Forma delle cellule e espressione proteica nella ricerca sul cancro
Esplorare il legame tra la forma delle cellule e i livelli di proteine nella diagnosi del cancro.
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Indice
I patologi studiano le cellule da oltre 200 anni usando microscopi. Guardando la forma e l'organizzazione delle cellule, fanno diagnosi e decidono sui trattamenti. Il modo in cui le cellule appaiono, che chiamiamo morfologia cellulare, aiuta nell'esecuzione di diverse funzioni. I ricercatori hanno scoperto che anche la forma di un solo tipo di cellula può dirci molto su come si comporta, come comunica e come potrebbe diffondersi in malattie come il cancro.
Recentemente, nuove tecnologie hanno permesso agli scienziati di vedere molte proteine nelle cellule tutte insieme. Queste tecnologie hanno aperto la porta a capire come diversi tipi di cellule lavorano insieme e come la loro disposizione nei tessuti può influenzare la salute e la malattia. Ad esempio, gli studi mostrano che le cellule vicine possono influenzare il comportamento di una singola cellula e quali proteine produce.
In questo contesto, abbiamo imparato che esaminare la forma delle singole cellule insieme alla loro Espressione proteica può fornire informazioni importanti sulle malattie. In particolare, abbiamo studiato come la forma delle cellule si relaziona ai livelli proteici nei tessuti colpiti da cancro al seno triplo negativo e altre malattie. I nostri risultati mostrano che la forma di una cellula può aiutare a spiegare le variazioni nell'espressione proteica e potrebbe offrire spunti sui vari stati di malattia.
Forma della Cellula e Malattia
La forma della cellula può giocare un ruolo nella progressione del cancro. Nel cancro al seno triplo negativo, abbiamo esaminato campioni di tessuto e trovato che la forma delle cellule tumorali era collegata alla quantità di proteina p53 che esprimevano. La proteina p53 è importante perché controlla il ciclo cellulare e risponde ai segnali di stress. Le mutazioni nella p53 sono comuni in molti tumori, incluso il cancro al seno, quindi capire la sua relazione con la forma cellulare può fornire preziosi spunti sul comportamento del cancro e sulle risposte ai trattamenti.
Quando abbiamo analizzato vari campioni di pazienti, abbiamo visto che le cellule tumorali più grandi avevano spesso livelli più alti di p53. Questo schema era coerente in diversi gruppi di pazienti e tipi di cancro, indicando un legame tra la dimensione della cellula e l'espressione di p53. Questa scoperta potrebbe aiutare a identificare nuove caratteristiche nelle cellule tumorali che potrebbero influenzare l'aggressività della malattia e come i pazienti rispondono ai trattamenti.
Forme delle cellule
Analizzando lePer studiare la relazione tra forma cellulare e espressione proteica, abbiamo analizzato campioni di tessuto di pazienti con cancro al seno triplo negativo. Abbiamo identificato diversi tipi di cellule in questi campioni e misurato le loro forme usando caratteristiche specifiche. Questa analisi ha rivelato che le cellule tumorali erano generalmente le più grandi e avevano forme più varie rispetto ad altri tipi di cellule.
Osservando come la forma delle cellule si relazionava all'espressione proteica in vari campioni di pazienti, abbiamo stabilito che la forma di una cellula può dare indizi sulle proteine che produce. Abbiamo usato modelli di Apprendimento Automatico per prevedere i livelli proteici basati sulla forma cellulare e viceversa, confermando che c'è una relazione significativa tra i due.
Tecnologie per l’Imaging a Cellula Singola
L'introduzione delle tecnologie di imaging a cellula singola spaziale ha avanzato notevolmente la nostra comprensione della biologia cellulare. Usando questi strumenti, i ricercatori possono visualizzare molte proteine contemporaneamente e vedere come le cellule interagiscono tra loro nei loro ambienti naturali. Queste tecniche avanzate di imaging permettono agli scienziati di avere una visione più chiara di come l'architettura dei tessuti influenza il comportamento cellulare.
Ad esempio, tecnologie come l'imaging a fascio di ioni multiplexati e Co-Detection-by-inDEXing consentono l'esame dettagliato di campioni di tessuto. Permettono ai ricercatori di vedere cellule individuali e le loro proteine associate, rivelando interazioni complesse all'interno dei tessuti che potrebbero influenzare gli esiti delle malattie.
