Nuovo metodo aiuta a visualizzare le risposte dei neuroni agli stimoli
Un nuovo approccio organizza i neuroni in base alle loro risposte a diversi input visivi.
Steven W Zucker, L. Dyballa, G. D. Field, M. P. Stryker
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Indice
- La Sfida dei Dati ad Alta Dimensione
- Nuovo Strumento: Manifolds di Codifica
- Confronto delle Risposte Neuronali in Diverse Aree Visive
- Set di Stimoli nello Studio
- La Struttura del Manifold di Codifica
- Analizzando le Risposte a Scene Naturali
- Risultati dalle Aree Visive Superiori
- Esplorando le Differenze tra Aree Visive
- Approfondimenti dalle Preferenze degli Strati
- Le Risposte a Scene Naturali Possono Scoprire Modelli Nascosti
- Conclusione: L'Utilità dei Manifolds di Codifica
- Fonte originale
- Link di riferimento
La neuroscienza sensoriale si concentra su come gruppi di neuroni rappresentano il mondo esterno. Questa cosa è complicata perché sia gli stimoli artificiali che quelli naturali possono essere complessi e i neuroni rispondono in modi intricati. I ricercatori stanno cercando di visualizzare e capire come queste risposte neuronali corrispondano ai vari stimoli che incontrano.
La Sfida dei Dati ad Alta Dimensione
I neuroni rispondono a tanti tipi diversi di stimoli, creando un sacco di dati. Sia gli stimoli che l'attività neuronale possono essere ad alta dimensione, il che rende difficile l'analisi. I metodi tradizionali potrebbero non catturare tutta la complessità di come i neuroni rappresentano questi stimoli.
Nuovo Strumento: Manifolds di Codifica
Per affrontare queste sfide, gli scienziati hanno sviluppato un metodo chiamato manifolds di codifica. Questo strumento organizza i neuroni in base a come reagiscono ai vari stimoli visivi. Ogni punto nel manifold di codifica rappresenta un neurone e i neuroni che sono vicini in questo spazio rispondono in modo simile agli stimoli.
Questo metodo è diverso da altri approcci comuni in neuroscienza. Mentre altri metodi si concentrano su come le popolazioni neuronali rispondono a stimoli specifici, i manifolds di codifica si concentrano sull'organizzazione dei neuroni in base alle loro risposte funzionali. Questo può aiutare i ricercatori a fare ipotesi informate sui diversi tipi di neuroni e le loro connessioni nel cervello.
Confronto delle Risposte Neuronali in Diverse Aree Visive
Una delle caratteristiche utili dei manifolds di codifica è che consentono il confronto della codifica sensoriale in varie fasi di elaborazione. Esaminando le risposte dalla retina e dalla corteccia visiva primaria (V1) nei topi, i ricercatori hanno trovato differenze interessanti. Il manifold di codifica creato dalle risposte retiniche mostrava cluster distinti di neuroni che corrispondevano a noti tipi di cellule gangliari retiniche. Al contrario, il manifold derivato da V1 era più continuo, indicando che i neuroni in quest'area rispondono a una gamma più ampia di stimoli.
Queste scoperte sollevano domande importanti su come la struttura del manifold di codifica di V1 potrebbe cambiare in base a diversi set di stimoli o quanto siano simili i manifolds di codifica nelle aree visive superiori. I ricercatori hanno utilizzato un grande set di dati dell'Allen Institute per esplorare queste domande.
Set di Stimoli nello Studio
Il set di dati includeva vari stimoli, come griglie statiche e in movimento, e immagini naturali. Utilizzando questo set, i ricercatori hanno creato manifolds di codifica per aree visive superiori, concentrandosi su come i neuroni in queste aree rispondono a griglie statiche e in movimento. Nonostante le differenze negli stimoli, il manifold di codifica risultante di V1 condivideva somiglianze con risultati precedenti, indicando un'organizzazione coerente.
La Struttura del Manifold di Codifica
I manifolds di codifica dimostrano transizioni fluide nelle risposte neuronali attraverso diversi stimoli. Esaminando specifiche caratteristiche, come l'indice di selettività all'orientamento (OSI) e i tassi di attivazione, i ricercatori hanno osservato schemi chiari. I neuroni sono stati anche categorizzati in tipi eccitatori e inibitori in base ai loro modelli di attivazione.
In V1, i NeuronI eccitatori mostrano una preferenza per certe caratteristiche, mentre i Neuroni Inibitori tendono ad essere meno selettivi. Questa organizzazione fornisce spunti su come diversi tipi di cellule siano distribuiti attraverso i vari strati corticali.
Analizzando le Risposte a Scene Naturali
Il set di dati includeva anche risposte a scene naturali, offrendo l'opportunità di vedere come queste risposte si inseriscono nel manifold complessivo. Esaminando la relazione tra le risposte neuronali a scene naturali e griglie statiche, i ricercatori hanno notato schemi simili. I neuroni nel manifold potevano essere raggruppati in base ai loro tassi di attivazione a diversi tipi di stimoli, rivelando strutture sottostanti.
Sorprendentemente, il manifold di codifica mostrava un'organizzazione chiara, suggerendo che i neuroni che preferiscono scene naturali erano distribuiti lungo un asse distinto rispetto a quelli che preferivano le griglie. Questo suggerisce che i neuroni rispondono a entrambi i tipi di stimoli, anche se le loro preferenze possono differire.
Risultati dalle Aree Visive Superiori
I ricercatori hanno esteso la loro analisi a cinque aree visive superiori nel cervello del topo. Qui, hanno trovato che i manifolds di codifica erano continui, simili a V1. I modelli fluidi mostravano somiglianze nella selettività all'orientamento e nei tassi di attivazione. Tuttavia, le preferenze per le frequenze spaziali non presentavano un'organizzazione chiara.
