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# La biologia# Biologia cellulare

Nuovo modello di topo fa luce sulle funzioni delle proteine

I ricercatori sviluppano metodi innovativi per studiare le proteine in tipi di cellule specifici.

Rodrigo Alvarez-Pardo, Susanne tom Dieck, Kristina Desch, Belquis Nassim Assir, Cristina Olmedo Salinas, Riya S. Sivakumar, Julian D. Langer, Beatriz Alvarez-Castelao, Erin M. Schuman

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Capire come funzionano le Cellule è super importante per tanti ambiti della scienza. Un aspetto chiave è studiare le Proteine, che sono i mattoncini delle cellule. Le proteine possono cambiare in risposta a segnali normali e anormali nel corpo. Curiosamente, gli stessi segnali possono provocare reazioni diverse in tipi di cellule diversi. Questa variabilità rende difficile ottenere immagini chiare quando si guarda a molte cellule contemporaneamente. Perciò, i ricercatori stanno ideando metodi furbi per studiare tipi specifici di cellule senza perdere dettagli importanti.

La Sfida di Studiare le Proteine

Quando gli scienziati analizzano le proteine di un gruppo misto di cellule, potrebbero perdere comportamenti unici specifici di certi tipi di cellule. Possono mediare le differenze e trascurare segnali importanti. Per aggirare questo problema, i ricercatori hanno creato tecniche che si concentrano selettivamente su alcune cellule. Un metodo consiste nell'usare marker specifici per diversi tipi di cellule. Questo approccio aiuta a individuare le proteine presenti solo in quelle cellule. Tuttavia, ha anche le sue sfide. Ad esempio, durante la preparazione del campione, alcune strutture delle cellule, come dendriti e assoni, potrebbero andare perse.

Un'altra tecnica avanzata utilizza metodi che si concentrano sulle proteine in aree specifiche della cellula. Questo approccio più recente può catturare le proteine nel tempo, ma ha delle limitazioni. Non distingue tra proteine nuove e quelle già presenti prima dell'inizio dello studio.

Strumenti per lo Studio delle Proteine

Per risolvere queste sfide, gli scienziati hanno sviluppato metodi bio-ortogonali che utilizzano aminoacidi appositamente progettati per tracciare le proteine. Questi aminoacidi artificiali possono essere aggiunti alle proteine, rendendo più facile visualizzarle e studiarle più da vicino. L'innovazione chiave è nel modo in cui gli scienziati possono ora controllare dove e quando aminoacidi specifici vengono incorporati nelle proteine.

Uno di questi strumenti prevede un enzima modificato che permette l'uso di un Aminoacido speciale chiamato azidonorleucina (ANL). Questo aminoacido è diverso dalla metionina comune, che di solito viene incorporata nelle proteine. Modificando in modo astuto l'enzima responsabile di questoincorporazione, gli scienziati possono assicurarsi che vengano prodotte solo versioni modificate delle proteine, facilitando il focus sulle proteine specifiche che vogliono studiare.

Il Nuovo Modello di Topo

I ricercatori hanno creato un nuovo modello di topo che può esprimere un numero maggiore di questi enzimi modificati. Questo nuovo modello può incorporare più di questo aminoacido speciale nelle proteine, portando a una migliore rilevazione delle proteine in cellule che potrebbero non essere così numerose. Le modifiche nel design permettono agli scienziati di cercare proteine con meno materiale di partenza e in tempi più brevi.

Questo modello di topo funziona utilizzando promotori specifici che accendono l'enzima modificato in certi tipi di cellule. Girando praticamente un interruttore, le proteine all'interno di quelle cellule possono essere contrassegnate e studiate senza perdere informazioni importanti sulle loro origini.

La Scienza Dietro il Marcaggio

Il processo di marcaggio è piuttosto strategico. Prevede l'aggiunta dell'aminoacido speciale alle cellule. Dopo un certo tempo, le cellule possono essere esaminate per vedere quali proteine sono state prodotte. Questo offre una finestra su come le cellule rispondono ai loro ambienti nel tempo. I ricercatori possono determinare quanto a lungo certe proteine rimangono e persino quanto rapidamente si degradano.

Ad esempio, quando misurano le proteine prodotte rapidamente, gli scienziati potrebbero scoprire che certe proteine sono presenti solo per un breve periodo. Nel frattempo, le proteine che durano più a lungo possono mostrare modelli diversi che rivelano come la cellula sta funzionando.

Risultati dal Nuovo Metodo

Con il nuovo modello, gli scienziati sono riusciti a identificare proteine anche in popolazioni neuronali a bassa abbondanza. Si sono concentrati su tipi specifici di Neuroni noti per essere coinvolti in cose come movimento, umore e cognizione. Queste proteine possono fornire spunti su come queste cellule lavorano e cambiano in varie condizioni.

