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Progressi nelle formulazioni di anticorpi monoclonali

Gli scienziati migliorano gli anticorpi monoclonali con nuove tecniche di modellazione per cure migliori.

Tobias M. Prass, Kresten Lindorff-Larsen, Patrick Garidel, Michaela Blech, Lars V. Schäfer

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Rivoluzionare le Rivoluzionare le formulazioni di anticorpi ed efficaci. monoclonali per trattamenti più sicuri Nuovi modelli migliorano gli anticorpi
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Gli Anticorpi monoclonali (mAbs) sono come piccoli soldati specializzati nel nostro sistema immunitario. Vengono usati per combattere diverse malattie, come asma, infezioni e anche cancro. Pensali come strumenti molto precisi che possono mirare e attaccare problemi specifici nel corpo. Per molti trattamenti, questi anticorpi vengono iniettati sotto la pelle, il che rende più facile per i pazienti somministrarli a casa. Questo metodo è preferito perché può risparmiare viaggi in ospedale e rendere la vita un po' più semplice per tutti.

La Sfida della Concentrazione

Tuttavia, c'è un problema. Per essere efficaci, questi anticorpi devono essere iniettati in dosi elevate-solitamente intorno a 1-10 milligrammi per ogni chilo di peso corporeo. Quindi, se pesi, diciamo, 70 kg, la dose potrebbe essere di circa 700 mg! Per far entrare tutto ciò in una piccola iniezione, gli anticorpi devono essere molto concentrati-di solito oltre 100 mg per millilitro.

Ma qui le cose si complicano. Quando molti di questi anticorpi sono strettamente impacchettati, iniziano a interagire tra loro in modi che possono causare problemi. Questo imballaggio ravvicinato porta a una soluzione densa, rendendo più difficile l'iniezione. L'alta viscosità può significare più pressione quando cerchi di spingere il liquido attraverso un ago sottile, il che può far male e rendere l'esperienza meno piacevole. Nessuno lo gradisce!

Il Rischio di Aggregazione

Inoltre, quando gli anticorpi si aggregano o si attaccano ad altri componenti nella soluzione, possono sorgere ulteriori problematiche sia per l'efficacia del trattamento che per la sicurezza del paziente. Nel peggiore dei casi, questo potrebbe scatenare reazioni allergiche o reazioni severe come l'anafilassi. Niente affatto divertente!

La Situazione Attuale con le Formulazioni

Attualmente, gli scienziati spesso si affidano a metodi di prova ed errore per trovare le migliori combinazioni di ingredienti per stabilizzare questi farmaci proteici. Questi ingredienti-spesso chiamati eccipienti-possono includere sali, aminoacidi e vari composti che aiutano a mantenere la soluzione stabile. Un pretendente comune in questo campo è l'Arginina, un aminoacido che può aiutare a ridurre l'aggregazione degli anticorpi e abbassare la densità della soluzione.

Ma come funziona l'arginina? Bene, può essere un po' complicato studiarla a quella scala piccolissima dove avvengono queste interazioni. Gli scienziati spesso usano simulazioni su computer per capire meglio come si comportano le cose a livello molecolare.

Il Gioco delle Simulazioni

La simulazione della Dinamica Molecolare (MD) è come giocare a un videogioco dove gli scienziati possono osservare come si muovono e interagiscono le molecole nel tempo. Dà un'idea di cosa stia succedendo quando mescoli anticorpi con eccipienti come l'arginina.

La maggior parte degli studi esistenti focalizzati sull'arginina ha esaminato solo una parte dell'anticorpo conosciuta come il dominio Fab. La ricerca ha mostrato che alcune parti degli anticorpi interagiscono fortemente con l'arginina, il che può portare a una maggiore stabilità e meno aggregazione. Tuttavia, eseguire simulazioni che coinvolgono l'intero anticorpo può essere molto impegnativo e lento, limitando la capacità dei ricercatori di esplorare ulteriormente.

Per velocizzare il processo, gli scienziati possono utilizzare modelli semplificati chiamati modelli coarse-grained (CG). Invece di guardare ogni atomo in dettaglio, i modelli CG raggruppano gli atomi in unità più grandi, rendendo i calcoli più veloci e semplici. In questo modo, gli scienziati possono studiare sistemi più ampi e ottenere una comprensione più ampia di come funzionano le cose.

Incontra Martini

Un modello CG popolare si chiama Martini. Questo modello è in giro da un po' e aiuta i ricercatori a studiare le proteine e le loro interazioni con diversi composti in modo più efficace. Con il rilascio di Martini 3, il modello è diventato ancora migliore, migliorando le interazioni tra le proteine, ma c’è ancora spazio per miglioramenti.

Sebbene il modello Martini sia buono, a volte ha difficoltà con alcuni comportamenti delle proteine. Per esempio, quando gli scienziati guardano proteine che non hanno una forma fissa o hanno parti multiple, il modello può diventare un po' troppo compatto, il che significa che non cattura appieno come si comportano le proteine. È un po' come cercare di far entrare un chiodo quadrato in un buco rotondo-non funziona perfettamente.

