce che nei tumori con minore attività di APOBEC, il fumo può avere un effetto più diretto e visibile sulle mutazioni.
Impatto della Cessazione del Fumo sulla Metilazione
Interessante, lo studio ha esaminato i cambiamenti nella metilazione del DNA legati al fumo. La metilazione è un processo che può influenzare come vengono espressi i geni. Nei tumori low APOBEC, i cambiamenti nei modelli di metilazione erano più chiaramente associati alle abitudini di fumo. È notevole che alcuni di questi cambiamenti potrebbero tornare alla normalità dopo aver smesso di Fumare.
Differenze nella Composizione Cellulare
I ricercatori hanno anche analizzato le differenze nella composizione cellulare nei tumori high e low APOBEC. I tumori high APOBEC erano associati a più cellule simili a staminali, che possono rigenerarsi e possono complicare l'evoluzione del tumore. D'altra parte, i tumori low APOBEC contenevano più cellule differenziate, il che può portare a una crescita più rapida del tumore.
Età alla Diagnosi e Evoluzione del Tumore
Uno dei risultati più significativi è stato che i pazienti con tumori high APOBEC sono stati diagnosticati più tardi nella vita rispetto a quelli con tumori low APOBEC. Questa tempistica più lunga potrebbe essere dovuta all'accumulo più lento di mutazioni nel sottotipo high APOBEC.
Produzione di Neoantigeni e Risposta Immunitaria
Lo studio ha anche esplorato come le mutazioni contribuiscono alla produzione di neoantigeni-nuove proteine formate da geni mutati che possono scatenare una risposta immunitaria. I tumori con alta attività di APOBEC producevano più neoantigeni, il che potrebbe portare a una migliore risposta ai trattamenti che potenziano il sistema immunitario.
Conclusione
In sintesi, questa ricerca fornisce informazioni importanti su come diversi tipi di mutazioni, in particolare quelle causate dagli enzimi APOBEC e dal fumo di tabacco, influenzano lo sviluppo del cancro ai polmoni. Capire queste interazioni potrebbe avere significative implicazioni per diagnosi, trattamenti e strategie di prevenzione nel cancro ai polmoni e forse anche in altri tipi di cancro.
Implicazioni per la Ricerca Futura
Future ricerche dovrebbero continuare a esaminare come la mutagenesi legata ad APOBEC interagisce con altri mutageni ed esplorare potenziali approcci terapeutici mirati a questi meccanismi per migliorare i risultati del trattamento del cancro. Indagini dettagliate sulla storia dei pazienti e sulle esposizioni ambientali saranno anche cruciali per comprendere le complessità del cancro.
Importanza della Raccolta Dati
Questo studio sottolinea la necessità di una raccolta dati dettagliata nella ricerca sul cancro. Registrazioni complete delle esposizioni dei singoli pazienti possono aiutare i ricercatori a capire meglio le connessioni tra fattori di stile di vita e sviluppo del cancro.
Pensieri Finali
Alla fine, una migliore comprensione del panorama mutazionale nel cancro ai polmoni può portare a un targeting migliorato delle terapie e a risultati migliori per i pazienti, in particolare quelli colpiti dall'uso di tabacco. Le intuizioni ottenute da studi multi-omici aprono la strada a approcci di medicina personalizzata, adattando i trattamenti in base alle specifiche mutazioni presenti nel tumore di un paziente.
Direzioni Future nella Ricerca sul Cancro
Guardando avanti, i ricercatori puntano a sviluppare strategie che possono mirare efficacemente ai processi mutazionali nel cancro ai polmoni. Concentrandosi sulle mutazioni guidate da APOBEC e sulle loro interazioni con altri mutageni, c'è potenziale per creare opzioni terapeutiche più efficaci. I ricercatori trarrebbero anche vantaggio dal considerare il ruolo del sistema immunitario nella risposta a queste mutazioni e come possono essere sfruttate nel trattamento.
Ringraziamenti
I ricercatori esprimono gratitudine a tutti i partecipanti allo studio che hanno fornito dati e intuizioni cruciali, permettendo una migliore comprensione delle dinamiche mutazionali del cancro ai polmoni.
Titolo: APOBEC shapes tumor evolution and age at onset of lung cancer in smokers
Estratto: APOBEC enzymes are part of the innate immunity and are responsible for restricting viruses and retroelements by deaminating cytosine residues1,2. Most solid tumors harbor different levels of somatic mutations attributed to the off-target activities of APOBEC3A (A3A) and/or APOBEC3B (A3B)3-6. However, how APOBEC3A/B enzymes shape the tumor evolution in the presence of exogenous mutagenic processes is largely unknown. Here, by combining deep whole-genome sequencing with multi-omics profiling of 309 lung cancers from smokers with detailed tobacco smoking information, we identify two subtypes defined by low (LAS) and high (HAS) APOBEC mutagenesis. LAS are enriched for A3B-like mutagenesis and KRAS mutations, whereas HAS for A3A-like mutagenesis and TP53 mutations. Unlike APOBEC3A, APOBEC3B expression is strongly associated with an upregulation of the base excision repair pathway. Hypermutation by unrepaired A3A and tobacco smoking mutagenesis combined with TP53-induced genomic instability can trigger senescence7, apoptosis8, and cell regeneration9, as indicated by high expression of pulmonary healing signaling pathway, stemness markers and distal cell-of-origin in HAS. The expected association of tobacco smoking variables (e.g., time to first cigarette) with genomic/epigenomic changes are not observed in HAS, a plausible consequence of frequent cell senescence or apoptosis. HAS have more neoantigens, slower clonal expansion, and older age at onset compared to LAS, particularly in heavy smokers, consistent with high proportions of newly generated, unmutated cells and frequent immuno-editing. These findings show how heterogeneity in mutational burden across co-occurring mutational processes and cell types contributes to tumor development, with important clinical implications.
Autori: Maria Landi, T. Zhang, J. Sang, P. H. Hoang, W. Zhao, J. Rosenbaum, K. E. Johnson, L. J. Klimczak, J. McElderry, A. Klein, C. Wirth, E. N. Bergstrom, M. Diaz Gay, R. Vangara, F. Colon-Matos, A. Hutchinson, S. M. Lawrence, N. Cole, B. Zhu, T. M. Przytycka, J. Shi, N. E. Caporaso, R. Homer, A. C. Pesatori, D. Consonni, M. Imielin _ski, S. J. Chanock, D. C. Wedge, D. A. Gordenin, L. B. Alexandrov, R. S. Harris
Ultimo aggiornamento: 2024-04-03 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.02.587805
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.02.587805.full.pdf
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