Le Serpenti di Mare Mostrano Adattamenti della Visione Colore
I serpenti acquatici si adattano visivamente con geni opsina espansi per migliorare la rilevazione dei colori.
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Indice
- Sistemi Visivi nei Vertebrati
- Ricerca sull'Espansione dei Geni delle Opsine
- Lo Scopo Dietro la Diversità delle Opsine
- Risultati Recenti nei Serpenti Acquatici
- Obiettivi della Ricerca
- Assemblaggio del Genoma di un Serpente di Mare
- L'Espansione di SWS1 nei Serpenti di Mare
- Analisi del Gene SWS1
- Variazione Genetica in un Sito Chiave
- L'Evoluzione delle Duplicazioni di SWS1
- Prossimità dei Geni ai Telomeri
- Il Ruolo dei Fattori Ambientali
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
Animali diversi vedono il mondo in modi vari a causa delle loro strutture oculari uniche. Questa diversità è principalmente dovuta a differenze in proteine speciali chiamate Opsine che aiutano a rilevare i colori. I primi antenati di tutti i vertebrati avevano quattro tipi di queste proteine che reagivano a diverse lunghezze d'onda della luce. Nel corso di milioni di anni, queste opsine sono cambiate significativamente in vari gruppi animali attraverso perdite e duplicazioni dei geni che le codificano. Mentre molti animali hanno perso alcune opsine, certi gruppi, soprattutto i pesci, ne hanno guadagnate molte di più attraverso eventi di duplicazione.
Sistemi Visivi nei Vertebrati
Il sistema Visivo di base dei vertebrati proviene da un antenato che aveva quattro opsine: Opsina a Lunghezza d'Onda Lunga (LWS), Opsina a Lunghezza d'Onda Breve 1 (SWS1), Opsina a Lunghezza d'Onda Breve 2 (SWS2) e Rodopsina 2 (RH2). I pesci, in particolare i teleostei, hanno amplificato molto i loro tipi di opsine, a volte arrivando ad avere fino a 38 opsine diverse in una specie. Al contrario, gli animali terrestri, noti come tetrapodi, hanno visto solo alcune espansioni nei loro geni delle opsine.
Gli scienziati stanno cercando di capire cosa causa questa variazione nel numero di opsine. Due fattori principali sembrano influenzare questo: la struttura del genoma e le pressioni ambientali che impattano la sopravvivenza. Capire come questi fattori lavorano insieme per creare una così grande diversità nella rilevazione dei colori è ancora una domanda a cui gli scienziati stanno cercando di rispondere.
Ricerca sull'Espansione dei Geni delle Opsine
Mentre ci sono molte informazioni su come i geni delle opsine si siano espansi nei pesci, c'è meno conoscenza su come nascano nuove opsine negli animali terrestri. Alcune teorie suggeriscono che tutte le opsine nei primi vertebrati provenissero da duplicazioni geniche o da un'unica opsina primitiva. Nei pesci, sono apparsi tipi di opsine aggiuntivi attraverso vari meccanismi, comprese duplicazioni avvenute all'interno di linee specifiche.
Diversamente, studi recenti hanno scoperto che anche i serpenti acquatici mostrano cambiamenti nei loro geni delle opsine. La maggior parte dei serpenti ha tipicamente due opsine, SWS1 e LWS, a causa di una perdita di alcune opsine nei loro antenati. Alcuni serpenti acquatici specifici hanno guadagnato varianti dell'opsina SWS1 che consentono loro di percepire diverse lunghezze d'onda della luce.
Lo Scopo Dietro la Diversità delle Opsine
Le duplicazioni dei geni delle opsine possono portare benefici agli animali che dipendono fortemente dalla vista. Questi vantaggi possono provenire da diversi meccanismi:
- Copie aumentate: Più copie geniche possono portare alla produzione di più proteine, aumentando la sensibilità visiva.
- Funzioni specializzate: Alcuni geni duplicati possono assumere nuovi ruoli diversi dalla loro funzione originale.
- Ruoli limitati: Alcune copie potrebbero non essere così efficaci da sole, ma lavorano insieme per svolgere il compito del Gene originale.
