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Proteine della famiglia MYC e il loro ruolo nella regolazione genica

Esaminando come MYC e MYCN interagiscono con TFIIIC nella crescita cellulare e nel cancro.

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L'impatto della famigliaL'impatto della famigliaMYC sull'espressionegenicasul cancro e sulla regolazione genica.Indagare l'influenza delle proteine MYC
Indice

La famiglia MYC include tre geni noti come MYC, Mycn e MYCL. Questi geni hanno un ruolo fondamentale nel gestire come le cellule crescono, si moltiplicano e si specializzano. Quando questi geni non funzionano bene, possono contribuire al cancro. In particolare, MYCN è stato evidenziato per il suo ruolo nel causare il neuroblastoma, un tipo di cancro che colpisce principalmente i bambini.

Come MYC e MYCN Influenzano l'Attività Genica

MYC e MYCN si legano a molte aree attive del nostro DNA che aiutano a avviare il processo di produzione dell'RNA. Questo avviene modificando come funziona RNA polimerasi II (RNAPII), l'enzima responsabile della creazione dell'RNA. Possono incoraggiare il rilascio di RNAPII da uno stato di pausa e aiutarlo a continuare a allungare o costruire il filamento di RNA.

Queste azioni portano a cambiamenti nell'espressione di vari geni, cioè a quanto di una specifica proteina viene prodotta da un gene. Inoltre, MYC e MYCN aiutano a controllare RNAPII per prevenire l'accumulo di strutture problematiche chiamate R-loop, assistono nella riparazione delle rotture nel DNA vicino ai promotori e garantiscono che il processo di produzione dell'RNA sia coordinato con la replicazione del DNA.

Interazioni con Proteine Partner

I ricercatori sono curiosi di sapere quali proteine lavorano con MYC e MYCN per cambiare il funzionamento di RNAPII e quali effetti hanno questi cambiamenti sulla crescita del cancro. MYC e MYCN interagiscono direttamente con proteine come MAX, WDR5 e MIZ1, che aiutano a indirizzare MYC verso aree specifiche nel nostro DNA.

MYC può anche trasferire fattori importanti, noti come fattori di allungamento, su RNAPII. Inoltre, sia MYC che MYCN collaborano con altre proteine chiamate topoisomerasi che sono coinvolte nella gestione della struttura del DNA durante il processo di produzione dell'RNA.

Il Ruolo di TFIIIC

TFIIIC è una proteina che è stata identificata per la prima volta come un fattore necessario per l'attività di un altro tipo di RNA polimerasi (RNAPIII). Tuttavia, è stato anche trovato che si lega a numerosi siti del DNA, molti dei quali sono vicino ai promotori che RNAPII usa. TFIIIC svolge un ruolo essenziale nella formazione di strutture tridimensionali nel nostro DNA che possono influenzare quali geni sono attivi.

Questa proteina può agire come una barriera, impedendo ad alcuni stati del DNA di diffondersi troppo. Può anche influenzare come altre proteine, come la coesina, si uniscono e si legano a varie aree del DNA.

TFIIIC può anche influenzare l'organizzazione di geni responsabili di varie funzioni, inclusi quelli attivi durante il ciclo cellulare. Ha un ruolo nella regolazione di RNAPII da parte di MYCN e sembra avere una funzione unica nell'escludere RNAPII non funzionale dalle aree in cui si sta verificando la trascrizione attiva.

Interazione Diretta Tra MYCN e TFIIIC

È stato dimostrato che TFIIIC interagisce direttamente con la proteina MYCN. Gli esperimenti hanno rivelato che formano un complesso stabile quando combinati. È interessante notare che TFIIIC si lega a una regione all'inizio di MYCN, che è essenziale per la sua interazione.

Questa formazione di complesso suggerisce che MYCN e TFIIIC lavorano insieme per influenzare l'espressione genica. Quando i livelli di MYCN vengono manipolati nelle cellule, sembra che TFIIIC debba essere attivo affinché si verifichi l'espressione genica corretta.

L'Impatto di TFIIIC sulla Crescita Cellulare

Per valutare quanto sia importante TFIIIC per la crescita delle cellule di neuroblastoma, i ricercatori hanno esaminato come la rimozione di diversi componenti di TFIIIC abbia influenzato la proliferazione cellulare. È stato riscontrato che diminuire certi subunità di TFIIIC riduceva la crescita delle cellule, indicando la sua importanza.

Quando MYCN è attivato, le cellule mostrano una diminuzione della quantità di un tipo specifico di RNAPII ai promotori attivi, suggerendo che MYCN cambia il paesaggio della trascrizione. Tuttavia, se TFIIIC è impoverito, il ruolo di MYCN sembra spostarsi, portando a risultati diversi nell'espressione genica.

Gli Effetti di TFIIIC su RNAPII Non Fosforilato

Per capire come MYCN e TFIIIC lavorano insieme, gli esperimenti hanno mostrato che l'attivazione di MYCN diminuisce la quantità di RNAPII non fosforilato legato ai promotori. Questo suggerisce che MYCN potrebbe limitare l'accumulo di RNAPII in un modo che potrebbe potenzialmente promuovere una trascrizione più efficiente.

La presenza di TFIIIC aiuta a mantenere questo equilibrio, poiché la sua rimozione ha causato un aumento di RNAPII non fosforilato, indicando che TFIIIC è necessario per il corretto funzionamento di RNAPII nelle cellule che esprimono MYCN.

