Cartographier le colon : Aperçus sur le vieillissement et la santé
Des chercheurs créent un atlas détaillé du colon pour étudier les effets du vieillissement.
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Le côlon, aussi appelé gros intestin, joue un rôle super important dans le système digestif. Chez les souris, le côlon fait généralement plus de 12 centimètres de long, tandis que chez les humains, il peut dépasser 1,5 mètre. La taille et la forme du côlon varient beaucoup d'une personne à l'autre, influencées par des trucs comme l'âge, le sexe, le poids et le régime alimentaire. À l'intérieur du côlon, il y a plein de petits plis et structures qui aident à absorber et traiter les nutriments.
Un élément clé du fonctionnement du côlon, ce sont les cryptes coloniques, qui sont de minuscules glandes produisant de nouvelles cellules pour la paroi du côlon. En dessous de la couche de cellules, il y a d'autres structures qui soutiennent la fonction immunitaire et fournissent des connexions nerveuses. Le côlon est responsable de plusieurs tâches, comme déplacer la nourriture digérée le long de sa longueur et absorber l'eau et les nutriments. En vieillissant, le côlon peut devenir moins efficace, ce qui peut mener à des problèmes comme la constipation, l'inflammation, et même le cancer.
Malgré son importance, les scientifiques ont encore beaucoup à apprendre sur la façon dont ses différentes parties fonctionnent ensemble et comment elles changent au fil du temps. Avec les avancées technologiques récentes, les chercheurs peuvent maintenant étudier le côlon en détail, en regardant de près les cellules individuelles et comment elles interagissent avec leur environnement. Mais il y a encore des défis pour analyser efficacement ces données complexes.
Construire un atlas complet du côlon
Pour mieux comprendre le côlon, les chercheurs ont développé une carte détaillée ou un atlas qui capture les différents types de cellules et leurs fonctions à travers les âges et les régions du côlon. Cet atlas intègre des résultats de méthodes de laboratoire traditionnelles et de nouvelles techniques permettant de mesurer l’activité de plusieurs gènes en même temps.
Les chercheurs ont collecté des échantillons de côlon chez des souris à différents stades de la vie, y compris les jeunes souris, les adultes et les souris plus âgées. Ils ont utilisé des méthodes avancées pour analyser ces échantillons, ce qui a donné une multitude de données sur les types de cellules présentes dans le côlon et comment elles changent avec l'âge.
L'aspect cellulaire de l'atlas comprend des données provenant d'un grand nombre de cellules, avec des catégories distinctes pour différents types, comme les Cellules souches, les cellules immunitaires et les cellules musculaires. L'aspect spatial consiste à examiner des milliers de zones individuelles dans le côlon, mesurant les niveaux d'expression des gènes à chaque endroit. Cette approche permet de comprendre en détail comment la structure et la fonction du côlon changent à travers différentes régions et âges.
Détecter les changements dans les types de cellules et l'expression des gènes
En utilisant cet atlas, les chercheurs ont étudié comment les types de cellules dans le côlon et leur activité génétique varient du début à la fin de la vie. Ils ont analysé des échantillons de différentes parties du côlon, y compris le début (proximal), le milieu et la fin (distal). Ils ont constaté que les proportions de divers types de cellules, comme les cellules souches et les Cellules caliciformes (qui produisent du mucus), changent significativement entre ces régions.
Par exemple, avec l'âge du côlon, la proportion de cellules caliciformes a tendance à diminuer, tandis que celle des cellules souches peut augmenter. Ce changement peut affecter la fonction globale du côlon, en particulier sa capacité à absorber les nutriments et à gérer les déchets.
Les chercheurs ont également découvert que certains gènes sont actifs dans des régions spécifiques du côlon. Certains gènes liés à la Réponse immunitaire et à l'inflammation étaient plus actifs dans le côlon plus âgé, ce qui pourrait contribuer à des problèmes liés à l'âge.
Vieillissement et côlon : comprendre la chronologie
Le processus de vieillissement peut avoir un impact significatif sur le côlon. Les scientifiques veulent comprendre comment les changements dans les types de cellules et l'expression des gènes contribuent à des problèmes courants rencontrés par les personnes âgées, comme la constipation et un risque accru de cancer colorectal.