La relazione tra scene naturali e griglie rimaneva evidente attraverso queste aree. Ogni area visiva mostrava schemi coerenti in cui le cellule che preferivano le griglie tendevano ad avere alta selettività all'orientamento, mentre quelle che preferivano scene naturali dimostravano caratteristiche diverse.
Esplorando le Differenze tra Aree Visive
Concentrandosi su aree rappresentative, i ricercatori hanno analizzato dati da VISpm e VISal, che si pensa corrispondano ai flussi visivi ventrali e dorsali, rispettivamente. In VISpm, i neuroni favorivano frequenze temporali più basse, suggerendo che potrebbe avere un ruolo nel riconoscimento degli oggetti. Il manifold di codifica mostrava modelli organizzati, con chiare distribuzioni di neuroni eccitatori e inibitori.
VISal mostrava una preferenza per frequenze temporali più alte e frequenze spaziali più basse, indicando una possibile funzione nell'elaborazione spaziale. Simile a VISpm, c'era un gradiente nelle risposte a scene naturali e griglie statiche, ma le differenze nella selettività all'orientamento evidenziavano ruoli funzionali diversi tra le aree.
Approfondimenti dalle Preferenze degli Strati
Lo studio ha trovato differenze notevoli nelle preferenze neuronali in base agli strati corticali. In V1, i neuroni eccitatori più selettivi all'orientamento erano presenti principalmente negli strati 5 e 6. Tuttavia, nelle aree visive superiori, i neuroni eccitatori nello strato 2/3 mostrano modelli diversi.
L'organizzazione dei neuroni eccitatori e inibitori variava anche tra gli strati, indicando potenziali percorsi coinvolti nell'elaborazione sensoriale. È stato scoperto che lo strato 5 contiene popolazioni distinte di neuroni eccitatori con diverse caratteristiche di risposta.
Le Risposte a Scene Naturali Possono Scoprire Modelli Nascosti
Utilizzare le risposte a scene naturali aggiunge profondità all'analisi. Queste risposte non erano incluse nel manifold di codifica iniziale ma potevano essere organizzate all'interno della struttura già stabilita. Anche se le scene naturali presentano variabilità, il modo in cui i neuroni rispondevano nel manifold mostrava una consistenza interessante.
I ricercatori hanno notato che le cellule che rispondevano bene a frequenze spaziali estreme tendevano ad essere più attive quando rispondevano a scene naturali, mentre le cellule che preferivano frequenze intermedie favorivano le griglie. Questa dualità suggerisce una chiara tendenza organizzativa nel modo in cui i neuroni reagiscono a diversi tipi di stimoli.
Conclusione: L'Utilità dei Manifolds di Codifica
Il metodo del manifold di codifica si rivela un approccio prezioso per visualizzare come grandi popolazioni di neuroni rispondono a vari stimoli. Fornisce un quadro per valutare le relazioni tra dinamiche di risposta, tipi di neuroni e le loro proprietà funzionali.
Applicando questo metodo a stimoli visivi diversificati, i ricercatori possono comprendere meglio come i neuroni elaborano le informazioni sensoriali. I risultati evidenziano i modelli organizzativi continui all'interno della corteccia visiva, rivelando spunti sul complesso intreccio tra i diversi tipi di neuroni e i loro ruoli nell'elaborazione delle informazioni visive.
I manifolds di codifica non solo approfondiscono la comprensione della codifica sensoriale, ma suggeriscono anche che metodi simili potrebbero essere utili in altre aree della biologia, dove comprendere relazioni complesse è cruciale.
Titolo: Functional organization and natural scene responses across mouse visual cortical areas revealed with encoding manifolds
Estratto: A challenge in sensory neuroscience is understanding how populations of neurons operate in concert to represent diverse stimuli. To meet this challenge, we have created "encoding manifolds" that reveal the overall responses of brain areas to diverse stimuli with the resolution of individual neurons and their response dynamics. Here we use encoding manifold to compare the population-level encoding of primary visual cortex (VISp) with five higher visual areas (VISam, VISal, VISpm, VISlm, and VISrl). We used data from the Allen Institute Visual Coding-Neuropixels dataset from the mouse. We show that the encoding manifold topology computed only from responses to grating stimuli is continuous, for V1 and for higher visual areas, with smooth coordinates spanning it that include orientation selectivity and firing-rate magnitude. Surprisingly, the manifolds for each visual area revealed novel relationships between how natural scenes are encoded relative to static gratings--a relationship that was conserved across visual areas. Namely, neurons preferring natural scenes preferred either low or high spatial frequency gratings, but not intermediate ones. Analyzing responses by cortical layer reveals a preference for gratings concentrated in layer 6, whereas preferences for natural scenes tended to be higher in layers 2/3 and 4. The results reveal how machine learning approaches can be used to organize and visualize the structure of sensory coding, thereby revealing novel relationships within and across brain areas and sensory stimuli. Significance StatementManifolds have become a commonplace for analyzing and visualizing neural responses. However, prior work has focused on building manifolds that organize diverse stimuli in neural response coordinates. Here, we demonstrate the utility of an alternative approach: building manifolds to represent neurons in stimulus/response coordinates, which we term encoding manifolds. This approach has several advantages, such as being able to directly visualize and compare how different brain areas encode diverse stimulus ensembles. We use the approach to reveal novel relationships between layer-specific responses and the encoding of natural versus artificial stimuli.
Autori: Steven W Zucker, L. Dyballa, G. D. Field, M. P. Stryker
Ultimo aggiornamento: 2024-12-20 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.24.620089
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.24.620089.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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