Il Ruolo del NEP nel Virus dell'Influenza A
La ricerca rivela il ruolo fondamentale di NEP nell'infezione e replicazione del virus IAV.
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Indice
Il virus dell'influenza A (IAV) è un tipo di virus che può far ammalare gli esseri umani e gli animali. Fa parte di una famiglia di virus chiamata Orthomyxoviridae. Questo virus ha uno strato esterno speciale e contiene materiale genetico fatto di RNA, che è segmentato e a filamento singolo. L'IAV ha otto segmenti di RNA che aiutano a produrre almeno 12 proteine diverse. Uno di questi segmenti è particolarmente corto e si chiama segmento non strutturale (NS). Questo segmento NS crea due proteine importanti: NS1 e proteina di esportazione nucleare (NEP).
Ruolo della NEP nell'IAV
La NEP è importante per il processo di infezione dell'IAV. Aiuta a spostare i componenti virali fuori dal nucleo della cellula, permettendo al virus di assemblarsi e diffondersi. La NEP ha due parti: un dominio N-terminale, che può essere influenzato da diverse modifiche (Mutazioni), e un dominio C-terminale, che è più stabile.
Una funzione chiave della NEP è quella di collaborare con altre proteine per esportare le strutture virali chiamate ribonucleoproteine (VRNP), necessarie per la Replicazione del virus e per infettare altre cellule. Le vRNP contengono RNA virale che il virus utilizza per replicarsi. La NEP interagisce sia con le proteine cellulari che con la proteina di matrice virale (M1) per facilitare questa esportazione.
Mutazioni della NEP e fitness virale
I ricercatori hanno scoperto che diverse mutazioni nella NEP possono cambiare quanto bene il virus si replica e si diffonde. Alcune mutazioni supportano una migliore adattamento dell'IAV aviario (che di solito infetta gli uccelli) quando entra nelle cellule dei mammiferi (come quelle umane). Ad esempio, specifiche mutazioni nella NEP possono aiutare il virus ad adattarsi migliorando la sua capacità di replicarsi in queste nuove cellule ospiti.
Gli studi mostrano che alcune mutazioni nella NEP portano a una maggiore tolleranza ai cambiamenti nella sua struttura e funzione. Questo significa che il dominio N-terminale della NEP può gestire più alterazioni senza compromettere la sua capacità di aiutare il virus a replicarsi, a differenza del dominio C-terminale, che è più sensibile.
Indagine sulle mutazioni della NEP
Per capire meglio come funziona la NEP, i ricercatori hanno condotto esperimenti alterando la proteina NEP e osservando gli effetti sulla crescita del virus. Hanno creato una libreria di varianti virali con diverse mutazioni e hanno studiato come questi cambiamenti influenzavano la replicazione e la fitness. Questo approccio ha rivelato che molte mutazioni nel dominio N-terminale della NEP avevano impatti significativi.
Grazie a questa ricerca, gli scienziati hanno identificato specifiche mutazioni che o aiutavano o ostacolavano la capacità del virus di crescere. È interessante notare che hanno trovato che alcune mutazioni che miglioravano la replicazione non portavano sempre agli stessi risultati per tutti i tipi di cellule.
Importanza del rapporto NS1 e NEP
Un altro aspetto della ricerca ha esaminato la relazione tra NS1 (un'altra proteina prodotta dall'IAV) e NEP. L'equilibrio tra le quantità di queste due proteine è cruciale per il momento in cui il virus infetta le cellule. Le mutazioni nella NEP che cambiavano i livelli di espressione di queste proteine influenzavano infine la dinamica di replicazione del virus.
Questi risultati suggeriscono che la NEP non solo facilita la replicazione virale ma gioca anche un ruolo significativo in come il virus interagisce con il sistema immunitario dell'ospite. La NEP può aiutare il virus a evitare la rilevazione e l'attacco da parte del sistema immunitario, permettendogli di replicarsi in modo più efficace.
Cambiamenti nelle risposte cellulari
Lo studio ha anche esaminato come le mutazioni della NEP influenzassero le cellule stesse durante l'infezione. Alcuni mutanti mostravano forti risposte antivirali, mentre altri no. Questa differenza era collegata ai cambiamenti nella capacità del virus di evitare o contrastare queste risposte, come l'apoptosi (morte cellulare) e il segnale immunitario.
Ad esempio, alcune mutazioni della NEP portavano a una morte più rapida delle cellule infette, mentre altre consentivano alle cellule di sopravvivere più a lungo, dando potenzialmente al virus più tempo per replicarsi prima che il sistema immunitario intervenisse.
Confronto delle politiche virali
Negli esperimenti che confrontavano diversi ceppi di IAV, i ricercatori hanno notato che le mutazioni della NEP aiutavano i ceppi di IAV aviario ad adattarsi meglio agli ambienti mammiferi. È stato suggerito che le mutazioni della NEP potessero migliorare la capacità di questi virus di replicarsi all'interno delle cellule umane, rendendoli potenzialmente più pericolosi.
A differenza di altre proteine, la NEP non è stata studiata a fondo, portando a una mancanza di comprensione dei suoi molti ruoli. Negli anni, gli scienziati hanno scoperto che la NEP non è solo una proteina di supporto, ma ha effetti significativi sul comportamento e le interazioni del virus.
Conclusione e direzioni future
Questa ricerca ha aperto nuove domande su come funziona l'IAV e come si adatta a nuovi ospiti. Comprendere la struttura e la funzione della NEP è importante per sviluppare trattamenti e vaccini migliori contro l'influenza.
I risultati suggeriscono che la NEP è un attore chiave non solo per il ciclo vitale del virus, ma anche in come interagisce con le cellule ospiti e le loro risposte. Man mano che gli scienziati continuano a esplorare la NEP, sperano di scoprire nuove strategie che il virus usa per sopravvivere e diffondersi, il che potrebbe portare a approcci innovativi nella gestione delle epidemie di influenza sia negli esseri umani che negli animali.
In generale, le implicazioni di questa ricerca vanno ben oltre la scienza di base, toccando la salute pubblica e la necessità di monitoraggio continuo delle mutazioni virali. Man mano che virus come l'IAV si evolvono, studiare componenti come la NEP può aiutarci a rimanere un passo avanti nella protezione dalle infezioni.
Titolo: Deep mutational scanning of influenza A virus NEP reveals pleiotropic mutations in its N-terminal domain
Estratto: The influenza A virus nuclear export protein (NEP) is a multifunctional protein that is essential for the viral life cycle and has very high sequence conservation. However, since the open reading frame of NEP largely overlaps with that of another influenza viral protein, non-structural protein 1, it is difficult to infer the functional constraints of NEP based on sequence conservation analysis. Besides, the N-terminal of NEP is structurally disordered, which further complicates the understanding of its function. Here, we systematically measured the replication fitness effects of >1,800 mutations of NEP. Our results show that the N-terminal domain has high mutational tolerance. Additional experiments demonstrate that N-terminal domain mutations pleiotropically affect viral transcription and replication dynamics, host cellular responses, and mammalian adaptation of avian influenza virus. Overall, our study not only advances the functional understanding of NEP, but also provides insights into its evolutionary constraints.
Autori: Nicholas C. Wu, Q. W. Teo, Y. Wang, H. Lv, K. J. Mao, T. J. C. Tan, Y. W. Huan, J. Rivera-Cardona, E. K. Shao, D. Choi, Z. T. Dargani, C. B. Brooke
Ultimo aggiornamento: 2024-05-18 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594574
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.16.594574.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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