Un modo principale in cui i geni delle opsine cambiano funzione è attraverso cambiamenti nel modo in cui assorbono la luce, influenzati da punti specifici nella loro struttura. Questi siti chiave determinano quali lunghezze d'onda della luce le proteine possono rilevare, influenzando come l'animale percepisce il colore.
Risultati Recenti nei Serpenti Acquatici
Risultati recenti rivelano che in alcune specie di serpenti acquatici, i geni delle opsine visive si sono espansi in modi inaspettati. Specificamente, i ricercatori hanno scoperto che alcuni serpenti, come il serpente di mare a bande blu, hanno più varianti dell'opsina SWS1, ognuna che risponde a diverse lunghezze d'onda della luce.
La maggior parte dei serpenti ha perso alcune opsine a causa della vita in ambienti più bui, il che rende particolarmente degne di nota le espansioni dell'opsina SWS1 in alcune specie. La presenza di più copie di SWS1 indica che questi serpenti potrebbero essersi adattati ai loro ambienti sottomarini in modi che migliorano la loro visione dei colori.
Obiettivi della Ricerca
Questa ricerca si propone di indagare la distribuzione delle opsine SWS1 nei serpenti di mare, analizzando quante copie sono presenti e i loro ruoli nella visione. Guardando l'opsina SWS1 in diverse specie, lo studio vuole vedere se queste espansioni geniche portano a vantaggi nella visione dei colori.
Assemblaggio del Genoma di un Serpente di Mare
Per studiare il serpente di mare oliva, gli scienziati hanno raccolto una grande quantità di dati DNA. I dati sono stati usati per creare una mappa dettagliata del genoma del serpente di mare, fornendo informazioni sulle strutture e le funzioni dei geni.
Il processo di assemblaggio ha portato a un genoma relativamente completo, confermando la presenza di molti geni attesi in un serpente. Il controllo di qualità ha mostrato che i dati del genoma erano di alta qualità e completezza.
L'Espansione di SWS1 nei Serpenti di Mare
Esaminando otto specie di serpenti di mare, i ricercatori sono stati in grado di identificare la presenza di geni SWS1. La maggior parte delle specie aveva una singola copia, ma il serpente di mare a bande blu aveva più copie. Questa scoperta suggerisce che potrebbero esserci variazioni significative nelle capacità visive di diverse specie di serpenti.
Per stimare il numero di copie in alcune specie senza un genoma di riferimento, i ricercatori hanno guardato a quanto spesso i geni apparivano nei dati DNA. Il loro metodo ha funzionato bene, indicando che il serpente di mare a bande blu ha effettivamente diverse copie di SWS1.
Analisi del Gene SWS1
Nei genomi analizzati, le regioni del gene SWS1 mostravano differenze che suggerivano la presenza di molteplici copie geniche. Le variazioni erano evidenti nel modo in cui i geni erano espressi. Ad esempio, in specie con più copie di SWS1, sono state trovate varianti diverse nelle retine, suggerendo che questi serpenti potrebbero possedere capacità visive migliorate rispetto a quelli con un singolo gene SWS1.
Variazione Genetica in un Sito Chiave
I ricercatori hanno anche esaminato un sito specifico nel gene SWS1 che è cruciale per determinare come l'opsina rileva la luce. Hanno trovato che molti serpenti avevano due versioni diverse di questo sito, supportando l'idea che ci siano effettivamente più copie di SWS1 all'interno del gruppo.
Confrontando i risultati tra diverse specie, lo studio ha mostrato che le variazioni in questo sito erano coerenti con la presenza di più geni SWS1 all'interno della popolazione, indicando cambiamenti evolutivi che portano a potenziali nuove funzioni.
L'Evoluzione delle Duplicazioni di SWS1
Lo studio suggerisce che molteplici duplicazioni del gene SWS1 sono avvenute nei serpenti di mare in un breve intervallo di tempo. Diverse linee hanno guadagnato nuove copie mentre alcune ne hanno perse, indicando un'evoluzione dinamica.
Questo processo mostra che le espansioni e le perdite dei geni SWS1 sono frequenti e possono portare a cambiamenti importanti nel modo in cui le specie percepiscono il loro ambiente. I modelli osservati suggeriscono che questi eventi di diversificazione delle opsine potrebbero avvenire rapidamente in risposta a habitat in cambiamento.