Il nuovo approccio ha mostrato che il modo in cui le proteine vengono prodotte può variare notevolmente a seconda del tipo di neurone da cui provengono. I ricercatori sono stati in grado di raccogliere informazioni su proteine da neuroni che non sono molto comuni, come quelli che producono dopamina, una sostanza chimica importante per molte funzioni cerebrali.

Il Processo di Analisi

Una volta che le proteine sono marcate nelle cellule, gli scienziati usano la Spettrometria di massa per analizzare i campioni. Questo processo separa le proteine in base alle loro dimensioni e consente uno studio dettagliato. L'obiettivo è cercare specifici modelli di proteine che si riferiscono a diverse condizioni, come malattie o cambiamenti nell'ambiente.

I ricercatori confrontano le proteine dei campioni marcati con quelle che non erano affatto marcate. Questo li aiuta a individuare differenze che rivelano come certe proteine potrebbero comportarsi in situazioni specifiche, come sotto stress o durante il recupero da un infortunio.

Come Questo Aiuta a Comprendere le Cellule

Capire come funzionano le proteine in diversi tipi di cellule è fondamentale per afferrare meglio come funziona il corpo. Concentrandosi su tipi specifici di cellule e sulle loro risposte uniche, gli scienziati possono scoprire nuovi dettagli su tutto, dal funzionamento del cervello ai processi patologici.

Questo approccio innovativo può portare a nuove scoperte su come le cellule si adattano a condizioni in cambiamento, ed è fondamentale per comprendere salute e malattia.

Applicazioni Potenziali

I metodi e gli strumenti che stanno venendo sviluppati potrebbero avere applicazioni ampie. Potrebbero aiutare a identificare marcatori per malattie o portare a nuovi trattamenti rivelando come certe proteine influenzano il comportamento cellulare. Ad esempio, studiare le proteine nei neuroni dopaminergici può far luce su condizioni come il morbo di Parkinson.

Inoltre, queste scoperte potrebbero anche aprire la strada a progressi nella medicina rigenerativa, dove capire come far crescere e riparare i tessuti è fondamentale.

Conclusione

Sviluppando nuovi metodi per esaminare le proteine, gli scienziati si stanno avvicinando a comprendere il complesso mondo della funzione cellulare. Il nuovo modello di topo consente ai ricercatori di studiare le proteine con maggiore sensibilità e specificità, rivelando nuove intuizioni che potrebbero portare a applicazioni nel mondo reale.

Alla fine, il mondo delle proteine è come un grande puzzle e i ricercatori stanno assemblando l'immagine un aminoacido alla volta - con un pizzico di umorismo e tanta curiosità scientifica.

Fonte originale

Titolo: Cell type-Specific In Vivo Proteomes with a Multi-copy Mutant Methionyl t-RNA Synthetase Mouse Line

Estratto: The functional diversity of cells is driven by the different proteins they express. While improvements in protein labeling techniques have allowed for the measurement of proteomes with increased sensitivity, measuring cell type-specific proteomes in vivo remains challenging. One of the most useful pipelines is bioorthogonal non-canonical amino acid tagging (BONCAT) with the MetRS* system, consisting of a transgenic mouse line expressing a mutant methionyl-tRNA synthetase (MetRS*) controlled by Cre recombinase expression. This system allows for cell type-specific labeling of proteins with a non-canonical amino acid (azidonorleucine, ANL), which can be subsequently conjugated to affinity or fluorescent tags using click chemistry. Click-modified proteins can then be visualized, purified and identified. The reduction in sample complexity allows for the detection of small changes in protein composition. Here we describe a multicopy MetRS* mouse line (3xMetRS* mouse line), which exhibits markedly enhanced ANL protein labeling, boosting the sensitivity and temporal resolution of the system and eliminating the need for working under methionine depletion conditions. Cell type-specific in vivo labeling is possible even in heterozygous animals, thus offering an enormous advantage for crossing the line into mutation and disease-specific backgrounds. Using the 3xMetRS* line we identified the in vivo proteome of a sparse cell population - the dopaminergic neurons of the olfactory bulb and furthermore determined newly synthesized proteins after short labeling durations following a single intraperitoneal ANL injection.

Autori: Rodrigo Alvarez-Pardo, Susanne tom Dieck, Kristina Desch, Belquis Nassim Assir, Cristina Olmedo Salinas, Riya S. Sivakumar, Julian D. Langer, Beatriz Alvarez-Castelao, Erin M. Schuman

Ultimo aggiornamento: Dec 2, 2024

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.28.625838

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.28.625838.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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