Il Ruolo di MYCN nelle Strutture Tridimensionali

Quando i ricercatori hanno esaminato come MYCN influenza le strutture del DNA, hanno scoperto che MYCN forma complessi significativi in vari siti promotori. Molti di questi siti erano molto vicini spazialmente, suggerendo che MYCN gioca un ruolo nella creazione di "hub" funzionali di geni attivi.

MYCN può legarsi a molti promotori e connetterli in un modo che ne migliora l'attività, stabilendo una rete di interazioni che può coordinare efficacemente ed efficientemente l'espressione genica.

Il Ruolo di TFIIIC nelle Interazioni Guidate da MYCN

Il legame dei siti di TFIIIC sovrappone spesso con quelli di MYCN. Questo indica che possono lavorare insieme per plasmare la rete tridimensionale dei promotori. Quando TFIIIC è presente, influenza come MYCN interagisce con questi promotori e può aiutare a regolare il focus delle risorse trascrizionali.

Se TFIIIC è impoverito, è stato osservato un aumento delle interazioni di MYCN in tutto il genoma, suggerendo che TFIIIC generalmente serve a limitare il ruolo di MYCN in questi hub.

L'Importanza di TFIIIC per la Degradazione dell'RNA

La ricerca ha rivelato che TFIIIC è anche essenziale per la corretta associazione di fattori cellulari che gestiscono la degradazione dell'RNA difettoso. Quando TFIIIC è assente, c'è un aumento di RNAPII non fosforilato e un aumento delle interazioni di MYCN con i promotori.

TFIIIC sembra aiutare a mantenere la qualità dell'RNA prodotto migliorando le interazioni delle proteine coinvolte nel processo di degradazione dell'RNA. L'esosoma nucleare, un complesso coinvolto nella degradazione dell'RNA, ha mostrato una minore associazione con i promotori quando TFIIIC era basso.

Il Ruolo di BRCA1

È noto che MYCN recluta BRCA1 ai promotori attivi. Questo reclutamento è cruciale per mantenere una corretta elaborazione dell'RNA e può iniziare la degradazione dell'RNA difettoso. Quando i livelli di TFIIIC sono ridotti, l'efficacia della capacità di MYCN di attrarre BRCA1 ai promotori diminuisce.

In generale, TFIIIC sembra svolgere un ruolo importante nel reclutamento sia dell'esosoma nucleare che di BRCA1 nelle regioni di trascrizione attiva. Questa funzione è particolarmente necessaria nelle cellule guidate da MYCN, evidenziando il suo ruolo nel garantire una sintesi di RNA di alta qualità.

Riepilogo e Direzioni Future

In sintesi, le interazioni tra le proteine della famiglia MYC, in particolare MYCN, e TFIIIC illustrano una rete complessa che regola l'espressione genica e mantiene la stabilità genica. La formazione di questi complessi influisce sul comportamento di RNAPII e svolge un ruolo critico nel determinare la crescita e la funzione cellulare. L'equilibrio delicato di queste proteine può influenzare lo sviluppo del cancro, specialmente in casi come il neuroblastoma.

La futura ricerca si concentrerà probabilmente su come queste interazioni proteiche possano essere mirate per nuove terapie contro il cancro e su come la manipolazione di questi percorsi potrebbe aiutare nel trattamento dei tumori che dipendono da MYCN per la loro crescita. Comprendere i meccanismi precisi mediante i quali MYCN e TFIIIC influenzano la trascrizione fornirà senza dubbio ulteriori spunti sulla biologia del cancro e sulle possibili strade terapeutiche.

Fonte originale

Titolo: Association with TFIIIC limits MYCN localization in hubs of active promoters and chromatin accumulation of non-phosphorylated RNA Polymerase II

Estratto: MYC family oncoproteins regulate the expression of a large number of genes and broadly stimulate elongation by RNA polymerase II. While the factors that control the chromatin association of MYC proteins are well understood, much less is known about how interacting proteins mediate MYCs effects on transcription. Here we show that TFIIIC, an architectural protein complex that controls the three-dimensional chromatin organization at its target sites, binds directly to the amino-terminal transcriptional regulatory domain of MYCN. Surprisingly, TFIIIC has no discernible role in MYCN-dependent gene expression and transcription elongation. Instead, MYCN and TFIIIC preferentially bind to promoters with paused RNAPII and globally limit the accumulation of non-phosphorylated RNAPII at promoters. Consistent with its ubiquitous role in transcription, MYCN broadly participates in hubs of active promoters. Depletion of TFIIIC further increases MYCN localization to these hubs. This increase correlates with a failure of the nuclear exosome and BRCA1, both of which are involved in nascent RNA degradation, to localize to active promoters. Our data suggest that MYCN and TFIIIC exert an censoring function in early transcription that limits promoter accumulation of inactive RNAPII and facilitates promoter-proximal degradation of nascent RNA.

Autori: Gabriele Büchel, R. Vidal, E. Leen, S. Herold, M. Müller, D. Fleischhauer, C. Schülein-Völk, D. Papadopoulos, I. Röschert, L. Uhl, C. P. Ade, P. Gallant, R. Bayliss, M. Eilers, G. Büchel

Ultimo aggiornamento: 2024-06-06 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.18.567687

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.18.567687.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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