Rôle croissant de l'apprentissage automatique dans la recherche sur les maladies neurodégénératives
L'apprentissage automatique transforme rapidement le paysage de la recherche sur les maladies neurodégénératives.
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Table des matières
- La nécessité d'options de traitement améliorées
- L'utilisation croissante de l'apprentissage automatique
- Méthodologie de la revue
- Processus d'extraction des données
- Résultats sur l'apprentissage automatique dans les maladies neurodégénératives
- Perspectives sur le type de données et les objectifs cliniques
- Techniques d'apprentissage automatique identifiées
- Discussion sur les lacunes de recherche
- Conclusion
- Source originale
Avec le vieillissement de la population mondiale, on fait face à des défis importants en matière de santé. L'un des problèmes pressants est l'augmentation des maladies chroniques, en particulier les Maladies neurodégénératives. Ces maladies endommagent les cellules nerveuses dans le cerveau et la moelle épinière, entraînant des symptômes qui s'aggravent avec le temps. Parmi les maladies neurodégénératives courantes, on trouve la maladie d'Alzheimer (MA), la maladie de Parkinson (MP), la sclérose en plaques (SEP), la sclérose latérale amyotrophique (SLA) et la maladie de Huntington (MH). Ces conditions entraînent souvent une perte totale d'autonomie pour les individus, causant un immense souffrance émotionnelle et physique.
Sans de nouvelles façons de changer le cours de ces maladies, il est prédit que les demandes de soins vont continuer à croître. Les gouvernements et les systèmes de santé devront se préparer pour cet avenir, notamment pour des conditions comme Alzheimer et Parkinson, qui deviennent plus courantes avec le vieillissement de la population.
La nécessité d'options de traitement améliorées
Face à ces défis, de nombreux chercheurs s'efforcent de trouver de nouvelles façons de prédire et de traiter ces maladies. Ils visent à orienter leur attention vers ce qu'on appelle la médecine prédictive. Cette approche cherche à examiner les caractéristiques individuelles des patients pour mieux comprendre leurs processus de maladie spécifiques et comment ils pourraient réagir à différents Traitements.
Les objectifs de cette recherche incluent :
- Comprendre les causes sous-jacentes des maladies neurodégénératives.
- Créer de meilleurs outils pour diagnostiquer ces maladies et prédire leur progression.
- Collecter des informations détaillées sur le développement de ces maladies au fil du temps.
- Trouver et tester des méthodes de traitement efficaces.
Une partie importante de ce travail consiste à rassembler et analyser des données. Des domaines comme les mathématiques et l'informatique se rejoignent dans un nouveau domaine appelé science des données. Dans ce domaine, l'intelligence artificielle (IA) et l'Apprentissage automatique (AA) aident les chercheurs à analyser rapidement et efficacement de grandes quantités de données.
L'utilisation croissante de l'apprentissage automatique
Les recherches montrent que l'utilisation de l'apprentissage automatique dans l'étude des maladies neurodégénératives est en augmentation. Les chercheurs ont réalisé qu'il y avait besoin d'un aperçu sur la façon dont ces méthodes sont appliquées. Une revue a été menée pour examiner des articles utilisant des techniques d'apprentissage automatique dans le contexte des cinq maladies neurodégénératives les plus courantes.
La revue visait à rassembler le plus d'informations possible sur les approches d'apprentissage automatique dans ce domaine. Les chercheurs ont établi des critères spécifiques pour les articles qu'ils ont examinés. Ils ont inclus des études liées à la MA, SEP, SLA, MP ou MH qui impliquaient des données de patients et utilisaient l'apprentissage automatique pour l'analyse. Ils se sont concentrés sur des études visant à améliorer le Diagnostic, le Pronostic ou les prévisions de traitement.
