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Contributions génétiques chez les Geais de Floride : Une étude

Enquête sur les changements génétiques chez les Scrub-Jays de Floride et leurs implications pour l'évolution.

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La biologie évolutive étudie comment les êtres vivants changent au fil du temps. Une grande partie de cette recherche se concentre sur comment certains gènes, ou allèles, deviennent plus ou moins courants dans une population. C'est important car ça nous aide à résoudre des problèmes de santé publique, de conservation et de pratiques agricoles. Généralement, les scientifiques examinent les modèles de gènes dans les populations actuelles pour comprendre comment ils en sont arrivés là. Cependant, certaines études suivent maintenant les changements au fil du temps pour mieux comprendre ces processus. Ce type de recherche nous aide à voir comment les changements génétiques se produisent en temps réel, surtout quand on dispose d'infos sur les relations entre les individus d'une population.

Comment changent les fréquences des allèles

Les changements de Fréquence des allèles dans une population se produisent en raison de divers facteurs comme les taux de survie, la reproduction et le mouvement des individus. En gros, selon leurs expériences de vie, certains individus contribuent plus aux générations futures que d'autres. Quand on parle de contributions génétiques attendues, on veut dire le nombre d'allèles qu'un individu est susceptible de transmettre aux générations futures. Cela dépend de combien de petits ils ont et de processus génétiques aléatoires. Au fil du temps, les contributions attendues des individus tendent à se stabiliser.

Un facteur qui impacte la contribution génétique d'un individu est le sexe. Dans les espèces qui se reproduisent sexuellement, les mâles et les femelles ont généralement des contributions génétiques attendues égales. Cependant, les manières de se reproduire et de survivre peuvent différer. Par exemple, un sexe peut avoir plus de petits, voyager plus loin, ou occuper différents niches écologiques. Ces variations peuvent entraîner des impacts au niveau de la population, comme des ratios de sexe inégaux ou des taux de Migration biaisés.

Différences de contribution génétique selon le sexe

Les individus mâles et femelles peuvent différer dans leurs contributions génétiques en fonction du type de chromosomes qu'ils possèdent. Par exemple, les mâles peuvent avoir un chromosome X et un chromosome Y, tandis que les femelles ont deux chromosomes X. Cette différence fait que les contributions génétiques attendues peuvent changer entre les sexes selon la manière dont les allèles sont hérités.

Le système de chromosomes Z et W souvent trouvé chez les oiseaux en est un autre exemple. Dans ce système, les femelles sont ZW, tandis que les mâles sont ZZ. À cause de la façon dont ces chromosomes sont transmis, les contributions génétiques attendues sur les chromosomes sexuels sont plus influencées par le comportement reproductif de chaque sexe. Les mâles peuvent avoir des tailles de population effectives différentes de celles des femelles, menant à des variations de diversité génétique.

Comprendre la migration et les processus biaisés par le sexe

En ce qui concerne la migration, les mâles et les femelles ne contribuent pas forcément de manière égale au flux génétique dans une population. Des études suggèrent que suivre des contributions génétiques spécifiques issues de la migration biaisée par le sexe peut aider à éclaircir comment ces facteurs affectent les changements de fréquence des allèles au fil du temps. La recherche a montré que comprendre ces dynamiques est crucial pour interpréter la diversité génétique dans le contexte des processus évolutifs à long terme.

Cependant, il y a des défis à séparer les effets de la migration des autres facteurs quand plusieurs processus se produisent en même temps. L'échelle de temps d'étude de ces changements joue aussi un rôle important dans la compréhension du flux génétique. Les modèles de diversité génétique peuvent être influencés par la sélection liée, où certains allèles sont favorisés par leur proximité avec des gènes soumis à une pression de sélection.

