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# La biologia# Biologia sintetica

Progressi nella scoperta e modifica degli anticorpi

Nuovi metodi migliorano lo sviluppo degli anticorpi per trattamenti migliori.

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La medicina moderna usa spesso anticorpi per trattamenti e test. Sono strumenti fondamentali nella ricerca e aiutano a diagnosticare malattie. Gli scienziati hanno sviluppato vari metodi per trovare nuovi anticorpi, tra cui il yeast display, il phage display e altre tecniche simili. Questi metodi permettono ai ricercatori di creare e testare grandi librerie di anticorpi sintetici in laboratorio, il che è importante perché aiuta ad accedere a una gamma più ampia di tipi di anticorpi rispetto a quelli prodotti dal sistema immunitario umano.

Creare e screeningare queste librerie può aiutare gli scienziati a trovare anticorpi che si legano saldamente a bersagli specifici, evitando reazioni indesiderate con altre molecole. Questo è cruciale per sviluppare nuovi farmaci e trattamenti. Utilizzando queste tecniche avanzate, gli scienziati possono capire meglio come le varie parti degli anticorpi interagiscono con i loro bersagli, il che aiuta a migliorare i design degli anticorpi.

Oltre a sviluppare anticorpi migliori, gli scienziati stanno anche lavorando per aggiungere nuove caratteristiche chimiche agli anticorpi per creare opzioni terapeutiche innovative. Questo può significare unire anticorpi con farmaci in modo da aumentarne l'efficacia. Nuove tecniche nella chimica dei bioconjugati e ingegneria genetica stanno rendendo più facile creare questi anticorpi modificati con proprietà chimiche uniche.

Tecnologie per la Scoperta degli Anticorpi

La ricerca di nuovi anticorpi ha beneficiato notevolmente dei progressi in varie tecnologie di display. Queste tecnologie permettono ai ricercatori di costruire e screeningare grandi librerie di anticorpi, accelerando il processo di ricerca di quelli che possono legarsi a bersagli specifici. I metodi tradizionali come le immunizzazioni e le tecniche ibridoma possono essere lenti e limitati nella varietà di anticorpi prodotti. Al contrario, i metodi in vitro, come il yeast e il phage display, permettono una costruzione e un testing rapidi di librerie di anticorpi sintetici.

Uno dei principali vantaggi dell'uso di metodi in vitro è la capacità di generare anticorpi con tratti specifici desiderabili, come alta forza di legame e bassa reattività con molecole non bersaglio. Questo viene ottenuto ingegnerizzando varianti di anticorpi che combinano diverse proprietà utili, che potrebbero non essere facilmente trovate negli anticorpi naturali.

Grazie a tecniche di Screening combinatoriale, i ricercatori possono anche studiare come le diverse parti degli anticorpi, come le regioni determinanti della complementarietà (CDRs), contribuiscono alle interazioni di legame e ad altre caratteristiche importanti. Questa comprensione può guidare il design di terapie anticorpali più efficaci.

Diversificazione Chimica degli Anticorpi

Recenti progressi si sono anche concentrati sull'aggiunta di nuove funzioni chimiche agli anticorpi, portando alla creazione di nuove opzioni terapeutiche. Utilizzando la chimica dei bioconjugati, gli scienziati possono modificare chimicamente gli anticorpi per migliorare le loro proprietà simili a quelle dei farmaci. Questo consente l'integrazione diretta di diversi tipi di gruppi chimici negli anticorpi, aumentando la loro efficacia.

Le tecniche per fare ciò comportano l'attaccamento di specifici gruppi chimici che permettono agli anticorpi di interagire con i loro bersagli in modi nuovi. Ad esempio, i coniugati Anticorpo-farmaco (ADCs) sono un obiettivo principale, poiché combinano anticorpi con farmaci potenti per colpire e uccidere cellule malate, come quelle tumorali. L'integrazione di ulteriori funzionalità chimiche nei siti di legame degli anticorpi ha anche mostrato promettente per migliorare le interazioni con i farmaci.

Nonostante i progressi entusiasmanti, rimangono molte domande sui migliori modi per aggiungere efficacemente queste caratteristiche chimiche agli anticorpi. Pertanto, le tecnologie di display in vitro offrono un percorso prezioso per scoprire nuove proprietà uniche degli anticorpi attraverso indagini ad alta capacità.