Méthodologie de la revue
Pour réaliser la revue, les chercheurs ont utilisé une approche systématique. Ils ont créé une stratégie de recherche avec l'aide de bibliothécaires médicaux. Ils ont exploré plusieurs bases de données électroniques couvrant des études publiées de 2016 à 2020. Ce calendrier a été choisi pour s'assurer qu'ils examinaient des méthodes d'apprentissage automatique actuelles.
Les chercheurs ont dû affiner leur recherche et ont décidé d'inclure uniquement les études publiées en anglais. Après avoir parcouru plus de 4 000 articles, ils ont finalement inclus un total de 1 485 articles en texte intégral dans leur revue.
Processus d'extraction des données
Pour analyser ces articles, l'équipe de recherche a développé un formulaire d'extraction de données. Ils ont tenu des discussions pour décider quelles informations rechercher dans chaque étude. Les données comprenaient des détails sur :
- Noms des auteurs
- Type de maladie neurodégénérative
- Année de publication
- Taille de l'échantillon de patients
- Types de données utilisées dans l'analyse d'apprentissage automatique
- Objectif clinique principal de l'étude
- Méthodes d'apprentissage automatique utilisées
Ils ont ensuite vérifié le processus d'extraction des données pour garantir son exactitude, avec plusieurs séries de tests pilotes pour affiner leurs méthodes et parvenir à un haut niveau d'accord parmi les examinateurs.
Résultats sur l'apprentissage automatique dans les maladies neurodégénératives
La revue a montré que le nombre d'articles utilisant des méthodes d'apprentissage automatique a considérablement augmenté. Les données ont révélé des tendances au fil des années de 2016 à 2020, avec une augmentation notable des études publiées. Par exemple, il y avait 172 articles en 2016, passant à 490 en 2020, ce qui marque une croissance de 185%.
Les maladies neurodégénératives les plus largement étudiées à l’aide de l'apprentissage automatique étaient Alzheimer et Parkinson, avec des centaines d'articles. En revanche, la maladie de Huntington avait beaucoup moins d'études. La revue a également examiné les types de données utilisées dans l'analyse d'apprentissage automatique.
Le type de données le plus souvent utilisé dans ces études était les données d'imagerie, qui représentaient près de la moitié des articles. D'autres types comprenaient des données fonctionnelles, des données cliniques, des matériaux provenant de bioprobes et des informations génétiques, bien que ces dernières soient utilisées moins couramment.
En ce qui concerne les objectifs des études, la plupart visaient à améliorer le diagnostic des maladies, suivi par le pronostic des maladies et les prévisions de traitement. Les données d'imagerie étaient souvent le type le plus courant utilisé pour le diagnostic à travers différentes maladies.
Perspectives sur le type de données et les objectifs cliniques
Les résultats ont indiqué que différents types de données étaient utilisés en fonction des objectifs cliniques des études. Par exemple :
- Pour le diagnostic, les données d'imagerie étaient le type d'information clé.
- Pour le pronostic, les données d'imagerie et cliniques étaient fréquemment employées.
- Les données fonctionnelles étaient principalement observées lors de la prédiction des effets des traitements.
Il a été noté que bien que les données d'imagerie soient répandues dans de nombreuses études, d'autres types de données comme les données provenant de bioprobes et de molécules ont reçu beaucoup moins d'attention, notamment dans des maladies comme la sclérose en plaques, SLA et la maladie de Huntington.
Techniques d'apprentissage automatique identifiées
La revue a également identifié une large variété de techniques d'apprentissage automatique que les chercheurs ont utilisées dans leurs études. Au total, 2 734 méthodes d'apprentissage automatique uniques ont été trouvées parmi les articles en texte intégral. Certaines des méthodes les plus courantes comprenaient les machines à vecteurs de support, les forêts aléatoires et les réseaux de neurones convolutionnels.
Les chercheurs ont classé ces méthodes en catégories plus larges pour mieux comprendre leurs résultats. Les catégories les plus utilisées étaient les méthodes supervisées et non supervisées, suivies des techniques d'apprentissage profond.