Utiliser des données génétiques pour étudier la dynamique des fréquences des allèles

Une manière efficace d'étudier les processus démographiques biaisés par le sexe est d'analyser les contributions génétiques attendues. Les scientifiques peuvent calculer ces contributions en utilisant les informations de pédigrée de population disponibles et des simulations. Avec la technologie moderne, les chercheurs peuvent simuler comment les fréquences des allèles changent selon des génotypes connus, ce qui a été bénéfique dans diverses études examinant les changements génétiques dans différentes espèces.

Par exemple, examiner une population de Scrub-Jays de Floride peut aider à mieux comprendre comment les contributions génétiques varient au fil du temps. Ces oiseaux sont sociaux et monogames, ce qui fournit un scénario simple pour étudier les effets au niveau individuel sur les changements génétiques. En se concentrant sur cette population, les chercheurs peuvent tester comment la migration biaisée par le sexe et l'héritage affectent les changements de fréquence des allèles.

Population étudiée et collecte de données

La population de Scrub-Jays de Floride étudiée a été sous observation étroite pendant de nombreuses années. Chaque oiseau est marqué, permettant aux chercheurs de suivre les individus et leurs interactions. Les oiseaux nés en dehors de la zone d'étude sont considérés comme des immigrés. Les chercheurs effectuent régulièrement des enquêtes sur l'ensemble de la population pour recueillir des données sur la survie, la reproduction et les contributions génétiques.

Pour l'analyse génétique, les oiseaux de cette population ont été sexés à l'aide de techniques moléculaires, permettant aux scientifiques de différencier les mâles et les femelles. Une base de données complète de données génétiques aide les chercheurs à comparer les contributions des immigrés et des résidents établis au fil du temps.

Contributions génétiques attendues chez les Scrub-Jays de Floride

Les contributions génétiques attendues des adultes reproducteurs sont essentielles pour comprendre les futurs pools génétiques. Chaque reproducteur a à la fois une contribution généalogique-ce qui signifie combien de descendants viennent d'eux-et une contribution génétique attendue, qui prend en compte la manière dont les allèles sont hérités. Ces contributions diffèrent car tous les allèles ne sont pas transmis en raison de processus aléatoires durant la reproduction.

En examinant une paire de mâle et de femelle, les chercheurs peuvent illustrer comment les contributions génétiques diffèrent à travers le génome. Les contributions génétiques attendues pour les oiseaux à reproduction sexuée peuvent révéler des modèles sur la façon dont les contributions masculines et féminines diffèrent, particulièrement sur les autosomes par rapport aux chromosomes liés au sexe.

Analyser les contributions génétiques des immigrés

Dans la population étudiée, les taux d'immigration peuvent avoir un impact significatif sur les contributions génétiques. Malgré des chiffres généralement faibles d'immigrés arrivant chaque année, de nombreux oiseaux dans la population ont une histoire en tant qu'immigrés. Le ratio de sexe parmi les immigrés montre souvent un biais vers les femelles.

Comprendre les contributions génétiques attendues des immigrés mâles et femelles aide à clarifier les dynamiques de flux génétique dans la population. Les chercheurs ont constaté que les contributions des immigrés femelles aux loci autosomaux ont tendance à être plus élevées que celles des immigrés mâles. Cependant, les immigrés mâles peuvent contribuer de manière significative aux loci Z-liés, illustrant la complexité des dynamiques génétiques.

Signaux de sélection dans les données génétiques

Au-delà de l'observation des changements de fréquences des allèles, les chercheurs analysent également les signaux de sélection pour identifier les loci subissant des changements significatifs. En comparant les changements observés aux changements attendus sous des conditions neutres, les scientifiques peuvent identifier les allèles qui ont probablement subi une sélection. Ces aperçus sont particulièrement précieux car ils peuvent mettre en avant comment les pressions environnementales façonnent la diversité génétique au fil du temps.

Les chercheurs évaluent les signaux de sélection à la fois aux loci autosomaux et Z-liés. Alors que les études passées se sont principalement concentrées sur les autosomes, l'analyse des loci Z-liés offre une vue unique sur la manière dont différents chromosomes réagissent aux pressions de sélection.