Prossimità dei Geni ai Telomeri
Come parte dell'analisi, i ricercatori hanno esaminato la posizione dei geni SWS1 all'interno del genoma, in particolare la loro prossimità ai telomeri, che sono le estremità dei cromosomi. Essere vicini a queste aree potrebbe influenzare quanto spesso i geni vengono duplicati o persi durante la replicazione del DNA.
I risultati indicano che i geni SWS1 sono spesso localizzati vicino a queste regioni instabili, il che potrebbe aver giocato un ruolo nella loro rapida evoluzione attraverso eventi di duplicazione.
Il Ruolo dei Fattori Ambientali
La presenza di più opsine SWS1 in questi serpenti acquatici suggerisce che le adattamenti visivi possano essere legati a cambiamenti ambientali, come i tipi di luce disponibili sott'acqua. Studiare queste adattamenti può fornire informazioni sui comportamenti e le necessità di questi animali nei loro habitat specifici.
Conclusione
La ricerca sulle espansioni di SWS1 nei serpenti di mare ha rivelato un esempio notevole di come gli animali possano adattarsi visivamente ai loro ambienti. La capacità di avere più copie di opsine, e le loro variazioni uniche, evidenzia una risposta evolutiva su misura per le sfide di vivere in ambienti acquatici.
Questi risultati aprono la strada a ulteriori indagini su come i sistemi visivi si adattano a cambiamenti drammatici e sui ruoli della genetica in queste adattamenti. Comprendere questi processi non solo illumina la vita dei serpenti di mare, ma arricchisce anche la nostra conoscenza dell'evoluzione e della diversità della vita sulla Terra. Studi futuri potrebbero esplorare i comportamenti legati a queste adattamenti visive e come favoriscano la sopravvivenza in ambienti in cambiamento.
Titolo: Dynamic Expansions and Retinal Expression of Spectrally Distinct Short-Wavelength Opsin Genes in Sea Snakes.
Estratto: The photopigment-encoding visual opsin genes that mediate colour perception show great variation in copy number and adaptive function across vertebrates. An open question is how this variation has been shaped by the interaction of lineage-specific structural genomic architecture and ecological selection pressures. We contribute to this issue by investigating the expansion dynamics and expression of the duplicated Short-Wavelength-Sensitive-1 opsin (SWS1) in sea snakes (Elapidae). We generated one new genome, 45 resequencing datasets, 10 retinal transcriptomes, and 81 SWS1 exon sequences for sea snakes, and analysed these alongside 16 existing genomes for sea snakes and their terrestrial relatives. Our analyses revealed multiple independent transitions in SWS1 copy number in the marine Hydrophis clade, with at least three lineages having multiple intact SWS1 genes: the previously studied Hydrophis cyanocinctus and at least two close relatives of this species; H. atriceps-H. fasciatus; and an individual H. curtus. In each lineage, gene copy divergence at a key spectral tuning site resulted in distinct UV and Violet/Blue-sensitive SWS1 subtypes. Both spectral variants were simultaneously expressed in the retinae of H. cyanocinctus and H. atriceps, providing the first evidence that these SWS1 expansions confer novel phenotypes. Finally, chromosome annotation for nine species revealed shared structural features in proximity to SWS1 regardless of copy number. If these features are associated with SWS1 duplication, expanded opsin complements could be more common in snakes than is currently recognised. Alternatively, selection pressures specific to aquatic environments could favour improved chromatic distinction in just some lineages. SignificanceSecondary transitions to marine environments are commonly accompanied by pseudogenisation of the visual opsin genes which mediate colour perception. Conversely, a species of fully-marine hydrophiid snake has functionally expanded its short-wavelength-sensitive opsin repertoire following a terrestrial ancestry. The current study explores this further by mapping opsin copy number across the hydrophiid phylogeny and by quantifying expression of SWS1 subtypes within sea snake retinae. Despite few reports of opsin expansions in tetrapods, we provide evidence for the occurrence of multiple expansion events throughout Hydrophis. Most intriguingly, retinal expression of spectrally-divergent copies implies a functionally-significant phenotype; possibly even trichromacy.
Autori: Isaac H Rossetto, A. J. Ludington, B. F. Simoes, N. Van Cao, K. L. Sanders
Ultimo aggiornamento: 2024-07-05 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.03.602000
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.03.602000.full.pdf
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