Design e Costruzione della Libreria

In questa ricerca, è stata creata una grande libreria di anticorpi sintetici utilizzando la tecnologia di yeast display. Attraverso un metodo noto come espansione del codice genetico, è stata costruita una vasta libreria di anticorpi, composta da un miliardo di varianti. Ogni anticorpo in questa libreria potrebbe contenere uno dei vari gruppi laterali di amminoacidi non standard, che possono essere sintonizzati durante il processo di preparazione della libreria.

Per costruire la libreria, i ricercatori l'hanno progettata per includere una varietà di caratteristiche simili agli anticorpi, consentendo anche più posizioni in cui possono essere aggiunti amminoacidi non standard. Questo assicura che gli anticorpi siano diversi e possano potenzialmente legarsi saldamente ai loro bersagli. Le posizioni specifiche degli amminoacidi sono state scelte per permettere agli amminoacidi modificati di essere facilmente accessibili dalle molecole bersaglio.

La libreria risultante includeva oltre un miliardo di anticorpi unici con variazioni nelle strutture e nelle proprietà chimiche. Questa vasta diversità apre la strada per scoprire nuove interazioni di legame e specificità.

Valutazione della Versatilità della Libreria

Per determinare la gamma di funzionalità chimiche che potrebbero essere incorporate negli anticorpi, sono stati condotti diversi test. Questo ha incluso l'esame di quanto facilmente possano essere visualizzati diversi amminoacidi non standard sulla superficie del lievito. Testando vari amminoacidi non standard, i ricercatori hanno confermato che la libreria poteva presentare con successo anticorpi con diverse proprietà chimiche.

Inoltre, è stata valutata l'efficienza di attaccare piccole molecole agli anticorpi utilizzando reazioni di chimica click. Questa tecnica implica reazioni chimiche specifiche che uniscono vari gruppi chimici. Lo screening iniziale ha indicato che la libreria di anticorpi poteva essere modificata efficacemente con diverse funzionalità chimiche, consentendo ai ricercatori di creare anticorpi con proprietà uniche e vantaggiose.

Screening per Leganti Anticorpali Specifici

Il passo successivo ha coinvolto lo screening della libreria di anticorpi per isolare cloni che si legano a bersagli specifici. Un bersaglio utilizzato è stato l'IgG di asino, un antigene modello. L'obiettivo era identificare anticorpi che potessero legarsi a questo bersaglio e potenzialmente indurre crosslinking, il che avrebbe portato a un'interazione più forte e stabile.

Il processo di screening ha coinvolto l'incubazione della libreria con l'IgG di asino, seguita da una serie di passaggi di separazione per arricchire i cloni che mostravano affinità di legame verso il bersaglio. Questi turni di selezione hanno portato a un aumento graduale nella frequenza degli apparenti leganti, indicando che il processo stava isolando con successo anticorpi con caratteristiche di legame desiderabili.

Dopo quattro turni di arricchimenti basati su perle magnetiche e ulteriore sorting a fluorescenza, sono stati identificati più cloni unici. Questi cloni hanno dimostrato la capacità di legarsi a IgG di asino non biotinilato, suggerendo che hanno mantenuto le loro capacità di legame in diverse condizioni.

Caratterizzazione dei Leganti Anticorpali

I singoli cloni isolati dallo screening sono stati ulteriormente caratterizzati per valutare le loro proprietà e affinità di legame. L'analisi con citometria a flusso è stata utilizzata per osservare quanto bene questi anticorpi potessero legarsi all'IgG di asino, sia in presenza che in assenza di condizioni denaturanti per interrompere le interazioni non covalenti.

I livelli di legame osservati hanno indicato che molti dei cloni hanno mantenuto la loro capacità di legarsi anche quando sottoposti a condizioni harsh. Questo suggerisce potenziali applicazioni per questi anticorpi in contesti terapeutici dove è desiderato un legame forte e stabile.

Inoltre, le affinità di legame per selezionati cloni sono state determinate essere nell'intervallo nanomolare basso, indicando che si legano saldamente al loro bersaglio. Queste affinità moderate sono coerenti con altri anticorpi derivati da metodi sintetici.

Screening Contro un Bersaglio Terapeutico Rilevante

In parallelo con lo screening dell'IgG di asino, la libreria è stata anche sottoposta a screening contro un bersaglio terapeutico rilevante: la proteina fosfatasi 1B (PTP1B). Questa proteina è stata collegata a varie malattie, rendendola un obiettivo importante per potenziali interventi terapeutici.