Affinare il Modello

Per affrontare questi problemi, i ricercatori hanno deciso di creare un nuovo approccio. Volevano affinare il modello Martini per rappresentare meglio come specifici eccipienti, come arginina e Glutammato, interagiscono con i domini Fab di anticorpi come il trastuzumab (noto anche come Herceptin) e l'omalizumab (conosciuto come Xolair).

I ricercatori hanno elaborato un nuovo approccio di mappatura in cui hanno rappresentato parti degli aminoacidi in modo più accurato nel modello CG. Questo nuovo approccio consente di modellare le interazioni nobili in una luce migliore, cosa cruciale per ottenere i risultati giusti.

La Fase di Test

Una volta che il nuovo modello era in atto, hanno eseguito test utilizzando tre diverse soluzioni. Si sono assicurati di includere le giuste quantità di arginina e glutammato, con alcuni ioni aggiunti per mantenere le cose equilibrate. Hanno quindi utilizzato simulazioni MD per monitorare come le cose interagivano nel tempo.

Dopo le simulazioni, i ricercatori hanno confrontato i risultati ottenuti con il nuovo modello con quelli dei modelli atomistici originali e dettagliati. Volevano vedere se il nuovo metodo potesse prevedere accuratamente come gli eccipienti interagivano con gli anticorpi.

Trovare Correlazioni

Quando hanno esaminato i dati, hanno scoperto che il nuovo modello ha fatto un buon lavoro nel corrispondere strettamente ai risultati delle simulazioni all-atomo. Per l'arginina, i numeri di contatto erano abbastanza simili, con un buon coefficiente di correlazione, il che significa che le previsioni erano affidabili.

Tuttavia, i risultati per il glutammato erano un po' più misti. Le interazioni non erano così forti, e il modello ha faticato a catturare il comportamento specifico del glutammato in tutte le situazioni. Ma, in generale, il nuovo modello ha comunque migliorato le previsioni sia per l'arginina che per il glutammato.

Implicazioni Future

Questo modello appena regolato apre un percorso interessante per futuri studi. Affinando i parametri di interazione, i ricercatori possono esplorare come diverse formulazioni possano influenzare le prestazioni degli anticorpi monoclonali. Questo potrebbe portare a trattamenti migliori, processi di produzione più efficienti e, in definitiva, pazienti più sani.

Conclusione

In sintesi, mentre gli anticorpi monoclonali sono incredibilmente utili nel trattare varie malattie, le loro formulazioni possono essere complesse e impegnative. Gli scienziati stanno lavorando sodo per capire e migliorare queste formulazioni utilizzando vari metodi, comprese simulazioni avanzate.

Il nuovo modello CG che hanno sviluppato è un passo nella giusta direzione, consentendo loro di prevedere le interazioni in modo più preciso e sviluppare farmaci migliori. Quindi, mentre la strada davanti potrebbe avere qualche ostacolo, sembra che la scienza sia pronta ad affrontare le sfide delle formulazioni degli anticorpi, una simulazione alla volta!

E chissà, magari un giorno questi piccoli soldati marceranno in battaglia contro le malattie con ancora maggiore precisione ed efficacia-tutto grazie alle menti curiose che cercano di districare i misteri delle proteine e delle loro formulazioni!

Fonte originale

Titolo: Optimized Protein-Excipient Interactions in theMartini 3 Force Field

Estratto: High drug dosages required for biotherapeutics, such as monoclonal antibodies (mAbs), and the small volumes that can be administered to patients via subcutaneous injections pose challenges due to high-concentration formulations. The addition of excipients such as arginine to high-concentration protein formulations can increase solubility and reduce the tendency of protein particle formation. Studying high-concentration mAb systems with molecular dynamics (MD) simulations can provide microscopic insights into the mode of action of excipients but requires large system sizes and long time scales that are currently out of reach at the fully atomistic level. Computationally efficient coarse grained models such as the Martini 3 force field can tackle this challenge but require careful parametrization, testing, and validation. This study extends the popular Martini 3 force field towards realistic protein-excipient interactions of arginine and glutamate excipients, using the Fab domains of the therapeutic mAbs trastuzumab and omalizumab as model systems. A novel Martini 3 mapping of the amino acid excipients is introduced, which explicitly captures the zwitterionic character of the backbone. The Fab-excipient interactions of arginine and glutamate are characterized at the single-residue level concerning molecular contacts. The Martini 3 simulations are compared with results from all-atom simulations as a reference. Our findings reveal an overestimation of Fab-excipient contacts in the original Martini 3 force field, suggesting a too strong attraction between protein surface residues and excipients. Therefore, we reparametrized the protein-excipient interaction parameters in Martini 3 against all-atom simulations. The excipient interactions obtained with the new Martini 3 mapping and Lennard-Jones (LJ) interaction parameters, coined Martini 3-exc, agree closely with the all-atom reference data. This work presents an improved parameter set for mAb-arginine and mAb-glutamate interactions in the Martini 3 coarse grained force field, enabling large-scale simulations of high-concentration mAb formulations and the stabilizing effect of the excipients.

Autori: Tobias M. Prass, Kresten Lindorff-Larsen, Patrick Garidel, Michaela Blech, Lars V. Schäfer

Ultimo aggiornamento: 2024-12-03 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.29.626008

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.29.626008.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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