Causes du changement de fréquence des allèles

Pour comprendre les raisons derrière les changements de fréquence des allèles, les chercheurs classifient les contributions des divers facteurs démographiques tels que les taux de survie, la reproduction et l'immigration en différents groupes démographiques. Ce découpage permet une analyse plus détaillée de la manière dont ces processus interagissent et contribuent aux changements au fil du temps.

En examinant les contributions séparément pour les mâles et les femelles, des modèles similaires peuvent émerger. Pour les loci autosomaux, les deux sexes contribuent de manière similaire au fil du temps. Cependant, pour les loci Z-liés, les différences peuvent être plus prononcées, les mâles ayant généralement un impact plus important sur les changements de fréquence des allèles.

Implications pour les dynamiques évolutives

L'étude des Scrub-Jays de Floride souligne l'importance de comprendre comment les processus biaisés par le sexe impactent les contributions génétiques et les changements de fréquence des allèles. Les résultats suggèrent que les dynamiques d'une population peuvent être influencées par les contributions masculines et féminines de différentes manières, surtout en ce qui concerne la manière dont ils se reproduisent et interagissent avec leur environnement.

Les recherches futures peuvent s'appuyer sur ces résultats en étudiant des populations plus complexes qui peuvent présenter différents systèmes d'accouplement ou histoires de vie. Mieux comprendre ces dynamiques peut enrichir nos connaissances des processus évolutifs et de la survie des espèces dans des conditions changeantes.

Conclusion

En résumé, l'étude des changements de fréquence des allèles chez les Scrub-Jays de Floride met en lumière l'importance des contributions génétiques individuelles, des processus biaisés par le sexe et des dynamiques de migration en biologie évolutive. En analysant ces facteurs, les chercheurs peuvent obtenir des aperçus précieux sur la façon dont les gènes sont façonnés au fil du temps dans les populations naturelles. Des données complètes et une analyse génétique fournissent une base pour comprendre les relations complexes entre la génétique et l'environnement, éclairant finalement comment les espèces s'adaptent et évoluent.

Source originale

Titre: Allele frequency dynamics under sex-biased demography and sex-specific inheritance in a pedigreed jay population

Résumé: Sex-biased demography, including sex-biased survival or migration, can alter allele frequency changes across the genome. In particular, we can expect different patterns of genetic variation on autosomes and sex chromosomes due to sex-specific differences in life histories, as well as differences in effective population size, transmission modes, and the strength and mode of selection. Here, we demonstrate the role that sex differences in life history played in shaping short-term evolutionary dynamics across the genome. We used a 25-year pedigree and genomic dataset from a long-studied population of Florida Scrub-Jays (Aphelocoma coerulescens) to directly characterize the relative roles of sex-biased demography and inheritance in shaping genome-wide allele frequency trajectories. We used gene dropping simulations to estimate individual genetic contributions to future generations and to model drift and immigration on the known pedigree. We quantified differential expected genetic contributions of males and females over time, showing the impact of sex-biased dispersal in a monogamous system. Due to female-biased dispersal, more autosomal variation is introduced by female immigrants. However, due to male-biased transmission, more Z variation is introduced by male immigrants. Finally, we partitioned the proportion of variance in allele frequency change through time due to male and female contributions. Overall, most allele frequency change is due to variance in survival and births. Males and females make similar contributions to autosomal allele frequency change, but males make higher contributions to allele frequency change on the Z chromosome. Our work shows the importance of understanding sex-specific demographic processes in characterizing genome-wide allele frequency change in wild populations.

Auteurs: Felix E.G. Beaudry, R. M. H. Driscoll, E. J. Cosgrove, J. W. Fitzpatrick, S. J. Schoech, N. Chen

Dernière mise à jour: 2024-03-25 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.28.466320

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.10.28.466320.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

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