Nouvelle classe de médicaments cible les protéines responsables des maladies
Les dégradateurs de colle moléculaire pourraient changer notre façon de traiter les maladies liées aux protéines.
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Table des matières
Les dégradateurs de colle moléculaire sont un nouveau type de médicament qui peut aider à décomposer des protéines spécifiques dans le corps. Ces médicaments fonctionnent en rapprochant une enzyme appelée E3 ubiquitin ligase d'une protéine cible. Une fois qu'elles sont proches, la ligase E3 peut attacher de petites protéines appelées ubiquitines à la cible, la marquant pour destruction par le système d'élimination des déchets de la cellule, connu sous le nom de protéasome. Cette méthode d'action rend les dégradateurs de colle moléculaire une option passionnante pour traiter les maladies où certaines protéines posent problème.
Pourquoi les dégradateurs de colle moléculaire ?
L'une des raisons pour lesquelles les dégradateurs de colle moléculaire sont considérés comme meilleurs que d'autres types de médicaments, comme les PROTACs, c'est qu'ils sont plus petits. Les médicaments plus petits sont souvent plus faciles à utiliser pour le corps. Ils peuvent aussi profiter d'interactions spécifiques entre protéines que d'autres médicaments ne peuvent pas, leur permettant de cibler des protéines qui sont autrement difficiles à atteindre. Cependant, la plupart des dégradateurs de colle moléculaire actuels ont été découverts par accident ou grâce à des techniques de criblage larges, et les concevoir de manière ciblée reste encore un défi.
Des recherches récentes ont montré que de petites modifications des médicaments existants peuvent les transformer en dégradateurs de colle moléculaire. C'est une possibilité excitante car cela signifie que les scientifiques peuvent créer de nouveaux médicaments en modifiant ceux qui existent déjà. Les chercheurs ont également trouvé des moyens d'identifier les ligases E3 qui peuvent être ciblées à l'aide de molécules spéciales. Cela a ouvert de nouvelles voies pour créer des dégradateurs qui peuvent aider dans diverses applications médicales.
Découverte de nouveaux points de levier chimiques
Dans des études récentes, les scientifiques ont cherché à trouver plus de points de levier chimiques qui pourraient aider à convertir des médicaments ordinaires en dégradateurs de colle moléculaire. Ils se sont concentrés sur un composé appelé JQ1, qui est connu pour inhiber une protéine particulière. En créant différentes versions de JQ1 pouvant réagir avec des acides aminés spécifiques dans les ligases E3, ils ont découvert un nouveau composé nommé ML 1-50. Ce composé s'est révélé efficace pour dégrader une protéine appelée BRD4 dans certains types de cellules.
Les chercheurs ont constaté que ML 1-50 pouvait réduire les niveaux de BRD4 de manière dépendante de la dose, ce qui signifie que des quantités plus élevées du médicament entraînaient des réductions plus significatives de la protéine cible. Fait intéressant, ML 1-50 était particulièrement efficace pour dégrader une version plus courte de BRD4, ce qui en fait un candidat prometteur pour de futures études. Les chercheurs ont confirmé que l'action de ML 1-50 dépendait de l'activité de la ligase E3 DCAF16, qui joue un rôle essentiel dans le processus de dégradation.
Comprendre les ligases E3 et leur rôle
Les ligases E3 sont des composants essentiels dans le processus de dégradation des protéines. Elles aident à attacher l'ubiquitine aux protéines cibles, les marquant pour destruction. Différentes ligases E3 peuvent cibler différentes protéines, ce qui les rend essentielles pour une conception efficace de médicaments. Dans cette étude, DCAF16 a été identifiée comme la ligase E3 responsable de l'action de ML 1-50.
Les chercheurs ont utilisé diverses techniques pour confirmer que ML 1-50 interagissait directement avec DCAF16. Ils ont découvert que dans des cellules dépourvues de DCAF16, la dégradation de BRD4 ne pouvait pas se produire, confirmant son rôle dans le processus. Cette découverte souligne l'importance de comprendre comment les différents médicaments interagissent avec des ligases E3 spécifiques.
Examen d'autres cibles potentielles
Bien que BRD4 soit une cible bien étudiée, les chercheurs voulaient savoir si la même approche pouvait fonctionner pour d'autres protéines. Ils ont testé le point de levier vinylsulfonyl pipérazine avec d'autres médicaments pour voir s'il pouvait également conduire à une dégradation efficace d'autres cibles. Une expérience impliquait un médicament appelé ribociclib, qui est généralement utilisé pour inhiber CDK4, une protéine impliquée dans le cancer. Après avoir ajouté le nouveau point de levier chimique, les chercheurs ont constaté qu'il pouvait dégrader CDK4, bien que pas aussi efficacement que ML 1-50 l'avait fait avec BRD4.
