Tracciamento delle varianti di SARS-CoV-2 in Brasile

Nel dicembre 2019, sono stati trovati i primi casi di SARS-CoV-2, il virus che causa il COVID-19, a Wuhan, in Cina. Da allora, questo virus si è diffuso in tutto il mondo, portando a una pandemia dichiarata nel marzo 2020. A febbraio 2024, sono stati segnalati milioni di casi e morti a livello globale, con il Brasile che conta un numero significativo di questi casi.

SARS-CoV-2 si diffonde facilmente tra le persone, che mostrino sintomi o meno. Col tempo, il virus si è adattato ai suoi ospiti umani, portando all'emergere di nuove versioni del virus che sono più contagiose o che possono evitare la risposta immunitaria. Man mano che il virus evolve, gli esperti di salute classificano queste nuove versioni in due gruppi principali: Varianti di Interesse (VOI) e Varianti Di Preoccupazione (VOC).

Anche se sono stati sviluppati vaccini e le campagne hanno ridotto il numero di casi e malattie gravi, SARS-CoV-2 continua a diffondersi e a cambiare in nuove linee. Alcuni di questi nuovi ceppi possono infettare persone già malate o vaccinate, evidenziando la continua sfida di gestire il COVID-19.

L'emergere di varianti diverse è stato tracciato attraverso la Sorveglianza Genomica, che implica lo studio del materiale genetico del virus. In Brasile, vari gruppi di ricerca hanno lavorato per capire come diverse linee di SARS-CoV-2 siano emerse e si siano diffuse nel paese.

In questo studio, l'attenzione era rivolta allo stato del Rio Grande do Sul, che ha una vasta area geografica e una popolazione diversificata. L'obiettivo era caratterizzare la circolazione di diverse linee di SARS-CoV-2 durante i primi due anni e mezzo di pandemia. I ricercatori hanno raccolto campioni da diverse città del Rio Grande do Sul e hanno sequenziato il materiale genetico del virus per identificare varie linee.

Da giugno 2020 a luglio 2022, sono stati sequenziati un totale di 1.480 genomi, catturando diverse varianti, tra cui Gamma, Delta e Omicron. I risultati sono importanti in quanto possono informare le misure di salute pubblica durante future ondate di COVID-19.

#Metodi Utilizzati nello Studio

Sono stati raccolti campioni nasali e orofaringei positivi per SARS-CoV-2 da vari luoghi all'interno del Rio Grande do Sul. I ricercatori hanno utilizzato kit specifici per effettuare i test, assicurandosi che tutti i processi seguissero le linee guida necessarie. I campioni che soddisfacevano determinati criteri sono stati poi amplificati e sequenziati.

Per analizzare i dati genetici, sono stati impiegati due metodi per creare DNA complementare e amplificare il materiale genetico del virus. I ricercatori hanno processato questi campioni per il sequenziamento, seguendo protocolli stabiliti. L’approvazione per lo studio è stata ottenuta dai relativi comitati etici.

#Analisi del Materiale Genetico Virale

Per assemblare i genomi virali, è stato utilizzato un flusso di lavoro specializzato che coinvolge il filtraggio della qualità e la mappatura delle sequenze al genoma originale di SARS-CoV-2. Sono stati generati i genomi di consenso per rappresentare le sequenze genetiche più comuni dai campioni. I campioni con una copertura sufficiente sono stati sottoposti a ulteriori analisi per identificare le loro relazioni con altre sequenze virali.

Data la vasta quantità di genomi di SARS-CoV-2 disponibili a livello globale, i ricercatori hanno impiegato una strategia di sotto-campionamento sistematica per selezionare genomi specifici per l'analisi. Questa strategia ha aiutato a garantire rappresentazioni accurate di diverse linee e regioni geografiche.

Per monitorare la diffusione di varianti specifiche, lo studio ha utilizzato risorse che dettagliano quando certe ceppi sono apparsi in Brasile. Questo ha aiutato a comprendere come il virus si sia diffuso durante la pandemia, portando all'identificazione di diverse linee nel Rio Grande do Sul.

#Risultati dello Studio

Lo studio ha rivelato che durante il periodo analizzato, le varianti più comuni nel Rio Grande do Sul includevano diverse linee della variante Gamma durante il 2021 e la variante Omicron nel 2022. I risultati hanno evidenziato somiglianze nelle frequenze delle linee con altre regioni del Brasile.

Nell'analizzare la diffusione della variante Gamma, sono state identificate sei cladi. Alcuni cladi indicavano modelli di migrazione e trasmissione tra diverse aree del Brasile, specialmente tra il Rio Grande do Sul e gli stati sudorientali.

L'analisi della variante Delta ha mostrato un trend simile, evidenziando cluster di campioni provenienti dal Rio Grande do Sul collegati a quelli di altre regioni brasiliane. I risultati indicavano possibili percorsi di trasmissione delle linee AY.99.2 e AY.101 tra il Rio Grande do Sul e gli stati a sud-est.

Per la variante Omicron, sono state identificate cinque cladi distinte, con la maggior parte dei campioni provenienti dal Rio Grande do Sul, suggerendo una forte circolazione locale di questa variante durante il periodo analizzato.

#Stima di Emergenza e Trasmissione

Analizzando il momento dell'emergere di diverse linee, i ricercatori hanno stimato quando queste varianti probabilmente hanno iniziato a circolare nel Rio Grande do Sul. I risultati suggerivano che le linee della variante Gamma circolavano da dicembre 2020 a giugno 2021, mentre la Delta è emersa da marzo a dicembre 2021, e l'Omicron ha iniziato a diffondersi ad agosto 2021 e ha continuato nel 2022.

Lo studio indicava che, nonostante l'ampia frontiera terrestre tra Brasile e paesi vicini come Argentina e Uruguay, ci sono stati meno casi di virus che attraversava le frontiere rispetto alle trasmissioni tra stati brasiliani. Questo suggerisce che le misure locali di salute pubblica hanno giocato un ruolo efficace nella gestione della diffusione del virus tra le regioni.

#Conclusione

La ricerca su SARS-CoV-2 nel Rio Grande do Sul illustra l'importanza della sorveglianza genomica nel monitoraggio delle varianti del virus e della loro diffusione. Esaminando un'ampia gamma di campioni e impiegando metodi analitici dettagliati, gli scienziati sono stati in grado di dipingere un quadro più chiaro di come il virus si sia diffuso nello stato.

Questo studio sottolinea la necessità di continuare un robusto monitoraggio genetico per informare le strategie di salute pubblica. Evidenzia anche come i percorsi di trasmissione locali possano essere più prominenti nella diffusione del COVID-19 rispetto ai movimenti transfrontalieri. Man mano che la pandemia evolve, gli sforzi continui nella sorveglianza e nella raccolta di dati rimarranno cruciali per affrontare le sfide sanitarie pubbliche legate a SARS-CoV-2.