Applicazioni Cliniche
Le informazioni ottenute dallo studio della forma cellulare e dell'espressione proteica hanno il potenziale di migliorare gli esiti clinici. Considerando come le forme cellulari si relazionano all'espressione di specifiche proteine, i ricercatori possono sviluppare modelli predittivi migliori per la prognosi dei pazienti. Questo può aiutare a personalizzare i trattamenti per i singoli pazienti, portando a risultati migliori.
Nei nostri studi, abbiamo scoperto che includere i dati sulla forma cellulare migliorava l'accuratezza dei modelli che prevedevano gli esiti clinici. Ad esempio, quando abbiamo usato un tipo specifico di rete neurale chiamata Graph Convolutional Network, siamo stati in grado di fare previsioni più accurate sulla sopravvivenza dei pazienti e sulla recidiva della malattia.
Implicazioni per la Ricerca sul Cancro
Le intuizioni ottenute dalla nostra ricerca hanno importanti implicazioni per comprendere il cancro. Riconoscendo che la forma cellulare è legata all'espressione proteica, i ricercatori possono identificare nuovi sottotipi cellulari che possono avere comportamenti diversi nella progressione del cancro. Questa comprensione può evidenziare nuovi target terapeutici e migliorare le strategie di gestione della malattia.
Inoltre, collegare la morfologia cellulare alle funzioni proteiche può portare a nuove scoperte sulla biologia delle cellule tumorali. Man mano che raccogliamo più dati, possiamo iniziare a vedere schemi che possono aiutare a definire come diverse proteine siano collegate a forme e funzioni cellulari specifiche.
Esplorando Nuove Direzioni
Con l'evoluzione della tecnologia, la nostra capacità di studiare la morfologia cellulare e l'espressione proteica migliorerà ulteriormente. Ci aspettiamo che i progressi nelle tecniche di imaging permetteranno una risoluzione e dettagli ancora maggiori. Questo permetterà agli scienziati di indagare più a fondo le connessioni tra forma cellulare e funzione.
I futuri studi potrebbero esplorare come i diversi trattamenti influenzano la forma cellulare e se i cambiamenti nella forma possono essere usati come indicatori di risposta al trattamento. Quest'area di ricerca potrebbe portare a strategie più efficaci per combattere il cancro e migliorare la cura dei pazienti.
Conclusione
La relazione tra forma cellulare e espressione proteica è un’area chiave di studio per capire il cancro e altre malattie. Esaminando come questi fattori interagiscono, i ricercatori possono ottenere intuizioni che potrebbero portare a miglioramenti negli approcci diagnostici e terapeutici. Lo sviluppo continuo di tecnologie di imaging avanzate offrirà nuove opportunità per esplorare ulteriormente queste connessioni e migliorare il potenziale per la medicina personalizzata in oncologia.
L'esplorazione continua della relazione bi-direzionale tra forma cellulare ed espressione proteica rivelerà probabilmente molte nuove strade di scoperta nel campo della ricerca sul cancro. Man mano che perfezioniamo i nostri strumenti e tecniche, la promessa di una migliore comprensione e trattamento del cancro e di altre malattie rimane a portata di mano.
Titolo: Data-modeling the interplay between single cell shape, single cell protein expression, and tissue state
Estratto: Changes in cell shape are fundamentally involved in signaling, intracellular organization, function, and intercellular interactions within tissues, in health and disease. Investigating the interplay between cell shape and protein expression was limited, until recently, by the number of proteins that can be imaged simultaneously or by population averaging. We combined spatial multiplexed single cell imaging and machine learning to systematically investigate the intricate relationships between cell shape and protein expression in the context of heterogeneous human cells in their native state in human tissue samples in situ. Our analysis established a universal bi-directional link between the cells shape and its protein expression across different cell types, diseases, and disease states in human tissues, enabling new applications. Machine learning interpretability showed that the contribution of shape features to a prediction can potentially infer new protein functions. Unbiased screening of the links between all pairs consisting of one protein and one cell type identified a subpopulation of large p53-positive tumor cells across two cancers. Ultimately, inclusion of single cell shape properties enhanced Graph Neural Network disease state prediction. Our results open the door to unraveling the intricate connections between protein expression at the single cell level, cell shape, tissue organization, and tissue state in a physiological context.
Autori: Assaf Zaritsky, Y. Tamir, Y. Bussi, C. Owczare, L. Luque, G. Torrisi, L. A. Rose, O. Kliper-Gross, C. Sander, L. Schumacher, M. Parsons, L. Keren
Ultimo aggiornamento: 2024-05-30 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.595857
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.595857.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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