De plus, ils ont testé le point de levier sur d'autres protéines, comme SMARCA2 et SMARCA4, et ont trouvé qu'il pouvait également dégrader efficacement ces cibles. Cela suggère que le nouveau point de levier chimique a une large applicabilité à travers différentes protéines.
Implications plus larges de la recherche
La découverte d'un point de levier chimique qui permet la dégradation de plusieurs protéines ouvre de nouvelles perspectives pour le développement de médicaments. Cela suggère qu'il pourrait être possible de créer de nouveaux traitements pour diverses maladies, en particulier des cancers, où certaines protéines sont hyperactives ou mutées. La capacité à dégrader des protéines problématiques peut conduire à de meilleures options de traitement qui ciblent spécifiquement les causes sous-jacentes des maladies.
En outre, la recherche indique que des médicaments existants peuvent potentiellement être transformés en dégradateurs de colle moléculaire avec des modifications simples. Cela représente une approche rentable et rapide pour le développement de médicaments par rapport à la création de médicaments entièrement nouveaux à partir de zéro.
Limitations et considérations futures
Malgré ces découvertes passionnantes, il reste encore des défis à surmonter. Bien que les nouveaux dégradateurs aient montré des promesses dans des études en laboratoire, leur efficacité dans des organismes vivants nécessite encore des investigations supplémentaires. Les chercheurs ont noté que la puissance et la sélectivité des nouveaux composés ont besoin d'amélioration avant qu'ils ne puissent être utilisés cliniquement.
De plus, les scientifiques doivent continuer à explorer les interactions entre différentes ligases E3 et leurs protéines cibles. Tous les dégradateurs ne fonctionneront pas par le biais des mêmes ligases E3. Par exemple, des recherches antérieures ont montré qu'un dégradateur différent ciblant BRD4 agissait via RNF126 au lieu de DCAF16. Cela indique qu'une compréhension plus profonde de ces interactions est essentielle pour optimiser la conception de médicaments.
Conclusion
En résumé, la recherche identifie de nouvelles façons de développer des dégradateurs de colle moléculaire qui peuvent cibler et dégrader efficacement des protéines spécifiques. En comprenant les rôles des ligases E3 comme DCAF16 et en explorant de nouveaux points de levier chimiques, les scientifiques peuvent élargir l'arsenal disponible pour le développement de médicaments, en particulier dans la thérapie du cancer. Le potentiel de réutiliser des médicaments existants en tant que dégradateurs efficaces représente une opportunité révolutionnaire pour la santé, ouvrant la voie à des traitements innovants ciblant des protéines auparavant difficiles à atteindre. Toutefois, d'autres études sont nécessaires pour aborder les défis liés à la puissance, à la sélectivité et à l'application pratique dans des contextes cliniques.
Titre: DCAF16-Based Covalent Handle for the Rational Design of Monovalent Degraders
Résumé: Targeted protein degradation with monovalent molecular glue degraders is a powerful therapeutic modality for eliminating disease causing proteins. However, rational design of molecular glue degraders remains challenging. In this study, we sought to identify a transplantable and linker-less covalent handle that could be appended onto the exit vector of various protein-targeting ligands to induce the degradation of their respective targets. Using the BET family inhibitor JQ1 as a testbed, we synthesized and screened a series of covalent JQ1 analogs and identified a vinylsulfonyl piperazine handle that led to the potent and selective degradation of BRD4 in cells. Through chemoproteomic profiling, we identified DCAF16 as the E3 ligase responsible for BRD4 degradation--an E3 ligase substrate receptor that has been previously covalently targeted for molecular glue-based degradation of BRD4. Interestingly, we demonstrated that this covalent handle can be transplanted across a diverse array of protein-targeting ligands spanning many different protein classes to induce the degradation of CDK4, the androgen receptor, BTK, SMARCA2/4, and BCR-ABL/c-ABL. Our study reveals a DCAF16-based covalent degradative and linker-less chemical handle that can be attached to protein-targeting ligands to induce the degradation of several different classes of protein targets.
Auteurs: Daniel K. Nomura, M. Lim, T. Do Cong, L. M. Orr, E. S. Toriki, A. C. Kile, J. W. Papatzimas, E. Lee
Dernière mise à jour: 2024-02-22 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.20.580683
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.20.580683.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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