Simple Science

Scienza all'avanguardia spiegata semplicemente

# La biologia# Biofisica

Progressi negli strumenti di rilevamento genetico accessibili

Nuovi metodi diagnostici puntano a migliorare i test per malattie a basso costo.

― 6 leggere min


Rivoluzionare laRivoluzionare laRilevazione delleMalattietest del materiale genetico.Nuovi strumenti economici migliorano il
Indice

Negli ultimi anni, gli scienziati hanno fatto progressi nei metodi che possono rilevare piccolissime quantità di materiale genetico. Queste tecniche a singola molecola sono particolarmente utili in aree come il test per le malattie. Tuttavia, tendono ad essere costose e richiedono attrezzature complesse, rendendole difficili da usare in posti con risorse limitate.

La sfida del testing a punto di cura

Per test rapidi fatti al di fuori dei laboratori tradizionali, come quelli effettuati negli studi dei medici o sul campo, questi metodi avanzati spesso non funzionano. Una difficoltà principale è che molte tecniche attuali necessitano di strumenti speciali per amplificare i segnali o rilevare singole molecole. Ad esempio, rilevare marcatori genetici specifici tramite luce richiede spesso macchine molto costose.

Nuove tecniche per una migliore rilevazione

Recentemente, i ricercatori hanno sviluppato nuovi metodi per migliorare la rilevazione di queste piccole quantità di materiale genetico, specificamente per batteri seri che possono causare malattie. L'approccio prevede l'uso di strutture minuscole fatte di DNA che possono aiutare a catturare e amplificare i segnali dal materiale genetico. Queste strutture possono essere alimentate da dispositivi semplici come microscopi per smartphone, rendendole più accessibili in contesti quotidiani.

Semplificare la rilevazione per un uso reale

L'obiettivo di questi nuovi metodi è renderli accessibili e facili da usare, permettendo che i test vengano effettuati al di fuori dei laboratori specializzati. Tradizionalmente, il problema non è solo trovare singole molecole, ma trovarle tutte in un campione. Ad esempio, in una piccola quantità di sangue, potresti trovare solo una manciata di molecole da rilevare. Affidarsi solo al movimento naturale delle molecole per raggiungere le aree di rilevamento non è pratico.

Per aggirare questo problema, molti metodi di rilevazione optano per concentrare preventivamente i campioni o usare tecniche che moltiplicano il numero di molecole presenti. Un metodo che ha fatto un grande impatto è il PCR digitale, che comporta la suddivisione dei campioni in molte piccole parti per vedere se ci sono molecole target. Questo metodo funziona bene ma è limitato dalla necessità di personale formato e macchine avanzate, specialmente in aree con poche risorse.

Introduzione di NACHOS-diagnostica

Costruendo su queste idee, i ricercatori hanno sviluppato un nuovo strumento chiamato NACHOS-diagnostica che può rilevare materiale genetico senza la necessità di amplificazione. Questo strumento mira a specifiche sequenze di DNA legate a batteri resistenti agli antibiotici, noti per causare seri problemi di salute.

NACHOS utilizza strutture minuscole chiamate NanoAntene che catturano e amplificano i segnali, consentendo la rilevazione di singole molecole usando attrezzature ottiche di base. Questo metodo mostra promesse per rilevare DNA a concentrazioni molto basse.

Superare le sfide di rilevazione

Quando si testano concentrazioni molto basse di materiale genetico, i sistemi affrontano grandi sfide come il rumore di fondo e lunghi tempi di risposta. Le NanoAntene aiutano a potenziare la forza del segnale, che aiuta a differenziare i segnali reali dal rumore. Per migliorare la velocità e l'efficienza di rilevazione, i ricercatori hanno combinato diversi approcci innovativi.

Affinando il design delle NanoAntene, usando Microfluidica per controllare il flusso dei liquidi e creando software che elabora i segnali, hanno creato un approccio a più fasi per raggiungere un'alta sensibilità.

Ottimizzare le NanoAntene

Nello sviluppo di queste NanoAntene, il team si è concentrato sulla creazione di un design che permetta di avere più filamenti di cattura per legare il materiale genetico. Con delle modifiche alle strutture, sono riusciti a migliorare significativamente le loro performance.

Il team ha anche fatto in modo che le NanoAntene potessero essere disposte vicine su una superficie senza formare grumi indesiderati. Questo ha comportato l'uso di tecniche speciali per posizionare queste strutture minuscole in modo preciso su una superficie.

Creare un lettore di fluorescenza

Per semplificare la rilevazione delle molecole, è stato creato un nuovo lettore di fluorescenza. Questo lettore può gestire i campioni in modo efficiente e ha un ampio campo visivo per contare le molecole catturate dalle NanoAntene.

Utilizzando fonti di luce comuni, il lettore può identificare singole molecole enhance dalle NanoAntene. Questo consente di avere una distinzione più chiara dal rumore di fondo, aumentando l'accuratezza nella misurazione delle molecole target.

Usare la microfluidica per migliorare le performance

Il design include un chip microfluidico che dirige i campioni sulle NanoAntene, aumentando le possibilità di catturare molecole target. Questa tecnica di flusso consente un miglior legame delle molecole e può portare a un aumento decuplo nel numero di molecole che possono essere catturate.