En suivant le vieillissement du côlon, les chercheurs ont observé des schémas distincts sur la façon dont les populations cellulaires évoluent avec le temps. Chez les jeunes souris, par exemple, il y a une forte présence de cellules responsables de la production de mucus, qui protègent le côlon des dommages. Cependant, au fur et à mesure que les souris vieillissent, il y a une baisse notable de ces cellules protectrices. Pendant ce temps, plus de cellules souches apparaissent, ce qui peut indiquer un déséquilibre dans la capacité du côlon à remplacer les cellules usées par des nouvelles.
Ces résultats suggèrent que le côlon vieillissant peut être moins efficace pour maintenir sa santé et sa fonction. Les changements observés dans la composition cellulaire et l'activité génétique pourraient mener à des vulnérabilités qui augmentent le risque de troubles gastro-intestinaux chez les populations âgées.
Le rôle des programmes multicellulaires
Pour analyser plus en détail les données collectées dans l'atlas du côlon, les chercheurs ont exploré comment différents groupes de gènes agissent ensemble à travers divers types de cellules. Ils ont mesuré comment l'activité de ces groupes de gènes change pendant le vieillissement, identifiant des schémas spécifiques qui pourraient expliquer les changements dans les types de cellules et leurs fonctions au fil du temps.
Certains groupes de gènes ont montré des changements constants à mesure que les animaux vieillissaient. Par exemple, certains gènes qui favorisent l'inflammation étaient de plus en plus actifs, ce qui pourrait contribuer à des problèmes de santé liés à l'âge dans le côlon. Comprendre ces schémas peut aider les scientifiques à prédire comment le côlon pourrait réagir chez les personnes âgées et quelles interventions pourraient améliorer sa santé.
Perspectives pour les recherches futures
Le développement de cet atlas du côlon représente un grand pas en avant dans notre compréhension de cet organe complexe. En réunissant des infos sur les types cellulaires et l'expression des gènes à travers différents âges et sections du côlon, les chercheurs peuvent créer une image plus détaillée de comment le côlon fonctionne et s'adapte au fil du temps.
Ce travail a des implications larges, pas seulement pour notre compréhension de la santé du côlon, mais aussi pour le développement de thérapies ciblées pour des problèmes de santé courants liés au vieillissement. En identifiant des gènes spécifiques et des voies qui contribuent aux changements dans le côlon, les scientifiques peuvent mieux concevoir des interventions visant à améliorer la santé digestive chez les populations âgées.
Conclusion
En résumé, le côlon est une partie cruciale du système digestif, jouant un rôle clé dans l'absorption des nutriments et la gestion des déchets. En vieillissant, la structure et la fonction du côlon subissent des changements significatifs qui peuvent mener à divers problèmes de santé. En étudiant ces changements en détail, les chercheurs découvrent des insights précieux qui pourraient améliorer notre compréhension de la santé digestive et mener à de meilleures options de traitement pour les conditions liées à l'âge. L'atlas complet du côlon sert de ressource vitale pour les études futures, fournissant une base pour explorer les interactions complexes entre les types de cellules et l'activité génétique dans cet organe essentiel.
Titre: Tissue and cellular spatiotemporal dynamics in colon aging
Résumé: Tissue structure and molecular circuitry in the colon can be profoundly impacted by systemic age-related effects, but many of the underlying molecular cues remain unclear. Here, we built a cellular and spatial atlas of the colon across three anatomical regions and 11 age groups, encompassing [~]1,500 mouse gut tissues profiled by spatial transcriptomics and [~]400,000 single nucleus RNA-seq profiles. We developed a new computational framework, cSplotch, which learns a hierarchical Bayesian model of spatially resolved cellular expression associated with age, tissue region, and sex, by leveraging histological features to share information across tissue samples and data modalities. Using this model, we identified cellular and molecular gradients along the adult colonic tract and across the main crypt axis, and multicellular programs associated with aging in the large intestine. Our multi-modal framework for the investigation of cell and tissue organization can aid in the understanding of cellular roles in tissue-level pathology.
Auteurs: Sanja Vickovic, A. C. Daly, F. Cambuli, T. Aijo, B. Lotstedt, N. Marjanovic, O. Kuksenko, M. Smith-Erb, S. Fernandez, D. Domovic, N. Van Wittenberghe, E. Drokhlyansky, G. K. Griffin, H. Phatnani, R. Bonneau, A. Regev
Dernière mise à jour: 2024-04-26 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.22.590125
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.22.590125.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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