Discussion sur les lacunes de recherche
La revue a souligné un manque de terminologie standard et de classification dans le domaine de l'apprentissage automatique en relation avec les maladies neurodégénératives. Bien qu'il existe de nombreuses classifications disponibles, aucune n'a gagné d'acceptation universelle, ce qui complique la communication des résultats de manière efficace.
De plus, les auteurs ont souligné un besoin de recherche supplémentaire sur l'intégration de différents types de données et la résolution des problèmes de précision par rapport à l'interprétabilité dans l'apprentissage automatique.
Conclusion
En résumé, la revue a démontré un intérêt croissant pour l'application des techniques d'apprentissage automatique aux maladies neurodégénératives. Alors que la population vieillit et que le fardeau de ces maladies augmente, il y a un besoin d'outils de diagnostic meilleurs, de méthodes pronostiques et de prévisions de traitement. Les résultats suggèrent qu'il est nécessaire de réaliser davantage d'études axées sur le pronostic des maladies et les prévisions de traitement, en particulier dans des domaines peu recherchés.
Pour l'avenir, il est essentiel que les chercheurs continuent à construire des bases de données incluant divers types de données et à maximiser l'utilisation des méthodes d'apprentissage automatique dans la recherche sur les maladies neurodégénératives. Cela aidera à relever les défis critiques en matière de santé posés par ces conditions et à améliorer la qualité de vie des personnes touchées.
Titre: The use of machine learning methods in neurodegenerative disease research: A scoping review
Résumé: Machine learning (ML) methods are increasingly used in clinical research, but their extent is complex and largely unknown in the field of neurodegenerative diseases (ND). This scoping review describes state-of-the-art ML in ND research using MEDLINE (PubMed), Embase (Ovid), Central (Cochrane), and Institute of Electrical and Electronics Engineers Xplore. Included articles, published between January 1, 2016, and December 31, 2020, used patient data on Alzheimers disease, multiple sclerosis, amyotrophic lateral sclerosis, Parkinsons disease, or Huntingtons disease that employed ML methods during primary analysis. One reviewer screened citations for inclusion; 5 conducted data extraction. For each article, we abstracted the type of ND; publication year; sample size; ML algorithm data type; primary clinical goal (disease diagnosis/prognosis/prediction of treatment effect); and ML method type. Quantitative and qualitative syntheses of the results were conducted. After screening 4,471 citations and searching 1,677 full-text articles, 1,485 articles were included. The number of articles using ML methods in ND research increased from 172 in 2016 to 490 in 2020, with most of those in Alzheimers disease. The most common data type was imaging data (46.9% of articles), followed by functional (20.6%), clinical (14.2%), biospecimen (6.2%), genetic (5.9%), electrophysiological (5.1%), and molecular (1.1%). Overall, 68.5% of imaging data studies were in Alzheimers disease and 75.9% of functional data studies were in Parkinsons disease. Disease diagnosis was the most common clinical aim in studies using ML methods (73.5%), followed by disease prognosis (21.4%) and prediction of treatment effect (13.5%). We extracted 2,734 ML methods, with support vector machine (n=651, 23.8%), random forest (n=310, 11.3%), and convolutional neural network (n=166, 6.1%) representing the majority. Finally, we identified 322 unique ML methods. There are opportunities for additional research using ML methods for disease prognosis and prediction of treatment effect. Addressing these utilization gaps will be important in future studies. Author SummaryFew state-of-the-art scientific updates have been targeted for broader readerships without indulging in technical jargon. We have learned a lot from Judea Pearl on how to put things into context and make them clear. In this review paper, we identify machine learning methods used in the realm of neurodegenerative diseases and describe how the use of these methods can be enhanced in neurodegenerative disease research.
Auteurs: Fabio Pellegrini, A. Ciampi, J. Rouette, G. Simoneau, B. Caba, A. Gafson, C. de Moor, S. Belachew
Dernière mise à jour: 2023-07-31 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.31.23293414
Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.31.23293414.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
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