Experimenti hanno mostrato che questa combinazione di NanoAntene e microfluidica porta a una rilevazione sensibile ed efficiente di basse concentrazioni target.

Raggiungere alta sensibilità

Con tutti questi elementi che lavorano insieme, i ricercatori sono riusciti a ottenere limiti di rilevazione estremamente bassi, capaci di identificare concentrazioni nell'intervallo attomolare. Questo livello di sensibilità è cruciale per una diagnosi precoce di infezioni o altri problemi di salute.

Il sistema può rilevare singole molecole e può anche misurare quantità maggiori, dimostrando i vantaggi di questo metodo di rilevazione flessibile.

Migliorare la stabilità con la silicificazione

Una sfida per il sistema di rilevazione proviene dai fluidi biologici, che possono interferire con le misurazioni. Per combattere questo, i ricercatori hanno sviluppato un processo chiamato silicificazione.

La silicificazione comporta il rivestimento delle NanoAntene con silice, rendendole più stabili e resistenti alla degradazione a causa di enzimi presenti nei fluidi corporei. Questo rivestimento non interferisce con la capacità delle NanoAntene di catturare i filamenti target.

Testare in fluidi reali

Le NanoAntene silicificate sono state testate nel plasma sanguigno umano, che è un medium comune per i test medici. I risultati hanno mostrato che possono ancora operare efficacemente anche quando competono con molte sostanze diverse presenti nel plasma.

Lavando attentamente i campioni e reintroducendo i filamenti target, il sistema è riuscito a mantenere tassi elevati di rilevazione, dimostrando la robustezza del metodo.

Riutilizzo dei chip

Un grande vantaggio del nuovo sistema è che consente di riutilizzare gli stessi chip più volte. Dopo aver catturato un target, un semplice processo può rigenerare l'area di rilevazione, rendendolo conveniente e più adattabile per diversi test.

Questa flessibilità significa che, mentre il test iniziale può mirare a una specifica sequenza di DNA, gli utenti possono facilmente modificare il chip per testare altre sequenze secondo necessità.

Conclusione

I ricercatori hanno fatto progressi significativi nella rilevazione degli acidi nucleici utilizzando tecniche innovative che combinano accessibilità, sensibilità e facilità d'uso. La piattaforma diagnostica risultante non solo mira a specifiche infezioni, ma ha applicazioni più ampie che potrebbero beneficiare vari campi della medicina.

Rendendola accessibile per test sul campo, sperano di migliorare i risultati di salute e contribuire alla lotta contro la resistenza agli antibiotici. Le potenziali applicazioni di NACHOS-diagnostica si estendono alla diagnosi precoce del cancro, al monitoraggio delle malattie neurodegenerative e altro, aprendo la strada a un impatto trasformativo nella diagnostica medica.

L'integrazione della tecnologia del DNA origami, della microfluidica e di dispositivi user-friendly segna un progresso significativo nella ricerca di valutazioni sanitarie rapide e accurate, facendo passi da gigante nella continua lotta per una gestione e prevenzione efficace delle malattie.

Fonte originale

Titolo: Bringing Attomolar Detection to the Point-of-Care with Nanopatterned DNA Origami Nanoantennas

Estratto: Creating increasingly sensitive and cost-effective nucleic acid detection methods is critical for enhancing point-of-care (POC) applications. This involves capturing all desired biomarkers in a sample with high specificity and transducing the capture events to a detector. However, the signal from biomarkers present at extremely low amounts often falls below the detection limit of typical fluorescence-based methods, making molecular amplification a necessary step. Here, we present a nucleic acid detection assay of a 151-nucleotide sequence specific to antibiotics-resistant Klebsiella pneumoniae, based on single-molecule fluorescence detection of non-amplified DNA down to the attomolar level, using Trident NanoAntennas with Cleared HOtSpots (NACHOS). Our NACHOS-diagnostics assay leverages a compact microscope with a large field-of-view and cost-efficient components, including microfluidic flow to enhance capturing efficiency. Fluorescence enhancement is provided by DNA origami NanoAntennas, arranged in a dense array using a combination of nanosphere lithography and site-specific DNA origami placement. Our method can detect 200 {+/-} 50 out of 600 molecules in a 100 {micro}L sample volume within an hour. This represents typical number of pathogens in clinical samples commonly detected by Polymerase Chain Reaction but without the need for molecular amplification. We achieve similar sensitivity in untreated human blood plasma, enhancing the practical applicability of the system. Our platform can be adapted to detect shorter nucleic acid fragments that are not compatible with traditional amplification-based technologies. This broadens its potential for diverse diagnostic and healthcare applications, providing a robust and scalable solution for sensitive nucleic acid detection in various clinical settings.

Autori: Philip Tinnefeld, R. Yaadav, K. Trofymchuk, M. Dass, V. Behrendt, B. Hauer, J. Schuetz, C. Close, M. Scheckenbach, G. Ferrari, L. Maeurer, S. Sebina, V. Glembockyte, T. Liedl

Ultimo aggiornamento: 2024-10-17 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.14.618183

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.14.618183.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

Altro dagli autori

Articoli simili