Diverse condizioni di screening sono state impiegate per identificare anticorpi che potessero legarsi alla PTP1B, concentrandosi sull'arricchimento di cloni capaci di formare interazioni più forti. Questi metodi seguivano un modello simile a quello dello screening dell'IgG di asino, coinvolgendo una serie di arricchimenti e saggi per isolare gli anticorpi più promettenti.

Dopo più giri di selezione, sono stati identificati diversi cloni unici che mostravano legame alla PTP1B. I processi di screening hanno fornito informazioni sulle proprietà di legame e le affinità di questi cloni, dimostrando ulteriormente l'efficacia della libreria di anticorpi.

Conclusione

Questa ricerca mette in mostra lo sviluppo di una libreria di anticorpi versatile e chimicamente diversificata utilizzando la tecnologia di yeast display. La capacità di incorporare una vasta gamma di funzionalità chimiche negli anticorpi apre nuove strade per la scoperta terapeutica. Lo screening di successo contro bersagli sia consolidati che rilevanti, insieme all'identificazione di leganti unici, evidenzia il potenziale di questa piattaforma per generare nuovi farmaci basati su anticorpi.

Sebbene ci siano stati notevoli progressi, rimangono sfide nell'aprire completamente il potenziale di queste librerie. Ulteriori esplorazioni di diverse condizioni di screening, miglioramenti nelle affinità di legame e l'indagine di ulteriori modifiche chimiche saranno essenziali per massimizzare l'impatto di questo lavoro nel campo degli anticorpi terapeutici.

In sintesi, le tecniche sviluppate in questa ricerca forniscono una solida base per studi futuri volti a scoprire terapie anticorpali innovative che possano affrontare diverse esigenze mediche.

Fonte originale

Titolo: Design, Construction, and Validation of a Yeast-Displayed Chemically Expanded Antibody Library

Estratto: In vitro display technologies, exemplified by phage and yeast display, have emerged as powerful platforms for antibody discovery and engineering. However, the identification of antibodies that disrupt target functions beyond binding remains a challenge. In particular, there are very few strategies that support identification and engineering of either protein-based irreversible binders or inhibitory enzyme binders. Expanding the range of chemistries in antibody libraries has the potential to lead to efficient discovery of function-disrupting antibodies. In this work, we describe a yeast display-based platform for the discovery of chemically diversified antibodies. We constructed a billion-member antibody library that supports the presentation of a range of chemistries within antibody variable domains via noncanonical amino acid (ncAA) incorporation and subsequent bioorthogonal click chemistry conjugations. Use of a polyspecific orthogonal translation system enables introduction of chemical groups with various properties, including photo-reactive, proximity-reactive, and click chemistry-enabled functional groups for library screening. We established conjugation conditions that facilitate modification of the full library, demonstrating the feasibility of sorting the full billion-member library in "protein-small molecule hybrid" format in future work. Here, we conducted initial library screens after introducing O-(2-bromoethyl)tyrosine (OBeY), a weakly electrophilic ncAA capable of undergoing proximity-induced crosslinking to a target. Enrichments against donkey IgG and protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) each led to the identification of several OBeY-substituted clones that bind to the targets of interest. Flow cytometry analysis on the yeast surface confirmed higher retention of binding for OBeY-substituted clones compared to clones substituted with ncAAs lacking electrophilic side chains after denaturation. However, subsequent crosslinking experiments in solution with ncAA-substituted clones yielded inconclusive results, suggesting that weakly reactive OBeY side chain is not sufficient to drive robust crosslinking in the clones isolated here. Nonetheless, this work establishes a multi-modal, chemically expanded antibody library and demonstrates the feasibility of conducting discovery campaigns in chemically expanded format. This versatile platform offers new opportunities for identifying and characterizing antibodies with properties beyond what is accessible with the canonical amino acids, potentially enabling discovery of new classes of reagents, diagnostics, and even therapeutic leads. Table of Contents Figure O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=111 SRC="FIGDIR/small/596443v1_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (18K): [email protected]@18da36corg.highwire.dtl.DTLVardef@1e4397dorg.highwire.dtl.DTLVardef@7a4ad2_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG

Autori: James A. Van Deventer, A. Rezhdo, R. L. Hershman

Ultimo aggiornamento: 2024-05-29 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.596443

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.596443.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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